Publications HAL Identifiant hal-03519484;hal-03526851;hal-03523641;hal-03136651;hal-02868718;hal-02493795;hal-02063020;hal-01421863;hal-03154792;hal-03478798;hal-03497645;hal-03172913;hal-03326636;inserm-03248408;hal-03148564;hal-02918344;hal-03463231;hal-02995319;hal-02475252;hal-02635121;hal-01792837;tel-03355990;hal-03483927;hal-02561128;hal-02153611;tel-03501138

2024

Journal articles

titre
Contrast-enhanced to non-contrast-enhanced image translation to exploit a clinical data warehouse of T1-weighted brain MRI
auteur
Simona Bottani, Elina Thibeau-Sutre, Aurélien Maire, Sebastian Ströer, Didier Dormont, Olivier Colliot, Ninon Burgos
article
BMC Medical Imaging, 2024, 24 (1), pp.67. ⟨10.1186/s12880-024-01242-3⟩
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https://hal.science/hal-03497645/file/s12880-024-01242-3.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Automatic quality control of brain T1-weighted magnetic resonance images for a clinical data warehouse
auteur
Simona Bottani, Ninon Burgos, Aurélien Maire, Adam Wild, Sébastian Ströer, Didier Dormont, Olivier Colliot
article
Medical Image Analysis, 2022, 75, ⟨10.1016/j.media.2021.102219⟩
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https://inria.hal.science/hal-03154792/file/QC_article_29_08_2021.pdf BibTex

Conference papers

titre
Homogenization of brain MRI from a clinical data warehouse using contrast-enhanced to non-contrast-enhanced image translation with U-Net derived models
auteur
Simona Bottani, Elina Thibeau-Sutre, Aurélien Maire, Sebastian Ströer, Didier Dormont, Olivier Colliot, Ninon Burgos
article
SPIE Medical Imaging 2022: Image Processing, Feb 2022, San Diego, United States. pp.576-582, ⟨10.1117/12.2608565⟩
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https://hal.science/hal-03478798/file/SPIE_2021_SimonaBottani_HAL.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
Dexamethasone Use and Mortality in Hospitalized Patients with Coronavirus Disease 2019: a Multicenter Retrospective Observational Study
auteur
Nicolas Hoertel, Marina Sánchez-Rico, Raphaël Vernet, Nathanaël Beeker, Antoine Neuraz, Jesús M Alvarado, Christel Daniel, Nicolas Paris, Alexandre Gramfort, Guillaume Lemaitre, Elisa Salamanca, Mélodie Bernaux, Ali Bellamine, Anita Burgun, Frédéric Limosin
article
British Journal of Clinical Pharmacology, 2021, 87 (10), pp.3766-3775. ⟨10.1111/bcp.14784⟩
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https://inria.hal.science/hal-03463231/file/Dexamethasone%20use%20and%20Mortality%20in%20Hospitalized%20Patients%20with%20Coronavirus%20Disease%202019.pdf BibTex
titre
Reply to: “A step forward to predict the risk of post-hepatectomy portal hypertension”
auteur
Nicolas Golse, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
article
Journal of Hepatology, 2021, 75 (1), pp.250-251. ⟨10.1016/j.jhep.2021.04.008⟩
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BibTex
titre
New cancer cases at the time of SARS-Cov2 pandemic and related public health policies: A persistent and concerning decrease long after the end of national lockdown
auteur
Emmanuelle Kempf, Guillaume Lamé, Richard Layese, Sonia Priou, Gilles Chatellier, Hedi Chaieb, Marc-Antoine Benderra, Ali Bellamine, Romain Bey, Stéphane Bréant, Gilles Galula, Namik Taright, Xavier Tannier, Thomas Guyet, Elisa Salamanca, Etienne Audureau, Christel Daniel, Christophe Tournigand
article
European Journal of Cancer, 2021, 150, pp.260-267. ⟨10.1016/j.ejca.2021.02.015⟩
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https://hal.science/hal-03172913/file/Covonco%20EJC%202021%20vHAL.pdf BibTex
titre
Association between FIASMAs and Reduced Risk of Intubation or Death in Individuals Hospitalized for Severe COVID-19: an observational multicenter study.
auteur
Nicolas Hoertel, Marina Sánchez-Rico, Erich Gulbins, Johannes Kornhuber, Alexander Carpinteiro, Eric J Lenze, Angela M Reiersen, Miriam Abellán, Pedro de La Muela, Raphaël Vernet, Carlos Blanco, Céline Cougoule, Nathanaël Beeker, Antoine Neuraz, Philip Gorwood, Jesús M Alvarado, Pierre Meneton, Frédéric Limosin
article
Clinical Pharmacology and Therapeutics, 2021, Online ahead of print. ⟨10.1002/CPT.2317⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-03248408/file/Hoertel%20et%20al.%20Clin%20Pharmacol%20Ther.%202021%20%281%29.pdf BibTex
titre
Predicting the risk of post-hepatectomy portal hypertension using a digital twin: A clinical proof of concept
auteur
Nicolas Golse, Florian Joly, Prisca Combari, Maïté Lewin, Quentin Nicolas, Chloe Audebert, Didier Samuel, Marc-Antoine Allard, Antonio Sa Cunha, Denis Castaing, Daniel Cherqui, René Adam, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
article
Journal of Hepatology, In press, 74 (3), pp.661-669. ⟨10.1016/j.jhep.2020.10.036⟩
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https://hal.science/hal-03523641/file/S0168827820337612.pdf BibTex
titre
Observational Study of Chlorpromazine in Hospitalized Patients with Covid-19 Running title: Chlorpromazine in hospitalized patients with Covid-19
auteur
Nicolas Hoertel, Marina Sanchez-Rico, Raphaël Vernet, Anne-Sophie Jannot, Antoine Neuraz, Carlos Blanco, Cédric Lemogne, Guillaume Airagnes, Nicolas Paris, Christel Daniel, Alexandre Gramfort, Guillaume Lemaitre, Mélodie Bernaux, Ali Bellamine, Nathanael Beeker, Frederic Limosin
article
Clinical Drug Investigation, 2021, 41, pp.221-233. ⟨10.1007/s40261-021-01001-0⟩
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https://inria.hal.science/hal-03483927/file/3.Chlorpromazine%20in%20hospitalized%20patients%20with%20Covid-19.pdf BibTex
titre
Observational study of haloperidol in hospitalized patients with COVID-19
auteur
Nicolas Hoertel, Marina Sánchez-Rico, Raphaël Vernet, Anne-Sophie Jannot, Antoine Neuraz, Carlos Blanco, Cédric Lemogne, Guillaume Airagnes, Nicolas Paris, Christel Daniel, Alexandre Gramfort, Guillaume Lemaître, Mélodie Bernaux, Ali Bellamine, Nathanaël Beeker, Frédéric Limosin
article
PLoS ONE, 2021, 16 (2), pp.e0247122. ⟨10.1371/journal.pone.0247122⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03148564/file/journal.pone.0247122.pdf BibTex

Conference papers

titre
Temporal phenotyping for characterisation of hospital care pathways of COVID19 patients
auteur
Mathieu Chambard, Thomas Guyet, Yên-Lan Nguyen, Etienne Audureau
article
AALTD 2021 - The 6th International Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2021, Bilbao / Virtual, Spain. pp.1-16
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https://hal.science/hal-03326636/file/aaltd_covidventil_v2.pdf BibTex

Theses

titre
Coupling data measured in operating theatre with patient-specific biomechanical model of heart and vessels to augment haemodynamic monitoring of patients undergoing general anaesthesia
auteur
Arthur Le Gall
article
Biomechanics [physics.med-ph]. Institut Polytechnique de Paris, 2021. English. ⟨NNT : 2021IPPAX056⟩
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https://hal.science/tel-03501138/file/84851_LE_GALL_2021_archivage.pdf BibTex
titre
Anatomical, Hemodynamic and Physiological Modeling in Liver Surgery
auteur
Nicolas Golse
article
Hépatologie et Gastroentérologie. Université Paris-Saclay, 2021. Français. ⟨NNT : 2021UPASL055⟩
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https://theses.hal.science/tel-03355990/file/84880_GOLSE_2021_archivage.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
International electronic health record-derived COVID-19 clinical course profiles: the 4CE consortium
auteur
Gabriel A. Brat, Griffin M. Weber, Nils Gehlenborg, Paul Avillach, Nathan P. Palmer, Luca Chiovato, James Cimino, Brett K. Beaulieu-Jones, Sehi L'Yi, Mark S. Keller, Douglas S. Bell, Robert W. Follett, Lav P. Patel, Anne Sophie Jannot, Lemuel R. Waitman, Gilbert Omenn, Alberto Malovini, Jason H. Moore, Valentina Tibollo, Shawn N Murphy, Riccardo Bellazzi, David A Hanauer, Arnaud Serret-Larmande, Alba Gutierrez-Sacristan, John J Holmes, Douglas Bell, Kenneth D. Mandl, Jeffrey G Klann, Douglas A Murad, Luigia Scudeller, Mauro Bucalo, Katie Kirchoff, Jean Craig, Jihad Obeid, Vianney Jouhet, Romain Griffier, Sébastien Cossin, Bertrand Moal, Antonio Bellasi, Hans U Prokosch, Detlef Kraska, Piotr Sliz, Amelia L.M. Tan, Kee Yuan Ngiam, Alberto Zambelli, Danielle L Mowery, Emily Schiver, Batsal Devkota, Robert Bradford, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Vincent Benoit, Romain Bey, Nicolas Paris, Patricia Serre, Nina Orlova, Julien Dubiel, Martin Hilka, Stephane Breant, Judith Leblanc, Nicolas Griffon, Anita Burgun, Melodie Bernaux, Arnaud Sandrin, Elisa Salamanca, Sylvie Cormont, Thomas Ganslandt, Tobias Gradinger, Julien Champ, Martin Boeker, Patricia Martel, Loïc Estève, Alexandre Gramfort, Olivier Grisel, Damien Leprovost, Thomas Moreau, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Demian Wassermann, Arthur Mensch, Charlotte Caucheteux, Christian Haverkamp, Guillaume Lemaître, Silvano Bosari, Andrew South, Tianxi Cai, Isaac Kohane
article
npj Digital Medicine, 2020, 3 (1), pp.#109. ⟨10.1038/s41746-020-00308-0⟩
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https://hal.science/hal-02918344/file/covid_ehr.pdf BibTex
titre
Propofol Requirement and EEG Alpha Band Power During General Anesthesia Provide Complementary Views on Preoperative Cognitive Decline
auteur
Cyril Touchard, Jérôme Cartailler, Charlotte Levé, José Serrano, David Sabbagh, Elsa Manquat, Jona Joachim, Joaquim Mateo, Etienne Gayat, Denis Engemann, Fabrice Vallée
article
Frontiers in Aging Neuroscience, 2020, ⟨10.3389/fnagi.2020.593320⟩
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https://inria.hal.science/hal-03519484/file/C.Touchard%20et%20al_Propofol%20requirement%20and%20EEG%20alpha%20band%20power%20during%20general%20anes-thesia%20provide%20complementary%20views%20on%20preoperative%20cognitive%20decline.pdf BibTex
titre
Indocyanine green fluorescence imaging to predict graft survival after orthotopic liver transplantation: a pilot study
auteur
Damien Dousse, Eric Vibert, Quentin Nicolas, Muga Terasawa, Luis Cano, Marc-Antoine Allard, Chady Salloum, Oriana Ciacio, Gabriella Pittau, Antonio Sa Cunha, Daniel Cherqui, René Adam, Didier Samuel, Irene Vignon-Clementel, Nicolas Golse
article
Liver Transplantation, 2020, 26 (10), pp.1263-1274. ⟨10.1002/lt.25796⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-02635121/file/Dousse%20et%20al-2020-Indocyanine%20green%20fluorescence%20imaging%20to%20predict%20graft%20survival%20after.pdf BibTex
titre
Monitoring of cardiovascular physiology augmented by a patient-specific biomechanical model during general anesthesia. A proof of concept study
auteur
Arthur Le Gall, Fabrice Vallée, Kuberan Pushparajah, Tarique Hussain, Alexandre Mebazaa, Dominique Chapelle, Etienne Gayat, Radomir Chabiniok
article
PLoS ONE, 2020, ⟨10.1371/journal.pone.0232830⟩
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https://inria.hal.science/hal-02561128/file/journal.pone.0232830.pdf BibTex
titre
Partial orthotopic liver transplantation in combination with two-stage hepatectomy: A proof-of-concept explained by mathematical modeling
auteur
Nicolas Golse, Florian Joly, Quentin Nicolas, Eric Vibert, Pal Dag Line, Irene Vignon-Clementel
article
Clinical Biomechanics, 2020, 77, pp.195-200. ⟨10.1016/j.clinbiomech.2020.01.020⟩
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https://inria.hal.science/hal-03136651/file/RapidJCBHal.pdf BibTex
titre
Numerical modelling challenges for clinical electroporation ablation technique of liver tumors
auteur
Olivier Gallinato, Baudouin Denis de Senneville, Olivier Seror, Clair Poignard
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2020, 15, ⟨10.1051/mmnp/2019037⟩
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https://inria.hal.science/hal-02493795/file/202002MNMP-GDSP.pdf BibTex
titre
Augmented Reality during Open Liver Surgery Using a Markerless Non-rigid Registration System
auteur
Nicolas Golse, Antoine Petit, Maïté Lewin, Eric Vibert, Stéphane Cotin
article
Journal of Gastrointestinal Surgery, 2020, ⟨10.1007/s11605-020-04519-4⟩
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BibTex
titre
Patch-based field-of-view matching in multi-modal images for electroporation-based ablations
auteur
Luc Lafitte, Rémi Giraud, Cornel Zachiu, Mario Ries, Olivier Sutter, Antoine Petit, Olivier Seror, Clair Poignard, Baudouin Denis de Senneville
article
Computerized Medical Imaging and Graphics, 2020, 84, ⟨10.1016/j.compmedimag.2020.101750⟩
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https://hal.science/hal-02868718/file/2020_Patch_Match_registration_final.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Hydroxychloroquine with or without azithromycin and in-hospital mortality or discharge in patients hospitalized for COVID-19 infection: a cohort study of 4,642 in-patients in France
auteur
Emilie Sbidian, Julie Josse, Guillaume Lemaître, Imke Mayer, Melodie Bernaux, Alexandre Gramfort, Nathanaël Lapidus, Nicolas Paris, Antoine Neuraz, Ivan Lerner, Nicolas Garcelon, Bastien Rance, Olivier Grisel, Thomas Moreau, Ali Bellamine, Pierre Wolkenstein, Gaël Varoquaux, Eric Caumes, Marc Lavielle, Armand Mekontso Dessap, Etienne Audureau
article
2020
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BibTex

2019

Journal articles

titre
Numerical Workflow of Irreversible Electroporation for Deep-Seated Tumor
auteur
Olivier Gallinato, Baudouin Denis de Senneville, Olivier Seror, Clair Poignard
article
Physics in Medicine and Biology, 2019, 64 (5), pp.055016. ⟨10.1088/1361-6560/ab00c4⟩
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https://inria.hal.science/hal-02063020/file/paperIRE_workflow_R3.pdf BibTex

Conference papers

titre
Minimally-invasive estimation of patient-specific end-systolic elastance using a biomechanical heart model
auteur
Arthur Le Gall, Fabrice Vallée, Dominique Chapelle, Radomir Chabiniok
article
FIMH 2019 - 10th Functional Imaging and Modelling of the Heart, Jun 2019, Bordeaux, France
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https://hal.science/hal-02153611/file/espvr.pdf BibTex

2018

Conference papers

titre
Marker-based Registration for Large Deformations -Application to Open Liver Surgery
auteur
Yinoussa Adagolodjo, Nicolas Golse, Eric Vibert, Michel de Mathelin, Stéphane Cotin, Hadrien Courtecuisse, Yinoussa Adagolodjo
article
ICRA 2018 - International Conference on Robotics and Automation, May 2018, Brisbane, Australia
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https://inria.hal.science/hal-01792837/file/Icra.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Irreversible Electroporation: Disappearance of Observable Changes at Imaging Does Not Always Imply Complete Reversibility of the Underlying Causal Tissue Changes
auteur
Olivier Seror, Clair Poignard, Olivier Gallinato, Rafik Belkacem-Ourabia, Olivier Sutter
article
Radiology, 2017, 282, pp.301 - 302. ⟨10.1148/radiol.2017161809⟩
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https://inria.hal.science/hal-01421863/file/Preprint.pdf BibTex