Publications HAL du labo/EPI CRP de la collection UMR5240

2024

titre
Description of a new genus of the Pectobacteriaceae family isolated from water in coastal brackish wetlands of the French Camargue region, Prodigiosinella gen. nov., including the new species Prodigiosinella aquatilis sp. nov
auteur
N. Cotte-Pattat, Jean-Pierre Flandrois, Jérôme Briolay, Sylvie Reverchon, Céline Brochier-Armanet
article
Systematic and Applied Microbiology, 2024, 47 (2-3), pp.126497. ⟨10.1016/j.syapm.2024.126497⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.syapm.2024.126497
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04476288/file/Prodigiosinella%202024.pdf BibTex

2023

titre
Interaction networks of Escherichia coli replication proteins under different bacterial growth conditions
auteur
Joanna Morcinek-Orłowska, Beata Walter, Raphaël Forquet, Dominik Cysewski, Maxime Carlier, Michał Mozolewski, Sam Meyer, Monika Glinkowska
article
Scientific Data , 2023, 10, ⟨10.1038/s41597-023-02710-1⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41597-023-02710-1
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04414904/file/Morcinek-2023-SD.pdf BibTex

2022

titre
A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling: extended version
auteur
Théotime Grohens, Sam Meyer, Guillaume Beslon
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03667822/file/GROHENS.pdf BibTex
titre
Implications of carbon catabolite repression for plant–microbe interactions
auteur
Theophile Franzino, Hasna Boubakri, Tomislav Cernava, Danis Abrouk, Wafa Achouak, Sylvie Reverchon, William Nasser, Feth El Zahar Haichar
article
Plant Communications, 2022, 3, pp.100272. ⟨10.1016/j.xplc.2021.100272⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.xplc.2021.100272
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03541905/file/PIIS2590346221001863.pdf BibTex
titre
Relationship between the Chromosome Structural Dynamics and Gene Expression-A Chicken and Egg Dilemma?
auteur
Diana Le Berre, Georgi Muskhelishvili, William Nasser, Sylvie Reverchon
article
Microorganisms, 2022, 10 (5), pp.846. ⟨10.3390/microorganisms10050846⟩
DOI
DOI : 10.3390/microorganisms10050846
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03652213/file/Revue%20Diana.pdf BibTex
titre
What is a supercoiling-sensitive gene? Insights from topoisomerase I inhibition in the Gram-negative bacterium Dickeya dadantii
auteur
Maïwenn Pineau, Shiny Martis B., Raphaël Forquet, Jessica Baude, Camille Villard, Lucie Grand, Florence Popowycz, Laurent Soulère, Florence Hommais, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer
article
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (16), pp.9149-9161. ⟨10.1093/nar/gkac679⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkac679
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03774489/file/Pineau-2022-NAR.pdf BibTex
titre
Mapping the Complex Transcriptional Landscape of the Phytopathogenic Bacterium Dickeya dadantii
auteur
Raphaël Forquet, Xuejiao Jiang, William Nasser, Florence Hommais, Sylvie Reverchon, Sam Meyer
article
mBio, 2022, 13, ⟨10.1128/mbio.00524-22⟩
DOI
DOI : 10.1128/mbio.00524-22
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03715992/file/Forquet-2022-mBio.pdf BibTex
titre
Carbon catabolite repression in pectin digestion by the phytopathogen Dickeya dadantii
auteur
Shiny Martis B, Michel Droux, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer
article
Journal of Biological Chemistry, 2022, 298 (1), pp.101446. ⟨10.1016/j.jbc.2021.101446⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jbc.2021.101446
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03521146/file/PIIS0021925821012552%282%29.pdf BibTex
titre
Quantitative contribution of the spacer length in the supercoiling-sensitivity of bacterial promoters
auteur
Raphaël Forquet, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer
article
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (13), pp.7287-7297. ⟨10.1093/nar/gkac579⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkac579
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03715993/file/Forquet-2022-NAR.pdf BibTex
titre
Specificity and genetic polymorphism in the Vfm quorum sensing system of plant pathogenic bacteria of the genus Dickeya
auteur
Nicole Hugouvieux‐cotte‐pattat, Monique Royer, Erwan Gueguen, Paul Le Guen, Roderich Süssmuth, Sylvie Reverchon, Stéphane Cociancich
article
Environmental Microbiology, 2022, pp.1467-1483. ⟨10.1111/1462-2920.15889⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.15889
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03521104/file/Hugouvieux-EM-2022-CC-BY.pdf BibTex

2021

titre
Quorum Sensing Regulation in Phytopathogenic Bacteria
auteur
Julie Baltenneck, Sylvie Reverchon, Florence Hommais
article
Microorganisms, 2021, 9 (2), pp.239. ⟨10.3390/microorganisms9020239⟩
DOI
DOI : 10.3390/microorganisms9020239
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03336957/file/microorganisms-09-00239.pdf BibTex
titre
Design and comparative characterization of RecA variants
auteur
Elsa del Val, William Nasser, Hafid Abaibou, Sylvie Reverchon
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-00589-9⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41598-021-00589-9
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03414386/file/Val_et_al-2021-Scientific_Reports.pdf BibTex
titre
RNA Chaperones Hfq and ProQ Play a Key Role in the Virulence of the Plant Pathogenic Bacterium Dickeya dadantii
auteur
Simon Leonard, Camille Villard, William Nasser, Sylvie Reverchon, Florence Hommais
article
Frontiers in Microbiology, 2021, 12, pp.687484. ⟨10.3389/fmicb.2021.687484⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2021.687484
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03336963/file/fmicb-12-687484.pdf BibTex
titre
Pattern and causes of the establishment of the invasive bacterial potato pathogen Dickeya solani and of the maintenance of the resident pathogen D. dianthicola
auteur
Pauline Blin, Kévin Robic, Slimane Khayi, Jérémy Cigna, Euphrasie Munier, Pauline Dewaegeneire, Angélique Laurent, Yan Jaszczyszyn, Kar-Wai Hong, Kok‐gan Chan, Amélie Beury, Sylvie Reverchon, Tatiana Giraud, Valérie Hélias, Denis Faure
article
Molecular Ecology, 2021, 30 (2), pp.608-624. ⟨10.1111/mec.15751⟩
DOI
DOI : 10.1111/mec.15751
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03376174/file/Blin%20et%20al%20main%20text%20and%20figure%20legends%20V35_Black_R1_final.pdf BibTex
titre
Role of the Discriminator Sequence in the Supercoiling Sensitivity of Bacterial Promoters
auteur
Raphaël Forquet, Maïwenn Pineau, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer
article
mSystems, 2021, ⟨10.1128/mSystems.00978-21⟩
DOI
DOI : 10.1128/mSystems.00978-21
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03328812/file/mSystems.00978-21.pdf BibTex
titre
DNA sequence-directed cooperation between nucleoid-associated proteins
auteur
Aleksandre Japaridze, Wayne Yang, Cees Dekker, William Nasser, Georgi Muskhelishvili
article
iScience, 2021, 24 (5), pp.102408. ⟨10.1016/j.isci.2021.102408⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.isci.2021.102408
Accès au bibtex
BibTex
titre
Separation and quantification of 2-Keto-3-deoxy-gluconate (KDG) a major metabolite in pectin and alginate degradation pathways
auteur
Shiny Martis B., Michel Droux, Florelle Deboudard, William Nasser, Sam Meyer, Sylvie Reverchon
article
Analytical Biochemistry, 2021, 619, pp.114061. ⟨10.1016/j.ab.2020.114061⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ab.2020.114061
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03060041/file/2020.07.24.220400v2.full.pdf BibTex
titre
Modelling transcriptional regulation by DNA supercoiling in bacteria
auteur
Raphaël Forquet
article
Molecular biology. Université de Lyon, 2021. English. ⟨NNT : 2021LYSEI102⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03675197/file/these.pdf BibTex
titre
A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling
auteur
Théotime Grohens, Sam Meyer, Guillaume Beslon
article
ALIFE 2021 - Conference on Artificial Life, Jul 2021, Prague, Czech Republic
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03242696/file/alife21.pdf BibTex

2020

titre
Does Biological Denitrification Inhibition (BDI) in the Field Induce an Increase in Plant Growth and Nutrition in Apium graveolens L. Grown for a Long Period?
auteur
William Galland, Florence Piola, Céline Mathieu, Lyna Bouladra, Laurent Simon, Feth El Zahar Haichar
article
Microorganisms, 2020, 8 (8), pp.1-13. ⟨10.3390/microorganisms8081204⟩
DOI
DOI : 10.3390/microorganisms8081204
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-lyon1.hal.science/hal-02994321/file/Galland%20et%20al_Microorganisms%202020.pdf BibTex
titre
Pattern and causes of the establishment of the invasive bacterial potato pathogen Dickeya solani and of the maintenance of the resident pathogen D. dianthicola
auteur
Pauline Blin, Kévin Robic, Slimane Khayi, Jeremy Cigna, Euphrasie Munier, Pauline Dewaegeneire, Angélique Laurent, Yan Jaszczyszyn, Kar‐wai Hong, Kok‐gan Chan, Amélie Beury, Sylvie Reverchon, Tatiana E Giraud, Valérie Hélias, Denis Faure
article
Molecular Ecology, 2020, ⟨10.1111/mec.15751⟩
DOI
DOI : 10.1111/mec.15751
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03028685/file/Dickeya%20mec.15751.pdf BibTex
titre
TwisTranscripT: stochastic simulation of the transcription-supercoiling coupling
auteur
Bilal El Houdaigui, Sam Meyer
article
Bioinformatics, 2020, 36 (12), pp.3899-3901. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa221⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa221
Accès au bibtex
BibTex
titre
Plasmid‐chromosome crosstalks
auteur
Ludovic Vial, Florence Hommais
article
Environmental Microbiology, 2020, 22 (2), pp.540-556. ⟨10.1111/1462-2920.14880⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14880
Accès au bibtex
BibTex
titre
Dickeya poaceiphila sp. nov., a plant-pathogenic bacterium isolated from sugar cane (Saccharum officinarum)
auteur
Nicole Hugouvieux‐cotte‐pattat, Celine Brochier-Armanet, Jean-Pierre Flandrois, Sylvie Reverchon
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70 (8), pp.4508-4514. ⟨10.1099/ijsem.0.004306⟩
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.004306
Accès au bibtex
BibTex
titre
The nucleoid-associated protein IHF acts as a ‘transcriptional domainin’ protein coordinating the bacterial virulence traits with global transcription
auteur
Sylvie Reverchon, Sam Meyer, Raphaël Forquet, Florence Hommais, Georgi Muskhelishvili, William Nasser
article
Nucleic Acids Research, 2020, ⟨10.1093/nar/gkaa1227⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkaa1227
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03091721/file/Reverchon-2020-NAR.pdf BibTex

2019

titre
Bacterial genome architecture shapes global transcriptional regulation by DNA supercoiling
auteur
Bilal El houdaigui, Raphaël Forquet, Thomas Hindré, Dominique Schneider, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (11), pp.5648-5657. ⟨10.1093/nar/gkz300⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkz300
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02127001/file/ElHoudaigui-2019-NAR.pdf BibTex
titre
DNA Supercoiling: an Ancestral Regulator of Gene Expression in Pathogenic Bacteria?
auteur
Shiny Martis B., Raphaël Forquet, Sylvie Reverchon, William Nasser, Sam Meyer
article
Computational and Structural Biotechnology Journal, 2019, 17, pp.1047-1055. ⟨10.1016/j.csbj.2019.07.013⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.csbj.2019.07.013
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02266633/file/Martis-2019-CSBJ.pdf BibTex
titre
A novel plasmid‐transcribed regulatory sRNA, QfsR, controls chromosomal polycistronic gene expression in Agrobacterium fabrum
auteur
Benjamin Diel, Magali Dequivre, Florence Wisniewski-Dyé, Ludovic Vial, Florence Hommais
article
Environmental Microbiology, 2019, 21 (8), pp.3063-3075. ⟨10.1111/1462-2920.14704⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14704
Accès au bibtex
BibTex
titre
Coherent Domains of Transcription Coordinate Gene Expression During Bacterial Growth and Adaptation
auteur
Georgi Muskhelishvili, Raphaël Forquet, Sylvie Reverchon, Sam Meyer, William Nasser
article
Microorganisms, 2019, 7 (12), pp.694. ⟨10.3390/microorganisms7120694⟩
DOI
DOI : 10.3390/microorganisms7120694
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02412664/file/Revue%20CODOS%20microorganisms-07-00694.pdf BibTex
titre
Acetic acid bacteria (AAB) involved in cocoa fermentation from Ivory Coast: species diversity and performance in acetic acid production
auteur
Souleymane Soumahoro, Honoré Ouattara, Michel Droux, William Nasser, Sébastien Niamke, Sylvie Reverchon
article
Journal of Food Science and Technology, 2019, 57, pp.1904-1916. ⟨10.1007/s13197-019-04226-2⟩
DOI
DOI : 10.1007/s13197-019-04226-2
Accès au bibtex
BibTex
titre
APERO: a genome-wide approach for identifying bacterial small RNAs from RNA-Seq data
auteur
Simon Leonard, Sam Meyer, Stéphan Lacour, William Nasser, Florence Hommais, Sylvie Reverchon
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (15), pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gkz485⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkz485
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02152104/file/APERO.pdf BibTex
titre
The phytopathogenic nature of Dickeya aquatica 174/2 and the dynamic early evolution of Dickeya pathogenicity
auteur
Alexandre Duprey, Najwa Taïb, Simon Leonard, Tiffany Garin, Jean-Pierre Flandrois, William Nasser, Céline Brochier-Armanet, Sylvie Reverchon
article
Environmental Microbiology, 2019, 21 (8), pp.2809-2835. ⟨10.1111/1462-2920.14627⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14627
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02099020/file/aquatica%20version%20auteur.pdf BibTex
titre
RecA and DNA recombination: a review of molecular mechanisms
auteur
Elsa del Val, William Nasser, Hafid Abaibou, Sylvie Reverchon
article
Biochemical Society Transactions, 2019, ⟨10.1042/BST20190558⟩
DOI
DOI : 10.1042/BST20190558
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02320683/file/BST-2019-0558R1_Merged_PDF.pdf BibTex
titre
Modeling the bioconversion of polysaccharides in a continuous reactor: A case study of the production of oligo-galacturonates by Dickeya dadantii
auteur
Jacques-Alexandre Sepulchre, Sylvie Reverchon, Jean-Luc Gouzé, William Nasser
article
Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (5), pp.1753-1762. ⟨10.1074/jbc.RA118.004615⟩
DOI
DOI : 10.1074/jbc.RA118.004615
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01952846/file/Article_JBC20181105.pdf BibTex

2018

titre
Chromosomal organization of transcription: in a nutshell
auteur
Sam Meyer, S. Reverchon, W. Nasser, G. Muskhelishvili
article
Current Genetics, 2018, 64 (3), pp.555-565
Accès au bibtex
BibTex
titre
ThreaDNA: predicting DNA mechanics’ contribution to sequence selectivity of proteins along whole genomes
auteur
Jasmin Cevost, Cédric Vaillant, Sam Meyer
article
Bioinformatics, 2018, 34 (4), pp.609-616. ⟨10.1093/bioinformatics/btx634⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btx634
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02001634/file/depot.pdf BibTex

2017

titre
2-Substituted Aniline as a Simple Scaffold for LuxR-Regulated QS Modulation
auteur
S. Li, J. Wawrzyniak, Y. Queneau, L. Soulère
article
Molecules, 2017, 22 (12), pp.E2090. ⟨10.3390/molecules22122090⟩
DOI
DOI : 10.3390/molecules22122090
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02001353/file/LiS_WawrzyniakJ-QueneauY_EtAl_2017.pdf BibTex
titre
Plant-phytopathogen interactions: bacterial responses to environmental and plant stimuli
auteur
Simon Leonard, Florence Hommais, William Nasser, Sylvie Reverchon
article
Environmental Microbiology, 2017, 19 (5), pp.1689 - 1716. ⟨10.1111/1462-2920.13611⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.13611
Accès au bibtex
BibTex
titre
Regulation of the synthesis of pulp degrading enzymes in Bacillus isolated from cocoa fermentation
auteur
H. G. Ouattara, S. Reverchon, S. L. Niamke, W. Nasser
article
Food Microbiology, 2017, 63, pp.255-262
Accès au bibtex
BibTex
titre
New nucleic acid testing devices to diagnose infectious diseases in resource-limited settings
auteur
P. Maffert, S. Reverchon, W. Nasser, C. Rozand, H. Abaibou
article
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2017, 36 (10), pp.1717-1731
Accès au bibtex
BibTex
titre
Lactic acid bacteria involved in cocoa beans fermentation from Ivory Coast: Species diversity and citrate lyase production
auteur
Hadja Ouattara, Honoré Ouattara, Michel Droux, Sylvie Reverchon, William Nasser, Sébastien Niamke
article
International Journal of Food Microbiology, 2017, 256, pp.11-19. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.05.008⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijfoodmicro.2017.05.008
Accès au bibtex
BibTex
titre
Erratum to: Multiple controls affect arsenite oxidase gene expression in Herminiimonas arsenicoxydans
auteur
S. Koechler, J. Cleiss-Arnold, C. Proux, O. Sismeiro, M. A. Dillies, F. Goulhen-Chollet, F. Hommais, D. Lièvremont, F. Arsène-Ploetze, J. Y. Coppe, P. N. Bertin
article
BMC Microbiology, 2017, 17 (1), pp.74
Accès au bibtex
BibTex

2016

titre
Effect of a static magnetic field on Escherichia coli adhesion and orientation
auteur
Lotfi Mhamdi, Nejib Mhamdi, Naceur Mhamdi, Philippe Lejeune, Nicole Jaffrezic-Renault, Noël Burais, Riccardo Scorretti, Jiry Pokorny, Laurence Ponsonnet
article
Canadian Journal of Microbiology, 2016, 62 (11), pp.944-952. ⟨10.1139/cjm-2015-0839⟩
DOI
DOI : 10.1139/cjm-2015-0839
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01546555/file/Mhamdi2016.pdf BibTex
titre
Transcriptional start site turnover in the evolution of bacterial paralogous genes - the pelE-pelD virulence genes in Dickeya
auteur
Alexandre Duprey, William Nasser, Simon Leonard, Céline Brochier-Armanet, S. Reverchon
article
FEBS Journal, 2016, 283 (22), pp.4192-4207
Accès au bibtex
BibTex
titre
Erratum to: Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells
auteur
O. Arnaud, Sam Meyer, E. Vallin, G. Beslon, O. Gandrillon
article
BMC Molecular Biology, 2016, 17, pp.2
Accès au bibtex
BibTex
titre
Regulation of pel genes, major virulence factors in the plant pathogen bacterium Dickeya dadantii, is mediated by cooperative binding of the nucleoid-associated protein H-NS
auteur
O. Zghidi-Abouzid, E. Herault, S. Rimsky, S. Reverchon, W. Nasser, M. Buckle
article
Research in Microbiology, 2016, 167 (4), pp.247-253
Accès au bibtex
BibTex
titre
From multiple pathogenicity islands to a unique organized pathogenicity archipelago
auteur
C. Bouyioukos, S. Reverchon, F. Kepes
article
Scientific Reports, 2016, 6, pp.27978. ⟨10.1038/srep27978⟩
DOI
DOI : 10.1038/srep27978
Accès au bibtex
BibTex
titre
Global transcriptional response of Dickeya dadantii to environmental stimuli relevant to the plant infection
auteur
X. Jiang, O. Zghidi-Abouzid, C. Oger-Desfeux, F. Hommais, N. Greliche, G. Muskhelishvili, W. Nasser, S. Reverchon
article
Environmental Microbiology, 2016, 18 (11), pp.3651-3672
Accès au bibtex
BibTex
titre
Temporal control of Dickeya dadantii main virulence gene expression by growth phase-dependent alteration of regulatory nucleoprotein complexes
auteur
A. Duprey, G. Muskhelishvili, S. Reverchon, W. Nasser
article
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2016, 1859 (11), pp.1470-1480
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01997030/file/Duprey%20et%20al%20BBA%202016%20auteurs.pdf BibTex
titre
Coordinated Regulation of Species-Specific Hydroxycinnamic Acid Degradation and Siderophore Biosynthesis Pathways in Agrobacterium fabrum
auteur
Jessica Baude, Ludovic Vial, Camille Villard, Tony Campillo, Céline Lavire, Xavier Nesme, Florence Hommais
article
Applied and Environmental Microbiology, 2016, 82 (12), pp.3515-3524. ⟨10.1128/aem.00419-16⟩
DOI
DOI : 10.1128/aem.00419-16
Accès au bibtex
BibTex
titre
Virulence Program of a Bacterial Plant Pathogen: The Dickeya Model
auteur
S. Reverchon, G. Muskhelisvili, W. Nasser
article
Progress in molecular biology and translational medicine, pp.51-92, 2016
Accès au bibtex
BibTex

2015

titre
Upstream binding of idling RNA polymerase modulates transcription initiation from a nearby promoter
auteur
V. Gerganova, S. Maurer, L. Stoliar, A. Japaridze, G. Dietler, W. Nasser, T. Kutateladze, A. Travers, G. Muskhelishvili
article
Journal of Biological Chemistry, 2015, 290 (13), pp.8095-8109. ⟨10.1074/jbc.M114.628131⟩
DOI
DOI : 10.1074/jbc.M114.628131
Accès au bibtex
BibTex
titre
Identification of Novel Components Influencing Colonization Factor Antigen I Expression in Enterotoxigenic Escherichia coli
auteur
S. Haines, S. Gautheron, W. Nasser, G. Renauld-Mongenie
article
PLoS ONE, 2015, 10 (10), pp.e0141469. ⟨10.1371/journal.pone.0141469⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0141469
Accès au bibtex
BibTex
titre
Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells
auteur
Ophélie Arnaud, Sam Meyer, Elodie Vallin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
article
BMC Molecular Biology, 2015, 16 (20), ⟨10.1186/s12867-015-0048-2⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12867-015-0048-2
Accès au bibtex
BibTex
titre
Chromosomal "stress-response" domains govern the spatiotemporal expression of the bacterial virulence program
auteur
X. Jiang, P. Sobetzko, W. Nasser, S. Reverchon, G. Muskhelishvili
article
mBio, 2015, 6 (3), pp.e00353-15. ⟨10.1128/mBio.00353-15⟩
DOI
DOI : 10.1128/mBio.00353-15
Accès au bibtex
BibTex
titre
IscR Regulates Synthesis of Colonization Factor Antigen I Fimbriae in Response to Iron Starvation in Enterotoxigenic Escherichia coli
auteur
S. Haines, N. Arnaud-Barbe, D. Poncet, S. Reverchon, J. Wawrzyniak, W. Nasser, G. Renauld-Mongenie
article
Journal of Bacteriology, 2015, 197 (18), pp.2896-2907. ⟨10.1128/JB.00214-15⟩
DOI
DOI : 10.1128/JB.00214-15
Accès au bibtex
BibTex
titre
Inferring coarse-grain histone-DNA interaction potentials from high-resolution structures of the nucleosome
auteur
Sam Meyer, R. Everaers
article
Journal of Physics: Condensed Matter, 2015, 27 (6), pp.064101. ⟨10.1088/0953-8984/27/6/064101⟩
DOI
DOI : 10.1088/0953-8984/27/6/064101
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1411.0489 BibTex
titre
DNA Physical Properties and Nucleosome Positions Are Major Determinants of HIV-1 Integrase Selectivity
auteur
Monica Naughtin, Zofia Haftek-Terreau, Johan Xavier, Sam Meyer, Maud Silvain, Yan Jaszczyszyn, Nicolas Lévy, Vincent Miele, Mohamed Salah Benleulmi, Marc Ruff, Vincent Parissi, Cédric Vaillant, Marc Lavigne
article
PLoS ONE, 2015, 10, pp.e0129427. ⟨10.1371/journal.pone.0129427⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0129427
Accès au texte intégral et bibtex
https://pasteur.hal.science/pasteur-01416841/file/Naughtin2015.pdf BibTex

2014

titre
Torsion-Mediated Interaction between Adjacent Genes
auteur
Sam Meyer, Guillaume Beslon
article
PLoS Computational Biology, 2014, 10 (9), pp.e1003785. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003785⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pcbi.1003785
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01090990/file/Meyer14.pdf BibTex
titre
Role of the LysR-type transcriptional regulator PecT and DNA supercoiling in the thermoregulation of pel genes, the major virulence factors in Dickeya dadantii
auteur
E. Herault, S. Reverchon, W. Nasser
article
Environmental Microbiology, 2014, 16 (3), pp.734-45
Accès au bibtex
BibTex
titre
NiCo Buster: Engineering E. coli for fast and efficient capture of cobalt and nickel
auteur
A. Duprey, V. Chansavang, F. Frémion, C. Gonthier, Y. Louis, P. Lejeune, F. Springer, V. Desjardin, Agnès Rodrigue, C. Dorel
article
Journal of Biological Engineering, 2014, 8 (1), pp.19. ⟨10.1186/1754-1611-8-19⟩
DOI
DOI : 10.1186/1754-1611-8-19
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01760900/file/1754-1611-8-19.pdf BibTex
titre
Bacterial virulence and Fis: adapting regulatory networks to the host environment
auteur
A. Duprey, S. Reverchon, W. Nasser
article
Trends in Microbiology, 2014, 22 (2), pp.92-9
Accès au bibtex
BibTex

2013

titre
Vfm a new quorum sensing system controls the virulence of Dickeya dadantii.
auteur
William Nasser, Corinne Dorel, Julien Wawrzyniak, Frédérique van Gijsegem, Marie-Christine Groleau, Eric Déziel, Sylvie Reverchon
article
Environmental Microbiology, 2013, 15 (3), pp.865-80. ⟨10.1111/1462-2920.12049⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.12049
Accès au texte intégral et bibtex
https://riip.hal.science/pasteur-01001772/file/DA_ziel_E_23227918.pdf BibTex
titre
Dickeya ecology, environment sensing and regulation of virulence programme
auteur
S. Reverchon, W. Nasser
article
Environ Microbiol Rep, 2013, 5 (5), pp.622-36
Accès au bibtex
BibTex

2012

titre
Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens
auteur
S. Planamente, S. Mondy, F. Hommais, A. Vigouroux, S. Morera, D. Faure
article
Mol Microbiol, 2012, 86 (5), pp.1085-99
Accès au bibtex
BibTex
titre
The nucleoid-associated protein Fis directly modulates the synthesis of cellulose, an essential component of pellicle-biofilms in the phytopathogenic bacterium Dickeya dadantii.
auteur
Claire Prigent-Combaret, Ouafa Zghidi-Abouzid, Géraldine Effantin, Philippe Lejeune, Sylvie Reverchon, William Nasser
article
Molecular Microbiology, 2012, 86 (1), pp.172-86
Accès au bibtex
BibTex
titre
The Role of Secretion Systems and Small Molecules in Soft-Rot Enterobacteriaceae Pathogenicity
auteur
Amy Charkowski, Carlos Blanco, Guy Condemine, Dominique Expert, Thierry Franza, Christopher Hayes, Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Emilia Lopez Solanilla, David Low, Lucy Moleleki, Minna Pirhonen, Andrew Pitman, Nicole Perna, Sylvie Reverchon, Pablo Rodriguez Palenzuela, Michael San Francisco, Ian Toth, Shinji Tsuyumu, Jacquie van Der Waals, Jan van Der Wolf, Frederique van Gijsegem, Ching-Hong Yang, Iris Yedidia
article
Annual Review of Phytopathology, 2012, 50, pp.425 - 449. ⟨10.1146/annurev-phyto-081211-173013⟩
DOI
DOI : 10.1146/annurev-phyto-081211-173013
Accès au bibtex
BibTex
titre
The nucleoid-associated proteins H-NS and FIS modulate the DNA supercoiling response of the pel genes, the major virulence factors in the plant pathogen bacterium Dickeya dadantii
auteur
Zghidi-Abouzid Ouafa, Sylvie Reverchon, Thomas Lautier, Georgi Muskhelishvili, William Nasser
article
Nucleic Acids Research, 2012, 40 (10), pp.4306-4319. ⟨10.1093/nar/gks014⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gks014
Accès au bibtex
BibTex
titre
Quorum sensing signaling molecules produced by reference and emerging soft-rot bacteria (Dickeya and Pectobacterium spp.).
auteur
Alexandre Crépin, Corinne Barbey, Amélie Beury-Cirou, Valérie Hélias, Laure Taupin, Sylvie Reverchon, William Nasser, Denis Faure, Alain Dufour, Nicole Orange, Marc Feuilloley, Karin Heurlier, Jean-François Burini, Xavier Latour
article
PLoS ONE, 2012, 7 (4), pp.e35176. ⟨10.1371/journal.pone.0035176⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0035176
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00857430/file/crepin_2012_1.pdf BibTex

2011

titre
LuxR dependent quorum sensing inhibition by N,N'-disubstituted imidazolium salts.
auteur
Mohamad Sabbah, Laurent Soulère, Sylvie Reverchon, Y. Queneau, Alain Doutheau
article
Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2011, 19 (16), pp.4868-75. ⟨10.1016/j.bmc.2011.06.075⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.bmc.2011.06.075
Accès au bibtex
BibTex
titre
PecS is an important player in the regulatory network governing the coordinated expression of virulence genes during the interaction between [i]Dickeya dadantii[/i] 3937 and plants
auteur
Nadia Mhedbi-Hajri, Pierrette Malfatti, Jacques Pedron, Stephane Gaubert, Sylvie Reverchon, Frederique van Gijsegem
article
Environmental Microbiology, 2011, 13 (11), pp.2901 - 2914. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02566.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1462-2920.2011.02566.x
Accès au bibtex
BibTex
titre
lpxC and yafS are the Most Suitable Internal Controls to Normalize Real Time RT-qPCR Expression in the Phytopathogenic Bacteria Dickeya dadantii
auteur
Florence Hommais, Ouafa Zghidi-Abouzid, Christine Oger-Desfeux, Emilie Pineau, Frederique van Gijsegem, William Nasser, Sylvie Reverchon
article
PLoS ONE, 2011, 6 (5), ⟨10.1371/journal.pone.0020269⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0020269
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01190471/file/2011_Hommais_Plosone_1.pdf BibTex
titre
Electrochemical monitoring of Chlorhexidine Digluconate effect on polyelectrolyte immobilized bacteria and kinetic cell adhesion
auteur
Nabil Borghol, Laurence Mora, N. Sakly, Philippe Lejeune, Thierry Jouenne, Nicole Jaffrezic-Renault, A. Othmane
article
Journal of Biotechnology, 2011, 151 (1), pp.114-121. ⟨10.1016/j.jbiotec.2010.11.014⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jbiotec.2010.11.014
Accès au bibtex
BibTex
titre
Molecular identification and pectate lyase production by Bacillus strains involved in cocoa fermentation
auteur
H. G. Ouattara, S. Reverchon, S. L. Niamke, W. Nasser
article
Food Microbiology, 2011, 28 (1), pp.1-8
Accès au bibtex
BibTex
titre
Genome sequence of the plant-pathogenic bacterium Dickeya dadantii 3937.
auteur
Jeremy D. Glasner, Ching-Hong Yang, Sylvie Reverchon, Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Guy Condemine, Jean-Pierre Bohin, Frédérique van Gijsegem, Shihui Yang, Thierry Franza, Dominique Expert, Guy Plunkett, Michael J. San Francisco, Amy O. Charkowski, Béatrice Py, Kenneth Bell, Lise Rauscher, Pablo Rodriguez-Palenzuela, Ariane Toussaint, Maria C. Holeva, Sheng Yang He, Vanessa Douet, Martine Boccara, Carlos Blanco, Ian Toth, Bradley D. Anderson, Bryan S. Biehl, Bob Mau, Sarah M. Flynn, Frédéric Barras, Magdalen Lindeberg, Paul R. J. Birch, Shinji Tsuyumu, Xiangyang Shi, Michael Hibbing, Mee-Ngan Yap, Mathilde Carpentier, Elie Dassa, Masahiro Umehara, Jihyun F. Kim, Michael Rusch, Pritin Soni, George F. Mayhew, Derrick E. Fouts, Steven R. Gill, Frederick R. Blattner, Noel T. Keen, Nicole T. Perna
article
Journal of Bacteriology, 2011, 193 (8), pp.2076-7. ⟨10.1128/JB.01513-10⟩
DOI
DOI : 10.1128/JB.01513-10
Accès au bibtex
BibTex

2010

titre
Systematic targeted mutagenesis of the MarR/SlyA family members of Dickeya dadantii 3937 reveals a role for MfbR in the modulation of virulence gene expression in response to acidic pH
auteur
Sylvie Reverchon, Frederique F. van Gijsegem, Géraldine Effantin, Ouafa Zghidi-Abouzid, William Nasser
article
Molecular Microbiology, 2010, 78 (4), pp.1018-1037. ⟨10.1111/j.1365-2958.2010.07388.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-2958.2010.07388.x
Accès au bibtex
BibTex
titre
Has the final countdown to wildlife extinction in Northern Central African Republic begun?
auteur
Philippe Bouché, Pierre-Cyril Renaud, Philippe Lejeune, Cédric Vermeulen, Jean-Marc Froment, Alfred Bangara, Okclefort Fiongai, Antoine Abdoulaye, Raymond Abakar, Mike Fay
article
African Journal of Ecology, 2010, 48 (4), pp.994-1003. ⟨10.1111/j.1365-2028.2009.01202.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-2028.2009.01202.x
Accès au bibtex
BibTex
titre
Toward a quantitative modeling of the synthesis of the pectate lyases, essential virulence factors in Dickeya dadantii
auteur
W. D. Kepseu, J. A. Sepulchre, S. Reverchon, W. Nasser
article
Journal of Biological Chemistry, 2010, 285 (37), pp.28565-76. ⟨10.1074/jbc.M110.114710⟩
DOI
DOI : 10.1074/jbc.M110.114710
Accès au bibtex
BibTex
titre
Biochemical properties of pectate lyases produced by three different Bacillus strains isolated from fermenting cocoa beans and characterization of their cloned genes
auteur
H. G. Ouattara, S. Reverchon, S. L. Niamke, W. Nasser
article
Applied and Environmental Microbiology, 2010, 76 (15), pp.5214-20. ⟨10.1128/AEM.00705-10⟩
DOI
DOI : 10.1128/AEM.00705-10
Accès au bibtex
BibTex

2007

titre
The DNA nucleoid-associated protein Fis co-ordinates the expression of the main virulence genes in the phytopathogenic bacterium Erwinia chrysanthemi
auteur
Thomas Lautier, William Nasser
article
Molecular Microbiology, 2007, 66 (6), pp.071119190133007-???. ⟨10.1111/j.1365-2958.2007.06012.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-2958.2007.06012.x
Accès au bibtex
BibTex

1998

titre
Characterization of the Erwinia chrysanthemi expI-expR locus directing the synthesis of two N-acyl-homoserine lactone signal molecules
auteur
W. Nasser, Marie-Louise Bouillant, G. Salmond, S. Reverchon
article
Molecular Microbiology, 1998, 29 (6), pp.1391-405. ⟨10.1046/j.1365-2958.1998.01022.x⟩
DOI
DOI : 10.1046/j.1365-2958.1998.01022.x
Accès au bibtex
BibTex