Publications HAL du labo/EPI symbiose

2024

Article dans une revue

titre
Multiple invasions and predation: The impact of the crayfish Cherax quadricarinatus on invasive and native snails
auteur
Thomas Baudry, Lola Millet, Philippe Jarne, Patrice David, Frédéric Grandjean
article
Ecology and Evolution, 2024, 14 (4), ⟨10.1002/ece3.11191⟩
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https://hal.science/hal-04640060/file/Multiple%20invasions%20and%20predation%20The%20impact%20of%20the%20crayfish%20Cherax%20quadricarinatus.pdf BibTex
titre
Modelling biofilm development: the importance of considering the link between EPS distribution, detachment mechanisms and physical properties
auteur
Y. Pechaud, N. Derlon, Isabelle Queinnec, Y. Bessiere, E. Paul
article
Water Research, 2024, 250, pp.120985. ⟨10.1016/j.watres.2023.120985⟩
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titre
Experimental ecotoxicology procedures interfere with honey bee life history
auteur
Victor Desclos Le Peley, Stéphane Grateau, Carole Moreau-Vauzelle, Daniel Raboteau, Colombe Chevallereau, Fabrice Requier, Pierrick Aupinel, Freddie‐jeanne Richard
article
Environmental Toxicology and Chemistry, 2024, 43 (6), pp.1320-1331. ⟨10.1002/etc.5872⟩
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https://hal.science/hal-04562239/file/Experimental%20Ecotoxicology%20Procedures%20Interfere%20with%20Honey%20Bee%20Life.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
The genome of the simultaneously hermaphroditic snail Lymnaea stagnalis reveals an evolutionary expansion of FMRFamide-like receptors
auteur
Joris M Koene, Daniel J. Jackson, Yumi Nakadera, Nicolas Cerveau, Mohammed‐amin Madoui, Benjamin Noel, Véronique Jamilloux, Julie Poulain, Karine Labadie, Corinne Da Silva, Angus Davison, Zhong-Ping Feng, Coen M Adema, Christophe C. Klopp, Jean-Marc Aury, Patrick Wincker, Marie-Agnès Coutellec
article
2024
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https://hal.inrae.fr/hal-04465013/file/KoeneETAL2024preprint.pdf BibTex

2023

Article dans une revue

titre
Influence of feed salinity on ammonia recovery from high-strength effluents in transmembrane chemical absorption process
auteur
Irene Gonzalez-Salgado, Mansour Bounouba, Simon Dubos, Evrard Mengelle, Christelle Guigui, Mathieu Sperandio
article
Journal of Membrane Science, 2023, 687, pp.122086. ⟨10.1016/j.memsci.2023.122086⟩
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titre
Contrasting Evolutionary Patterns Between Sexual and Asexual Lineages in a Genomic Region Linked to Reproductive Mode Variation in the pea aphid
auteur
Maud Rimbault, Fabrice Legeai, Jean Peccoud, Lucie Mieuzet, Elsa Call, Pierre Nouhaud, Hélène Defendini, Frédérique Mahéo, William Marande, Nicolas Théron, Denis Tagu, Gaël Le Trionnaire, Jean-Christophe Simon, Julie Jaquiéry
article
Genome Biology and Evolution, 2023, 15 (9), pp.1-18. ⟨10.1093/gbe/evad168⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04232477/file/evad168.pdf BibTex
titre
Environmental DNA survey to detect an endemic cryptic fish, Anablepsoides cryptocallus , in tropical freshwater streams
auteur
Thomas Baudry, Quentin Mauvisseau, Alexandre Arqué, Jean‐pierre Goût, Carine Delaunay, Hugo de Boer, Frédéric Grandjean
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2023, 33 (3), pp.325-335. ⟨10.1002/aqc.3916⟩
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https://hal.science/hal-04063256/file/Environmental%20DNA%20survey%20to%20detect%20an%20endemic%20cryptic%20fish%20Anablepsoides.pdf BibTex
titre
Water temperature explains part of the variation in basal plasma cortisol level within and between fish species
auteur
Sébastien Alfonso, Camille Houdelet, Eduardo Bessa, Benjamin Geffroy, Bastien Sadoul
article
Journal of Fish Biology, 2023, ⟨10.1111/jfb.15342⟩
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titre
Distribution of Wolbachia infection in butterflies (Lepidoptera): First systematic report from Thailand
auteur
Panukorn Boonsit, Itsanun Wiwatanaratanabutr, Perran Ross, Frederic Grandjean, Chris Austin, Somsak Kramchote
article
Oriental Insects, 2023, pp.1-15. ⟨10.1080/00305316.2023.2167883⟩
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titre
Seasonality and growth in tropical freshwater ectotherm vertebrates: Results from 1‐year experimentation in the African gray bichir, giraffe catfish, and the West African mud turtle
auteur
Axelle Gardin, Olga Otero, Elodie Réveillac, Alexandra Lafitte, Xavier Valentin, Florian Lapalus, Didier Bouchon, Géraldine Garcia
article
Ecology and Evolution, 2023, 13 (3), pp.e9936. ⟨10.1002/ece3.9936⟩
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https://hal.science/hal-04059572/file/Ecology%20and%20Evolution%20-%202023%20-%20Gardin%20-%20Seasonality%20and%20growth%20in%20tropical%20freshwater%20ectotherm%20vertebrates%20%20Results%20from.pdf BibTex
titre
Influence of distance from source population and seasonality in eDNA detection of white‐clawed crayfish, through qPCR and ddPCR assays
auteur
Thomas Baudry, Maud Laffitte, Charlotte Noizat, Carine Delaunay, Grégoire Ricou, Valentin Vasselon, Frédéric Grandjean
article
Environmental DNA, 2023, 5 (4), pp.733-749. ⟨10.1002/edn3.435⟩
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https://hal.science/hal-04186454/file/Influence%20of%20distance%20from%20source%20population%20and%20seasonality.pdf BibTex
titre
Online data sharing with virtual social interactions favor scientific and educational successes in a biodiversity citizen science project
auteur
Ana-Cristina Torres, Baptiste Bedessem, Nicolas Deguines, Colin Fontaine
article
Journal of Responsible Innovation, 2023, 10 (1), pp.2019970. ⟨10.1080/23299460.2021.2019970⟩
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https://hal.science/hal-03629175/file/23299460.2021.pdf BibTex
titre
Phospha-cyanines in Their Ideal Polymethine State: Synthesis and Structure–Property Relationships
auteur
Alexandre Chemin, Iryna Knysh, Denis Ari, Marie Cordier, Thierry Roisnel, Boris Le Guennic, Muriel Hissler, Denis Jacquemin, Pierre-Antoine Bouit
article
Journal of Physical Chemistry A, 2023, 127 (49), pp.10457-10463. ⟨10.1021/acs.jpca.3c07039⟩
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https://hal.science/hal-04331049/file/V5.pdf BibTex
titre
Investigating Wolbachia symbiont-mediated host protection against a bacterial pathogen using a natural Wolbachia nuclear insert
auteur
Cybèle Prigot-Maurice, Baptiste Lheraud, Samuel Guéritault, Sophie Beltran-Bech, Richard Cordaux, Jean Peccoud, Christine Braquart-Varnier
article
Journal of Invertebrate Pathology, 2023, 197, pp.107893. ⟨10.1016/j.jip.2023.107893⟩
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https://hal.science/hal-04240965/file/Prigot.pdf BibTex
titre
Honeybee queen exposure to a widely used fungicide disrupts reproduction and colony dynamic
auteur
Maxime Pineaux, Stéphane Grateau, Tiffany Lirand, Pierrick Aupinel, Freddie-Jeanne Richard
article
Environmental Pollution, 2023, 322, pp.121131. ⟨10.1016/j.envpol.2023.121131⟩
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https://hal.science/hal-04052613/file/Honeybee%20queen%20exposure%20to%20a%20widely%20used%20fungicide%20disrupts%20reproduction.pdf BibTex

Rapport

titre
Évaluation de la lutte anti-vectorielle à La Réunion
auteur
Manuel Rodicq, Nicolas Odon, Nausicaa Habchi-Hanriot, Béatrice Bresson, Gilles Fayard, Muriel Vincent, Sébastien Chouin, Isabelle Esteve-Moussion, Antoinette Ludwig, Philippe Quénel, Claude Saegerman, Johanna Fite, Frédérick Arnaud, Thierry Baldet, Daniel Bley, Christophe Boëte, Sarah Bonnet, Emmanuel Lienard, Sylvie Manguin, Marie-Claire Paty, Jocelyn Raude, Magalie René-Martellet, David A Roiz, Claude Saegerman, Frédéric Simard, Jean-Paul Stahl, Georges De Sousa, Olivier Adam, Alain Aymard, Emilie Barranger, Jean-Marc Berjeaud, Jean-Christophe Cahuzac, Sylvie Chevalier, Gwenaël Corbel, Pierre Greve, Philippe Hartemann, Claire Hellio, Dominique Pessel, Christophe Soumet
article
Saisine n°2023-SA-0003, Anses. 2023, 52 p
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2022

Article dans une revue

titre
Severe conservation risks of roads on apex predators
auteur
Itxaso Quintana, Edgar Cifuentes, Jeffrey Dunnink, María Ariza, Daniela Martínez-Medina, Felipe Fantacini, Bibek Shrestha, Freddie-Jeanne Richard
article
Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.2902. ⟨10.1038/s41598-022-05294-9⟩
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titre
Science learning in biodiversity citizen science: Inputs from the analysis of online social interactions within a contributory project for pollinators' monitoring
auteur
Baptiste Bedessem, Ana-Cristina Torres, Colin Fontaine, Nicolas Deguines
article
Biological Conservation, 2022, 276, pp.109807. ⟨10.1016/j.biocon.2022.109807⟩
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https://hal.science/hal-03874485/file/Bedessem_et_al_uncorrectedPROOFS_BIOC_109807.pdf BibTex
titre
A new set of microsatellite markers for Phoxinus lumaireul senso lato , Phoxinus marsilii and Phoxinus krkae for population and molecular taxonomic studies
auteur
Matej Vucić, Mišel Jelić, Göran Klobučar, Dušan Jelić, Han Ming Gan, Chris Austin, Daniel Guyonnet, Isabelle Giraud, Thomas Becking, Frederic Grandjean
article
Journal of Fish Biology, 2022, 101 (5), pp.1225-1234. ⟨10.1111/jfb.15194⟩
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titre
Modelling the response of urban lichens to broad-scale changes in air pollution and climate
auteur
Bernardo Rocha, Paula Matos, Paolo Giordani, Lõhmus Piret, Cristina Branquinho, Joan Casanelles-Abella, Cristiana Aleixo, Nicolas Deguines, Tiit Hallikma, Lauri Laanisto, Marco Moretti, Marta Alós Ortí, Roeland Samson, Piotr Tryjanowski, Pedro Pinho
article
Environmental Pollution, 2022, 315, pp.120330. ⟨10.1016/j.envpol.2022.120330⟩
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https://hal.science/hal-03826096/file/Rocha%20et%20al%202022%20EnvPoll%20%28Bioveins%29.pdf BibTex
titre
Hybrid swarm as a result of hybridization between two alien and two native water frog species (genus Pelophylax) in Central Croatia: Crna Mlaka fishpond acting as a species melting pot?
auteur
Mišel Jelić, Damjan Franjević, Domagoj Đikić, Petra Korlević, Matej Vucić, Dušan Jelić, Thomas Becking, Frédéric Grandjean, Göran Klobučar
article
Biological Invasions, 2022, 24 (10), pp.3291-3304. ⟨10.1007/s10530-022-02846-y⟩
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titre
La biodiversité du sol au cœur d’un projet pédagogique sur le campus de l’Université de Poitiers, France : entre formation, gestion et conservation
auteur
Julia Clause, Donovan Leblanc, Nicolas Deguines
article
Étude et Gestion des Sols, 2022, 29, pp.223-238
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https://univ-poitiers.hal.science/hal-03703889/file/Clause%2C%20Leblanc%2C%20Deguines%20-%202022%20-%20La%20biodiversit%C3%A9%20du%20sol%20au%20c%C5%93ur%20d%E2%80%99un%20projet%20p%C3%A9dagogique%20sur%20le%20campus%20de%20l%E2%80%99Universit%C3%A9%20de%20Poitiers%2C%20Fra.pdf BibTex
titre
The development of early monitoring tools to detect aquatic invasive species: eDNA assay development and the case of the armored catfish Hypostomus robinii
auteur
Thomas Dubreuil, Thomas Baudry, Quentin Mauvisseau, Alexandre Arqué, Clarisse Courty, Carine Delaunay, Michael Sweet, Frédéric Grandjean
article
Environmental DNA, 2022, 4 (2), pp.349-362. ⟨10.1002/edn3.260⟩
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https://hal.science/hal-04142240/file/The%20development%20of%20early%20monitoring%20tools%20to%20detect%20aquatic%20invasive%20species%20eDNA.pdf BibTex
titre
Iguana insularis (Iguanidae) from the southern Lesser Antilles: An endemic lineage endangered by hybridization
auteur
Michel Breuil, David Schikorski, Barbara Vuillaume, Ulrike Krauss, Jennifer Daltry, Glenroy Gaymes, Joanne Gaymes, Olivier Lepais, Nicolas Bech, Mišel Jelić, Thomas Becking, Frédéric Grandjean
article
Zookeys, 2022, 1086, pp.137 - 161. ⟨10.3897/zookeys.1086.76079⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03608735/file/2022-Breuil-ZK.pdf BibTex
titre
How wild bees find a way in European cities: Pollen metabarcoding unravels multiple feeding strategies and their effects on distribution patterns in four wild bee species
auteur
Joan Casanelles‐abella, Stefanie Müller, Alexander Keller, Cristiana Aleixo, Marta Alós Orti, François Chiron, Nicolas Deguines, Tiit Hallikma, Lauri Laanisto, Pedro Pinho, Roeland Samson, Piotr Tryjanowski, Anskje van Mensel, Loïc Pellissier, Marco Moretti
article
Journal of Applied Ecology, 2022, UN Decade on Ecosystem Restoration, 59 (2), pp.457-470. ⟨10.1111/1365-2664.14063⟩
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https://hal.science/hal-03385649/file/Casanelles-Abela%20et%20al.%20In%20Press%20J%20App%20Ecol.pdf BibTex
titre
The NGS Magic Pudding: A Nanopore-Led Long-Read Genome Assembly for the Commercial Australian Freshwater Crayfish, Cherax destructor
auteur
Christopher Austin, Laurence Croft, Frédéric Grandjean, Han Ming Gan
article
Frontiers in Genetics, 2022, 12, pp.695763. ⟨10.3389/fgene.2021.695763⟩
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https://hal.science/hal-04063262/file/The%20NGS%20Magic%20Pudding.pdf BibTex
titre
Growth and root-knot nematode infection of tomato are influenced by mycorrhizal fungi and earthworms in an intercropping cultivation system with leeks
auteur
Jeremy Detrey, Valentin Cognard, Caroline Djian-Caporalino, Nathalie Marteu, Joan Doidy, Nathalie Pourtau, Cecile Vriet, Laurence Maurousset, Didier Bouchon, Julia Clause
article
Applied Soil Ecology, 2022, 169, pp.104181. ⟨10.1016/j.apsoil.2021.104181⟩
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https://hal.science/hal-03343176/file/S0929139321003048.pdf BibTex
titre
Determinants of haemosporidian single- and co-infection risks in western palearctic birds.
auteur
Romain Pigeault, Mathieu Chevalier, Camille-Sophie Cozzarolo, Molly Baur, Mathilde Arlettaz, Alice Cibois, André Keiser, Antoine Guisan, Philippe Christe, Olivier Glaizot
article
International Journal for Parasitology, 2022, 52 (9), pp.617-627. ⟨10.1016/j.ijpara.2022.05.002⟩
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https://u-bourgogne.hal.science/hal-03853911/file/Determinants%20of%20haemosporidian%20single-%20and%20co-infection%20risks%20in.pdf BibTex
titre
The invasive crayfish Cherax quadricarinatus facing chlordecone in Martinique: Bioaccumulation and depuration study
auteur
Thomas Baudry, Eric Gismondi, Jean-Pierre Goût, Alexandre Arqué, Juliette Smith-Ravin, Frédéric Grandjean
article
Chemosphere, 2022, 286, Part 3, pp.131926. ⟨10.1016/j.chemosphere.2021.131926⟩
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https://hal.science/hal-04063266/file/The%20invasive%20crayfish%20Cherax%20quadricarinatus%20facing%20chlordecone%20in%20Martinique.pdf BibTex
titre
Towards Ecological Management and Sustainable Urban Planning in Seoul, South Korea: Mapping Wild Pollinator Habitat Preferences and Corridors Using Citizen Science Data
auteur
Hortense Serret, Desiree Andersen, Nicolas Deguines, Céline Clauzel, Wan-Hyeok Park, Yikweon Jang
article
Animals, 2022, 12 (11), pp.1469. ⟨10.3390/ani12111469⟩
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https://hal.science/hal-03689285/file/Serret%20et%20al%202022%20Animals.pdf BibTex
titre
Climate change would prevail over land use change in shaping the future distribution of Triturus marmoratus in France
auteur
Clémentine Préau, Romain Bertrand, Yann Sellier, Frédéric Grandjean, Francis Isselin‐nondedeu
article
Animal Conservation, 2022, 25 (2), pp.221-232. ⟨10.1111/acv.12733⟩
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BibTex
titre
Experiment in semi-natural conditions did not confirm the influence of malaria infection on bird attractiveness to mosquitoes.
auteur
Camille-Sophie Cozzarolo, Romain Pigeault, Julie Isaïa, Jérôme Wassef, Molly Baur, Olivier Glaizot, Philippe Christe
article
Parasites & Vectors, 2022, 15 (1), pp.187. ⟨10.1186/s13071-022-05292-w⟩
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https://hal.science/hal-03693380/file/s13071-022-05292-w.pdf BibTex
titre
Masculinization of the X-chromosome in aphid soma and gonads
auteur
Julie Jaquiéry, Jean-Christophe Simon, Stéphanie Robin, Gautier Richard, Jean Peccoud, Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Sylvie Tanguy, Nathalie Prunier Leterme, Gaël Le Trionnaire
article
Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.166⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03999192/file/Masculinization%20of%20the.pdf BibTex
titre
Negative relationship between woody species density and size of urban green spaces in seven European cities
auteur
Marta Alós Ortí, Joan Casanelles-Abella, François Chiron, Nicolas Deguines, Tiit Hallikma, Piia Jaksi, Patrycja K Kwiatkowska, Marco Moretti, Babette Muyshondt, Ülo Niinemets, Pedro Pinho, Manuel João Pinto, Peedu Saar, Roeland Samson, Piotr Tryjanowski, Anskje van Mensel, Lauri Laanisto
article
Urban Forestry and Urban Greening, 2022, 74, pp.127650. ⟨10.1016/j.ufug.2022.127650⟩
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https://hal.science/hal-03711402/file/Alos-Orti%20et%20al%20PreProof.pdf BibTex
titre
Interactions between hydrated cement pastes and aggressive ammonium: experimental batches characterization
auteur
Marie Giroudon, Cédric Roosz, Mehdi Bista, Matthieu Peyre Lavigne, Laurie Lacarrière, Alexandra Bertron
article
MATEC Web of Conferences, 2022, 364, pp.05010. ⟨10.1051/matecconf/202236405010⟩
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https://hal.insa-toulouse.fr/hal-03793844/file/ICCRRR%20Giroudon%20et%20al%20-%20FULL%20LENGTH.pdf BibTex
titre
The promising combination of a remote sensing approach and landscape connectivity modelling at a fine scale in urban planning
auteur
Elie Morin, Pierre-Alexis Herrault, Yvonnick Guinard, Frédéric Grandjean, Nicolas Bech
article
Ecological Indicators, 2022, 139, pp.108930. ⟨10.1016/j.ecolind.2022.108930⟩
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https://hal.science/hal-03781083/file/The%20promising%20combination%20of%20a%20remote%20sensing%20approach.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
THE TROPHIC ROLE OF THE NECROMASS OF POSIDONIA OCEANICA (L) DELILE IN THE SURF ZONE OF SANDY SHORES
auteur
Rossi F, Gilbers Romero, Alexis Pey, Patricia Ventura, Loques Françoise, B. Derijard, J.M Cottalorda, Eugenio Di Franco, P Guidetti, Simona Bussotti
article
7th Mediterranean Symposium on Marine Vegetation, Sep 2022, Gene, Italy
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Rapport

titre
Avis de l'Anses relatif à l'interdiction de vente en libre-service de certaines catégories de produits biocides
auteur
Georges de Sousa, Olivier Adam, Alain Aymard, Jean-Christophe Cahuzac, James Devillers, Pierre Greve, Philippe Hartemann, Claire Hellio, Dominique Hurtaud-Pessel, Vincent Richard, Christophe Soumet, Catherine Gourlay-Francé, Isabelle Attig, Matthias Brizard, Patrice Carpentier, Farida Ouadi, Rachel Pagès
article
Saisine n° 2020-SA-0008, Anses. 2022, 46 p
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2021

Article dans une revue

titre
A genus-wide analysis of genetic variation to guide population management, hybrid identification, and monitoring of invasions and illegal trade in Iguana (Reptilia: Iguanidae)
auteur
Matthijs van den Burg, Frédéric Grandjean, David Schikorski, Michel Breuil, Catherine Malone
article
Conservation Genetics Resources, 2021, 13 (4), pp.435-445. ⟨10.1007/s12686-021-01216-5⟩
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titre
Surveillance Studies Reveal Diverse and Potentially Pathogenic-Incriminated Vector Mosquito Species across Major Botswana Touristic Hotspots
auteur
Mmabaledi Buxton, Casper Nyamukondiwa, Ryan Wasserman, Victor Othenin-Girard, Romain Pigeault, Philippe Christe, Olivier Glaizot
article
Insects, 2021, 12 (10), pp.913. ⟨10.3390/insects12100913⟩
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BibTex
titre
Early Response to Dehydration Six-Like Transporter Family: Early Origin in Streptophytes and Evolution in Land Plants
auteur
Lucie Slawinski, Abir Israel, Caroline Paillot, Florence Thibault, Richard Cordaux, Rossitza Atanassova, Fabienne Dédaldéchamp, Maryse Laloi
article
Frontiers in Plant Science, 2021, 12, ⟨10.3389/fpls.2021.681929⟩
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https://hal.science/hal-03376541/file/100-Slawinski_2021_FrontPlantSci.pdf BibTex
titre
Monitoring Insect Transposable Elements in Large Double-Stranded DNA Viruses Reveals Host-to-Virus and Virus-to-Virus Transposition
auteur
Vincent Loiseau, Jean Peccoud, Clémence Bouzar, Sandra Guillier, Jiangbin Fan, Gianpiero Gueli Alletti, Carine Meignin, Elisabeth Herniou, Brian Federici, Jörg Wennmann, Johannes Jehle, Richard Cordaux, Clément Gilbert
article
Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (9), pp.3512-3530. ⟨10.1093/molbev/msab198⟩
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https://hal.science/hal-03376529/file/98-Loiseau_2021_MBE.pdf BibTex
titre
Characterization of a Sex-Determining Region and Its Genomic Context via Statistical Estimates of Haplotype Frequencies in Daughters and Sons Sequenced in Pools
auteur
Richard Cordaux, Mohamed Amine Chebbi, Isabelle Giraud, David R.J. Pleydell, Jean Peccoud
article
Genome Biology and Evolution, 2021, 13 (8), ⟨10.1093/gbe/evab121⟩
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https://hal.science/hal-03376524/file/97-Cordaux_2021_GBE.pdf BibTex
titre
A dataset of the flowering plants (Angiospermae) in urban green areas in five European cities
auteur
Joan Casanelles-Abella, David Frey, Stefanie Müller, Cristiana Aleixo, Marta Alós Ortí, Nicolas Deguines, Tiit Hallikma, Lauri Laanisto, Ülo Niinemets, Pedro Pinho, Roeland Samson, Lucía Villarroya-Villalba, Marco Moretti
article
Data in Brief, 2021, ⟨10.1016/j.dib.2021.107243⟩
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https://hal.science/hal-03273704/file/Casanelles-Abella%20et%20al.%20-%202021%20-%20A%20Dataset%20of%20the%20Flowering%20Plants%20%28Angiospermae%29%20in%20Urban%20Green%20Areas%20in%20five%20European%20Cities.pdf BibTex
titre
Feminising Wolbachia disrupt Armadillidium vulgare insulin‐like signalling pathway
auteur
Benjamin Herran, Camille Houdelet, Maryline Raimond, Carine Delaunay, Nicolas Cerveau, Catherine Debenest, Pierre Grève, Joanne Bertaux
article
Cellular Microbiology, 2021, ⟨10.1111/cmi.13381⟩
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BibTex
titre
More from less: Genome skimming for nuclear markers for animal phylogenomics, a case study using decapod crustaceans
auteur
Mun Hua Tan, Han Ming Gan, Heather Bracken-Grissom, Tin-Yam Chan, Frédéric Grandjean, Christopher Austin
article
Journal of Crustacean Biology, 2021, 41 (2), ⟨10.1093/jcbiol/ruab009⟩
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BibTex
titre
Research agenda on biodiversity and ecosystem functions and services in European cities
auteur
Pedro Pinho, Joan Casanelles-Abella, Ana Catarina Luz, Anna Maria Kubicka, Cristina Branquinho, Lauri Laanisto, Lena Neuenkamp, Marta Alós Ortí, Martin K Obrist, Nicolas Deguines, Piotr Tryjanowski, Roeland Samson, Ülo Niinemets, Marco Moretti
article
Basic and Applied Ecology, 2021, 53, pp.124-133. ⟨10.1016/j.baae.2021.02.014⟩
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https://univ-poitiers.hal.science/hal-03322704/file/Pinho%20et%20al.%202021%20BAAP_uncorrproofs%20%281%29.pdf BibTex
titre
Effect of Neonicotinoid Exposure on the Life History Traits and Susceptibility to Plasmodium Infection on the Major Avian Malaria Vector Culex pipiens (Diptera: Culicidae)
auteur
Romain Pigeault, Danaé Bataillard, Olivier Glaizot, Philippe Christe
article
Parasitologia, 2021, 1 (1), pp.20-33. ⟨10.3390/parasitologia1010003⟩
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titre
A precise and rapid isotopomic analysis of small quantities of cholesterol at natural abundance by optimized 1H-13C 2D NMR
auteur
Lenny Haddad, Sophie Renou, Gérald Remaud, Toufic Rizk, Joseph Bejjani, Serge Akoka
article
Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, 413 (6), pp.1521-1532. ⟨10.1007/s00216-020-03135-0⟩
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titre
Insights into the local interaction mechanisms between fermenting broken maize and various binder materials for anaerobic digester structures
auteur
Marie Giroudon, Cédric Perez, Matthieu Peyre Lavigne, Benjamin Erable, Christine Lors, Cédric Patapy, Alexandra Bertron
article
Journal of Environmental Management, 2021, 300, ⟨10.1016/j.jenvman.2021.113735⟩
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https://hal.insa-toulouse.fr/hal-03342050/file/Giroudon%20Perez%20et%20al%20manuscript.pdf BibTex
titre
Development and validation of QuEChERS-based extraction for quantification of nine micropollutants in wastewater treatment plant
auteur
L. Cavaillé, C. Kim, M. Bounouba, H. Zind, C. Claparols, D. Riboul, E. Pinelli, Claire Albasi, Y. Bessiere
article
Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, 413, pp.0. ⟨10.1007/s00216-021-03489-z⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03303678/file/Cavaille_28119.pdf BibTex
titre
Laboratory assessment of the contribution of aggressive to concrete chemical compounds to the degradation of Portland cement-based materials during anaerobic digestion
auteur
Marie Giroudon, Matthieu Peyre Lavigne, Cédric Patapy, Alexandra Bertron
article
Materials and structures, 2021, 54 (6), ⟨10.1617/s11527-021-01810-x⟩
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https://hal.insa-toulouse.fr/hal-03429099/file/Giroudon%20et%20al._final_MAAS.pdf BibTex
titre
First record of a marbled crayfish Procambarus virginalis (Lyko, 2017) population in France
auteur
Frédéric Grandjean, Marc Collas, Magali Uriarte, Marion Rousset
article
BioInvasions Records, 2021, 10 (2), pp.341-347. ⟨10.3391/bir.2021.10.2.12⟩
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https://hal.science/hal-03214930/file/First%20record%20of%20a%20marbled%20crayfish%20Procambarus%20virginalis.pdf BibTex
titre
Experimental evidence of Wolbachia introgressive acquisition between terrestrial isopod subspecies
auteur
Nicolas Bech, Sophie Beltran-Bech, Cassandre Chupeau, Jean Peccoud, Magali Thierry, Roland Raimond, Yves Caubet, Mathieu Sicard, Pierre Grève
article
Current zoology, 2021, 67 (4), pp.455 - 464. ⟨10.1093/cz/zoaa078⟩
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https://hal.science/hal-03322986/file/Bech%20et%20al%202021%20Current%20Zoology.pdf BibTex
titre
Effects of Dysbiosis and Dietary Manipulation on the Digestive Microbiota of a Detritivorous Arthropod
auteur
Marius Bredon, Elisabeth Depuydt, Lucas Brisson, Laurent Moulin, Ciriac Charles, Sophie Haenn, Bouziane Moumen, Didier Bouchon
article
Microorganisms, 2021, 9 (1), pp.148. ⟨10.3390/microorganisms9010148⟩
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https://hal.science/hal-03113119/file/Effects%20of%20Dysbiosis%20and%20Dietary%20Manipulation%20on%20the%20Digestive.pdf BibTex
titre
Mapping a super-invader in a biodiversity hotspot, an eDNA-based success story
auteur
Thomas Baudry, Quentin Mauvisseau, Jean-Pierre Goût, Alexandre Arqué, Carine Delaunay, Juliette Smith-Ravin, Michael Sweet, Frédéric Grandjean
article
Ecological Indicators, 2021, 126, pp.107637. ⟨10.1016/j.ecolind.2021.107637⟩
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https://hal.science/hal-04063291/file/Mapping%20a%20super-invader%20in%20a%20biodiversity%20hotspot%2C%20an%20eDNA-based%20success%20story.pdf BibTex

2020

Article dans une revue

titre
Isopod holobionts as promising models for lignocellulose degradation
auteur
Marius Bredon, Benjamin Herran, Joanne Bertaux, Pierre Grève, Bouziane Moumen, Didier Bouchon
article
Biotechnology for Biofuels, 2020, 13 (1), ⟨10.1186/s13068-020-01683-2⟩
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titre
Stress response in terrestrial isopods: A comparative study on glycaemia
auteur
Jonathan A.C. Roques, Camille Houdelet, Freddie-Jeanne Richard
article
Applied Soil Ecology, 2020, 156, pp.103708. ⟨10.1016/j.apsoil.2020.103708⟩
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https://hal.science/hal-03121947/file/S0929139320306375.pdf BibTex
titre
Using X-ray microtomography to characterize the burrowing behaviour of earthworms in heterogeneously polluted soils
auteur
Maria Balseiro-Romero, Arnaud Mazurier, Dmytro Monoshyn, Philippe C. Baveye, Julia Clause
article
Pedobiologia, 2020, 83, pp.150671. ⟨10.1016/j.pedobi.2020.150671⟩
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BibTex
titre
Characterization of a new case of XMLV (Bxv1) contamination in the human cell line Hep2 (clone 2B)
auteur
Vincent Loiseau, Richard Cordaux, Isabelle Giraud, Agnès Beby-Defaux, Nicolas Lévêque, Clement Gilbert
article
Scientific Reports, 2020, 10, ⟨10.1038/s41598-020-73169-y⟩
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https://hal.science/hal-03020101/file/Loiseau_2020_XMLV.pdf BibTex
titre
Enhanced Attraction of Arthropod Vectors to Infected Vertebrates: A Review of Empirical Evidence
auteur
Camille-Sophie Cozzarolo, Olivier Glaizot, Philippe Christe, Romain Pigeault
article
Frontiers in Ecology and Evolution, 2020, 8, ⟨10.3389/fevo.2020.568140⟩
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BibTex
titre
Chemical and physical properties of alginate-like exopolymers of aerobic granules and flocs produced from different wastewaters
auteur
Cássio Moraes Schambeck, Rejane Helena Ribeiro da Costa, Cássio Moraes Schambeck, Elisabeth Girbal-Neuhauser, Lukas Böni, Peter Fischer, Yolaine Bessiere, Etienne Paul, Rejane Helena Ribeiro da Costa, Nicolas Derlon
article
Bioresource Technology, 2020, 312, pp.123632. ⟨10.1016/j.biortech.2020.123632⟩
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BibTex
titre
Metabisotopomics of triacylglycerols from animal origin: A simultaneous metabolomic and isotopic profiling using 13C INEPT
auteur
Ghina Hajjar, Toufic Rizk, Joseph Bejjani, Serge Akoka
article
Food Chemistry, 2020, 315, pp.126325. ⟨10.1016/j.foodchem.2020.126325⟩
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BibTex
titre
Combining thermophilic aerobic reactor (TAR) with mesophilic anaerobic digestion (MAD) improves the degradation of pharmaceutical compounds
auteur
I. Gonzalez-Salgado, L. Cavaillé, S. Dubos, E. Mengelle, C. Kim, M. Bounouba, Sébastien Pommier, E. Paul, Y. Bessiere
article
Water Research, 2020, 182, ⟨10.1016/j.watres.2020.116033⟩
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https://hal.insa-toulouse.fr/hal-02899576/file/S0043135420305704.pdf BibTex
titre
Dataset for sequencing and de novo assembly of the European endangered white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes) abdominal muscle transcriptome.
auteur
Frederic Grandjean, Han Ming Gan, Bouziane Moumen, Isabelle Giraud, Skander Hatira, Richard Cordaux, Christopher Austin
article
Data in Brief, 2020, 29, pp.105166. ⟨10.1016/j.dib.2020.105166⟩
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https://hal.science/hal-03021751/file/90-Grandjean_2020_DiB%20%281%29.pdf BibTex
titre
Physiological and histopathological responses of Porcellio laevis (Isopoda, Crustacea) as indicators of metal trace element contamination
auteur
Chedliya Ghemari, Raja Jelassi, Hajer Khemaissia, Christophe Waterlot, Maryline Raimond, Catherine Souty‐grosset, Francis Douay, Karima Nasri‐ammar
article
Microscopy Research and Technique, 2020, 83 (4), pp.402-409. ⟨10.1002/jemt.23428⟩
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BibTex
titre
A Giant Genome for a Giant Crayfish (Cherax quadricarinatus) With Insights Into cox1 Pseudogenes in Decapod Genomes
auteur
Mun Hua Tan, Han Ming Gan, Yin Peng Lee, Frederic Grandjean, Laurence Croft, Christopher Austin
article
Frontiers in Genetics, 2020, 11, pp.201. ⟨10.3389/fgene.2020.00201⟩
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https://hal.science/hal-03111034/file/A%20Giant%20Genome%20for%20a%20Giant%20Crayfish.pdf BibTex
titre
Unearthing the Plant Growth-Promoting Traits of Bacillus megaterium RmBm31, an Endophytic Bacterium Isolated From Root Nodules of Retama monosperma
auteur
Malika Affaf Dahmani, Antoine Desrut, Bouziane Moumen, Julien Verdon, Lamia Mermouri, Mourad Kacem, Pierre Coutos-Thévenot, Meriem Kaid-Harche, Thierry Bergès, Cécile Vriet
article
Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00124⟩
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BibTex
titre
Promiscuity and sex ratio in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare and consequences on genetic diversity
auteur
Sylvine Durand, Christine Braquart-Varnier, Sophie Beltran-Bech
article
Behavioural Processes, 2020, 171, pp.104030. ⟨10.1016/j.beproc.2019.104030⟩
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https://hal.science/hal-03111010/file/S0376635719304498.pdf BibTex
titre
Improved lipid mixtures profiling by 1H NMR using reference lineshape adjustment and deconvolution techniques
auteur
Ghina Hajjar, Noelle Merchak, Charbel Daniel, Toufic Rizk, Serge Akoka, Joseph Bejjani
article
Talanta, 2020, 208, pp.120475. ⟨10.1016/j.talanta.2019.120475⟩
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titre
Habitat patches for newts in the face of climate change: local scale assessment combining niche modelling and graph theory
auteur
Clémentine Préau, Frédéric Grandjean, Yann Sellier, Miguel Gailledrat, Romain R. Bertrand, Francis Isselin-Nondedeu
article
Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.3570. ⟨10.1038/s41598-020-60479-4⟩
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https://hal.science/hal-03111087/file/Habitat%20patches%20for%20newts%20in%20the%20face%20of%20climate%20change.pdf BibTex
titre
Niche modelling to guide conservation actions in France for the endangered crayfish Austropotamobius pallipes in relation to the invasive Pacifastacus leniusculus
auteur
Clémentine Préau, Iris Nadeau, Yann Sellier, Francis Isselin‐nondedeu, Romain R. Bertrand, Marc Collas, Cesar Capinha, Frederic Grandjean
article
Freshwater Biology, 2020, 65 (2), pp.304-315. ⟨10.1111/fwb.13422⟩
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BibTex
titre
Modelling hydrolysis: Simultaneous versus sequential biodegradation of the hydrolysable fractions
auteur
Julie Jimenez, Cyrille Charnier, Mokhles Kouas, Eric Latrille, Michel Torrijos, Jérôme Harmand, Dominique Patureau, Mathieu Sperandio, Eberhard Morgenroth, Fabrice Béline, George Ekama, Peter Vanrolleghem, Ángel Robles, Aurora Seco, Damien Batstone, Jean-Philippe Steyer
article
Waste Management, 2020, 101, pp.150-160. ⟨10.1016/j.wasman.2019.10.004⟩
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https://hal.insa-toulouse.fr/hal-02904361/file/S0956053X19306312.pdf BibTex
titre
Isotopic evidence for alteration of nitrous oxide emissions and producing pathways' contribution under nitrifying conditions
auteur
Guillaume Humbert, Mathieu Sebilo, Justine Fiat, Longqi Lang, Ahlem Filali, Véronique Vaury, Mathieu Sperandio, Anniet M. Laverman
article
Biogeosciences, 2020, 17 (4), pp.979-993. ⟨10.5194/bg-17-979-2020⟩
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https://hal.insa-toulouse.fr/hal-02904375/file/bg-17-979-2020.pdf BibTex
titre
Multi-scale spatial genetic structure of the vector-borne pathogen 'Candidatus phytoplasma prunorum' in orchards and in wild habitats
auteur
Véronique Marie-Jeanne, François Bonnot, Gaël Thébaud, Jean Peccoud, Gérard Labonne, Nicolas Sauvion
article
Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.5002. ⟨10.1038/s41598-020-61908-0⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02548441/file/2020_marie-jeanne_scientific_reports.pdf BibTex
titre
Horizontal transfer and evolution of transposable elements in vertebrates
auteur
Hua-Hao Zhang, Jean Peccoud, Min-Rui-Xuan Xu, Xiao-Gu Zhang, Clement Gilbert
article
Nature Communications, 2020, 11, pp.1362. ⟨10.1038/s41467-020-15149-4⟩
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https://hal.science/hal-03020048/file/Zhang_2020_HTTvertebrates.pdf BibTex
titre
The shutting down of the insulin pathway: a developmental window for Wolbachia load and feminization
auteur
Benjamin Herran, Sandrine Geniez, Carine Delaunay, Maryline Raimond, Jérôme Lesobre, Joanne Bertaux, Barton Slatko, Pierre Grève
article
Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.10551. ⟨10.1038/s41598-020-67428-1⟩
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https://hal.science/hal-03111058/file/s41598-020-67428-1.pdf BibTex
titre
Growth of Arabidopsis thaliana in rhizobox culture system evaluated through the lens of root microbiome
auteur
Anne Mercier, Laure Mignerot, Nils Hennion, Kevin Gravouil, Benoît Porcheron, Mickaël Durand, Laurence Maurousset, Yann Héchard, Joanne Bertaux, Thierry Ferreira, Béatrice Lauga, Rémi Lemoine, Nathalie Pourtau
article
Plant and Soil, 2020, 455, pp.467-487. ⟨10.1007/s11104-020-04650-w⟩
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BibTex
titre
Painted black: Iguana melanoderma (Reptilia, Squamata, Iguanidae) a new melanistic endemic species from Saba and Montserrat islands (Lesser Antilles)
auteur
Michel Breuil, David Schikorski, Barbara Vuillaume, Ulrike Krauss, Matthew Morton, Elizabeth Corry, Nicolas Bech, Mišel Jelić, Frédéric Grandjean
article
Zookeys, 2020, 926, pp.95-131. ⟨10.3897/zookeys.926.48679⟩
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https://hal.science/hal-03111055/file/Painted%20black%20_%20Iguana%20melanoderma.pdf BibTex
titre
Wide spectrum and high frequency of genomic structural variation, including transposable elements, in large double-stranded DNA viruses
auteur
Vincent Loiseau, Elisabeth A. Herniou, Yannis Moreau, Nicolas Lévêque, Carine Meignin, Laurent Daeffler, Brian Federici, Richard Cordaux, Clément Gilbert
article
Virus Evolution, 2020, 6 (1), pp.vez060. ⟨10.1093/ve/vez060⟩
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https://hal.science/hal-02456571/file/vez060.pdf BibTex

2019

Article dans une revue

titre
Expanding Tara Oceans Protocols for Underway, Ecosystemic Sampling of the Ocean-Atmosphere Interface During Tara Pacific Expedition (2016–2018)
auteur
Gabriel Gorsky, Guillaume Bourdin, Fabien Lombard, Maria Luiza Pedrotti, Samuel Audrain, Nicolas Bin, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Nicolas Cassar, Loic Caudan, Geneviève Chabot, Natalie Cohen, Daniel Cron, Colomban de Vargas, John Dolan, Eric Douville, Amanda Elineau, J. Michel Flores, Jean-François Ghiglione, Nils Haëntjens, Martin Hertau, Seth G. John, Rachel L. Kelly, Ilan Koren, Yajuan Lin, Dominique Marie, Clémentine Moulin, Yohann Moucherie, Stéphane Pesant, Marc Picheral, Julie Poulain, Mireille Pujo-Pay, Gilles Reverdin, Sarah Romac, Matthew B. Sullivan, Miri Trainic, Marc Tressol, Romain Troublé, Assaf Vardi, Christian R. Voolstra, Patrick Wincker, Sylvain Agostini, Bernard Banaigs, Emilie Boissin, Didier Forcioli, Paola Furla, Pierre Galand, Eric Gilson, Stéphanie Reynaud, Shinichi Sunagawa, Olivier P. Thomas, Rebecca Lisette Vega Thurber, Didier Zoccola, Serge Planes, Denis Allemand, Eric Karsenti
article
Frontiers in Marine Science, 2019, 6, pp.650. ⟨10.3389/fmars.2019.00750⟩
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https://hal.science/hal-02407578/file/Gorsky_etal_FiMS_2019.pdf BibTex
titre
Lignocellulose degradation in isopods: new insights into the adaptation to terrestrial life
auteur
Marius Bredon, Benjamin Herran, Baptiste Lheraud, Joanne Bertaux, Pierre Greve, Bouziane B. Moumen, Didier Bouchon
article
BMC Genomics, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12864-019-5825-8⟩
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BibTex
titre
Joint effects of group sex-ratio and Wolbachia infection on female reproductive success in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare
auteur
Margot Fortin, Joël Meunier, Tiffany Laverré, Catherine Souty-Grosset, Freddie-Jeanne Richard
article
BMC Evolutionary Biology, 2019, 19 (1), ⟨10.1186/s12862-019-1391-6⟩
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https://univ-tours.hal.science/hal-02117915/file/Fortin_et_al-2019-BMC_Evolutionary_Biology.pdf BibTex
titre
Survival capacity of the common woodlouse Armadillidium vulgare is improved with a second infection of Salmonella enterica
auteur
Cybèle Prigot-Maurice, Alexandra Cerqueira de Araujo, Sylvine Durand, Tiffany Laverré, Romain Pigeault, Julien Verdon, Philippe Bulet, Sophie Beltran-Bech, Christine Braquart-Varnier
article
Journal of Invertebrate Pathology, 2019, 168, pp.107278. ⟨10.1016/j.jip.2019.107278⟩
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https://hal.science/hal-02994662/file/Article-JIP-Prigot-etal-2019.pdf BibTex
titre
Fine-scale population structure analysis in Armadillidium vulgare (Isopoda: Oniscidea) reveals strong female philopatry
auteur
Sylvine Durand, Frederic Grandjean, Isabelle Giraud, Richard Cordaux, Sophie Beltran-Bech, Nicolas Bech
article
Acta Oecologica, 2019, 101, pp.103478. ⟨10.1016/j.actao.2019.103478⟩
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https://arxiv.org/pdf/1807.03059 BibTex
titre
Mass drives mating success in Armadillidium vulgare (Crustacea, Oniscidea)
auteur
François Lefebvre, Freddie-Jeanne Richard, Jérôme Moreau, Thierry Rigaud, Yves Caubet
article
Behavioural Processes, 2019, 168, pp.103944. ⟨10.1016/j.beproc.2019.103944⟩
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https://hal.science/hal-02295405/file/2019_Lefevre_BeProc.pdf BibTex
titre
The 2019 FASEB Science Research Conference on The Mobile DNA Conference: 25 Years of Discussion and Research, June 23–28, Palm Springs, California, USA
auteur
David W Ray, Nicole Paulat, Wenfeng An, Stéphane Boissinot, Richard Cordaux, Tiffany Kaul, Ben Freeman, Victoria Belancio
article
FASEB Journal, 2019, 33 (11), pp.11625-11628. ⟨10.1096/fj.201902390⟩
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BibTex
titre
The induced damage in the hepatopancreas of Orchestia species after exposure to a mixture of Cu/Zn—An ultrastructural study
auteur
Raja Jelassi, Hajer Khemaissia, Chedliya Ghemari, Maryline Raimond, Catherine Souty‐grosset, Karima Nasri‐ammar
article
Microscopy Research and Technique, 2019, 83 (2), pp.148-155. ⟨10.1002/jemt.23397⟩
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BibTex
titre
Differing trophic niches of three French stygobionts and their implications for conservation of endemic stygofauna
auteur
Fabio Ercoli, François Lefebvre, Marjorie Delangle, Nil Godé, Michel Caillon, Roland Raimond, Catherine Souty‐grosset
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2019, 29 (12), pp.2193-2203. ⟨10.1002/aqc.3227⟩
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BibTex
titre
Sex chromosomes control vertical transmission of feminizing Wolbachia symbionts in an isopod
auteur
Thomas Becking, Mohamed Amine Chebbi, Isabelle Giraud, Bouziane Moumen, Tiffany Laverré, Yves Caubet, Jean Peccoud, Clément Gilbert, Richard Cordaux
article
PLoS Biology, 2019, 17 (10), pp.e3000438. ⟨10.1371/journal.pbio.3000438⟩
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https://hal.science/hal-03020063/file/Becking_2019_Anasatum.pdf BibTex
titre
Evaluation of trace element contamination using Armadillo officinalis Duméril, 1816 (Crustacea, Isopoda) as a tool: An ultrastructural study
auteur
Hajer Khemaissia, Raja Jelassi, Chedliya Ghemari, Maryline Raimond, Catherine Souty‐grosset, Karima Nasri‐ammar
article
Microscopy Research and Technique, 2019, ⟨10.1002/jemt.23371⟩
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BibTex
titre
Effects of trace metal elements on ultrastructural features of hepatopancreas of Armadillidium granulatum Brandt, 1833 (Crustacea, Isopoda)
auteur
Hajer Khemaissia, Raja Jelassi, Chedliya Ghemari, Maryline Raimond, Catherine Souty‐grosset, Karima Nasri‐ammar
article
Microscopy Research and Technique, 2019, 82 (10), pp.1819-1831. ⟨10.1002/jemt.23349⟩
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BibTex
titre
A new bunya-like virus associated with mass mortality of white-clawed crayfish in the wild
auteur
Frédéric Grandjean, C. Gilbert, F. Razafimafondy, M. Vucić, C. Delaunay, P. Gindre, J. Bouchard, M. Raimond, B. Moumen
article
Virology, 2019, 533, pp.115-124. ⟨10.1016/j.virol.2019.05.014⟩
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https://hal.science/hal-02149506/file/Grandjeanetalvirology2019.pdf BibTex
titre
Mathematical modeling and analysis of dynamic effects of multiple time-varying delays on electrophysiological wave propagation in the heart
auteur
Aziz Belmiloudi, S. Corre
article
Nonlinear Analysis: Real World Applications, 2019, 47, pp.18-44. ⟨10.1016/j.nonrwa.2018.09.025⟩
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BibTex
titre
India in the Oil Palm Era: Describing India’s Dependence on Palm Oil, Recommendations for Sustainable Production, and Opportunities to Become an Influential Consumer
auteur
H. Sagar, Amani Mabano, Ramya Roopa, Mahmuda Sharmin, Freddie-Jeanne Richard, Julia Clause
article
Tropical Conservation Science, 2019, 12, pp.194008291983891. ⟨10.1177/1940082919838918⟩
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https://hal.science/hal-02295448/file/India%20in%20the%20Oil%20Palm%20Era.pdf BibTex
titre
A story of nasal horns: two new subspecies of Iguana Laurenti, 1768 (Squamata, Iguanidae) in Saint Lucia, St Vincent & the Grenadines, and Grenada (southern Lesser Antilles)
auteur
Michel Breuil, Barbara Vuillaume, David Schikorski, Ulrike Krauss, Matthew Morton, Pius Haynes, Jennifer Daltry, Elizabeth Corry, Glenroy Gaymes, Joanne Gaymes, Nicolas Bech, Mišel Jelić, Frédéric Grandjean
article
Zootaxa, 2019, 4608 (2), pp.201. ⟨10.11646/zootaxa.4608.2.1⟩
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BibTex
titre
The Genome of Armadillidium vulgare (Crustacea, Isopoda) Provides Insights into Sex Chromosome Evolution in the Context of Cytoplasmic Sex Determination
auteur
Mohamed Amine Chebbi, Thomas Becking, Bouziane Moumen, Isabelle Giraud, Clément Gilbert, Jean Peccoud, Richard Cordaux
article
Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (4), pp.727-741. ⟨10.1093/molbev/msz010⟩
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titre
IGFBP-rP1, a strongly conserved member of the androgenic hormone signalling pathway in Isopoda
auteur
Benjamin Herran, Nicolas Cerveau, Camille Houdelet, Clémentine Bernier, Catherine Debenest, Carine Delaunay, Maryline Raimond, Joanne Bertaux, Pierre Greve
article
General and Comparative Endocrinology, 2019, 272, pp.9-19. ⟨10.1016/j.ygcen.2018.11.006⟩
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https://hal.science/hal-02295492/file/S0016648018302788.pdf BibTex
titre
Ecotoxicological effects of trace element contamination in talitrid amphipod Orchestia montagui Audouin, 1826
auteur
Raja Jelassi, Hajer Khemaissia, Chedliya Ghemari, Maryline Raimond, Catherine Souty-Grosset, Karima Nasri-Ammar
article
Environmental Science and Pollution Research, 2019, 26 (6), pp.5577-5587. ⟨10.1007/s11356-018-3974-y⟩
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titre
Detection and Control of Invasive Freshwater Crayfish: From Traditional to Innovative Methods
auteur
Chiara Manfrin, Catherine Souty-Grosset, Pedro Anastácio, Julian Reynolds, Piero Giulianini
article
Diversity, 2019, 11 (1), pp.5. ⟨10.3390/d11010005⟩
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titre
Global survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot
auteur
Daphné Reiss, Gladys Mialdea, Vincent Miele, Damien M. de Vienne, Jean Peccoud, Clément Gilbert, Laurent Duret, Sylvain Charlat
article
PLoS Genetics, 2019, 15 (2), pp.e1007965. ⟨10.1371/journal.pgen.1007965⟩
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https://hal.science/hal-02140494/file/64_Reiss_PLoS_Genetics_2019.pdf BibTex
titre
Predicting suitable habitats of four range margin amphibians under climate and land-use changes in southwestern France
auteur
Clémentine Préau, Francis Isselin-Nondedeu, Yann Sellier, Romain Bertrand, Frédéric Grandjean
article
Regional Environmental Change, 2019, 19, pp.27-38. ⟨10.1007/s10113-018-1381-z⟩
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Chapitre d'ouvrage

titre
Immune Priming and Trans-Generational Protection From Parasites
auteur
Yannick Moret, Christine Coustau, Christine Braquart-Varnier, Benjamin Gourbal
article
Encyclopedia of Animal Behavior, Elsevier, pp.764-774, 2019, ⟨10.1016/B978-0-12-809633-8.90726-X⟩
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Pré-publication, Document de travail

titre
The crustacean Armadillidium vulgare, a new promising model for the study of cellular senescence
auteur
Charlotte Depeux, Ascel Samba-Louaka, Thomas Becking, Christine Braquart-Varnier, Jérôme Moreau, Jean-François Lemaître, Tiffany Laverré, Hélène Paulhac, François-Xavier Dechaume-Moncharmont, Jean-Michel Gaillard, Sophie Beltran-Bech
article
2019
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https://hal.science/hal-02390032/file/583914.full.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
How do familiarity and relatedness influence mate choice in Armadillidium vulgare?
auteur
Margot Fortin, Camille Vitet, Catherine Souty-Grosset, Freddie-Jeanne Richard
article
PLoS ONE, 2018, 13 (12), pp.e0209893. ⟨10.1371/journal.pone.0209893⟩
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titre
Effect of agricultural practices on terrestrial isopods: a review
auteur
Catherine Souty-Grosset, Ariel Faberi
article
Zookeys, 2018, 801, pp.63-96. ⟨10.3897/zookeys.801.24680⟩
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titre
Genomics analysis of Aphanomyces spp. identifies a new class of oomycete effector associated with host adaptation
auteur
Elodie Gaulin, Michiel Pel, Laurent Camborde, Hélène San Clemente, Sarah Courbier, Marie-Alexane Dupouy, Julie Lengellé, Marine Veyssière, Aurélie Le Ru, Frédéric Grandjean, Richard Cordaux, Bouziane Moumen, Clément Gilbert, Liliana Cano, Jean-Marc Aury, Julie Guy, Patrick Wincker, Olivier Bouchez, Christophe C. Klopp, Bernard Dumas
article
BMC Biology, 2018, 16 (1), ⟨10.1186/s12915-018-0508-5⟩
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https://hal.science/hal-01891875/file/genomics%20analysis%20of%20Aphanomyces%20spp%20identifiez%20a%20new%20class%20of%20oomycete%20effector%20associated%20with%20host%20adaptation_1.pdf BibTex
titre
Divergent evolution and clade-specific duplications of the Insulin-like Receptor in malacostracan crustaceans
auteur
Benjamin Herran, Joanne Bertaux, Pierre Greve
article
General and Comparative Endocrinology, 2018, 268, pp.34-39. ⟨10.1016/j.ygcen.2018.07.013⟩
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titre
ORDER within the chaos: Insights into phylogenetic relationships within the Anomura (Crustacea: Decapoda) from mitochondrial sequences and gene order rearrangements
auteur
Mun Hua Tan, Han Ming Gan, Yin Peng Lee, Stuart Linton, Frédéric Grandjean, Marlise Ladvocat Bartholomei-Santos, Adam Miller, Christopher Austin
article
Molecular Phylogenetics and Evolution, 2018, 127, pp.320 - 331. ⟨10.1016/j.ympev.2018.05.015⟩
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titre
Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races
auteur
Pierre Nouhaud, Mathieu Gautier, Anaïs Gouin, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Fabrice Legeai, Lucie Mieuzet, Carole Smadja, Claire Lemaitre, Renaud Vitalis, Jean-Christophe Simon
article
Molecular Ecology, 2018, 27 (16), pp.3287 - 3300. ⟨10.1111/mec.14799⟩
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titre
Gaia Data Release 2. Summary of the contents and survey properties
auteur
Gaia Collaboration, A. Brown, A. Vallenari, T. Prusti, J. de Bruijne, C. Babusiaux, C. Bailer-Jones, M. Biermann, D. Evans, L. Eyer, F. Jansen, C. Jordi, S. Klioner, U. Lammers, L. Lindegren, X. Luri, F. Mignard, C. Panem, D. Pourbaix, S. Randich, P. Sartoretti, H. Siddiqui, C. Soubiran, F. van Leeuwen, A. Walton, F. Arenou, U. Bastian, M. Cropper, R. Drimmel, D. Katz, M. Lattanzi, J. Bakker, C. Cacciari, J. Castañeda, L. Chaoul, N. Cheek, F. de Angeli, C. Fabricius, R. Guerra, B. Holl, E. Masana, R. Messineo, N. Mowlavi, K. Nienartowicz, P. Panuzzo, J. Portell, M. Riello, M. Seabroke, P. Tanga, F. Thevenin, G. Gracia-Abril, G. Comoretto, M. Garcia-Reinaldos, D. Teyssier, M. Altmann, R. Andrae, M. Audard, I. Bellas-Velidis, K. Benson, Jérôme Berthier, R. Blomme, P. Burgess, G. Busso, B. Carry, A. Cellino, G. Clementini, M. Clotet, O. Creevey, M. David, J. de Ridder, L. Delchambre, A. Dell’oro, C. Ducourant, J. Hernandez, M. Fouesneau, Y. Frémat, L. Galluccio, M. García-Torres, J. González-Núñez, J. González-Vidal, E. Gosset, P. Guy, J. Halbwachs, C. Hambly, D. Harrison, D. Hestroffer, T. Hodgkin, A. Hutton, Gérard Jasniewicz, A. Jean-Antoine-Piccolo, S. Jordan, J. Korn, A. Krone-Martins, C. Lanza, T. Lebzelter, W. Löffler, M. Manteiga, M. Marrese, J. Martín-Fleitas, A. Moitinho, A. Mor, K. Muinonen, J. Osinde, E. Pancino, T. Pauwels, J. Petit, A. Recio-Blanco, J. Richards, L. Rimoldini, C. Robin, M. Sarro, C. Siopis, M. Smith, A. Sozzetti, M. Süveges, J. Torra, W. van Reeven, U. Abbas, A. Abreu Aramburu, S. Accart, C. Aerts, G. Altavilla, M. Álvarez, R. Alvarez, J. Alves, R. Anderson, H. Andrei, E. Anglada Varela, E. Antiche, T. Antoja, B. Arcay, T. Astraatmadja, N. Bach, S. Baker, L. Balaguer-Nunez, P. Balm, C. Barache, C. Barata, D. Barbato, F. Barblan, S. Barklem, D. Barrado, M. Barros, M. Barstow, S. Bartholomé Muñoz, J. Bassilana, U. Becciani, M. Bellazzini, A. Berihuete, Stefano Bertone, L. Bianchi, O. Bienaymé, S. Blanco-Cuaresma, T. Boch, C. Boeche, A. Bombrun, R. Borrachero, D. Bossini, S. Bouquillon, G. Bourda, A. Bragaglia, L. Bramante, M. Breddels, A. Bressan, N. Brouillet, T. Brüsemeister, E. Brugaletta, B. Bucciarelli, A. Burlacu, D. Busonero, A. Butkevich, R. Buzzi, E. Caffau, R. Cancelliere, G. Cannizzaro, T. Cantat-Gaudin, R. Carballo, T. Carlucci, J. Carrasco, L. Casamiquela, M. Castellani, A. Castro-Ginard, P. Charlot, L. Chemin, A. Chiavassa, G. Cocozza, G. Costigan, S. Cowell, F. Crifo, M. Crosta, C. Crowley, J. Cuypers†, C. Dafonte, Y. Damerdji, A. Dapergolas, P. David, P. de Laverny, F. de Luise, R. de March, D. Martino, R. de Souza, A. de Torres, J. Debosscher, E. del Pozo, M. Delbò, A. Delgado, H. Delgado, P. Di Matteo, S. Diakite, C. Diener, E. Distefano, C. Dolding, P. Drazinos, J. Duran, B. Edvardsson, H. Enke, K. Eriksson, P. Esquej, G. Eynard Bontemps, C. Fabre, M. Fabrizio, S. Faigler, J. Falcão, M. Farràs Casas, L. Federici, G. Fedorets, P. Fernique, F. Figueras, F. Filippi, K. Findeisen, A. Fonti, E. Fraile, M. Fraser, B. Frézouls, M. Gai, S. Galleti, D. Garabato, F. García-Sedano, A. Garofalo, N. Garralda, A. Gavel, P. Gavras, J. Gerssen, R. Geyer, P. Giacobbe, G. Gilmore, S. Girona, G. Giuffrida, F. Glass, M. Gomes, M. Granvik, A. Gueguen, A. Guerrier, J. Guiraud, R. Gutiérrez-Sánchez, R. Haigron, D. Hatzidimitriou, M. Hauser, M. Haywood, U. Heiter, A. Helmi, J. Heu, T. Hilger, D. Hobbs, W. Hofmann, G. Holland, H. Huckle, A. Hypki, V. Icardi, K. Janssen, G. Jevardat de Fombelle, G. Jonker, L. Juhasz, F. Julbe, A. Karampelas, A. Kewley, J. Klar, A. Kochoska, R. Kohley, K. Kolenberg, M. Kontizas, E. Kontizas, S. Koposov, G. Kordopatis, Z. Kostrzewa-Rutkowska, P. Koubsky, S. Lambert, A. Lanza, Y. Lasne, J. Lavigne, Y. Le Fustec, C. Le Poncin-Lafitte, Y. Lebreton, S. Leccia, N. Leclerc, I. Lecoeur-Taibi, H. Lenhardt, F. Leroux, S. Liao, E. Licata, H. Lindstrøm, T. Lister, E. Livanou, A. Lobel, M. López, S. Managau, G. Mann, G. Mantelet, O. Marchal, J. Marchant, M. Marconi, S. Marinoni, G. Marschalkó, D. J. Marshall, M. Martino, G. Marton, N. Mary, D. Massari, G. Matijevič, T. Mazeh, J. Mcmillan, S. Messina, D. Michalik, R. Millar, D. Molina, R. Molinaro, L. Molnar, P. Montegriffo, R. Mor, T. Sagristà Sellés, R. Morbidelli, T. Morel, D. Morris, A. Mulone, T. Muraveva, I. Musella, G. Nelemans, L. Nicastro, L. Noval, W. O’mullane, C. Ordenovic, D. Ordóñez-Blanco, P. Osborne, C. Pagani, I. Pagano, F. Pailler, H. Palacin, L. Palaversa, A. Panahi, M. Pawlak, M. Piersimoni, F. Pineau, E. Plachy, G. Plum, E. Poggio, E. Poujoulet, A. Prša, L. Pulone, E. Racero, S. Ragaini, N. Rambaux, M. Ramos-Lerate, S. Regibo, C. Reyle, F. Riclet, V. Ripepi, A. Riva, A. Rivard, G. Rixon, T. Roegiers, M. Roelens, M. Romero-Gomez, N. Rowell, F. Royer, L. Ruiz-Dern, G. Sadowski, J. Sahlmann, J. Salgado, E. Salguero, N. Sanna, T. Santana-Ros, M. Sarasso, H. Savietto, M. Schultheis, E. Sciacca, M. Segol, C. Segovia, D. Segransan, C. Shih, L. Siltala, A. Silva, R. Smart, W. Smith, E. Solano, F. Solitro, R. Sordo, S. Soria Nieto, J. Souchay, A. Spagna, F. Spoto, U. Stampa, A. Steele, H. Steidelmüller, C. Stephenson, H. Stoev, F. Suess, J. Surdej, L. Szabados, E. Szegedi-Elek, D. Tapiador, F. Taris, G. Tauran, M. Taylor, R. Teixeira, D. Terrett, P. Teyssandier, W. Thuillot, A. Titarenko, F. Torra Clotet, C. Turon, A. Ulla, E. Utrilla, S. Uzzi, M. Vaillant, G. Valentini, V. Valette, A. van Elteren, E. van Hemelryck, M. van Leeuwen, M. Vaschetto, A. Vecchiato, J. Veljanoski, Y. Viala, D. Vicente, S. Vogt, C. von Essen, H. Voss, V. Votruba, S. Voutsinas, G. Walmsley, M. Weiler, O. Wertz, T. Wevers, Ł. Wyrzykowski, A. Yoldas, M. Žerjal, H. Ziaeepour, J. Zorec, S. Zschocke, S. Zucker, C. Zurbach, T. Zwitter
article
Astronomy and Astrophysics - A&A, 2018, 616, pp.id.A1. ⟨10.1051/0004-6361/201833051⟩
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https://hal.science/hal-01867401/file/Collaboration%20et%20al.%20-%202018%20-%20Gaia%20Data%20Release%202.%20Summary%20of%20the%20contents%20and%20s.pdf BibTex
titre
Hundreds of novel composite genes and chimeric genes with bacterial origins contributed to haloarchaeal evolution
auteur
Raphaël Méheust, Andrew K Watson, Francois-Joseph Lapointe, R. Thane Papke, Philippe Lopez, Eric Bapteste
article
Genome Biology, 2018, 19, pp.75. ⟨10.1186/s13059-018-1454-9⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01830047/file/s13059-018-1454-9.pdf BibTex
titre
Fast Evolution and Lineage-Specific Gene Family Expansions of Aphid Salivary Effectors Driven by Interactions with Host-Plants
auteur
Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Nadine Douglas, Jonghee Oh, Marimuthu Murugan, Michael Smith, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Frank White, James Carolan, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
article
Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (6), pp.1554-1572. ⟨10.1093/gbe/evy097⟩
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https://hal.science/hal-01891942/file/hal-01891942.pdf BibTex
titre
Investigating the Molecular Genetic Basis of Cytoplasmic Sex Determination Caused by Wolbachia Endosymbionts in Terrestrial Isopods
auteur
Myriam Badawi, Bouziane Moumen, Isabelle Giraud, Pierre Greve, Richard Cordaux
article
Genes, 2018, 9 (6), ⟨10.3390/genes9060290⟩
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titre
Freshwater acidification: an example of an endangered crayfish species sensitive to pH
auteur
David Beaune, Yann Sellier, Gilles Luquet, Frédéric Grandjean
article
Hydrobiologia, 2018, 813 (1), pp.41-50. ⟨10.1007/s10750-018-3504-4⟩
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titre
Cnidarian Primary Cell Culture as a Tool to Investigate the Effect of Thermal Stress at Cellular Level
auteur
P. Ventura, G. Toullec, C. Fricano, L. Chapron, V. Meunier, E. Röttinger, P. Furla, S. Barnay-Verdier
article
Marine Biotechnology, 2018, 20 (2), pp.144-154. ⟨10.1007/s10126-017-9791-3⟩
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titre
A Survey of Virus Recombination Uncovers Canonical Features of Artificial Chimeras Generated During Deep Sequencing Library Preparation
auteur
Jean Peccoud, Sebastian Lequime, Isabelle Moltini-Conclois, Isabelle Giraud, Louis Lambrechts, Clement Gilbert
article
G3, 2018, 8 (4), pp.1129-1138. ⟨10.1534/g3.117.300468⟩
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https://hal.science/hal-01778157/file/1129.full.pdf BibTex
titre
Inoculation of an ecosystem engineer (Earthworm: Lumbricus terrestris ) during experimental grassland restoration: Consequences for above and belowground soil compartments
auteur
Estelle Forey, Matthieu Chauvat, Sékou F.M. Coulibaly, Estelle Langlois, Sébastien Barot, Julia Clause
article
Applied Soil Ecology, 2018, 125, pp.148 - 155. ⟨10.1016/j.apsoil.2017.12.021⟩
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titre
Rapid evolution of aphid pests in agricultural environments
auteur
Jean-Christophe Simon, Jean Peccoud
article
Current Opinion in Insect Science, 2018, 26, pp.17 - 24. ⟨10.1016/j.cois.2017.12.009⟩
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BibTex
titre
Horizontal acquisition of transposable elements and viral sequences: patterns and consequences
auteur
Clément Gilbert, Cédric Feschotte
article
Current Opinion in Genetics and Development, 2018, 49, pp.15-24. ⟨10.1016/j.gde.2018.02.007⟩
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titre
Spatial and genetic distribution of a north American termite, Reticulitermes flavipes, across the landscape of Paris
auteur
Guillaume Baudouin, Nicolas Bech, Anne-Geneviève Bagnères, Franck Dedeine
article
Urban Ecosystems, 2018, ⟨10.1007/s11252-018-0747-9⟩
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titre
Males prefer virgin females, even if parasitized, in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare
auteur
Margot Fortin, Catherine Debenest, Catherine Souty-Grosset, Freddie-Jeanne Richard
article
Ecology and Evolution, 2018, 8 (6), pp.3341 - 3353. ⟨10.1002/ece3.3858⟩
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titre
Genetic diversity of the invasive crayfish Procambarus clarkii in France
auteur
Mauricio Pereira Almerão, Carine Delaunay, Aurore Coignet, Douglas Fernando Peiró, François Pinet, Catherine Souty-Grosset
article
Limnologica, 2018, 69, pp.135 - 141. ⟨10.1016/j.limno.2018.01.002⟩
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titre
Producing offspring in Armadillidium vulgare : Effects of genetic diversity and inbreeding
auteur
Sylvine Durand, Vincent Loiseau, Cybèle Prigot, Christine Braquart-Varnier, Sophie Beltran-Bech
article
Evolution & Development, 2018, 20 (2), pp.65 - 77. ⟨10.1111/ede.12248⟩
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titre
Analyzing Horizontal Transfer of Transposable Elements on a Large Scale: Challenges and Prospects
auteur
Jean Peccoud, Richard Cordaux, Clément Gilbert
article
BioEssays, 2018, 40 (2), ⟨10.1002/bies.201700177⟩
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titre
Disentangling the Causes for Faster-X Evolution in Aphids
auteur
Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Tiphaine Ouisse, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, Anais Gouin, Pierre Nouhaud, Jennifer Brisson, Ryan Bickel, Swapna Purandare, Julie Poulain, Christophe Battail, Claire Lemaitre, Lucie Mieuzet, Gaël Le Trionnaire, Jean-Christophe Simon, C. Rispe
article
Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (2), pp.507-520. ⟨10.1093/gbe/evy015⟩
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titre
Characterization of the spoilage potential of pure and mixed cultures of bacterial species isolated from tropical yellowfin tuna ( Thunnus albacares )
auteur
Juliette Smith-Ravin, A. Silbande, J. Cornet, M. Cardinal, F. Chevalier, K. Rochefort, S. Adenet, F. Leroi
article
Journal of Applied Microbiology, 2018, 124 (2), pp.559 - 571. ⟨10.1111/jam.13663⟩
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titre
Control of H 2 Dissociative Ionization in the Nonlinear Regime Using Vacuum Ultraviolet Free-Electron Laser Pulses
auteur
F. Holzmeier, R. Y. Bello, M. Hervé, A. Achner, T. M. Baumann, M. Meyer, P. Finetti, M. Di Fraia, D. Gauthier, E. Roussel, O. Plekan, R. Richter, K. C. Prince, C. Callegari, H. Bachau, A. Palacios, F. Martín, D. Dowek
article
Physical Review Letters, 2018, 121 (10), pp.103002. ⟨10.1103/PhysRevLett.121.103002⟩
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https://hal.science/hal-04462498/file/PhysRevLett.121.103002.pdf BibTex
titre
Molecular systematics reveals multiple lineages and cryptic speciation in the freshwater crayfish Parastacus brasiliensis (von Martens, 1869) (Crustacea : Decapoda : Parastacidae)
auteur
Ivana Miranda, Kelly Gomes, Felipe Ribeiro, Paula Araujo, Catherine Souty-Grosset, Christoph Schubart
article
Invertebrate Systematics, 2018, ⟨10.1071/IS18012⟩
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titre
The complete mitochondrial genome of Gammarus roeselii (Crustacea, Amphipoda): insights into mitogenome plasticity and evolution
auteur
Alexandre Cormier, Rémi Wattier, Maria Teixeira, Thierry Rigaud, Richard Cordaux
article
Hydrobiologia, 2018, 825, pp.197-210. ⟨10.1007/s10750-018-3578-z⟩
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https://hal.science/hal-01737017/file/Cormier%20et%20al%202018_Hydrobiologia.pdf BibTex
titre
Heavy Metals Assessment and Their Effects on the Hepatopancreas in Orchestia montagui (Amphipoda, Talitridae)
auteur
Raja Jelassi, Ghemari Chedliya, Hajer Khemaissia, Maryline Raimond, Catherine Souty-Grosset, Karima Nasri-Ammar
article
Lecture Notes in Computer Science, 2018, ⟨10.1007/978-3-319-70548-4_112⟩
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titre
Pan-arthropod analysis reveals somatic piRNAs as an ancestral defence against transposable elements
auteur
Samuel Lewis, Kaycee A. Quarles, Yujing Yang, Mélanie Tanguy, Lise L. Frezal, Stephen A. Smith, Prashant P. Sharma, Richard Cordaux, Clément Gilbert, Isabelle Giraud, David H. Collins, Phillip D. Zamore, Eric A. Miska, Peter Sarkies, Francis M. Jiggins
article
Nature Ecology & Evolution, 2018, 2, pp.174-181. ⟨10.1038/s41559-017-0403-4⟩
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titre
Lignocellulose degradation at the holobiont level: teamwork in a keystone soil invertebrate
auteur
Marius Bredon, Jessica Dittmer, Cyril Noel, Bouziane Moumen, Didier Bouchon
article
Microbiome, 2018, 6 (1), pp.162. ⟨10.1186/s40168-018-0536-y⟩
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https://hal.science/hal-02057071/file/s40168-018-0536-y.pdf BibTex
titre
Feminizing Wolbachia influence microbiota composition in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare
auteur
Jessica Dittmer, Didier Bouchon
article
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.6998. ⟨10.1038/s41598-018-25450-4⟩
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https://hal.science/hal-01891893/file/s41598-018-25450-4.pdf BibTex
titre
Female-biased sex ratios unrelated to Wolbachia infection in European species of the Jaera albifrons complex (marine isopods)
auteur
Ambre Ribardière, Julia Centanni, Arnaud Dano, Jérôme Coudret, Claire Daguin-Thiébaut, Céline Houbin, Elise Kerdoncuff, Ségolène Jambut, Richard Cordaux, Thomas Broquet
article
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2018, 509, pp.91-98. ⟨10.1016/j.jembe.2018.09.002⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02006763/file/Ribardi%C3%A8re%20et%20al.%20-%202018%20-%20Female-biased%20sex%20ratios%20unrelated%20to%20Wolbachia%20in.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Long ncRNAs and epigenetic regulations are attractive candidate elements for the orchestration of symbiotic gene expression in M. truncatula.
auteur
Yann Pecrix, S Evan Staton, Erika Sallet, Christine Lelandais Briere, Sandra Moreau, Sébastien Carrere, Thomas Blein, Marie-Françoise Jardinaud, David Latrasse, Hélène Bergès, Andréas Niebel, Julia Buitink, Moussa Benhamed, Martin Crespi, Jerome Gouzy, Pascal Gamas
article
International plant epigenetics symposium, ERC (European Research Council) and the RFI Objectif Végétal regional programme, Oct 2018, Angers, France
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titre
Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network
auteur
Adrienne Ressayre, Natalia Conde E Silva, Catherine Damerval, Fabien Chardon, Yves Deveaux, Arnaud Desbiez-Piat, C. Dillmann, Elodie E. Marchadier, Dominique de Vienne, Robert Bossy, Estelle Chaix, Claire Nédellec
article
International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France
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2017

Article dans une revue

titre
High genetic variation of invasive signal crayfish in Europe reflects multiple introductions and secondary translocations
auteur
Adam Petrusek, Lenka Filipová, Eva Kozubíková-Balcarová, Frederic Grandjean
article
Freshwater Science, 2017, 36 (4), pp.838 - 850. ⟨10.1086/694866⟩
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titre
An American termite in Paris: temporal colony dynamics
auteur
Guillaume Baudouin, Franck Dedeine, Nicolas Bech, Stéphanie Bankhead-Dronnet, Simon Dupont, Anne-Geneviève Bagnères
article
Genetica, 2017, 145 (6), pp.491 - 502. ⟨10.1007/s10709-017-9991-9⟩
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titre
When GIS zooms in: spatio-genetic maps of multipaternity in Armadillidium vulgare
auteur
Nicolas Bech, Charlotte Depeux, Sylvine Durand, Catherine Debenest, Alexandra Lafitte, Sophie Beltran-Bech
article
Genetica, 2017, 145 (6), pp.503 - 512. ⟨10.1007/s10709-017-9992-8⟩
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titre
The use of Chara spp. (Charales: Characeae) as a bioindicator of physico-chemical habitat suitability for an endangered crayfish Austropotamobius pallipes in lentic waters
auteur
David Beaune, Yann Sellier, Elisabeth Lambert, Frederic Grandjean
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2017, ⟨10.1002/aqc.2847⟩
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titre
Amphipoda and Isopoda diversity around Tunisian wetlands (North Africa) in relation to environmental conditions
auteur
Hajer Khemaissia, Raja Jelassi, Catherine Souty-Grosset, Karima Nasri-Ammar
article
African Journal of Ecology, 2017, ⟨10.1111/aje.12466⟩
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titre
Legionella pneumophila decreases velocity of Acanthamoeba castellanii
auteur
Luce Mengue, Freddie-Jeanne Richard, Yves Caubet, Steven Rolland, Yann Héchard, Ascel Samba-Louaka
article
Experimental Parasitology, 2017, ⟨10.1016/j.exppara.2017.07.013⟩
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titre
Phenotypic shift in Wolbachia virulence towards its native host across serial horizontal passages.
auteur
Winka Le Clec'H, Jessica Dittmer, Maryline Raimond, Didier Bouchon, Mathieu Sicard
article
Biology Letters, 2017, 284 (1859), ⟨10.1098/rspb.2017.1076⟩
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titre
Untangling Heteroplasmy, Structure, and Evolution of an Atypical Mitochondrial Genome by PacBio Sequencing.
auteur
Jean Peccoud, Mohamed Amine Chebbi, Alexandre Cormier, Bouziane Moumen, Clément Gilbert, Isabelle Marcadé, Christopher Chandler, Richard Cordaux
article
Genetics, 2017, 207 (1), pp.269-280. ⟨10.1534/genetics.117.203380⟩
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titre
Paternity success depends on male genetic characteristics in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare
auteur
Sylvine Durand, Aurélie Cohas, Christine Braquart-Varnier, Sophie Beltran-Bech
article
Behavioral Ecology and Sociobiology, 2017, 71 (6), ⟨10.1007/s00265-017-2317-1⟩
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titre
Diversity and evolution of sex determination systems in terrestrial isopods.
auteur
Thomas Becking, Isabelle Giraud, Maryline Raimond, Bouziane Moumen, Christopher Chandler, Richard Cordaux, Clément Gilbert
article
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.1084. ⟨10.1038/s41598-017-01195-4⟩
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titre
Massive horizontal transfer of transposable elements in insects.
auteur
Jean Peccoud, Vincent Loiseau, Richard Cordaux, Clément Gilbert
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017, ⟨10.1073/pnas.1621178114⟩
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titre
Point of Care Cardiac Troponin Assay Analytical Performances for their Use in Clinical Routine.
auteur
Anne Dupuy, Solenne Baillet, Richard Dumont, Isabelle Giraud, Stéphanie Badiou, Anne-Sophie Bargnoux, Nils Kuster, François Roubille, Jean-Paul Cristol
article
Clinical Laboratory, 2017, pp.851-854. ⟨10.7754/Clin.Lab.2016.161008⟩
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titre
Fate of Eight Different Polymers under Uncontrolled Composting Conditions: Relationships Between Deterioration, Biofilm Formation, and the Material Surface Properties.
auteur
Anne Mercier, Kevin Gravouil, Willy Aucher, Sandra Brosset-Vincent, Linette Kadri, Jenny Colas, Didier Bouchon, Thierry Ferreira
article
Environmental Science and Technology, 2017, 51 (4), pp.1988-1997. ⟨10.1021/acs.est.6b03530⟩
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titre
Status of Pacifastacus leniusculus and its role in recent crayfish plague outbreaks in France: improving distribution and crayfish plague infection patterns
auteur
Frédéric Grandjean, Jonathan Roques, Carine Delaunay, Adam Petrusek, Thomas Becking, Marc Collas
article
Aquatic Invasions, 2017, 12 (4), pp.541-549. ⟨10.3391/ai.2017.12.4.10⟩
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https://hal.science/hal-04064695/file/Status%20of%20Pacifastacus%20leniusculus.pdf BibTex
titre
Mycobacterium llatzerense, a waterborne Mycobacterium, that resists phagocytosis by Acanthamoeba castellanii
auteur
Vincent Delafont, Ascel Samba-Louaka, Emmanuelle Cambau, Didier Bouchon, Laurent Moulin, Yann Héchard
article
Scientific Reports, 2017, 7, ⟨10.1038/srep46270⟩
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Thèse

titre
Étude de la diversité neutre et adaptative chez l'anémone de mer symbiotique Anemonia viridis : apport de techniques de type Next-Generation Sequencing dans les questions de délimitation d’espèces et d’adaptation locale
auteur
Cédric Mallien
article
Ecologie, Environnement. COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), 2017. Français. ⟨NNT : 2017AZUR4111⟩
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2016

Article dans une revue

titre
Iron Availability Modulates the Persistence of Legionella pneumophila in Complex Biofilms.
auteur
Emilie Portier, Joanne Bertaux, Jérôme Labanowski, Yann Hechard
article
Microbes and environments / JSME, 2016, 31 (4), pp.387-394. ⟨10.1264/jsme2.ME16010⟩
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titre
Differential antioxidant response between two Symbiodinium species from contrasting environments
auteur
S. Roberty, P. Furla, J. -C. Plumier
article
Plant, Cell and Environment, 2016, 39 (12), pp.2713-2724. ⟨10.1111/pce.12825⟩
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titre
Multiple paternity in a wild population of Armadillidium vulgare : influence of infection with Wolbachia ?
auteur
V. Valette, S. Durand, N. Bech, F. Grandjean, S. Beltran-Bech
article
Journal of Evolutionary Biology, 2016, 30 (2), pp.235 - 243. ⟨10.1111/jeb.13009⟩
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titre
Resilience to ocean acidification: decreased carbonic anhydrase activity in sea anemones under high pCO(2) conditions
auteur
Patricia Ventura, Michael D. Jarrold, Pierre-Laurent Merle, Stephanie Barnay-Verdier, Thamilla Zamoum, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Piero Calosi, Paola Furla
article
Marine Ecology Progress Series, 2016, 559, pp.257-263. ⟨10.3354/meps11916⟩
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titre
Strong genetic structuring of the cockle Cerastoderma glaucum across Europe: new insights from an intronic marker and multivariate analysis
auteur
Ludmila Sromek, Didier Forcioli, Rafal Lasota, Paola Furla, Katarzyna Tarnowska-Marini, Maciej Wolowicz, Anne Chenuil
article
Journal of Molluscan Studies, 2016, 82 (4), pp.515--524. ⟨10.1093/mollus/eyw019⟩
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titre
The Terrestrial Isopod Microbiome: An All-in-One Toolbox for Animal–Microbe Interactions of Ecological Relevance
auteur
Didier Bouchon, Martin Zimmer, Jessica Dittmer
article
Frontiers in Microbiology, 2016, 7 (1472), 20 p. ⟨10.3389/fmicb.2016.01472⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03872167/file/2016_Bouchon_The%20terrestrial%20isopod%20Microbiome.pdf BibTex
titre
Armadillidin H, a Glycine-Rich Peptide from the Terrestrial Crustacean Armadillidium vulgare, Displays an Unexpected Wide Antimicrobial Spectrum with Membranolytic Activity.
auteur
Julien Verdon, Pierre Coutos-Thévenot, Marie-Helene Rodier, Celine Landon, Segolene Depayras, Cyril Noel, Sylvain La Camera, Bouziane Moumen, Pierre Greve, Didier Bouchon, Jean-Marc Berjeaud, Christine Braquart-Varnier
article
Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1484. ⟨10.3389/fmicb.2016.01484⟩
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titre
Environmental factors shaping cultured free-living amoebae and their associated bacterial community within drinking water network
auteur
Laurent Moulin, Vincent Delafont, Didier Bouchon, Yann Héchard
article
Water Research, 2016, 100, pp.382 - 392. ⟨10.1016/j.watres.2016.05.044⟩
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titre
The red swamp crayfish Procambarus clarkii in Europe: Impacts on aquatic ecosystems and human well-being
auteur
Catherine Souty-Grosset, Pedro Manuel Anastácio, Laura Aquiloni, Filipe Banha, Justine Choquer, Christoph Chucholl, Elena Tricarico
article
Limnologica - Ecology and Management of Inland Waters, 2016, 58, pp.78-93. ⟨10.1016/j.limno.2016.03.003⟩
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titre
Host origin and tissue microhabitat shaping the microbiota of the terrestrial isopod Armadillidium vulgare.
auteur
Jessica Dittmer, Jérôme Lesobre, Bouziane Moumen, Didier Bouchon
article
FEMS Microbiology Ecology, 2016, 92 (5), pp.1-15. ⟨10.1093/femsec/fiw063⟩
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titre
Isolation, characterization and PCR multiplexing of microsatellite loci for two sub-species of terrestrial isopod Porcellio dilatatus (Crustacea, Oniscidea).
auteur
Caroline Michaud, Cassandre Chupeau, Nicolas Bech, Magali Thierry, Mathieu Sicard, Pierre Greve, Sophie Beltran-Bech
article
Genetica, 2016, 144 (2), pp.223-228. ⟨10.1007/s10709-016-9892-3⟩
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titre
Efficacy of dental unit waterlines disinfectants on a polymicrobial biofilm.
auteur
Damien Costa, Marion Girardot, Joanne Bertaux, Julien Verdon, Christine Imbert
article
Water Research, 2016, 91, pp.38-44. ⟨10.1016/j.watres.2015.12.053⟩
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titre
Prevalence of the pathogen Aphanomyces astaci in freshwater crayfish populations in Croatia
auteur
I Maguire, M Jelić, G Klobučar, M Delpy, C Delaunay, F Grandjean
article
Diseases of Aquatic Organisms, 2016, 118 (1), pp.45-53. ⟨10.3354/dao02955⟩
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titre
Hierarchical organization of the cuticle of the subsocial desert isopod, Hemilepistus reaumurii.
auteur
Anas Ayari, Maryline Raimond, Catherine Souty-Grosset, Karima Nasri-Ammar
article
Journal of Structural Biology, 2016, 193 (2), pp.115-123. ⟨10.1016/j.jsb.2015.12.005⟩
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titre
Differential distribution of lipids in epidermis, gastrodermis and hosted Symbiodinium in the sea anemone Anemonia viridis
auteur
Johana Revel, Lionel Massi, Mohamed Mehiri, Marc Boutoute, Patrick Mayzaud, Laure Capron, Cecile Sabourault
article
Comparative Biochemistry and Physiology - Part A: Molecular and Integrative Physiology, 2016, 191, pp.140-151. ⟨10.1016/j.cbpa.2015.10.017⟩
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titre
Benthic protists: the under-charted majority
auteur
Dominik Forster, Micah Dunthorn, Fréderic Mahé, John R. Dolan, Stéphane Audic, David Bass, Lucie Bittner, Christophe Boutte, Richard Christen, Jean-Michel Claverie, Johan Decelle, Bente Edvardsen, Elianne Egge, Wenche Eikrem, Angélique Gobet, Wiebe H.C.F. Kooistra, Ramiro Logares, Ramon Massana, Marina Montresor, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Jan Pawlowski, Massimo C. Pernice, Sarah Romac, Kamran Shalchian-Tabrizi, Nathalie Simon, Thomas A. Richards, Sébastien Santini, Diana Sarno, Raffaele Siano, Daniel Vaulot, Patrick Wincker, Adriana Zingone, Colomban de Vargas, Thorsten Stoeck
article
FEMS Microbiology Ecology, 2016, 92 (8), pp.fiw120. ⟨10.1093/femsec/fiw120⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01383722/file/Forster_2016_Benthic_protists.pdf BibTex
titre
Continuous Influx of Genetic Material from Host to Virus Populations.
auteur
Clément Gilbert, Jean Peccoud, Aurélien Chateigner, Bouziane Moumen, Richard Cordaux, Elisabeth A Herniou
article
PLoS Genetics, 2016, 12 (2), pp.e1005838. ⟨10.1371/journal.pgen.1005838⟩
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https://hal.science/hal-01266766/file/28c35041c3ec1bb1f5cf4e9119dd0623.pdf BibTex
titre
Phenotypic variation contrasts with genetic homogeneity across scattered sea snake colonies
auteur
Nicolas Bech, Thomas Foucart, Thomas Fauvel, Francois Brischoux, D. Bouchon, Xavier Bonnet
article
Journal of Biogeography, 2016, 43, pp.1576-1582. ⟨10.1111/jbi.12735⟩
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titre
Identification of Atg8 from Acanthamoeba castellanii by genetic complementation in Saccharomyces cerevisiae.
auteur
Matthieu Régnacq, Pierre Voisin, Yann Héchard, Thierry Bergès, Christine Braquart-Varnier, Ascel Samba-Louaka
article
Molecular and Biochemical Parasitology, 2016, 210 (1-2), pp.55-57. ⟨10.1016/j.molbiopara.2016.08.006⟩
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titre
Birth of a W sex chromosome by horizontal transfer of Wolbachia bacterial symbiont genome
auteur
Sébastien Leclercq, Julien Thézé, Mohamed Amine Chebbi, Isabelle Giraud, Bouziane Moumen, Lise Ernenwein, Pierre Grève, Clément Gilbert, Richard Cordaux
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (52), pp.15036-15041. ⟨10.1073/pnas.1608979113⟩
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https://hal.science/hal-01415929/file/Leclercq%20S%2C%202016%2C%20PNAS%2C%20Birth%20of%20a%20W%20sex%20chromosome%20by%20horizontal%20transfer%20of%20Wolbachia%20bacterial%20symbiont%20genome_1 BibTex
titre
Dynamics of Bacterial Community Composition in the Malaria Mosquito's Epithelia
auteur
Majoline T. Tchioffo, Anne Boissiere, Luc Abate, Sandrine E. Nsango, Albert N. Bayibeki, Parfait H. Awono-Ambene, Richard Christen, Geoffrey Gimonneau, Isabelle Morlais
article
Frontiers in Microbiology, 2016, 6, pp.1500. ⟨10.3389/fmicb.2015.01500⟩
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https://hal.science/hal-01546162/file/fmicb-06-01500.pdf BibTex
titre
Thermal and menthol stress induce different cellular events during sea anemone bleaching
auteur
Vincent Dani, Fabrice Priouzeau, Sophie Pagnotta, Diane Carette, Jean-Pierre Laugier, Cécile Sabourault
article
Symbiosis, 2016, 69 (3), pp.175 - 192. ⟨10.1007/s13199-016-0406-y⟩
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titre
Suivi d’une population d’écrevisse à pattes blanches Austropotamobius pallipes durant une mortalité massive dûe à la peste et son opération de sauvetage
auteur
M. Collas, T. Becking, M. Delpy, M. Pflieger, P. Bohn, J. Reynolds, F. Grandjean
article
Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2016, 417, pp.1. ⟨10.1051/kmae/2015037⟩
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https://hal.science/hal-01266738/file/Monitoring%20of%20white-clawed%20crayfish.pdf BibTex
titre
Characterization of glutathione peroxidase diversity in the symbiotic sea anemone Anemonia viridis
auteur
Alexis Pey, Thamilla Zamoum, Richard Christen, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla
article
Biochimie, 2016, 132, pp.94 - 101. ⟨10.1016/j.biochi.2016.10.016⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01404424/file/Pey_Characterization_of.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
General Ecological Aspects of Anthozoan-Symbiodinium Interactions in the Mediterranean Sea
auteur
Pilar Casado-Amezúa, Alejandro Terrón-Sigler, Jorge H. Pinzón, Paola Furla, Didier Forcioli, Denis Allemand, Marta Ribes, Rafel Coma
article
The Cnidaria, Past, Present and Future, Part V, Springer, pp.375-386, 2016, 978-3-319-31303-0. ⟨10.1007/978-3-319-31305-4_24⟩
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2015

Article dans une revue

titre
Supergroup C Wolbachia, mutualist symbionts of filarial nematodes, have a distinct genome structure.
auteur
Francesco Comandatore, Richard Cordaux, Claudio Bandi, Mark Blaxter, Alistair Darby, Benjamin L Makepeace, Matteo Montagna, Davide Sassera
article
Open Biology, 2015, 5 (12), ⟨10.1098/rsob.150099⟩
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titre
Effect of experimental exposure to differently virulent Aphanomyces astaci strains on the immune response of the noble crayfish Astacus astacus.
auteur
Thomas Becking, Agata Mrugała, Carine Delaunay, Jiří Svoboda, Maryline Raimond, Satu Viljamaa-Dirks, Adam Petrusek, Frédéric Grandjean, Christine Braquart-Varnier
article
Journal of Invertebrate Pathology, 2015, 132, pp.115-224. ⟨10.1016/j.jip.2015.08.007⟩
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titre
Large gene overlaps and tRNA processing in the compact mitochondrial genome of the crustacean Armadillidium vulgare.
auteur
Vincent Doublet, Elodie Ubrig, Abdelmalek Alioua, Didier Bouchon, Isabelle Marcadé, Laurence Maréchal-Drouard
article
RNA Biology, 2015, pp.1-10. ⟨10.1080/15476286.2015.1090078⟩
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titre
ERK1 and ERK2 present functional redundancy in tetrapods despite higher evolution rate of ERK1
auteur
Roser Busca, Richard Christen, Matthew Lovern, Alexander M. Clifford, Jia-Xing Yue, Greg G. Goss, Jacques Pouyssegur, Philippe Lenormand
article
BMC Evolutionary Biology, 2015, 15, pp.179. ⟨10.1186/s12862-015-0450-x⟩
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titre
Immune response and survival of Circulifer haematoceps to Spiroplasma citri infection requires expression of the gene hexamerin.
auteur
Rémi Eliautout, Marie-Pierre Dubrana, Carole Vincent-Monégat, Agnès Vallier, Christine Braquart-Varnier, Marylène Poirié, Colette Saillard, Abdelaziz Heddi, Nathalie Arricau-Bouvery
article
Developmental and Comparative Immunology, 2015, 54 (1), pp.7-19. ⟨10.1016/j.dci.2015.08.007⟩
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titre
Multiple Conserved Heteroplasmic Sites in tRNA Genes in the Mitochondrial Genomes of Terrestrial Isopods (Oniscidea).
auteur
Christopher H Chandler, Myriam Badawi, Bouziane Moumen, Pierre Grève, Richard Cordaux
article
G3, 2015, 5 (7), pp.1317-1322. ⟨10.1534/g3.115.018283⟩
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titre
Characterisation of 14 polymorphic microsatellite markers for the Transylvanian bush-cricket Pholidoptera transsylvanica (Orthoptera: Tettigoniidae)
auteur
Elena Iulia Iorgu, Ionuţ Ştefan Iorgu, Oana Paula Popa, Alexandra Florina Levărdă, Ana-Maria Krapal, Frédéric Grandjean, Luis Ovidiu Popa
article
Conservation Genetics Resources, 2015, 7 (2), pp.377-380. ⟨10.1007/s12686-014-0373-7⟩
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titre
Chloroplast and oxygen evolution changes in Symbiodinium sp as a response to latrunculin and butanedione monoxime treatments under various light conditions
auteur
Marco A. Villanueva, Stephanie Barnay-Verdier, Fabrice Priouzeau, Paola Furla
article
Photosynthesis Research, 2015, 124 (3), pp.305-313. ⟨10.1007/s11120-015-0142-9⟩
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titre
Wolbachia in Neotropical terrestrial isopods.
auteur
Bianca L Zimmermann, Didier Bouchon, Maurício P Almerão, Paula B Araujo
article
FEMS Microbiology Ecology, 2015, 91 (4), pp.1-10. ⟨10.1093/femsec/fiv025⟩
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titre
Multiple drivers of decline in the global status of freshwater crayfish (Decapoda: Astacidea)
auteur
N. Richman,, M. Bohm, S. Adams,, F. Alvarez,, E. Bergey,, J. Bunn,, Q. Burnham,, J. Cordeiro,, J. Coughran,, K. Crandall,, K. Dawkins,, R. Distefano,, N. Doran,, L. Edsman, A. Eversole,, L. Fureder,, J. Furse,, F. Gherardi, P. Hamr,, D. Holdich,, P. Horwitz,, K. Johnston,, C. Jones,, J. Jones,, R. Jones,, T. Jones,, Tadashi Kawai, S. Lawler,, M. Lopez-Mejia,, R. Miller,, C. Pedraza-Lara,, J. Reynolds,, A. Richardson,, M. Schultz,, G. Schuster,, P. Sibley,, C. Souty-Grosset, C. Taylor,, R. Thoma,, J. Walls,, T. Walsh,, B. Collen,
article
Archives belges de dermatologie et de syphiligraphie, 2015, 370 (1662), pp.20140060. ⟨10.1098/rstb.2014.0060⟩
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titre
Surfactin from Bacillus subtilis displays an unexpected anti-Legionella activity.
auteur
Clémence Loiseau, Margot Schlusselhuber, Renaud Bigot, Joanne Bertaux, Jean-Marc Berjeaud, Julien Verdon
article
Applied Microbiology and Biotechnology, 2015, 99 (12), pp.5083-93. ⟨10.1007/s00253-014-6317-z⟩
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titre
The first record of translocated white-clawed crayfish from the Austropotamobius pallipes complex in Sardinia (Italy)
auteur
J. Amouret,, S. Bertocchi, S. Brusconi, M. Fondi, F. Gherardi, F. Grandjean, A. Chessa, E. Tricarico, C. Souty-Grosset
article
Journal of Limnology, 2015, 74 (3), pp.491-500. ⟨10.4081/jlimnol.2015.1143⟩
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https://hal.science/hal-01204818/file/The%20first%20record%20of%20translocated%20white-clawed%20crayfish.pdf BibTex
titre
How Do Females’ Genetic Characteristics Influence Male Mate Preference in the Terrestrial Isopod Armadillidium vulgare?
auteur
Sylvine Durand, Fanny Beauché, Freddie-Jeanne Richard, S. Beltran-Bech
article
Ethology - International Journal of Behavioural Biology, 2015, 121 (11), pp.1122-1130. ⟨10.1111/eth.12429⟩
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titre
The complete mitogenome of the endangered white-clawed freshwater crayfish Austropotamobius pallipes (Lereboullet, 1858) (Crustacea: Decapoda: Astacidae).
auteur
Frederic Grandjean, Mun Hua Tan, Huan You Gan, Han Ming Gan, Christopher M Austin
article
Mitochondrial DNA Part A, 2015, pp.1-2. ⟨10.3109/19401736.2015.1018207⟩
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titre
Genomic context drives transcription of insertion sequences in the bacterial endosymbiont Wolbachia wVulC.
auteur
Nicolas Cerveau, Clément Gilbert, Chao Liu, Roger A Garrett, Pierre Grève, Didier Bouchon, Richard Cordaux
article
Gene, 2015, 564, pp.81-86. ⟨10.1016/j.gene.2015.03.044⟩
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titre
Genetic characterisation of new host-specialised biotypes and novel associations with bacterial symbionts in the pea aphid complex
auteur
Jean Peccoud, Frédérique Maheo, Manon de La Huerta, Cindy Laurence, Jean-Christophe Simon
article
Insect conservation and diversity, 2015, 8 (5), pp.484-492. ⟨10.1111/icad.12131⟩
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BibTex
titre
MALDI-MS and NanoSIMS imaging techniques to study cnidarian?dinoflagellate symbioses
auteur
C. Kopp, M. Wisztorski, J. Revel, M. Mehiri, V. Dani, L. Capron, D. Carette, I. Fournier, L. Massi, D. Mouajjah, S. Pagnotta, F. Priouzeau, M. Salzet, A. Meibom, C. Sabourault
article
Zoology, 2015, 118 (2), pp.125 - 131. ⟨10.1016/j.zool.2014.06.006⟩
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titre
Distribution, introduction pathway, and invasion risk analysis of the North American crayfish (Decapoda: Cambaridae) in southeast Brazil
auteur
T. Loureiro,, P. Anastacio,, S. Bueno,, P.B. Araujo, C. Souty-Grosset, M.P. Almerao
article
Journal of Crustacean Biology, 2015, 35 (1), pp.88-96. ⟨10.1163/1937240X-00002307⟩
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titre
The Mutualistic Side of Wolbachia–Isopod Interactions: Wolbachia Mediated Protection Against Pathogenic Intracellular Bacteria
auteur
Christine Braquart-Varnier, Mine Altinli, Romain Pigeault, Frédéric D. Chevalier, Pierre Grève, Didier Bouchon, Mathieu Sicard
article
Frontiers in Microbiology, 2015, 6, ⟨10.3389/fmicb.2015.01388⟩
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https://hal.science/hal-01266760/file/fmicb-06-01388.pdf BibTex
titre
Shedding light on microbial dark matter: a TM6 bacterium as natural endosymbiont of a free-living amoeba.
auteur
Vincent Delafont, Ascel Samba-Louaka, Didier Bouchon, Laurent Moulin, Yann Héchard
article
Environmental Microbiology Reports, 2015, 7 (6), pp.970-8. ⟨10.1111/1758-2229.12343⟩
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Poster de conférence

titre
Yet another Galaxy Genome viewer
auteur
Thomas Alain Darde, François Moreews, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Frédéric Chalmel
article
GCC, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
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2014

Article dans une revue

titre
Composition of Anopheles coluzzii and Anopheles gambiae microbiota from larval to adult stages
auteur
Geoffrey Gimonneau, Majoline T. Tchioffo, Luc Abate, Anne Boissiere, Parfait H. Awono-Ambene, Sandrine E. Nsango, Richard Christen, Isabelle Morlais
article
Infection, Genetics and Evolution, 2014, 28, pp.715-724. ⟨10.1016/j.meegid.2014.09.029⟩
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titre
A call for benchmarking transposable element annotation methods.
auteur
Douglas R Hoen, Glenn Hickey, Guillaume Bourque, Josep Casacuberta, Richard Cordaux, Cédric Feschotte, Anna-Sophie Fiston-Lavier, Aurélie Hua-Van, Robert Hubley, Aurélie Kapusta, Emmanuelle Lerat, Florian Maumus, David D Pollock, Hadi Quesneville, Arian Smit, Travis J Wheeler, Thomas E Bureau, Mathieu Blanchette
article
Mobile DNA, 2014, 6, pp.13. ⟨10.1186/s13100-015-0044-6⟩
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https://hal.science/hal-01204840/file/s13100-015-0044-6_1.pdf BibTex
titre
Feminization of the Isopod Cylisticus convexus after Transinfection of the wVulC Wolbachia Strain of Armadillidium vulgare.
auteur
Myriam Badawi, Pierre Grève, Richard Cordaux
article
PLoS ONE, 2014, 10 (6), pp.e0128660. ⟨10.1371/journal.pone.0128660⟩
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titre
Comparative paleovirological analysis of crustaceans identifies multiple widespread viral groups.
auteur
Gabriel Metegnier, Thomas Becking, Mohamed Amine Chebbi, Isabelle Giraud, Bouziane Moumen, Sarah Schaack, Richard Cordaux, Clément Gilbert
article
Mobile DNA, 2014, 6 (179), pp.16. ⟨10.1186/s13100-015-0047-3⟩
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titre
Intra-cellular bacterial infections affect learning and memory capacities of an invertebrate.
auteur
Noémie Templé, Freddie-Jeanne Richard
article
Frontiers in Zoology, 2014, 12, pp.36. ⟨10.1186/s12983-015-0129-6⟩
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titre
NEIGHBOUR-IN: Image processing software for spatial analysis of animal grouping.
auteur
Yves Caubet, Freddie-Jeanne Richard
article
Zookeys, 2014, 515, pp.173-189. ⟨10.3897/zookeys.515.9390⟩
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titre
Metabolite profiling of pea roots in response to phosphate availability
auteur
Jérôme Laparre, Coline Balzergue, Soizic Rochange, Pascal Ludwiczak, Fabien Letisse, Jean Charles Portais, Guillaume Bécard, Virginie Puech Pagès
article
Plant Signaling and Behavior, 2014, 6 (6), pp.837-839. ⟨10.4161/psb.6.6.15168⟩
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titre
Salt stress mitigation by seed priming with UV-C in lettuce plants: Growth, antioxidant activity and phenolic compounds
auteur
Chayma Ouhibi, Houneida Attia, Fedia Rebah, Najoua Msilini, Mohamed Chebbi, Jawad Aarrouf, Laurent Urban, Mokhtar Lachaâl
article
Plant Physiology and Biochemistry, 2014, ⟨10.1016/j.plaphy.2014.07.019⟩
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titre
Endogenous hepadnaviruses, bornaviruses and circoviruses in snakes.
auteur
C Gilbert, J M Meik, D Dashevsky, D C Card, T A Castoe, S Schaack
article
Proceedings - Royal society. Biological sciences, 2014, 281 (1791), pp.20141122. ⟨10.1098/rspb.2014.1122⟩
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titre
Are Niemann-Pick type C proteins key players in cnidarian-dinoflagellate endosymbioses?
auteur
Vincent Dani, Philippe Ganot, Fabrice Priouzeau, Paola Furla, Cecile Sabourault
article
Molecular Ecology, 2014, 23 (18), pp.4527-4540. ⟨10.1111/mec.12876⟩
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titre
Ephemeroptera communities as bioindicators of the suitability of headwater streams for restocking with white-clawed crayfish, Austropotamobius pallipes
auteur
J. Jandry, M. Brulin, B. Parinet, F. Grandjean
article
Ecological Indicators, 2014, 46, pp.560-565. ⟨10.1016/j.ecolind.2014.07.005⟩
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titre
Modulation of host immunity and reproduction by horizontally acquired Wolbachia.
auteur
Romain Pigeault, Christine Braquart-Varnier, Isabelle Marcadé, Gaëtan Mappa, Elmina Mottin, Mathieu Sicard
article
Journal of Insect Physiology, 2014, 70, 10.1016/j.jinsphys.2014.07.005. ⟨10.1016/j.jinsphys.2014.07.005⟩
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titre
Effects of genetic similarity on the life-history strategy of co-infecting trematodes: are parasites capable of intrahost kin recognition?
auteur
A Joannes, C Lagrue, R Poulin, S. Beltran-Bech
article
International Journal of Evolutionary Biology, 2014, 27 (8), pp.1623-1630. ⟨10.5061/dryad.50tp1⟩
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titre
Genetic connectivity of the grey partridge in central northern France in a highly man dominated landscape
auteur
Nicolas Bech, Stéphanie Manel, Elisabeth Bro, Claude Novoa, Benjamin-Marc Bijaoui-Georget, Sophie Beltran-Bech, Jérôme Boissier
article
Conservation Genetics, 2014, 15 (5), pp.1001-1011. ⟨10.1007/s10592-014-0594-z⟩
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titre
Population genomics supports baculoviruses as vectors of horizontal transfer of insect transposons.
auteur
Clément Gilbert, Aurélien Chateigner, Lise Ernenwein, Valérie Barbe, Annie Bézier, Elisabeth A Herniou, Richard Cordaux
article
Nature Communications, 2014, 5, pp.3348. ⟨10.1038/ncomms4348⟩
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https://hal.science/hal-00955963/file/ncomms4348.pdf BibTex
titre
Development of a microsatellite primer set to investigate the genetic population structure of Armadillidium nasatum (Crustacea, Oniscidea).
auteur
Séverine Masson, Cédric Faivre, Isabelle Giraud, Catherine Souty-Grosset, Richard Cordaux, Carine Delaunay, Didier Bouchon, Nicolas Bech
article
Journal of Genetics, 2014, 93 (2), pp.545-549. ⟨10.1007/s12041-014-0400-1⟩
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titre
Wolbachia infect ovaries in the course of their maturation: last minute passengers and priority travellers?
auteur
Lise Genty, Didier Bouchon, Maryline Raimond, Joanne Bertaux
article
PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e94577. ⟨10.1371/journal.pone.0094577⟩
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titre
Remarkable diversity of endogenous viruses in a crustacean genome.
auteur
Julien Thézé, Sébastien Leclercq, Bouziane Moumen, Richard Cordaux, Clément Gilbert
article
Genome Biology and Evolution, 2014, 6 (6), pp.2129-2140. ⟨10.1093/gbe/evu163⟩
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titre
A host as an ecosystem: Wolbachia coping with environmental constraints.
auteur
Mathieu Sicard, Jessica Dittmer, Pierre Grève, Didier Bouchon, Christine Braquart-Varnier
article
Applied and Environmental Microbiology, 2014, pp.10.1111/1462-2920.12573. ⟨10.1111/1462-2920.12573⟩
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titre
Signs of Neutralization in a Redundant Gene Involved in Homologous Recombination in Wolbachia Endosymbionts
auteur
Myriam Badawi, Isabelle Giraud, Fabrice Vavre, Pierre Grève, Richard Cordaux
article
Genome Biology and Evolution, 2014, 10 (6), pp.2654-2664. ⟨10.1093/gbe/evu207⟩
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https://inria.hal.science/hal-01091858/file/evu207.pdf BibTex
titre
Molecular detection and genotyping of Aphanomyces astaci directly from preserved crayfish samples uncovers the Norwegian crayfish plague disease history.
auteur
Trude Vrålstad, David A Strand, Frédéric Grandjean, Agnar Kvellestad, Tore Håstein, Ann Kristin Knutsen, Trond Taugbøl, Ida Skaar
article
Veterinary Microbiology, 2014, 173 (1-2), pp.66-75. ⟨10.1016/j.vetmic.2014.07.008⟩
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titre
Putative toxins from the entomopathogenic bacterium Photorhabdus luminescens kill Armadillidium vulgare (Terrestrial isopod)
auteur
Mathieu Sicard, Maryline Raimond, Sophie Gaudriault, Anne Lanois, Sylvie Pages, Catherine Debenest, Christine Braquart-Varnier, Alain Givaudan
article
Biological Control, 2014, 69, pp.40-44. ⟨10.1016/j.biocontrol.2013.10.011⟩
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BibTex
titre
Horizontal transfer of transposons between and within crustaceans and insects
auteur
M. Dupeyron, Sébastien Leclercq, Didier Bouchon, Nicolas Cerveau, Clément Gilbert
article
Mobile DNA, 2014, 5 (1), pp.4. ⟨10.1186/1759-8753-5-4⟩
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https://hal.science/hal-00955962/file/Article_1 BibTex
titre
Microsatellite markers for direct genotyping of the crayfish plague pathogen Aphanomyces astaci (Oomycetes) from infected host tissues.
auteur
Frédéric Grandjean, Trude Vrålstad, Javier Diéguez-Uribeondo, Mišel Jelić, Joa Mangombi, Carine Delaunay, Lenka Filipová, Svetlana Rezinciuc, Eva Kozubíková-Balcarová, Daniel Guyonnet, Satu Viljamaa-Dirks, Adam Petrusek
article
Veterinary Microbiology, 2014, 3-4, pp.317-324. ⟨10.1016/j.vetmic.2014.02.020⟩
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BibTex
titre
The native South American crayfishes (Crustacea, Parastacidae): state of knowledge and conservation status
auteur
M. Almerão, E. Rudolph, C. Souty-Grosset, K. Crandall,, L. Buckup,, J. Amouret,, A. Verdi,, P. Araujo,
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2014, pp.n/a-n/a. ⟨10.1002/aqc.2488⟩
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titre
Reduced n‑3 highly unsaturated fatty acids dietary content expected with global change reduces the metabolic capacity of the golden grey mullet
auteur
Marie Vagner, Jose-Luis Zambonino-Infante, David Mazurais, Nathalie Imbert‑auvray, Natascha Ouillon, Emmanuel Dubillot, Hervé Le Delliou, David Akbar, Christel Lefrançois
article
Marine Biology, 2014, 161 (11), pp.2547-2562. ⟨10.1007/s00227-014-2526-3⟩
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https://hal.science/hal-01079830/file/Vagner%20et%20al.%20submitted%2006062014%20MABI%20cleaned%20version%2031072014.pdf BibTex
titre
Genetic control of contagious asexuality in the pea aphid
auteur
Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Tiphaine Ouisse, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, Anaïs Gouin, Pierre Nouhaud, Jennifer A. Brisson, Ryan Bickel, Swapna Purandare, Julie Poulain, Christophe Battail, Claire Lemaitre, Lucie Mieuzet, Gaël Le Trionnaire, Jean-Christophe Simon, Claude Rispe
article
PLoS Genetics, 2014, 10 (12), pp.e1004838. ⟨10.1371/journal.pgen.1004838⟩
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https://hal.science/hal-01701165/file/evy015.pdf BibTex
titre
Host tissues as microhabitats for Wolbachia and quantitative insights into the bacterial community in terrestrial isopods
auteur
Jessica Dittmer, S. Beltran-Bech, J Lesobre, M Raimond, M Johnson, D Bouchon
article
Molecular Ecology Notes, 2014, 23 (10), pp.2619-2635. ⟨10.1111/mec.12760⟩
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BibTex
titre
The crayfish plague pathogen can infect freshwater-inhabiting crabs
auteur
Jiří Svoboda, David A. Strand, Trude Vrålstad, F. Grandjean, Lennart Edsman, Pavel Kozák, Antonín Kouba, Rosa F. Fristad, Seval Bahadir Koca, A. Petrusek
article
Freshwater Biology, 2014, pp.12315. ⟨10.1111/fwb.12315⟩
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BibTex
titre
Bidirectional cytoplasmic incompatibility caused by Wolbachia in the terrestrial isopod Porcellio dilatatus.
auteur
Mathieu Sicard, Didier Bouchon, Laura Ceyrac, Roland Raimond, Magali Thierry, Winka Le Clec'H, Isabelle Marcadé, Yves Caubet, Pierre Grève
article
Journal of Invertebrate Pathology, 2014, 121, pp.28-36. ⟨10.1016/j.jip.2014.06.007⟩
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BibTex
titre
Impact of infection on mate choice
auteur
Sophie Beltran-Bech, Freddie-Jeanne Richard
article
Animal Behaviour, 2014, 90, pp.159-170. ⟨10.1016/j.anbehav.2014.01.026⟩
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Communication dans un congrès

titre
Amateur observations with one meter professional telescope at Pic du Midi
auteur
Marc Delcroix, François Colas, Jean-Luc Dauvergne, Jean Lecacheux, Frédéric Vachier, C. Pellier
article
European Planetary Science Congress 2014, Sep 2014, Cascais, Portugal
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BibTex
titre
2013 bright spot on Neptune
auteur
Marc Delcroix, François Colas, P. Gorczynski
article
European Planetary Science Congress 2014, Sep 2014, Cascais, Portugal
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BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
A Mathematical Model for Growing Metastases on Oncologists’s Service
auteur
Dominique Barbolosi, Assia Benabdallah, Sébastien Benzekry, Joseph Ciccolini, Christian Faivre, Florence Hubert, Federico Verga, Benoit You
article
Computational Surgery and Dual Training, Springer, pp.331 - 338, 2014, ⟨10.1007/978-1-4614-8648-0_21⟩
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https://inria.hal.science/hal-01087708/file/BBCFHVY14_A%20mathematical%20model%20for%20growing%20metastases%20on%20oncologist%20service.pdf BibTex

2013

Article dans une revue

titre
Modulation of Malaria Infection in Anopheles gambiae Mosquitoes Exposed to Natural Midgut Bacteria
auteur
Majoline T. Tchioffo, Anne Boissiere, Thomas S. Churcher, Luc Abate, Geoffrey Gimonneau, Sandrine E. Nsango, Parfait H. Awono-Ambene, Richard Christen, Antoine Berry, Isabelle Morlais
article
PLoS ONE, 2013, 8 (12), pp.e81663. ⟨10.1371/journal.pone.0081663⟩
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https://hal.science/hal-01546172/file/pone.0081663.pdf BibTex
titre
Establishment of primary cell culture from the temperate symbiotic cnidarian, Anemonia viridis
auteur
Stephanie Barnay-Verdier, Diane Dall'Osso, Nathalie Joli, Juliette Olivre, Fabrice Priouzeau, Thamilla Zamoum, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla
article
Cytotechnology, 2013, 65 (5), pp.697-704. ⟨10.1007/s10616-013-9566-2⟩
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BibTex
titre
Anemonia viridis primary cell culture: a new tool for cnidarian studies
auteur
Stephanie Barnay-Verdier, Diane Dall'Osso, Nathalie Joli, Juliette Olivre, Fabrice Priouzeau, Thamilla Zamoum, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla
article
Cytotechnology, 2013, 65 (5), pp.686
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BibTex
titre
Exploration of Deinococcus-Thermus molecular diversity by novel group-specific PCR primers
auteur
Nicolas Theodorakopoulos, Dipankar Bachar, Richard Christen, Karine Alain, Virginie Chapon
article
MicrobiologyOpen, 2013, 2 (5), pp.862-872. ⟨10.1002/mbo3.119⟩
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https://amu.hal.science/hal-01560945/file/Theodorakopoulos-2013.pdf BibTex
titre
Prevalence of the Crayfish Plague Pathogen Aphanomyces astaci in Populations of the Signal Crayfish Pacifastacus leniusculus in France: Evaluating the Threat to Native Crayfish
auteur
Lenka Filipová, Adam Petrusek, Klára Matasová, Carine Delaunay, Frédéric Grandjean
article
PLoS ONE, 2013, 8 (7), pp.e70157. ⟨10.1371/journal.pone.0070157⟩
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https://hal.science/hal-04063226/file/file.pdf BibTex
titre
Thermal threshold and sensitivity of the only symbiotic Mediterranean gorgonian Eunicella singularis by morphometric and genotypic analyses
auteur
Alexis Pey, Jerome Cataneo, Didier Forcioli, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla
article
Comptes Rendus Biologies, 2013, 336 (7), pp.331-341. ⟨10.1016/j.crvi.2013.06.008⟩
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BibTex
titre
The Response of the Mediterranean Gorgonian Eunicella singularis to Thermal Stress Is Independent of Its Nutritional Regime
auteur
Leila Ezzat, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla, Alexandre Buttler, Christine Ferrier-Pages
article
PLoS ONE, 2013, 8 (5), pp.e64370. ⟨10.1371/journal.pone.0064370⟩
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BibTex
titre
DsRed-mediated oligomerization stabilizes HMGB1 on chromatin in vivo and on DNA in vitro
auteur
Melanie Messmer, Christophe Klein, Rachel Boniface, Nina F. Gnaedig, Maxime Lecerf, Stephanie Barnay-Verdier, Vincent Marechal
article
Biochimie, 2013, 95 (4), pp.962-966. ⟨10.1016/j.biochi.2012.11.001⟩
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BibTex
titre
Do parasites adopt different strategies in different intermediate hosts? Host size, not host species, influences Coitocaecum parvum (Trematoda) life history strategy, size and egg production.
auteur
R Ruiz Daniels, S. Beltran, R. Poulin, C. Lagrue
article
Parasitology, 2013, pp.275-283. ⟨10.1017/S0031182012001564⟩
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https://hal.science/hal-00777394/file/BELTRAN_2012.pdf BibTex
titre
Horizontal transfer and evolution of prokaryote transposable elements in eukaryotes.
auteur
Clément Gilbert, Richard Cordaux
article
Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (5), pp.822-832. ⟨10.1093/gbe/evt057⟩
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BibTex
titre
Ecological Roles of Crayfish in Freshwater and Terrestrial Habitats
auteur
J. Reynolds, Catherine Souty-Grosset, A. Richardson
article
Freshwater Crayfish, 2013, 9 (2), pp.197-218
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BibTex
titre
Climate warming and the agonistic behaviour of invasive crayfishes in Europe
auteur
F. Gherardi, A. Coignet, C. Souty-Grosset, D. Spigoli, L. Aquiloni
article
Freshwater Biology, 2013, 58 (9), pp.1958-1967. ⟨10.1111/fwb.12183⟩
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BibTex
titre
Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov.
auteur
Tomoo Sawabe, Yoshitoshi Ogura, Yuta Matsumura, Gao Feng, Akm Rohul Amin, Sayaka Mino, Satoshi Nakagawa, Toko Sawabe, Ramesh Kumar, Yohei Fukui, Masataka Satomi, Ryoji Matsushima, Fabiano L. Thompson, Bruno Gomez-Gil, Richard Christen, Fumito Maruyama, Ken Kurokawa, Tetsuya Hayashi
article
Frontiers in Microbiology, 2013, 4, pp.414. ⟨10.3389/fmicb.2013.00414⟩
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BibTex
titre
Isolation and Characterization of Microsatellite Loci for the Isopod Crustacean Armadillidium vulgare and Transferability in Terrestrial Isopods.
auteur
Isabelle Giraud, Victorien Valette, Nicolas Bech, Frédéric Grandjean, Richard Cordaux
article
PLoS ONE, 2013, 8 (10), pp.e76639. ⟨10.1371/journal.pone.0076639⟩
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https://hal.science/hal-00872658/file/Isolation%20and%20Characterization%20of%20Microsatellite%20Loci%20for%20the%20Isopod%20Crustacean%20Armadillidium%20vulgare.pdf BibTex
titre
Functional endogenous viral elements in the genome of the parasitoid wasp Cotesia congregata: insights into the evolutionary dynamics of bracoviruses
auteur
Annie Bézier, Faustine Louis, Séverine Jancek, Georges Périquet, Julien Thézé, Gabor Gyapay, Karine Musset, Jérôme Lesobre, P. Lenoble, Catherine Dupuy, Dawn Gundersen-Rindal, Elisabeth A. Herniou, Jean-Michel Drezen
article
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), 2013, 368 (1626), pp.20130047. ⟨10.1098/rstb.2013.0047⟩
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BibTex
titre
Transcriptome de novo assembly from next-generation sequencing and comparative analyses in the hexaploid salt marsh species Spartina maritima and Spartina alterniflora (Poaceae)
auteur
Julie Ferreira de Carvalho, Julie Poulain, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Sophie Michon-Coudouel, Alexandra Dheilly, Delphine Naquin, Julien Boutte, Armel Salmon, Malika L. Aïnouche
article
Heredity, 2013, 110 (2), pp.181-193. ⟨10.1038/hdy.2012.76⟩
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titre
The complete mitogenome of the invasive spiny-cheek crayfish Orconectes limosus (Rafinesque, 1817) (Crustacea: Decapoda: Cambaridae)
auteur
Han Ming Gan, Huan You Gan, Yin Peng Lee, Frederic Grandjean, Christopher Austin
article
Mitochondrial DNA Part A, 2013, 24 (1), pp.6-7. ⟨10.3109/19401736.2015.1007326⟩
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BibTex
titre
Oxidative stress in the root nodules of Phaseolus vulgaris is induced under conditions of phosphorus deficiency
auteur
Adnane Bargaz, Mustapha Faghire, Mohamed Farissi, Jean-Jacques Drevon, Cherki Ghoulam
article
Acta Physiologiae Plantarum, 2013, 35 (5), pp.1633 - 1644. ⟨10.1007/s11738-012-1206-5⟩
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BibTex
titre
Microbacterium lemovicicum sp. nov., a bacterium isolated from a natural uranium-rich soil.
auteur
Laure Mondani, Laurie Piette, Richard Christen, Dipankar Bachar, C. Berthomieu, Virginie Chapon
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63, pp.2600-2606. ⟨10.1099/ijs.0.048454-0⟩
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BibTex
titre
Cannibalism and Predation as Paths for Horizontal Passage of Wolbachia between Terrestrial Isopods
auteur
Winka Le Clec'H, Frédéric Chevalier, Lise Genty, Joanne Bertaux, Didier Bouchon, Mathieu Sicard
article
PLoS ONE, 2013, 8 (4), pp.e60232. ⟨10.1371/journal.pone.0060232⟩
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https://hal.science/hal-00814268/file/sicard.2013plosone.pdf BibTex
titre
Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species
auteur
Keith Bradnam, Joseph Fass, Anton Alexandrov, Paul Baranay, Michael Bechner, Inanç Birol, Sébastien Boisvert, Jarrod Chapman, Guillaume Chapuis, Rayan Chikhi, Hamidreza Chitsaz, Wen-Chi Chou, Jacques Corbeil, Cristian del Fabbro, T Roderick Docking, Richard Durbin, Dent Earl, Scott Emrich, Pavel Fedotov, Nuno Fonseca, Ganeshkumar Ganapathy, Richard Gibbs, Sante Gnerre, Élénie Godzaridis, Steve Goldstein, Matthias Haimel, Giles Hall, David Haussler, Joseph Hiatt, Isaac Ho, Jason Howard, Martin Hunt, Shaun Jackman, David Jaffe, Erich Jarvis, Huaiyang Jiang, Sergey Kazakov, Paul Kersey, Jacob Kitzman, James Knight, Sergey Koren, Tak-Wah Lam, Dominique Lavenier, François Laviolette, Yingrui Li, Zhenyu Li, Binghang Liu, Yue Liu, Ruibang Luo, Iain Maccallum, Matthew Macmanes, Nicolas Maillet, Sergey Melnikov, Delphine Naquin, Zemin Ning, Thomas Otto, Benedict Paten, Octávio Paulo, Adam Phillippy, Francisco Pina-Martins, Michael Place, Dariusz Przybylski, Xiang Qin, Carson Qu, Filipe Ribeiro, Stephen Richards, Daniel Rokhsar, J Graham Ruby, Simone Scalabrin, Michael Schatz, David Schwartz, Alexey Sergushichev, Ted Sharpe, Timothy Shaw, Jay Shendure, Yujian Shi, Jared Simpson, Henry Song, Fedor Tsarev, Francesco Vezzi, Riccardo Vicedomini, Bruno Vieira, Jun Wang, Kim Worley, Shuangye Yin, Siu-Ming Yiu, Jianying Yuan, Guojie Zhang, Hao Zhang, Shiguo Zhou, Ian Korf
article
GigaScience, 2013, 2 (1), pp.10. ⟨10.1186/2047-217X-2-10⟩
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https://inria.hal.science/hal-00868822/file/2047-217X-2-10.pdf BibTex
titre
Copper tolerance and genetic diversity of Porcellionides sexfasciatus (ISOPODA) in a highly contaminated mine habitat
auteur
D. Costa, Didier Bouchon, Nico M van Straalen, José Paulo Sousa, Rui Ribeiro
article
Environmental toxicology and chemistry / SETAC, 2013, 32 (4), pp.884-888. ⟨10.1002/etc.2120⟩
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titre
The Best Timing of Mate Search in Armadillidium vulgare (Isopoda, Oniscidea)
auteur
Fanny Beauche, Freddie-Jeanne Richard
article
PLoS ONE, 2013, pp.e57737. ⟨10.1371/journal.pone.0057737⟩
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https://hal.science/hal-00797152/file/RICHARD_FREDDIE_JEANNE.pdf BibTex
titre
Genotypic variation of nodules' enzymatic activities in symbiotic nitrogen fixation among common bean (Phaseolus vulgaris L.) genotypes grown under salinity constraint
auteur
Mustapha Faghire, Farissi Mohamed, Khadijattou Taoufiq, Rachid Fghire, Adnane Bargaz, Btissam Mandri, Khalid Oufdou, Laurie Amenc, Jean-Jacques Drevon, Cherki Ghoulam
article
Symbiosis, 2013, 60 (3), pp.115 - 122. ⟨10.1007/s13199-013-0247-x⟩
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titre
Differential expression of trehalose 6-P phosphatase and ascorbate peroxidase transcripts in nodule cortex of Phaseolus vulgaris and regulation of nodule O-2 permeability
auteur
Adnane Bargaz, Mohamed Lazali, Laurie Amenc, Josiane Abadie, Cherki Ghoulam, Mohamed Farissi, Mustapha Faghire, Jean-Jacques Drevon
article
Planta, 2013, 238 (1), pp.107 - 119. ⟨10.1007/s00425-013-1877-1⟩
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titre
Isolation and characterization of microsatellite loci from Iguana delicatissima (Reptilia: Iguanidae), new perspectives for investigation of hybridization events with Iguana iguana
auteur
V. Valette, L. Filipova, B. Vuillaume, C. Cherbonnel, Ange Marie Risterucci, C. Delaunay, M. Breuil, F. Grandjean
article
Conservation Genetics Resources, 2013, 5 (1), pp.173-175. ⟨10.1007/s12686-012-9761-z⟩
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Communication dans un congrès

titre
Towards a Life Sciences Virtual Research Environment
auteur
Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin
article
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
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Chapitre d'ouvrage

titre
Interactions et rétroactions : rôle de leur écologie et de leur évolution dans le fonctionnement des écosystèmes.
auteur
J. Roy, D. Bouchon, D. Corenblit, Thierry Dutoit, F. Lallier, N. Niquil, F. Vavre
article
Prospectives de l’Institut Ecologie et Environnement du CNRS, 2013
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Autre publication scientifique

titre
LC3B Labeling on Terrestrial Isopod Adipocytes
auteur
Christine Braquart-Varnier, Maryline Raimond, Mathieu Sicard
article
2013
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2012

Article dans une revue

titre
Significant and persistent impact of timber harvesting on soil microbial communities in Northern coniferous forests
auteur
Martin Hartmann, Charles G. Howes, David Vaninsberghe, Hang Yu, Dipankar Bachar, Richard Christen, Rolf Henrik Nilsson, Steven J. Hallam, William W. Mohn
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2012, 6 (12), pp.2199-2218. ⟨10.1038/ismej.2012.84⟩
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titre
Targeted genome enrichment for efficient purification of endosymbiont DNA from host DNA.
auteur
Sandrine Geniez, Jeremy M Foster, Sanjay Kumar, Bouziane Moumen, Emily Leproust, Owen Hardy, Moraima Guadalupe, Stephen J Thomas, Braden Boone, Cynthia Hendrickson, Didier Bouchon, Pierre Grève, Barton E Slatko
article
Symbiosis, 2012, 58 (1-3), pp.201-207. ⟨10.1007/s13199-012-0215-x⟩
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titre
Symbiodinium isolation by NaOH treatment
auteur
Thamilla Zamoum, Paola Furla
article
Journal of Experimental Biology, 2012, 215 (22), pp.3875-3880. ⟨10.1242/jeb.074955⟩
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titre
In Silico Analyses of Primers Used to Detect the Pathogenicity Genes of Vibrio cholerae
auteur
Julien Gardes, Olivier Croce, Richard Christen
article
Microbes and environments / JSME, 2012, 27 (3), pp.250-256. ⟨10.1264/jsme2.ME11317⟩
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titre
Patho-Genes.org: a website dedicated to gene sequences of potential bioterror bacteria and PCR primers used to amplify them
auteur
Julien Gardes, Dipankar Bachar, Olivier Croce, Richard Christen
article
Microbial Biotechnology, 2012, 5 (5, SI), pp.594-598. ⟨10.1111/j.1751-7915.2012.00353.x⟩
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titre
High virulence of Wolbachia after host switching: when autophagy hurts.
auteur
Winka Le Clec'H, Christine Braquart-Varnier, Maryline Raimond, Jean-Baptiste Ferdy, Didier Bouchon, Mathieu Sicard
article
PLoS Pathogens, 2012, 8 (8), pp.e1002844. ⟨10.1371/journal.ppat.1002844⟩
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https://hal.science/hal-00743657/file/ppat.1002844.pdf BibTex
titre
Seqcrawler: biological data indexing and browsing platform.
auteur
Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Aurelien Roult
article
BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.175. ⟨10.1186/1471-2105-13-175⟩
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titre
Bird mortality related to collisions with ski-lift cables: do we estimate just the tip of the iceberg?
auteur
Nicolas Bech, Sophie Beltran, Jérôme Boissier, Jean-François Allienne, J. Resseguier, Claude Novoa
article
Animal Biodiversity and Conservation, 2012, 35 (1), pp.95-98
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https://hal.science/halsde-00728925/file/Bech-2012-AnimConserv-Bird.pdf BibTex
titre
Influence of Changing Plant Food Sources on the Gut Microbiota of Saltmarsh Detritivores
auteur
Jessica Dittmer, Jérôme Lesobre, Roland Raimond, Didier Bouchon, Martin Zimmer
article
Microbial ecology, 2012, 64, pp.814 - 825. ⟨10.1007/s00248-012-0056-4⟩
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titre
Midgut Microbiota of the Malaria Mosquito Vector Anopheles gambiae and Interactions with Plasmodium falciparum Infection
auteur
Anne Boissiere, Majoline T. Tchioffo, Dipankar Bachar, Luc Abate, Alexandra Marie, Sandrine E. Nsango, Hamid R. Shahbazkia, Parfait H. Awono-Ambene, Elena A. Levashina, Richard Christen, Isabelle Morlais
article
PLoS Pathogens, 2012, 8 (5), pp.e1002742. ⟨10.1371/journal.ppat.1002742⟩
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https://hal.science/hal-01546176/file/ppat.1002742.pdf BibTex
titre
The transcriptomic response to thermal stress is immediate, transient and potentiated by ultraviolet radiation in the sea anemone Anemonia viridis
auteur
A. Moya, P. Ganot, P. Furla, C. Sabourault
article
Molecular Ecology, 2012, 21 (5), pp.1158-1174. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.05458.x⟩
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BibTex
titre
Widespread atypical mitochondrial DNA structure in isopods (Crustacea, Peracarida) related to a constitutive heteroplasmy in terrestrial species.
auteur
Vincent Doublet, Roland Raimond, Frédéric Grandjean, Alexandra Lafitte, Catherine Souty-Grosset, Isabelle Marcadé
article
Genome, 2012, 55 (3), pp.234-44. ⟨10.1139/g2012-008⟩
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titre
Searching for Smallest Grammars on Large Sequences and Application to DNA
auteur
Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez
article
Journal of Discrete Algorithms, 2012, Special issue on Stringology, Bioinformatics and Algorithms, 11, pp.62-72. ⟨10.1016/j.jda.2011.04.006⟩
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https://inria.hal.science/inria-00536633/file/preprint_jda.pdf BibTex
titre
Effects of parasitic sex-ratio distorters on host genetic structure in the Armadillidium vulgare-Wolbachia association
auteur
S. Verne, M. Johnson, D. Bouchon, F. Grandjean
article
Journal of Evolutionary Biology, 2012, 25 (2), pp.264-76. ⟨10.1111/j.1420-9101.2011.02413.x⟩
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titre
The relationship between Ephemeroptera and presence of the white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes). Case study in the Poitou-Charentes region (France)
auteur
M.C. Trouilhe, G. Freyssinel, J. Jandry, M. Brulin, B. Parinet, C. Souty-Grosset, F. Grandjean
article
Fundamental and Applied Limnology, 2012, 179 (4), pp.293-303. ⟨10.1127/1863-9135/2012/0028⟩
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titre
Feminizing Wolbachia: a transcriptomics approach with insights on the immune response genes in Armadillidium vulgare
auteur
Frédéric Chevalier, Juline Herbinière-Gaboreau, Delphine Charif, Guillaume Mitta, Frédérick F. Gavory, Patrick Wincker, Pierre Grève, Christine Braquart-Varnier, Didier Bouchon
article
BMC Microbiology, 2012, 12 (suppl), pp.S1. ⟨10.1186/1471-2180-12-S1-S1⟩
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https://hal.science/halsde-00661197/file/Chevalier-2012-BMCMicrobiol-Feminizing.pdf BibTex
titre
Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure
auteur
Sebastien Terrat, Richard Christen, Samuel S. Dequiedt, Mélanie M. Lelievre, Virginie Nowak, Tiffanie Regnier, Dipankar Bachar, Pierre Plassart, Patrick Wincker, Claudy C. Jolivet, Antonio Bispo, Philippe P. Lemanceau, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel, Lionel Ranjard
article
Microbial Biotechnology, 2012, 5 (1), pp.135-141. ⟨10.1111/j.1751-7915.2011.00307.x⟩
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titre
MRI image artifact ontology: A Proposed Method for Improved Recognition.
auteur
Jeremy Lasbleiz, John Morelli, Nicolas Schnel, Anita Burgun, Régis Duvauferrier, Hervé Saint-Jalmes
article
Studies in Health Technology and Informatics, 2012, 180, pp.103-7. ⟨10.3233/978-1-61499-101-4-103⟩
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titre
Effects of immunostimulation on social behavior, chemical communication and genome-wide gene expression in honey bee workers (Apis mellifera)
auteur
Freddie-Jeanne Richard, Holly Holt, Christina M Grozinger
article
BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.558. ⟨10.1186/1471-2164-13-558⟩
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titre
DETECTION OF WOLBACHIA (ALPHAPROTEOBACTERIA: RICKETTSIALES) IN THREE SPECIES OF TERRESTRIAL ISOPODS (CRUSTACEA: ISOPODA: ONISCIDEA) IN BRAZIL
auteur
B.L. Zimmermann, M.P. Almerao, D. Bouchon, P.B. Araujo
article
Brazilian Journal of Microbiology, 2012, 43 (2), pp.711-715. ⟨10.1590/S1517-83822012000200036⟩
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https://hal.science/hal-00743667/file/Zimmermann_et_al_2012.pdf BibTex
titre
Analysis of gene expression from the Wolbachia genome of a filarial nematode supports both metabolic and defensive roles within the symbiosis
auteur
A.C. Darby, S.D. Amstrong, G.S. Bah, G. Kaur, M.A. Hughes, S.M. Kay, P. Koldkjaer, L. Rainbow, A.D. Radford, M.L. Blaxter, V.N. Tanya, A.J. Trees, R. Cordaux, J.M. Wastling, B.L. Makepeace
article
Genome Research, 2012, 22 (12), pp.2467-2477. ⟨10.1101/gr.138420.112⟩
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BibTex
titre
Endogenous viruses: insights into viral evolution and impact on host biology
auteur
C. Feschotte, C. Gilbert
article
Nature Reviews Genetics, 2012, 13 (4), pp.283-296. ⟨10.1038/nrg3199⟩
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https://hal.science/hal-00679842/file/Feschotte_2012_endegenousvirusesNRG.pdf BibTex
titre
Widespread Wolbachia infection in terrestrial isopods and other crustaceans.
auteur
Richard Cordaux, Samuel Pichon, Houda Ben Afia Hatira, Vincent Doublet, Pierre Grève, Isabelle Marcadé, Christine Braquart-Varnier, Catherine Souty-Grosset, Faouzia Charfi-Cheikhrouha, Didier Bouchon
article
Zookeys, 2012, 176, pp.123-31. ⟨10.3897/zookeys.176.2284⟩
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BibTex
titre
Estimating population size of the red swamp crayfish (Procambarus clarkii) in fish-ponds (Brenne, Central France)
auteur
A. Coignet, F. Pinet, Catherine Souty-Grosset
article
Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2012, 406, pp.2-2. ⟨10.1051/kmae/2012019⟩
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https://hal.science/hal-00771174/file/kmaeCoignet110095.pdf BibTex
titre
PHYMYCO-DB: A Curated Database for Analyses of Fungal Diversity and Evolution
auteur
Stéphane Mahé, Marie Duhamel, Thomas Le Calvez, Laëtitia Guillot, Ludmila Sarbu, Anthony Bretaudeau, Olivier Collin, Alexis Dufresne, E. Toby Kiers, Philippe Vandenkoornhuyse
article
PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.e43117. ⟨10.1371/journal.pone.0043117⟩
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https://hal.science/hal-00756250/file/Mahe_al2012Plos-One.pdf BibTex
titre
Fluctuating asymmetry analysis on Porcellio scaber (Crustacea, Isopoda) populations living under metals-contaminated woody habitats
auteur
J.P. Godet, S. Demuynck, C. Waterlot, S. Lemiere, Catherine Souty-Grosset, F. Douay, A. Lepretre, C. Pruvot
article
Ecological Indicators, 2012, 23, pp.130-139. ⟨10.1016/j.ecolind.2012.03.018⟩
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BibTex
titre
A phosphoenol pyruvate phosphatase transcript is induced in the root nodule cortex of Phaseolus vulgaris under conditions of phosphorus deficiency
auteur
Adnane Bargaz, Cherki Ghoulam, Laurie Amenc, Mohamed Lazali, M. Faghire, Josiane Abadie, Jean-Jacques Drevon
article
Journal of Experimental Botany, 2012, 63 (13), pp.4723 - 4730. ⟨10.1093/jxb/ers151⟩
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BibTex
titre
Accelerated evolution of sex chromosomes in aphids, an X0 system.
auteur
Julie Jaquiéry, Solenn Stoeckel, Claude Rispe, Lucie Mieuzet, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon
article
Molecular Biology and Evolution, 2012, 29 (2), epub ahead of print. ⟨10.1093/molbev/msr252⟩
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BibTex
titre
Cargo capacity of phages and plasmids and other factors influencing horizontal transfers of prokaryote transposable elements
auteur
Sébastien Leclercq, Clément Gilbert, Richard Cordaux
article
Mobile Genetic Elements, 2012, 2 (2), pp.115-118. ⟨10.4161/mge.20352⟩
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BibTex
titre
A preliminary study of terrestrial is opod diversit y in coastal wetlands of Tunisia
auteur
H. Khemaissia, M. Touihri, R. Jelassi, C. Souty-Grosset, K. Nasri-Ammar
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2012, 62 (4), pp.203-211
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BibTex
titre
Selection-Driven Extinction Dynamics for Group II Introns in Enterobacteriales
auteur
Sébastien Leclercq, Richard Cordaux
article
PLoS ONE, 2012, 7 (12), pp.e52268
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https://hal.science/hal-00771117/file/55-Leclercq_2012_PLOSone.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis
auteur
Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin
article
journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France
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https://hal.science/hal-00766066/file/mesogrilles_GenOuest2012_corrections_postacceptation.pdf BibTex
titre
Local Substitutability for Sequence Generalization
auteur
François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas
article
ICGI 2012, University of Maryland, Sep 2012, Washington, United States. pp.97-111
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BibTex
titre
Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to the Transforming Growth Factor β (TGFβ) dependent Epithelial-Mesenchymal Transition
auteur
Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
article
ISMB 2012, Jul 2012, Long Beach, United States
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BibTex
titre
Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network
auteur
Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass
article
Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171
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https://hal.science/hal-00740722/file/jobim2012.03.15.pdf BibTex
titre
Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to Transforming Growth Factor β (TGFβ) signaling
auteur
Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France
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BibTex
titre
Evolution and control of host-microbe symbiosis in arthropods: an RNAseq-based transcriptomic analysis
auteur
Yves Moné, F. Chevalier, M.C. Carpentier, N. Kremer, Patrick Mavingui, V. Raquin, Abdelaziz Heddi, Carole Vincent-Monégat, Christine Braquart-Varnier, P. Greve, D. Bouchon, F. Vavre
article
7. International Wolbachia conference, Jun 2012, St Pierre d'Oléron, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02747908/file/wolbachia2012.conference.univ-poitiers_1.pdf BibTex
titre
Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology
auteur
Thierry Tonon, Patricia Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, Sylvie Rousvoal, Sophie Goulitquer, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Catherine Boyen, Anne Siegel
article
Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France
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BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Chapelle-lez-Herlaimont: inteligencia territorial, cohesión social y bien¬estar (Bélgica)
auteur
Jean-Jacques Girardot, Laurence Meire, Eric Bernard
article
Intelligentia Territorial : teoría, métodos e iniciativas en Europa y América Latina, 250-259p, 2012, 978-987-595-158-7
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BibTex
titre
Design of PCR primers for the detection of waterborne bacteria
auteur
Julien Gardes, Richard Christen
article
DETECTION OF PATHOGENS IN WATER USING MICRO AND NANO-TECHNOLOGY, IWA PUBLISHING, pp.237-254, 2012, 978-1-78040-108-9
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Poster de conférence

titre
Dr Motifs: a web resource for pattern matching and discovery
auteur
Anthony Bretaudeau, Olivier Collin
article
JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France
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Thèse

titre
Régulation de la symbiose endomycorhizienne par le phosphate
auteur
Coline Balzergue
article
Biologie végétale. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00796089/file/These_Coline_Balzergue.pdf BibTex

2011

Article dans une revue

titre
Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.
auteur
Thierry Tonon, Damien Eveillard, Sylvain Prigent, Jérémie Bourdon, Philippe Potin, Catherine Boyen, Anne Siegel
article
OMICS, 2011, 15 (12), pp.883-892. ⟨10.1089/omi.2011.0089⟩
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https://hal.science/hal-00661751/file/Tonon_et_al._OMICS_2011.pdf BibTex
titre
Do phages efficiently shuttle transposable elements among prokaryotes?
auteur
Sébastien Leclercq, Richard Cordaux
article
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (11), pp.3327-3331. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01395.x⟩
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BibTex
titre
The Smallest Grammar Problem as Constituents Choice and Minimal Grammar Parsing
auteur
Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez
article
Algorithms, 2011, 4, pp.262-284. ⟨10.3390/a4040262⟩
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https://inria.hal.science/inria-00638445/file/algorithms-04-00262-v2.pdf BibTex
titre
BioMart Central Portal: an open database network for the biological community
auteur
Jonathan M. Guberman, J. Ai, O. Arnaiz, Baran Joachim, Andrew Blake, Richard Baldock, Claude Chelala, David Croft, Anthony Cros, Rosalind J. Cutts, A. Di Génova, Simon Forbes, T. Fujisawa, E. Gadaleta, M. Goodstein D., Gunes Gundem, Bernard Haggarty, Syed Haider, Matthew D. Hall, Todd Harris, Robin Haw, S. Hu, Simon Hubbard, Jack Hsu, Vivek Iyer, Philip Jones, Toshiaki Katayama, R. Kinsella, Lei Kong, Daniel Lawson, Yong Liang, Núria López-Bigas, J. Luo, Michael Lush, Jeremy Mason, François Moreews, Nelson Ndegwa, Darren Oakley, Christian Perez-Llamas, Michael Primig, Elena Rivkin, S. Rosanoff, Rebecca Shepherd, Reinhard Simon, B. Skarnes, Damian Smedley, Linda Sperling, William Spooner, Peter Stevenson, Kevin Stone, J. Teague, Jun Wang, Jianxin Wang, Brett Whitty, T. Wong D., Marie Wong-Erasmus, L. Yao, Ken Youens-Clark, Christina Yung, Junjun Zhang, Arek Kasprzyk
article
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, pp.bar041. ⟨10.1093/database/bar041⟩
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https://inria.hal.science/inria-00638749/file/BioMart_Central_Portal-accepted.pdf BibTex
titre
Assemblathon 1: A competitive assessment of de novo short read assembly methods
auteur
Dent A. Earl, Keith Bradnam, John St. John, Aaron Darling, Dawei Lin, Joseph Faas, Hung On Ken Yu, Buffalo Vince, Daniel R. Zerbino, Mark Diekhans, Ngan Nguyen, Pramila Nuwantha, Ariyaratne Wing-Kin Sung, Zemin Ning, Matthias Haimel, Jared T. Simpson, Nuno A. Fronseca, Inanç Birol, T. Roderick Docking, Isaac Y. Ho, Daniel S Rokhsar, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Guillaume Chapuis, Delphine Naquin, Nicolas Maillet, Michael C. Schatz, David R. Kelly, Adam M. Phillippy, Sergey Koren, Shiaw-Pyng Yang, Wei Wu, Wen-Chi Chou, Anuj Srivastava, Timothy I. Shaw, J. Graham Ruby, Peter Skewes-Cox, Miguel Betegon, Michelle T. Dimon, Victor Solovyev, Petr Kosarev, Denis Vorobyev, Ricardo Ramirez-Gonzalez, Richard Leggett, Dan Maclean, Fangfang Xia, Ruibang Luo, Zhenyu Li, Yinlong Xie, Binghang Liu, Sante Gnerre, Iain Maccallum, Dariusz Przybylski, Filipe J. Ribeiro, Shuangye Yin, Ted Sharpe, Giles Hall, Paul J. Kersey, Richard Durbin, Shaun D. Jackman, Jarrod A. Chapman, Xiaoqiu Huang, Joseph L. Derisi, Mario Caccamo, Yingrui Li, David B. Jaffe, Richard M. Green, David Haussler, Ian Korf, Benedict Paten
article
Genome Research, 2011, ⟨10.1101/gr.126599.111⟩
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Effects of instrumental insemination and insemination quantity on Dufour's gland chemical profiles and vitellogenin expression in honey bee queens (Apis mellifera).
auteur
Freddie-Jeanne Richard, Coby Schal, David R Tarpy, Christina M Grozinger
article
Journal of Chemical Ecology, 2011, 37 (9), pp.1027-36. ⟨10.1007/s10886-011-9999-z⟩
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Integrating quantitative knowledge into a qualitative gene regulatory network.
auteur
Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Anne Siegel
article
PLoS Computational Biology, 2011, 7 (9), pp.e1002157. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002157⟩
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Un déluge de données
auteur
Christophe Blanchet, Olivier Collin
article
Biofutur, 2011
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The impact of endosymbionts on the evolution of host sex-determination mechanisms.
auteur
Richard Cordaux, Didier Bouchon, Pierre Grève
article
Trends in Genetics, 2011, 27 (8), pp.332-341. ⟨10.1016/j.tig.2011.05.002⟩
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Etude quantitative dálgorithmes de stéréovision pour les systèmes embarqués d'aide à la conduite
auteur
Mehdi Darouich, Stéphane Guyetant, Dominique Lavenier
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2011, 30 (5), pp.539-569
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Characterization of bacterial symbioses in Myrtea sp. (Bivalvia: Lucinidae) and Thyasira sp. (Bivalvia Thyasiridae) from a cold seep in the Eastern Mediterranean.
auteur
Terry Terry.Brissac@upmc.Fr Brissac, F. Rodrigues Clara, Olivier Gros, Sébastien Duperron
article
Marine Ecology, 2011, 32 (2), pp.198-210. ⟨10.1111/j.1439-0485.2010.00413.x⟩
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AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region
auteur
Frédéric Lecerc, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, Sandrine Lagarrigue, Olivier Demeure
article
Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Suppl 2), open access. ⟨10.1093/nar/gkr361⟩
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https://hal.science/hal-00597398/file/annotqtl.pdf BibTex
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Algorithm engineering for optimal alignment of protein structure distance matrices
auteur
Inken Wohlers, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau
article
Optimization Letters, 2011, ⟨10.1007/s11590-011-0313-3⟩
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https://inria.hal.science/inria-00586067/file/paper.pdf BibTex
titre
The spin glass delafossite CuFe 0.5 V 0.5 O 2 : a dipolar glass?
auteur
Kiran Singh, Antoine Maignan, Charles Simon, Vincent Hardy, Elise Pachoud, Christine Martin
article
Journal of Physics: Condensed Matter, 2011, 23 (12), pp.126005. ⟨10.1088/0953-8984/23/12/126005⟩
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titre
Variation of parasite load and immune parameters in two species of New Zealand shore crabs
auteur
Jessica Dittmer, Anson V Koehler, Freddie-Jeanne Richard, Robert Poulin, Mathieu Sicard
article
Parasitology Research, 2011, 109 (3), pp.759 - 767. ⟨10.1007/s00436-011-2319-2⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03856800/file/Dittmeretal_ParasitolRes%202011.pdf BibTex
titre
Vertebrate host protective immunity drives genetic diversity and antigenic polymorphism in Schistosoma mansoni.
auteur
S. Beltran, Benjamin Gourbal, Jérôme Boissier, David Duval, S. Kieffer-Jaquinod, R. J. Pierce, Christoph Grunau, A. Théron, G. Mitta
article
Journal of Evolutionary Biology, 2011, 24 (3), pp.554-72. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02190.x⟩
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QTL analysis of seed germination and pre-emergence growth at extreme temperatures in Medicago truncatula.
auteur
Paula Menna Barreto Dias, Sophie Brunel-Muguet, Caroline Dürr, Thierry Huguet, Didier Demilly, Marie-Hélène Wagner, Béatrice Teulat
article
TAG Theoretical and Applied Genetics, 2011, 122 (2), pp.429-44. ⟨10.1007/s00122-010-1458-7⟩
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titre
Fractal tiles associated with shift radix systems
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel, Wolfgang Steiner, Paul Surer, Jörg Thuswaldner
article
Advances in Mathematics, 2011, 226 (1), pp.139-175. ⟨10.1016/j.aim.2010.06.010⟩
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https://hal.science/hal-00407999/file/srstiling.pdf BibTex
titre
Maximum Contact Map Overlap Revisited
auteur
Rumen Andonov, Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev
article
Journal of Computational Biology, 2011, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1089/cmb.2009.0196⟩
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The Immune Cellular Effectors of Terrestrial Isopod Armadillidium vulgare: Meeting with Their Invaders, Wolbachia
auteur
F. Chevalier, J. Herbiniere-Gaboreau, J. Bertaux, M. Raimond, F. Morel, D. Bouchon, P. Greve, C. Braquart-Varnier
article
PLoS ONE, 2011, 6 (4), pp.e18531. ⟨10.1371/journal.pone.0018531⟩
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titre
Quantitative trait loci associated with drought tolerance in the model legume Medicago truncatula
auteur
Mounawer M. Badri, Fabien F. Chardon, Thierry T. Huguet, Mohamed Elarbi M. E. Aouani
article
Euphytica, 2011, 181 (3), pp.415 - 428. ⟨10.1007/s10681-011-0473-3⟩
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titre
SigReannot-mart: a query environment for expression microarray probe re-annotations.
auteur
François Moreews, Gaelle Rauffet, Patrice Dehais, Christophe C. Klopp
article
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar025. ⟨10.1093/database/bar025⟩
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https://inria.hal.science/inria-00638684/file/2011_Moreews_Database_1.pdf BibTex
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Use of Ephemeroptera as bioindicators of the occurrence of white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes)
auteur
F. Grandjean, J. Jandry, E. Bardon, A. Coignet, M.-C. Trouilhé, B. Parinet, C. Souty-Grosset, M. Brulin
article
Hydrobiologia, 2011, 671, pp.253-258. ⟨10.1007/s10750-011-0717-1⟩
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Growth and metal accumulation in Porcellio scaber exposed to poplar litter from Cd-, Pb-, and Zn-contaminated sites.
auteur
Jean-Philippe Godet, Sylvain Demuynck, Christophe Waterlot, Sébastien Lemière, Catherine Souty-Grosset, Renaud Scheifler, Francis Douay, Alain Leprêtre, Christelle Pruvot
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, 2011, 74 (3), pp.451-458. ⟨10.1016/j.ecoenv.2010.09.007⟩
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titre
A novel substitution matrix fitted to the compositional bias in Mollicutes improves the prediction of homologous relationships
auteur
Claire Lemaitre, Aurélien Barré, Christine Citti, Florence Tardy, François Thiaucourt, Pascal Sirand-Pugnet, Patricia Thébault
article
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (1), pp.457. ⟨10.1186/1471-2105-12-457⟩
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https://inria.hal.science/hal-00784414/file/1471-2105-12-457.pdf BibTex
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QTLs mapping of morphological traits related to salt tolerance in Medicago truncatula
auteur
Soumaya S. Arraouadi, Fabien F. Chardon, Thierry T. Huguet, Mohamed Elarbi M. E. Aouani, Mounawer M. Badri
article
Acta Physiologiae Plantarum, 2011, 33 (3), pp.917-926. ⟨10.1007/s11738-010-0621-8⟩
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Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
auteur
Amélie Véron, Claire Lemaitre, Christian Gautier, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
article
BMC Genomics, 2011, 12 (1), pp.303. ⟨10.1186/1471-2164-12-303⟩
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https://inria.hal.science/hal-00784423/file/1471-2164-12-303.pdf BibTex
titre
Directed Binary Hierarchies and Directed Ultrametrics
auteur
Israël-César C. Lerman, Pascale Kuntz
article
Journal of Classification, 2011, 28 (3), pp.272-296. ⟨10.1007/s00357-011-9091-y⟩
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titre
Identification of exotic North American crayfish in Europe by DNA barcoding
auteur
L. Filipova, F. Grandjean, C. Chucholl, D.M. Soes, A. Petrusek
article
Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2011, 401, 11p14. ⟨10.1051/kmae/2011025⟩
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titre
Designing Logical Rules to Model the Response of Biomolecular Networks with Complex Interactions: An Application to Cancer Modeling.
auteur
Carito Guziolowski, Sylvain Blachon, Tatiana Baumuratova, Gautier Stoll, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2011, 8 (5), pp.1223-1234. ⟨10.1109/TCBB.2010.71⟩
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titre
Disentangling the impact of demographic factors on population differentiation of an endangered freshwater crayfish (Austropotamobius pallipes) using population density and microsatellite data
auteur
N. Gouin, C. Souty-Grosset, J. Borquez, A. Bertin, F. Grandjean
article
Freshwater Biology, 2011, 56, pp.2105-2118. ⟨10.1111/j.1365-2427.2011.02629.x⟩
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Short- and long-term evolutionary dynamics of bacterial insertion sequences: insights from Wolbachia endosymbionts
auteur
Nicolas Cerveau, Sébastien Leclercq, Didier Bouchon, Richard Cordaux
article
Genome Biology and Evolution, 2011, 3, pp.1175-1186. ⟨10.1093/gbe/evr096⟩
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titre
Local protein threading by Mixed Integer Programming
auteur
Guillaume Collet, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat, Nicola Yanev
article
Discrete Applied Mathematics, 2011, 159 (16), pp.1707-1716. ⟨10.1016/j.dam.2010.05.024⟩
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titre
Simple Shared Motifs (SSM) in conserved region of promoters: a new approach to identify co-regulation patterns.
auteur
Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Le Meur, Nathalie Théret
article
BMC Bioinformatics, 2011, 12, pp.365. ⟨10.1186/1471-2105-12-365⟩
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https://hal.science/hal-00682075/file/Simple_Shared_Motifs-accepted.pdf BibTex
titre
A species-specific microsatellite marker to discriminate European Atlantic salmon, brown trout, and their hybrids
auteur
Charles Perrier, Frederic Grandjean, Jérôme Le Gentil, Corinne Cherbonnel, Guillaume Evanno
article
Conservation Genetics Resources, 2011, 3 (1), pp.131-133. ⟨10.1007/s12686-010-9307-1⟩
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titre
Remarkable abundance and evolution of mobile group II introns in Wolbachia bacterial endosymbionts.
auteur
Sébastien Leclercq, Isabelle Giraud, Richard Cordaux
article
Molecular Biology and Evolution, 2011, 28 (1), pp.685-697. ⟨10.1093/molbev/msq238⟩
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titre
Armadillidium virgo n. sp. from caves in southeastern Sicily:Is it a parthenogenetic species? (Crustacea, Isopoda, Oniscidea)
auteur
D. Caruso, D. Bouchon
article
Italian Journal of Zoology, 2011, 78 (1), pp.96-100
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titre
Genetically regulated metabolic networks: Gale-Nikaido modules and differential inequalities
auteur
Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Elisabeth Pecou, Clément Chatelain, Sandrine Lagarrigue
article
Transactions on Computational Systems Biology, 2011, Transactions on Computational Systems Biology XIII, 6575 (Lecture Notes in Computer Science 6575), pp.110-130. ⟨10.1007/978-3-642-19748-2_6⟩
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titre
Current conservation strategies for European crayfish
auteur
P. Kozak, L. Füreder, J. Reynolds, C. Souty-Grosset, A. Kouba
article
Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2011, 401, pp.1-8. ⟨10.1051/kmae/2011018⟩
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titre
Haplotype variation in the spiny-cheek crayfish Orconectes limosus: colonization of Europe and genetic diversity of native stocks
auteur
L. Filipova, D. A. Lieb, F. Grandjean, A. Petrusek
article
Journal of the North American Benthological Society, 2011, 30 (4), pp.871-881
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titre
An Expressed Sequence Tag collection from the male antennae of the Noctuid moth Spodoptera littoralis: a resource for olfactory and pheromone detection research.
auteur
Fabrice Legeai, Sébastien Malpel, Nicolas Montagné, Christelle Monsempes, François Cousserans, Christine Merlin, Marie-Christine François, Martine Maïbèche-Coisné, Frédérick F. Gavory, Julie Poulain, Emmanuelle Jacquin-Joly
article
BMC Genomics, 2011, 12 (86), pp.86. ⟨10.1186/1471-2164-12-86⟩
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https://u-bourgogne.hal.science/hal-00723049/file/publi_4128.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
A symmetry-driven BP algorithm for the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
article
IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Nov 2011, Atlanta, United States
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titre
A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data
auteur
Pierre Blavy, Florence Gondret, Sven Thiele, Carito Guziolowski, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, François Moreews, Anne Siegel
article
4. International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras; Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland
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https://hal.inrae.fr/hal-02748096/file/44518_20111018033227419_1.pdf BibTex
titre
Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS (New Generation Sequencing)
auteur
Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurélien Roult, Clément Gauthey, Christophe Blanchet, Tiphaine Martin
article
Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France
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https://hal.science/hal-00653023/file/rencontres_scientifiques_France_Grilles_GRISBI_NGS_TMartin.pdf BibTex
titre
Importance de l'impulsion de pouvoirs locaux dans la dynamique partenariale transversale. Le Plan de Cohésion Sociale et la méthode ouverte de coordination
auteur
Laurence Meire
article
International Conference "Sustainable economics within the new culture of development". ENTI. September 12th-14th 2011, Sep 2011, Liège, Belgique
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titre
Parallel and memory-efficient reads indexing for genome assembly
auteur
Rayan Chikhi, Guillaume Chapuis, Dominique Lavenier
article
Parallel Bio-Computing 2011, Sep 2011, torun, Poland
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https://inria.hal.science/inria-00637536/file/CP144.pdf BibTex
titre
Localized genome assembly from reads to scaffolds: practical traversal of the paired string graph
auteur
Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
article
WABI 2011, Sep 2011, Sarrebruck, Germany. ⟨10.1007/978-3-642-23038-7_4⟩
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https://inria.hal.science/inria-00637535/file/wabi11_camera.pdf BibTex
titre
Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem
auteur
Noël Malod-Dognin, Mathilde Le Boudic-Jamin, Pritish Kamath, Rumen Andonov
article
11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011), Max-Planck-Institute für Informatics, Sep 2011, Saarbrücken, Germany. pp.201-212, ⟨10.1007/978-3-642-23038-7_18⟩
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https://inria.hal.science/inria-00609432/file/RR-7688.pdf BibTex
titre
Finding Long and Multiple Repeats with Edit Distance
auteur
Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
The Prague Stringology Conference 2011, Aug 2011, Prague, Czech Republic
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titre
biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics
auteur
Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Laetitia Jourdan, Dominique Lavenier, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré
article
JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France
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titre
OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment
auteur
François Moreews, Jonathan Piat, Olivier Sallou
article
BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria
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titre
SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation
auteur
Jonathan Piat, François Moreews, Olivier Collin, Dominique Lavenier, Alexandre Cornu
article
SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States
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https://inria.hal.science/inria-00638694/file/SLICEE-SERVICES-FINAL_em.pdf BibTex
titre
Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS
auteur
Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurelien Roult, Clement Gauthier, Christophe Blanchet, Tiphaine Martin
article
JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France
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titre
RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique
auteur
Christophe Blanchet, Clément Gauthey, Christophe C. Caron, Olivier Collin, Stephane Delmotte, Tiphaine Martin, Aurelien Roult, Franck Samson, Bruno Spataro
article
JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France
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titre
Sparsifying Distance Matrices for Protein-Protein Structure Alignments
auteur
Antonio Mucherino, Inken Wohlers, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov
article
CTW2011, Jun 2011, Rome, Italy
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titre
Présentation des Centres Bioinformatiques Régionaux : RENABI-GO
auteur
Tiphaine Martin, Christophe C. Caron, Olivier Collin
article
Journées GRISBI 2011 : scientifiques et technologique, Christophe Blanchet and Christophe Caron and Olivier Collin and Stéphane Delmotte and Clément Gauthey and Tiphaine Martin and Franck Samson and Bruno Spataro, May 2011, Lyon, France
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titre
AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region
auteur
Frédéric Lecerf, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Anne Blum, Sandrine Lagarrigue, Olivier O. Demeure
article
15th QTLMAS, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Génétique Animale (0598)., May 2011, Rennes, France
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titre
GPU Accelerted QTLMap
auteur
Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Pascale Le Roy, Jean-Michel Elsen, Dominique Lavenier
article
The 15th QTL-MAS workshop, May 2011, -, France
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titre
Development of a new magnetocaloric material used in a magnetic refrigeration device
auteur
Frédéric Guilloud, Ulrich Legait, Afef Kedous-Lebouc, Vincent Hardy
article
First Euro Mediterranean Meeting on Functionalized Materials EMM-FM, Mar 2011, Sousse, Tunisia
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titre
Froid magnétique
auteur
Vincent Hardy, B. Chevalier, Daniel Fruchart, Afef Kedous-Lebouc, Cyrille Train
article
Colloque PIE CNRS, Mar 2011, Montpellier, France
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titre
Two types of transcriptional repression in living cells of [i]Bacillus subtilis[/i] characterized by number and brightness analysis
auteur
Matthew L. Ferguson, Dominique Le Coq, Matthieu Jules, Bryan Chun, Stephane Aymerich, Ovidiu Radulescu, Nathalie Declerck, Catherine A. Royer
article
55. Annual Meeting of the Biophysical-Society, Mar 2011, Baltimore, Maryland, United States. ⟨10.1016/j.bpj.2010.12.1179⟩
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https://hal.science/hal-01190611/file/1-s2.0-S0006349510026822-main_1.pdf BibTex
titre
Identification rapide de familles protéiques par dominance
auteur
Mathilde Le Boudic-Jamin, Noël Malod-Dognin, Alexandre Cornu, Jacques Nicolas, Rumen Andonov
article
12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), École Nationale Supérieure des Mines de Saint-Étienne, Mar 2011, Saint-Étienne, France. pp.791-792
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https://inria.hal.science/inria-00611457/file/RR-7696.pdf BibTex
titre
HLS Tools for FPGA : faster development with better performances
auteur
Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier
article
Proceeding of the 7th International Symposium on Applied Reconfigurable Computing, Feb 2011, Belfast, United Kingdom. pp.67-78
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https://hal.science/hal-00637830/file/Lav11ca.pdf BibTex
titre
Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
auteur
Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan, Dominique Lavenier, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré
article
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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https://inria.hal.science/inria-00623390/file/bosc11.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
GPU accelerated RNA folding algorithm
auteur
Dominique Lavenier, Guillaume Rizk, Sanjay Rajopadhye
article
Wen-mei W. Hwu. GPU Computing Gems, ELSEVIER, pp.560, 2011, ⟨10.1016/B978-0-12-384988-5.00014-0⟩
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titre
Probabilistic Approaches for Investigating Biological Networks
auteur
Jérémie Bourdon, Damien Eveillard
article
Mourad Elloumi, Albert Y. Zomaya. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley, pp.1066, 2011
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titre
Evolutionary Dynamics and Genomic Impact of Prokaryote Transposable Elements
auteur
N. Cerveau, S. Leclercq, D. Bouchon, R. Cordaux
article
Pierre Pontarotti. Evolutionary Biology: Concepts, Biodiversity, Macroevolution and Genome Evolution, Springer Verlag, pp.291-312, 2011, 978-3-642-20762-4. ⟨10.1007/978-3-642-20763-1_17⟩
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Mémoire d'étudiant

titre
Apprentissage de grammaires algébriques par alignement multiple de séquences protéiques
auteur
Gaelle Garet
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2011
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Autre publication scientifique

titre
How to accelerate genomic sequence alignment 4X using half an FPGA
auteur
Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier
article
2011
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Poster de conférence

titre
AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region
auteur
Frédéric Lecerf, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, Sandrine Lagarrigue, Olivier O. Demeure
article
12. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2011, JOBIM 2011
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https://hal.inrae.fr/hal-02746728/file/49613_20120426104917419_1.pdf BibTex

Rapport

titre
kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
auteur
Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, J. Kielbassa, Pavlos Antoniou, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
article
[Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12
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https://inria.hal.science/hal-00654249/file/RR-7852.pdf BibTex
titre
Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes
auteur
Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas
article
[Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24
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https://inria.hal.science/hal-00643408/file/PI1986total.pdf BibTex
titre
Mapsembler, targeted assembly of larges genomes on a desktop computer
auteur
Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi
article
[Research Report] RR-7565, INRIA. 2011, pp.17
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https://inria.hal.science/inria-00577218/file/RR-7565.pdf BibTex

Thèse

titre
Dynamique évolutive des éléments transposables de type séquence d'insertion dans les génomes des bactéries endosymbiotiques Wolbachia
auteur
Nicolas Cerveau
article
Biodiversité et Ecologie. Université de Poitiers, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00966872/file/These_de_N._CERVEAU.pdf BibTex
titre
La symbiose à Wolbachia ( -protéobactérie) : impacts sur le système immunitaire et l'immunocompétence de son hôte Armadillidium vulgare (crustacé isopode)
auteur
Frédéric Chevalier
article
Biodiversité et Ecologie. Université de Poitiers, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00669717/file/F._CHEVALIER_.pdf BibTex
titre
Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem
auteur
Matthias Gallé
article
Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2011. English. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00595494/file/thesis.pdf BibTex
titre
Parallélisation sur matériel graphique : contributions au repliement d'ARN et à l'alignement de séquences
auteur
Guillaume Rizk
article
Computer Science [cs]. Université Rennes 1, 2011. English. ⟨NNT : 2011REN1S021⟩
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https://theses.hal.science/tel-00634901/file/RIZK_Guillaume.pdf BibTex

2010

Article dans une revue

titre
GermOnline 4.0 is a genomics gateway for germline development, meiosis and the mitotic cell cycle
auteur
Aurélie Lardenois, Alexandre Gattiker, Olivier Collin, Frédéric Chalmel, Michael Primig
article
Database -Weston-, 2010, pp.baq030. ⟨10.1093/database/baq030⟩
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titre
Statistical Properties of Factor Oracles
auteur
Jérémie Bourdon, Irena Rusu
article
Journal of Discrete Algorithms, 2010, LNCS, 9 (2011), pp.59-66. ⟨10.1007/978-3-642-02441-2⟩
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https://hal.science/hal-00415952/file/BourdonRusu.pdf BibTex
titre
GASSST: Global Alignment Short Sequence Search Tool
auteur
Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
article
Bioinformatics, 2010, 26 (20), pp 2534-2540
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titre
Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
auteur
Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, Marie-France Sagot
article
Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp.1897-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq301⟩
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titre
Bioinformatic prediction, deep sequencing of microRNAs and expression analysis during phenotypic plasticity in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum.
auteur
Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, Thomas Walsh, Owain Edwards, Karl Gordon, Dominique Lavenier, Nathalie Leterme, Agnès Méreau, Jacques Nicolas, Denis Tagu, Stéphanie Jaubert-Possamai
article
BMC Genomics, 2010, 11 (1), pp.281. ⟨10.1186/1471-2164-11-281⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00482283/file/1471-2164-11-281.pdf BibTex
titre
Analysis of virion structural components reveals vestiges of the ancestral ichnovirus genome.
auteur
Anne-Nathalie Volkoff, Véronique Jouan, Serge Urbach, Sylvie Samain, Max Bergoin, Patrick Wincker, Edith Demettre, François Cousserans, Bertille Provost, Fasseli Coulibaly, Fabrice Legeai, Catherine Béliveau, Michel Cusson, Gabor Gyapay, Jean-Michel Drezen
article
PLoS Pathogens, 2010, 6 (5), pp.e1000923. ⟨10.1371/journal.ppat.1000923⟩
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https://inria.hal.science/inria-00537901/file/42733_20110131040835072_1.pdf BibTex
titre
Extensive synteny conservation of holocentric chromosomes in Lepidoptera despite high rates of local genome rearrangements.
auteur
E. d'Alençon, H. Sezutsu, Fabrice Legeai, E. Permal, S. Bernard-Samain, S. Gimenez, C. Gagneur, F. Cousserans, M. Shimomura, A. Brun-Barale, T. Flutre, A. Couloux, P. East, K. Gordon, K. Mita, H. Quesneville, P. Fournier, R. Feyereisen
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2010, 107 (17), pp.7680-5. ⟨10.1073/pnas.0910413107⟩
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https://inria.hal.science/inria-00537908/file/45295_20110131040726116_1.pdf BibTex
titre
A parallel scheme for comparing transcription factor binding sites matrices
auteur
Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 8 (3), pp.18
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titre
Décoder le vivant
auteur
Jacques Nicolas
article
Interstices, 2010
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titre
Model of cap-dependent translation initiation in sea urchin: a step towards the eukaryotic translation regulation network.
auteur
Robert Bellé, Sylvain Prigent, Anne Siegel, Patrick Cormier
article
Molecular Reproduction and Development, 2010, 77 (3), pp.257-64. ⟨10.1002/mrd.21142⟩
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titre
Comparative analysis of the Acyrthosiphon pisum genome and expressed sequence tag-based gene sets from other aphid species.
auteur
Morgane Ollivier, Fabrice Legeai, Claude Rispe
article
Insect Molecular Biology, 2010, 19 Suppl 2 (s2), pp.33-45. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00976.x⟩
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titre
Female-extended control over their reproductive investment: the role of early mating interactions on oocyte maturation in the terrestrial crustacean Armadillidium vulgare (Latreille, 1804)
auteur
Fabrice Lefebvre, Y. Caubet
article
Invertebrate Reproduction and Development, 2010, 54 (4), pp.177-186
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titre
DNA Slippage Occurs at Microsatellite Loci without Minimal Threshold Length in Humans: A Comparative Genomic Approach
auteur
Sébastien Leclercq, Eric Rivals, Philippe Jarne
article
Genome Biology and Evolution, 2010, 2, pp.325-335. ⟨10.1093/gbe/evq023⟩
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https://hal.science/hal-00493962/file/Leclercq_Genome-Biol-evol_2010_vol_2_p325-35_1.pdf BibTex
titre
Effects of queen mandibular pheromone on nestmate recognition in worker honeybees, Apis mellifera
auteur
Y.L. Fan, F.-J. Richard, N. Rouf, C. M. Grozinger
article
Animal Behaviour, 2010, 79 (3), pp.649-656. ⟨10.1016/j.anbehav.2009.12.013⟩
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titre
Land-use in headwaters and distribution of the native white-clawed crayfish Austropotamobius pallipes (Lereboullet) in a stream from the Poitou-Charentes region
auteur
C. Souty-Grosset, V Hardy, R. Raimond, L. Ollivier
article
Freshwater Crayfish, 2010, 17, pp.129-134
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titre
Terrestrial Isopods Diversity Related to Irrigation and Agricultural Practices in Norht-East of Tunisia
auteur
M. Fraj, F.C. Cheikhrouha, C. Souty-Grosset
article
Anadolu Tarim Bilim, 2010, 25(S-3), pp.217-223
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titre
Que sait-on du déterminisme de la qualité des huiles du tournesol face aux nouvelles attentes ?
auteur
Monique Berger, Alicia Ayerdi-Gotor, Ahmad Sarrafi, Pierre Maury, Jean Daydé, Anne Calmon
article
Oléagineux, Corps Gras, Lipides, 2010, 17 (3), pp.171-184
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titre
Genetic variability of Austropotamobius italicus in the Marches region: implications for conservation
auteur
R. Cataudella, M. Paolucci, C. Delaunay, A. Ropiquet, A. Hassanin, M. Balsamo, F. Grandjean
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2010, 20 (3), pp.261-268. ⟨10.1002/aqc.1099⟩
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titre
Computational methods for the analysis of primate mobile elements.
auteur
Richard Cordaux, Shurjo K Sen, Miriam K Konkel, Mark A Batzer
article
Methods in Molecular Biology, 2010, 628, pp.137-151. ⟨10.1007/978-1-60327-367-1_8⟩
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titre
Impact of Soil Quality On The Distribution of Terrestrial Isopods in some Tunisian Wetlands
auteur
H. Khemaissia, C. Souty-Grosset, K. Nasri-Ammar
article
Anadolu Tarim Bilim, 2010, 25(S-2), pp.131-136
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titre
Variations of immune parameters in terrestrial isopods: a matter of gender, aging and Wolbachia
auteur
M. Sicard, F. Chevalier, M. de Vlechouver, D. Bouchon, P. Greve, C. Braquart-Varnier
article
Die Naturwissenschaften, 2010, 97 (9), pp.819-826
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titre
Localizing potentially active post-transcriptional regulations in the Ewing's sarcoma gene regulatory network.
auteur
Tatiana Baumuratova, Didier Surdez, Bernard Delyon, Gautier Stoll, Olivier Delattre, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
BMC Systems Biology, 2010, 4 (1), pp.146. ⟨10.1186/1752-0509-4-146⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00984711/file/1752-0509-4-146.pdf BibTex
titre
AphidBase: a centralized bioinformatic resource for annotation of the pea aphid genome.
auteur
Fabrice Legeai, Shuji Shigenobu, Jean-Pierre Gauthier, John Colbourne, Claude Rispe, Olivier Collin, Stephen Richards, A.C.C. Wilson, Terence Murphy, Denis Tagu
article
Insect Molecular Biology, 2010, 19 (s2), pp.5-12. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00930.x⟩
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BibTex
titre
Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
article
Serdica Journal of Computing, 2010, 4 (1), pp.93--100
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BibTex
titre
Insertion Sequence Inversions Mediated by Ectopic Recombination between Terminal Inverted Repeats
auteur
A. Ling, R. Cordaux
article
PLoS ONE, 2010, 5 (12), pp.e15654. ⟨10.1371/journal.pone.0015654⟩
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BibTex
titre
Rational numbers with purely periodic $\beta$-expansion
auteur
Boris Adamczewski, Christiane Frougny, Anne Siegel, Wolfgang Steiner
article
Bulletin of the London Mathematical Society, 2010, 42 (3), pp.538-552. ⟨10.1112/blms/bdq019⟩
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https://hal.science/hal-00400799/file/AFSS.pdf BibTex
titre
Asymptotology of Chemical Reaction Networks
auteur
Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev
article
Chemical Engineering Science, 2010, 65 (7), pp.2310-2324. ⟨10.1016/j.ces.2009.09.005⟩
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https://arxiv.org/pdf/0903.5072 BibTex
titre
ModuleOrganizer: detecting modules in families of transposable elements.
auteur
Sebastien Tempel, Christine Rousseau, Fariza Tahi, Jacques Nicolas
article
BMC Bioinformatics, 2010, 11, pp.474. ⟨10.1186/1471-2105-11-474⟩
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BibTex
titre
Sex and stripping: The key to the intimate relationship between Wolbachia and host?
auteur
L. Negri, M. Pellecchia, P. Greve, Daniele Daffonchio, C. Bandi, A. Alma
article
Communicative and Integrative Biology, 2010, 3 (2), pp.110-115
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titre
Cryptic diversity within the invasive virile crayfish Orconectes virilis (Hagen, 1870) species complex: new lineages recorded in both native and introduced ranges
auteur
L. Filipova, D. Holdich, J. Lesobre, F. Grandjean, A. Petrusek
article
Biological Invasions, 2010, 12, pp.983-989. ⟨10.1007/s10530-009-9526-0⟩
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Communication dans un congrès

titre
Observa, an observatory for social innovation in Chapelle-lez-Herlaimont.
auteur
Laurence Meire, Eric Bernard
article
9th International Conference of Territorial Intelligence of ENTI "Ecological and Social Innovation", Nov 2010, Strasbourg, France
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titre
Oscile
auteur
Cathy Charlier, Jérôme Montfort, Olivier Chabrol, François Moreews, M. Salhab, Laurent Richard-Parpaillon, Rozenn Dalbies-Tran, Christelle Hennequet-Antier, Franck Chesnel, Svetlana Uzbekova, Pierre Pontarotti, Julien Bobe
article
VIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France
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BibTex
titre
Using Semantic Web Technologies for Clinical Trial Recruitment
auteur
Paolo Besana, Marc Cuggia, Oussama Zekri, Annabel Bourdé, Anita Burgun
article
9th International Semantic Web Conference, ISWC 2010, Nov 2010, Shangai, China. pp.34-49, ⟨10.1007/978-3-642-17749-1_3⟩
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titre
Identifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
auteur
Pierre Peterlongo, Nicolas Schnel, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
String Processing and Information Retrieval, Oct 2010, Los Cabos, Mexico. pp.147-158, ⟨10.1007/978-3-642-16321-0_14⟩
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https://inria.hal.science/inria-00514887/file/kisSnp_spire_reviewed.pdf BibTex
titre
Remarkable abundance and evolution of mobile group II introns in Wolbachia bacterial endosymbionts: evolutionary dynamics and genomic impact
auteur
Sébastien Leclercq, Richard Cordaux
article
14. Evolutionary Biology Meeting at Marseilles, Association pour l'Etude de l'Evolution Biologique., Sep 2010, Marseilles, France
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BibTex
titre
Modelling Biological Sequences by Grammatical Inference
auteur
François Coste
article
ICGI 2010 Tutorial Day, José M. Sempere and Pedro Garcias, Sep 2010, Valencia, Spain
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https://inria.hal.science/inria-00531552/file/tutoICGI2010_coste_biblio.pdf BibTex
titre
BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques
auteur
Philippe Picouet, Z. Doughi, Loraine Brillet, Erwan Corre, Christophe Caron, Olivier Collin, François Moreews, Xavier Bailly
article
JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France
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BibTex
titre
ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique
auteur
Christophe Blanchet, Clément Gauthey, Olivier Collin, Tiphaine Martin, Nouredine Melab, Frederic Plewniak, Franck Samson, Bruno Spataro, Christophe Caron
article
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France
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BibTex
titre
Complex update strategies for Probabilistic Boolean Networks
auteur
Théo Merle, Jérémie Bourdon
article
7th Workshop on Computational Systems Biology, Jun 2010, Luxembourg, France. pp.4
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BibTex
titre
Prediction and analyzes of non coding RNA sequences in the pea aphid genome
auteur
Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, T. Walsh, Owain Edwards, Jacques Nicolas, Denis Tagu, Stéphanie Jaubert-Possamai
article
Arthropods Genomics, Jun 2010, Kansas City, United States
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BibTex
titre
A New Tree Distance Metric for Structural Comparison of Sequences
auteur
Matthias Gallé
article
Dagstuhl Seminar: Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies, Jun 2010, Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany
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https://inria.hal.science/inria-00559265/file/dagstuhl2010.pdf BibTex
titre
Choosing Word Occurrences for the Smallest Grammar Problem
auteur
Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, G. Infante-Lopez
article
LATA, May 2010, Trier, Germany
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BibTex
titre
An optimized filter for finding multiple repeats in DNA sequences
auteur
Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti
article
2010 ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications, May 2010, HAMMAMET, Tunisia
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BibTex
titre
SHREC'10 Track: Protein Models
auteur
Lazaros Mavridis, Vishwesh Venkatraman, David Ritchie, Naoto Morikawa, Rumen Andonov, Alexandre Cornu, Noël Malod-Dognin, Jacques Nicolas, Maja Temerinac-Ott, Marco Reisert, Hans Burkhardt, Apostolos Axenopoulos, Petros Daras
article
Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval - 3DOR 2010, May 2010, Norrköping, Sweden
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https://inria.hal.science/inria-00536680/file/mavridis_shrec10.pdf BibTex
titre
Maximum Cliques in Protein Structure Comparison
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
article
SEA 2010 9th International Symposium on Experimental Algorithms, May 2010, Naples, Italy. pp.106-117, ⟨10.1007/978-3-642-13193-6_10⟩
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https://inria.hal.science/inria-00536700/file/Cliques_2010.pdf BibTex
titre
Repair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming
auteur
Martin Gebser, Carito Guziolowski, Mihail Ivanchev, Torsten Schaub, Anne Siegel, Philippe Veber, Sven Thiele
article
Principles of Knowledge Representation and Reasoning, 2010, Toronto, Canada
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BibTex
titre
MolliGen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes
auteur
Aurélien Barré, Claire Lemaitre, Patricia Thebault, Antoine de Daruvar, Alain Blanchard, Pascal Sirand-Pugnet
article
Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010., 2010, Italy
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Chapitre d'ouvrage

titre
Seed-Based Parallel Protein SequenceComparison Combining Multithreading, GPU, and FPGA technologies
auteur
Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen
article
Bioinformatics: High Performance Parallel Computer Architectures, Taylor & Francis Group / CRC Press, pp.181-202, 2010
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BibTex
titre
Parallel Genomic Sequence Comparison
auteur
Dominique Lavenier
article
Parallel and Distributed Computing, INTECH, pp.273-290, 2010
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BibTex
titre
Filters and seeds approaches for fast homology searches in large datasets
auteur
Nadia Pisanti, Mathieu Giraud, Pierre Peterlongo
article
Algorithms in computational molecular biology, 2010, ⟨10.1002/9780470892107.ch15⟩
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https://inria.hal.science/inria-00425370/file/Elloumi2010.pdf BibTex
titre
Infraorder astacidea Latreille, 1802 P.O. : The freshwater crayfish
auteur
F. Gherardi, C. Souty-Grosset, G. Vogt, J. Dieguez-Uribeondo, K. A. Crandall
article
The Crustacea Part A+B, Decapoda, BRILL, pp.269-423, 2010
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BibTex
titre
Substitutions, Rauzy fractals and tilings
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
article
Cambridge University Press. Combinatorics, Automata and Number Theory, 135, Cambridge University Press, 2010, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 9780521515979
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BibTex
titre
A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows
auteur
Sophie Lemosquet, Oumarou Abdou-Arbi, Anne Siegel, Jocelyne Guinard-Flament, Jaap J. van Milgen, Jérémie Bourdon
article
D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9
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BibTex

Poster de conférence

titre
A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources
auteur
Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, Marie-France Sagot, Toni Gabaldon, Olivier Collin, Hubert Charles, Denis Tagu
article
10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010
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https://hal.science/hal-01231276/file/Legeai_2010_1063-Hinxton_GenInfo_09_2010_%7B06805077-A6F5-4940-9649-A6D8FAA9200E%7D.pdf BibTex

Rapport

titre
Comparing Protein 3D Structures Using A_purva
auteur
Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev, Rumen Andonov
article
[Research Report] RR-7464, INRIA. 2010, pp.9
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https://inria.hal.science/inria-00539939/file/RR-7464.pdf BibTex
titre
Compression de séquences d'A.D.N. à base de grammaires minimales
auteur
Perrin Matthieu
article
[Stage] 2010, pp.14
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titre
Modélisation du Signal TGF-b : De lObtention des données à la Simulation
auteur
Geoffroy Andrieux, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
[Stage] 2010
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titre
Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries
auteur
Sevellec Maelle
article
[Stage] 2010, pp.71
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BibTex
titre
Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fond´es sur une échelle de probabilité
auteur
Israël-César C. Lerman, Sylvie Guillaume
article
[Rapport de recherche] RR-7187, INRIA. 2010, pp.88
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https://inria.hal.science/inria-00451952/file/RR-7187.pdf BibTex

Thèse

titre
Alignements locaux pour la reconnaissance de repliements des protéines par programmation linéaire en nombres entiers
auteur
Guillaume Collet
article
Modélisation et simulation. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00512725/file/manuscrit_GC.pdf BibTex
titre
Structure et Evolution du Génome Mitochondrial des Oniscidea (Crustacea, Isopoda)
auteur
V. Doublet
article
Ecologie, Environnement. Université de Poitiers, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00586370/file/thA_se_VD.pdf BibTex
titre
Identification des éléments clefs du métabolisme des lipides et de leurs régulateurs
auteur
Pierre Blavy
article
Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00541207/file/These.pdf BibTex
titre
La comparaison structurale des protéines : de la maximisation du recouvrement de cartes de contacts à l'alignement basé sur les distances
auteur
Noël Malod-Dognin
article
Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2010. English. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-00509142/file/these.pdf BibTex
titre
Analysis of Large-Scale Biological Networks with Constraint-Based Approaches over Static Models
auteur
Carito Guziolowski
article
Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2010. English. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00541903/file/PhD_thesis.pdf BibTex

2009

Article dans une revue

titre
Décoder le vivant
auteur
Jacques Nicolas
article
DocSciences, 2009, Le numérique et les sciences du vivant, 8, pp.26-33
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BibTex
titre
Paired-end read length lower bounds for genome re-sequencing
auteur
Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
article
BMC Bioinformatics, 2009, ⟨10.1186/1471-2105-10-S13-O2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00426856/file/1471-2105-10-S13-O2.pdf BibTex
titre
PLAST: parallel local alignment search tool for database comparison
auteur
van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.24
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https://inria.hal.science/inria-00425301/file/plast_revu.pdf https://inria.hal.science/inria-00425301/file/additional_file1.pdf https://inria.hal.science/inria-00425301/file/additional_file2.pdf https://inria.hal.science/inria-00425301/file/additional_file3.pdf BibTex
titre
A minimal model for hepatic fatty acid balance during fasting: Application to PPAR alpha-deficient mice
auteur
Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, P.G.P. Martin, Jaap J. van Milgen, Ovidiu Radulescu, A. Siegel
article
Journal of Theoretical Biology, 2009, 261 (2), pp.266. ⟨10.1016/j.jtbi.2009.07.025⟩
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https://hal.science/hal-00559147/file/PEER_stage2_10.1016%252Fj.jtbi.2009.07.025.pdf BibTex
titre
Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase
auteur
Elodie Fleury, Arnaud Huvet, Christophe Lelong, Julien de Lorgeril, Viviane Boulo, Yannick Gueguen, Evelyne Bachère, Arnaud Tanguy, Dario Moraga, Caroline Fabioux, Penelope Lindeque, Jenny Shaw, Richard Reinhardt, Patrick Prunet, Grace Davey, Sylvie Lapegue, Christopher Sauvage, Charlotte Corporeau, Jeanne Moal, Frédérick F. Gavory, Patrick Wincker, François Moreews, Christophe C. Klopp, Michel Mathieu, Pierre Boudry, Pascal Favrel
article
BMC Genomics, 2009, 10 (341), pp.341. ⟨10.1186/1471-2164-10-341⟩
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https://inria.hal.science/inria-00435769/file/art_10.1186_1471-2164-10-341.pdf BibTex
titre
sigReannot: an oligo-set re-annotation pipeline based on similarities with the Ensembl transcripts and Unigene clusters.
auteur
Casel Pierrot, François Moreews, Christophe C. Klopp
article
BMC Proceedings, 2009, 3 (4), pp.1-5. ⟨10.1186/1753-6561-3-S4-S3⟩
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https://inria.hal.science/inria-00435746/file/2009_Casel_BioMed-Central_1.pdf BibTex
titre
GPU-based Parallel SVM Algorithm
auteur
Thanh Nghi Do, Van-Hoa Nguyen, François Poulet
article
Journal of Frontiers of Computer Science and Technology, 2009, 3 (4), pp.368-377
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titre
Temporal constraints of a gene regulatory network: refining a qualitative simulation
auteur
Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
article
BioSystems, 2009, pp.10.1016/j.biosystems.2009.05.002. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.05.002⟩
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titre
In-place update of suffix array while recoding words
auteur
Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste
article
International Journal of Foundations of Computer Science, 2009, 20 (6), pp.1025-1045. ⟨10.1142/S0129054109007029⟩
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https://inria.hal.science/inria-00471599/file/SAupdate_ijfcs_2008.pdf BibTex
titre
Fine-scale genetic structure of Atlantic salmon (Salmo salar) using microsatellite markers: effects of restocking and natural recolonization
auteur
F. Grandjean, S. Verne, C. Cherbonnel, A. Richard
article
Freshwater Biology, 2009, 54, pp.417-433. ⟨10.1111/j.1365-2427.2008.02116.x⟩
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BibTex
titre
Size Regulation in the Segmentation of Drosophila: Interacting Interfaces between Localized Domains of Gene Expression Ensure Robust Spatial Patterning
auteur
S.A. Vakulenko, Manu Manu, John Reinitz, Ovidiu Radulescu
article
Physical Review Letters, 2009, 103, pp.168102
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BibTex
titre
A Hybrid Algorithm for the Unbounded Knapsack Problem
auteur
Vincent Poirriez, Nicola Yanev, Rumen Andonov
article
Discrete Optimization, 2009, 6, pp.110-124. ⟨10.1016/j.disopt.2008.09.004⟩
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https://inria.hal.science/inria-00335065/file/jvers08.pdf BibTex
titre
flowCore: a Bioconductor package for high throughput flow cytometry.
auteur
Florian Hahne, Nolwenn Le Meur, Ryan R Brinkman, Byron Ellis, Perry Haaland, Deepayan Sarkar, Josef Spidlen, Errol Strain, Robert Gentleman
article
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.106. ⟨10.1186/1471-2105-10-106⟩
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BibTex
titre
CRISPI: a CRISPR Interactive database
auteur
Christine Rousseau, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Jacques Nicolas
article
Bioinformatics, 2009, 25 (24), pp.3317-3318. ⟨10.1093/bioinformatics/btp586⟩
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https://inria.hal.science/inria-00438512/file/crispri.pdf BibTex
titre
Knowledge based identification of essential signaling from genome-scale siRNA experiments.
auteur
Armand Bankhead, Iliana Sach, Chester Ni, Nolwenn Lemeur, Mark Kruger, Marc Ferrer, Robert Gentleman, Carol Rohl
article
BMC Systems Biology, 2009, 3 (1), pp.80. ⟨10.1186/1752-0509-3-80⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00663618/file/1752-0509-3-80.pdf BibTex
titre
Queen reproductive state modulates pheromone production and queen-worker interactions in honeybees
auteur
S.D. Kocher, F.J. Richard, D.R. Tarpy, C.M. Grozinger
article
Behavioral Ecology and Sociobiology, 2009, pp.1-8. ⟨10.1093/beheco/arp090⟩
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titre
In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking.
auteur
Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Lemeur, Nathalie Théret
article
BMC Research Notes, 2009, 2 (1), pp.193. ⟨10.1186/1756-0500-2-193⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00663589/file/1756-0500-2-193.pdf BibTex
titre
Partial Resistance of Medicago truncatula to Aphanomyces euteiches Is Associated with Protection of the Root Stele and Is Controlled by a Major QTL Rich in Proteasome-Related Genes
auteur
Naceur Djebali, Alain Jauneau, Carine Ameline, Fabien Chardon, Valérie Jaulneau, Catherine Mathé, Arnaud Bottin, Marc Cazaux, Marie-Laure Pilet-Nayel, Alain Baranger, Mohamed Elarbi Aouani, Marie-Thérèse Esquerré-Tugayé, Bernard Dumas, Thierry Huguet, Christophe Jacquet
article
Molecular Plant-Microbe Interactions, 2009, 22 (9), pp.1043-1055. ⟨10.1094/MPMI-22-9-1043⟩
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titre
Symbiotic Virus at the Evolutionary Intersection of Three Types of Large DNA Viruses; Iridoviruses, Ascoviruses, and Ichnoviruses
auteur
Yves Bigot, Sylvaine Renault, Jacques Nicolas, Corinne Moundras, Marie-Véronique Demattei, Sylvie Samain, Dennis K. Bideshi, Brian A. Federici
article
PLoS ONE, 2009, 4 (7), pp.e6397. ⟨10.1371/journal.pone.0006397⟩
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titre
Présentation de "Numeration: Mathematics and Computer Science" (CIRM, 2009)
auteur
Anne Siegel, Boris Adamczewski, Wolfgang Steiner
article
Actes des rencontres du CIRM, 2009, 1 (1), pp.1-2
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titre
Life history comparison of two terrestrial isopods in relation to habitat specialization
auteur
A. Ferreira Quadros, Y. Caubet, P. B. Araujo
article
Acta Oecologica, 2009, 35 (2), pp.243-249. ⟨10.1016/j.actao.2008.10.007⟩
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titre
BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks
auteur
Carito Guziolowski, Annabel Bourdé, François Moreews, Anne Siegel
article
BMC Genomics, 2009, 26 (10), pp.244. ⟨10.1186/1471-2164-10-244⟩
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https://inria.hal.science/inria-00429804/file/2009_Guziolowski_BMC-Genomics_1.pdf BibTex
titre
Conservation of the Type IV Secretion System throughout Wolbachia evolution
auteur
S. Pichon, D. Bouchon, R. Cordaux, Lin Chen, R. A. Garrett, P. Greve
article
Biochemical and Biophysical Research Communications, 2009, 4, pp.557-562. ⟨10.1016/j.bbrc.2009.05.118⟩
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titre
Increase in magnetoresistivity in Ba2CoS3via Zn2+/Co2+ substitution
auteur
Mark Harrison, Vincent Hardy, Antoine Maignan, M. Grazia Francesconi
article
Chemical Communications, 2009, 16, pp.2214. ⟨10.1039/b817363j⟩
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titre
Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie implicative ; niveaux et noeuds significatifs
auteur
Israël-César Lerman
article
Mathématiques et Sciences Humaines, 2009
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BibTex
titre
Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance
auteur
Pierre Peterlongo, Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, Alair Pereira Do Lago, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, 2009, 4 (1), pp.3. ⟨10.1186/1748-7188-4-3⟩
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https://inria.hal.science/hal-00784457/file/1748-7188-4-3.pdf BibTex
titre
The plant pathogenic fungus Gaeumannomyces graminis var. tritici improves bacterial growth and triggers early gene regulations in the biocontrol strain Pseudomonas fluorescens Pf29Arp
auteur
Matthieu Barret, P. Frey-Klett, M. Boutin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Frédérique Martin, Laëtitia Guillot, Alain Sarniguet
article
New Phytologist, 2009, 181 (2), pp.435-447. ⟨10.1111/j.1469-8137.2008.02675.x⟩
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BibTex
titre
The impact of retrotransposons on human genome evolution.
auteur
R. Cordaux, M.A. Batzer
article
Nature Reviews Genetics, 2009, 10, pp.691-703
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BibTex
titre
Gene conversion maintains nonfunctional transposable elements in an obligate mutualistic endosymbiont
auteur
R. Cordaux
article
Molecular Biology and Evolution, 2009, 26 (8), pp.1679-1682. ⟨10.1093/molbev/msp093⟩
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BibTex
titre
Soil amoebae rapidly change bacterial community composition in the rhizosphere of Arabidopsis thaliana
auteur
K. Rosenberg, J. Bertaux, K. Krome, A. Hartmann, S. Scheu, M. Bonkowski
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2009, 3 (6), pp.675-684. ⟨10.1038/ismej.2009.11⟩
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BibTex
titre
Molecular Phylogeny of Wolbachia Strains in Arthropod Hosts Based on groE-Homologous Gene Sequences
auteur
I. Wiwatanaratanabutr, P. Kittayapong, Y. Caubet, D. Bouchon
article
Zoological science, 2009, 26, pp.171-177
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BibTex
titre
Manifold aspects of specificity in a nematode-bacterium mutualism
auteur
E. Chapuis, V. Emelianoff, V. Paulmier, N. Le Brun, Sylvie Pages, M. Sicard, F.-B. Ferdy
article
Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22 (10), pp.1-14. ⟨10.1111/j.1420-9101.2009.01829.x⟩
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BibTex
titre
Hybrid stochastic simplifications for multiscale gene networks
auteur
Alina Crudu, Arnaud Debussche, Ovidiu Radulescu
article
BMC Systems Biology, 2009, 3 (1), pp.89. ⟨10.1186/1752-0509-3-89⟩
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https://inria.hal.science/hal-00784449/file/1752-0509-3-89.pdf BibTex
titre
Transcriptomic and proteomic analyses of seasonal photoperiodism in the pea aphid.
auteur
Gaël Le Trionnaire, F. Francis, S. Jaubert-Possamai, J. Bonhomme, E. de Pauw, J.-P. Gauthier, E. Haubruge, Fabrice Legeai, N. Prunier-Leterme, Jean-Christophe Simon, T. Sandré, Denis Tagu
article
BMC Genomics, 2009, 10, pp.456. ⟨10.1186/1471-2164-10-456⟩
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https://inria.hal.science/inria-00435791/file/2009_Le-Trionnaire_BMC-Genomics_1.pdf BibTex
titre
Hybienic behavior, liquid-foraging, and trophallaxis in the leafcutting ants, Acromyrmex subterraneus and Acromyrmex
auteur
F.-J. Richard, C. Errard
article
Journal of Insect Science, 2009, 9 (63), pp.1-9. ⟨10.1673/031.009.6301⟩
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BibTex
titre
Canalization of gene expression and domain shifts in the Drosophila blastoderm by dynamical attractors
auteur
Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, Ah-Ram Kim, Ovidiu Radulescu, Carlos E. Vanario-Alonso, D.H. Sharp, Maria Samsonova, John Reinitz
article
PLoS Computational Biology, 2009, 5, pp.3
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BibTex
titre
MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.
auteur
Alexandre Gattiker, Leandro Hermida, Robin Liechti, Ioannis Xenarios, Olivier Collin, Jacques Rougemont, Michael Primig
article
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.151. ⟨10.1186/1471-2105-10-151⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00516451/file/1471-2105-10-151.pdf BibTex
titre
Canalization of gene expression in the Drosophila blastoderm by gap genes cross regulation
auteur
Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, Ah-Ram Kim, Carlos E. Vanario-Alonso, Ovidiu Radulescu, David H. Sharp, Maria Samsonova, John Reinitz
article
PLoS Biology, 2009, 7, pp.3
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BibTex
titre
Steinernema boemarei n. sp. (Nematoda: Steinernematidae), a new entomopathogenic nematode from southern France
auteur
M.-M. Lee, M. Sicard, S. P. Stock
article
Systematic Parasitology, 2009, 72, pp.127-141. ⟨10.1007/s11230-008-9166-2⟩
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BibTex
titre
The "soil microbial loop" is not always needed to explain protozoan stimulation of plants
auteur
F. Ekelund, S. Saj, M. Vestergard, J. Bertaux, J. Mikola
article
Soil Biology and Biochemistry, 2009, 41 (11), pp.2336-2342. ⟨10.1016/j.soilbio.2009.08.019⟩
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Communication dans un congrès

titre
From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies.
auteur
Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, François Cousserans, Emmanuelle d'Alençon, Olivier Collin, Jacques Nicolas, Philippe Fournier, Denis Tagu
article
1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France
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titre
Asymptotology of Chemical Reaction Networks
auteur
Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev
article
International Symposium on Mathematics in Chemical Kinetics and Engineering (MACKIE-2009), Nov 2009, Ghent, Belgium
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BibTex
titre
High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor
auteur
Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, Ryan R Brinkman, Robert Gentleman
article
Advanced Flow Cytometry Analysis 2009, Nov 2009, Marseille, France
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titre
New experiment of Catalyse research-action method in Chapelle-lez-Herlaimont
auteur
Laurence Meire
article
8th International Conference of Territorial Intelligence "Territorial intelligence and culture of development", Nov 2009, Salerno, Italy
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titre
La calculette métabolique": une approche de modélisation biochimique pour explorer les contraintes au sein du métabolisme des mammifères
auteur
Oumarou Abdou-Arbi, Jérémie Bourdon, Anne Siegel, Jaap J. van Milgen, Sophie Lemosquet
article
3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France
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titre
Multiclock discrete models of biological systems
auteur
Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Théret
article
European Conference on Complex Systems 2009 (ECCS), Sep 2009, Warwick, United Kingdom
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BibTex
titre
c-GAMMA: Comparative Genome Analysis of Molecular Markers
auteur
Pierre Peterlongo, Jacques Nicolas, Dominique Lavenier, Raoul Vorc'H, Joël Querellou
article
Pattern Recognition in Bioinformatics, Sep 2009, Sheffield, United Kingdom. pp.255-269, ⟨10.1007/978-3-642-04031-3_23⟩
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https://inria.hal.science/inria-00425373/file/prib_irisa_reviewed.pdf BibTex
titre
From pure discrete spectrum conditions to topological properties of self-affine tiles
auteur
Anne Siegel
article
Aperiodic Order, Sep 2009, Leceister, United Kingdom
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BibTex
titre
Lepido-DB, a new bioinformatic resource for the annotation and cross-comparisons of lepidopteran genomes.
auteur
Fabrice Legeai, Emmanuelle d'Alençon, François Cousserans, Hideki Sezutsu, Emmanuelle Permal, Karl Gordon, Hadi Quesneville, René Feyereisen, Philippe Fournier
article
The Eighth International Workshop on MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS OF THE LEPIDOPTERA, Aug 2009, Kolimpari, Greece
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BibTex
titre
A statistical method for PWM clustering
auteur
Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon
article
Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2009, Moscou, Russia. pp.59-60
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BibTex
titre
High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor.
auteur
Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, Ryan R Brinkman, Robert Gentleman
article
useR! 2009, Jul 2009, Rennes, France
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BibTex
titre
A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositories
auteur
François Moreews
article
ICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/ICWS.2009.143⟩
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BibTex
titre
Identification and characterization of novel anti-infectious peptides from the male genital tract.
auteur
Frédéric Bourgeon, Jacques Nicolas, Nathalie Melaine, Charles Pineau
article
34th Federation of European Biochemical Societies (FEBS) Congress, Jul 2009, Prague, Czech Republic
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BibTex
titre
Rational numbers with purely periodic beta-expansions
auteur
Anne Siegel
article
Fractals and Tilings, Jul 2009, Strobl, Austria
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BibTex
titre
QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructure
auteur
François Moreews
article
ISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden
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BibTex
titre
Multiclock discrete approach to model the influence of EGF and TGFß pathways on cell proliferation
auteur
Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Theret
article
JOBIM 2009 satellite meeting : Dynamical modelling and simulation of biological networks, Jun 2009, Nantes, France
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BibTex
titre
Multiclock discrete models of the eukaryotic cell cycle.
auteur
Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques., Jun 2009, Nantes, France
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BibTex
titre
Protein Threading
auteur
Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
article
8th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2009, Paris, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00412642/file/ctw09.pdf BibTex
titre
Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform
auteur
van Hoa Nguyen, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier
article
Reconfigurable Architectures Workshop - IPDPS, May 2009, Rome, Italy
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https://inria.hal.science/inria-00425237/file/raw_2009.pdf BibTex
titre
GPU accelerated Rna folding algorithm
auteur
Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
article
9th International Conference on Computational Science, May 2009, Baton Rouge, United States. pp.1031
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00425543/file/gpufold_ICCS.pdf BibTex
titre
Method for Relating Inter-patient Gene Copy Numbers Variations with Gene Expression via Gene Influence Networks
auteur
Sylvain Blachon, Gautier Stoll, Carito Guziolowski, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, Anne Siegel, Ovidiu Radulescu
article
AIAI 2009 Workshop -- Workshop on Biomedical Informatics and Intelligent Approaches in the Support of Genomic Medicine (BMIINT), Apr 2009, Thessalonik, Greece. pp.72-87
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BibTex
titre
Modeling the influence of EGF and TGF-b pathways in tumor progression of hepatocellular carcinoma.
auteur
Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
Asian Pacific Association for Study of the Liver, Feb 2009, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. pp.64, FP107
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BibTex
titre
SVM incrémental et parallèle sur GPU
auteur
François Poulet, Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen
article
9èmes Journées Francophones "Extraction et Gestion des Connaissances", Jan 2009, Strasbourg, France. pp.103-114
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BibTex
titre
Potential implication of host/symbiont recognition mechanisms during coral bleaching
auteur
Jeremie Vidal-Dupiol, Guillaume Mitta, Emmanuel Roger, Denis Allemand, Christine Ferrier-Pagès, P Furla, R. Grover, P.L. Merle, Éric Tambutté, Sylvie Tambutté, Didier Zoccola, Ophélie Ladrière, M. Poulicek, L. Fouré, Mehdi Adjeroud
article
Advancing the Science of Limnology and Oceanography ASLO Meeting, Jan 2009, Nice, France. pp.278
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BibTex
titre
Graph and hierarchical-based approaches for structuring association rule sets
auteur
Pascale Kuntz, Israël-César C. Lerman
article
Graph theoretical methods for clustering at International Federation of Classification Societies (IFCS), 2009, Dresde, Germany
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Chapitre d'ouvrage

titre
Die europäischen Flusskrebsarten-characterisierung and generelles verbreitungsmuster
auteur
M. Pöckl, C. Souty-Grosset
article
Flusskrebse : Biologie-Ökologie-Gefährdung, L. Fuereder, pp.14-22, 2009
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Ouvrages

titre
Topological properties of Rauzy fractals
auteur
Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
article
Société Mathématiques de France, 118, pp.144, 2009, Mémoires de la SMF
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Poster de conférence

titre
Evolutionary dynamics of a group II mobile intron in the endosymbiotic bacteria Wolbachia
auteur
Sébastien Leclercq, Richard Cordaux
article
16. Congrès National des Éléments Transposables (CNET 2009), Jul 2009, Le Mans, France. 2009
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Rapport

titre
Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.
auteur
Tristan Bitard Feildel
article
[Stage] 2009
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titre
Pondération d'automates modélisant des familles de protéines et significativité des scores
auteur
Vincent Picard
article
[Stage] 2009
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titre
Flexible Alignments for Protein Threading
auteur
Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
article
[Research Report] RR-6808, INRIA. 2009
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https://inria.hal.science/inria-00355546/file/RR-6808.pdf BibTex
titre
Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fondés sur une échelle de probabilité.
auteur
Israël-César C. Lerman, Sylvie Guillaume
article
[Rapport de recherche] PI 1942, 2009, pp.72
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https://inria.hal.science/inria-00450129/file/PI-1942.pdf BibTex
titre
Local Protein Threading by Mixed Integer Programming
auteur
Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
article
[Research Report] RR-7122, INRIA. 2009, pp.17
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https://inria.hal.science/inria-00436335/file/RR-7122.pdf BibTex
titre
Solving loosely coupled constraints
auteur
Michel Le Borgne
article
[Research Report] RR-6958, INRIA. 2009, pp.19
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00397098/file/RR-6958.pdf BibTex
titre
Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
auteur
Israël-César Lerman, Pascale Kuntz
article
[Research Report] PI 1922, 2009, pp.21
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https://inria.hal.science/inria-00357532/file/PI-1922.pdf BibTex
titre
Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
auteur
Israël-César Lerman, Pascale Kuntz
article
[Research Report] RR-6815, INRIA. 2009, pp.27
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https://inria.hal.science/inria-00361727/file/RR-6815-v2.pdf BibTex
titre
Identification in silico d'un nouveau gène de la famille des TNF (tumor necrosis factor)
auteur
Fanny Colombel
article
[Stage] 2009
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BibTex
titre
Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
article
[Research Report] RR-6818, INRIA. 2009, pp.12
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https://inria.hal.science/inria-00356816/file/RR_6818.pdf BibTex
titre
Maximum Cliques in Protein Structure Comparison
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
article
[Research Report] RR-7053, INRIA. 2009, pp.19
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https://inria.hal.science/inria-00422198/file/RR-7053.pdf BibTex

Thèse

titre
Système de sécrétion de type IV et protéines à domaines ankyrines dans les interactions Wolbachia-arthropodes
auteur
S. Pichon
article
Ecologie, Environnement. Université de Poitiers, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00551985/file/These.pdf BibTex
titre
Etude de l'interaction de Medicago truncatula avec Fusarium oxysporum et du rôle de l'acide salicylique dans les interactions de la plante avec différents agents pathogènes et symbiotiques
auteur
Montserrat Ramirez-Suero
article
Biologie végétale. Institut National Polytechnique de Toulouse - INPT, 2009. Français. ⟨NNT : 2009INPT015A⟩
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https://theses.hal.science/tel-04401072/file/ramirez_suero.pdf BibTex
titre
Traitement parallèle des comparaisons intensives de séquences génomiques
auteur
van Hoa Nguyen
article
Informatique [cs]. Université Rennes 1, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00435792/file/these.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Qualitative modelling and analysis of gene regulatory networks: application to the adaptation of Escherichia coli bacterium to carbon availability
auteur
Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
article
2009
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https://hal.science/hal-00359530/file/research_report_ahmad_bourdon_eveillard_fromentin_roux_sinoquet_mon_09_02_09.pdf BibTex

2008

Article dans une revue

titre
Combining flash memory and FPGAs to efficiently implement a massively parallel algorithm for content-based image retrieval
auteur
Chikhi Rayan, Steven Derrien, Noumsi Auguste, Patrice Quinton
article
International Journal of Electronics, 2008, 95 (7), pp.621-635(15)
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BibTex
titre
Optimal neighborhood indexing for protein similarity search
auteur
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
article
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩
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https://inria.hal.science/inria-00340510/file/journal2.pdf BibTex
titre
Impact of heat wave on brooks harbouring the white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes) in western France (Deux-Sèvres)
auteur
B. Renai, M.C. Trouilhe, B. Bourdon, E. Bachelier, B. Parinet, F. Grandjean, C. Souty-Grosset
article
Freshwater Crayfish, 2008, 16, pp.57-69
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titre
A Thirty Million Year-Old Inherited Heteroplasmy
auteur
V. Doublet, C. Souty-Grosset, D. Bouchon, R. Cordaux, I. Marcade
article
PLoS ONE, 2008, 3 (8), pp.e2938
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BibTex
titre
The human genome in the LINE of fire
auteur
R. Cordaux
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2008, 105, pp.19033-19034
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titre
Genetic variability of the threatened crayfish Austropotamobius italicus in Tuscany (Italy): implications for its management
auteur
S. Bertocchi, S. Brusconi, F. Gherardi, F. Grandjean, C. Souty-Grosset
article
Fundamental and Applied Limnology, 2008, 173, pp.153-164
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titre
BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing
auteur
Olivier Filangi, Yoann Beausse, Anthony Assi, Ludovic Legrand, Jean-Marc Larré, Véronique Martin, Olivier Collin, Christophe Caron, Hugues Leroy, David Allouche
article
Bioinformatics, 2008, 24 (16), pp.1823-1825. ⟨10.1093/bioinformatics/btn325⟩
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https://inria.hal.science/inria-00327502/file/2008Filangi1823_1.pdf BibTex
titre
From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems
auteur
Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoï Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu, Adrien Six, Véronique Thomas-Vaslin, Paul Bourgine
article
Theoretical Biology Insights, 2008, 1, pp.13-22
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BibTex
titre
RDISK : une architecture reconfigurable pour l'exploration des banques génomiques
auteur
Dominique Lavenier
article
Techniques de l'Ingénieur, 2008, November (IN89)
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titre
Diversity of terrestrial isopods and habitats in Poitou-Charentes (western France)
auteur
C. Souty-Grosset, S. Corre, G. Freyssinel, V. Aubert, V. Donque, R. Raimond
article
Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology (ISTIB07), 2008, pp.21-37
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titre
Reorganization and monophyly of the genus Rickettsiella: All in good time - Authors' reply
auteur
R. Cordaux, D. Bouchon
article
Applied and Environmental Microbiology, 2008, 74 (16), pp.5264
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BibTex
titre
The diversity of reproductive parasites among arthropods: Wolbachia do not walk alone
auteur
O. Duron, D. Bouchon, S. Boutin, L. Bellamy, L. Zhou, J. Engelstadter, G. D. Hurst
article
BMC Biology, 2008, pp.6-27. ⟨10.1186/1741-7007-6-27⟩
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titre
Protein profiling of hemocytes from the terrestrial crustacean Armadillidium vulgare
auteur
J. Herbiniere, P. Greve, J.-M. Strub, D. Thierse, Frelon Raimond M., A. V. Dorsselaer, G. Martin, C. Braquart-Varnier
article
Developmental and Comparative Immunology, 2008, 32, pp.875-882. ⟨10.1016/j.dci.2008.01.007⟩
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BibTex
titre
Viral cystatin evolution and three-dimensional structure modelling: a case of directional selection acting on a viral protein involved in a host-parasitoid interaction
auteur
S. Serbielle, S. Chowdhury, S. Pichon, S. Dupas, J. Lesobre, E. O. Purisima, J.-M. Drezen, E. Huguet
article
BMC Biology, 2008, 6 (1), pp.38
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BibTex
titre
Does Wolbachia influence survival in starved Armadillidium vulgare?
auteur
M. Lachat, Y. Caubet, D. Bouchon
article
Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.125-130
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BibTex
titre
Wolbachia Mediate Variation of Host Immunocompetence
auteur
C. Braquart-Varnier, M. Lachat, J. Herbiniere, M. Johnson, Y. Caubet, D. Bouchon, M. Sicard
article
PLoS ONE, 2008, 3 (9), pp.e3286
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BibTex
titre
Comparaison de deux critères en classification ascendante hiérarchique sous contrainte de contiguïté, Application en imagerie numérique
auteur
Israël-César Lerman, Kaddour Bachar
article
Journal de la Société Française de Statistique, 2008, 149 (2), pp.45-74
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BibTex
titre
A dynamic programming based reduction procedure for the multidimensional 0-1 knapsack problem
auteur
Stefan Balev, Nicola Yanev, Arnaud Fréville, Rumen Andonov
article
European Journal of Operational Research, 2008, 186 (1), pp.63-76. ⟨10.1016/j.ejor.2006.02.058⟩
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BibTex
titre
Wolbachia in terrestrial isopods in Tunisia
auteur
H. Ben Afia Hatira, F. Charfi-Cheikhrouha, D. Bouchon
article
Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.116-123
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BibTex
titre
A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance
auteur
Marco Moroldo, Sophie Paillard, Raffaella Marconi, Fabrice Legeai, Aurélie Canaguier, Corinne Cruaud, Véronique de Berardinis, Cécile Guichard, Véronique Brunaud, Isabelle Le Clainche, Simone Scalabrin, Raffaele Testolini, Gabriele Di Gaspero, Michele Morgante, Anne-Françoise Adam-Blondon
article
BMC Plant Biology, 2008, 8 (66), pp.1-14. ⟨10.1186/1471-2229-8-66⟩
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https://inria.hal.science/inria-00329169/file/47132_20110317055119497_1.pdf BibTex
titre
Breeding system, pollinator choice and variation in pollen quality in British herbaceous plants
auteur
M. E. Hanley, M. Franco, S. Pichon, B. Darvill, D. Goulson
article
Functional Ecology, 2008, 22, pp.592-598. ⟨10.1111/j.1365-2435.2008.01415.x⟩
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BibTex
titre
Zinc distribution and speciation in roots of various genotypes of tobacco exposed to Zn
auteur
Anne Straczek, Geraldine Sarret, Alain Manceau, Philippe Hinsinger, Nicolas Geoffroy, Benoit Jaillard
article
Environmental and Experimental Botany, 2008, 63, pp.80-90
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https://hal.science/hal-00311796/file/straczek_HAL.pdf BibTex
titre
Robust simplifications of multiscale biochemical networks
auteur
Ovidiu Radulescu, Alexander N. Gorban, Andrei Zinovyev, Alain Lilienbaum
article
BMC Systems Biology, 2008, 2:86
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BibTex
titre
Plants may alter competition by modifying nutrient bioavailability in rhizosphere: a modeling approach
auteur
Xavier Raynaud, Benoit Jaillard, Paul W. Leadley
article
The American Naturalist, 2008, 171 (1), pp.44-58. ⟨10.1086/523951⟩
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https://hal-bioemco.ccsd.cnrs.fr/bioemco-00167407/file/RJL08.pdf BibTex
titre
Isolation and identification of entomopathogenic nematodes and their symbiotic bacteria from Hérault and Gard (Southern France)
auteur
V. Emelianoff, N. Le Brun, Sylvie Pages, P. Stock, P. Tailliez, C. Moulia, M. Sicard
article
Journal of Invertebrate Pathology, 2008, 98 (2), pp.211-217. ⟨10.1016/j.jip.2008.01.006⟩
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BibTex
titre
Pathogenic effect of entomopathogenic nematode-bacterium complexes on terrestrial isopods
auteur
M. Sicard, M. Raimond, O. Prats, A. Lafitte, C. Braquart-Varnier
article
Journal of Invertebrate Pathology, 2008, 99, pp.20-27. ⟨10.1016/j.jip.2008.02.001⟩
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BibTex
titre
Low migration decreases interference competition among parasites and increases virulence
auteur
F. Vigneux, F. Bashey, M. Sicard, C.M. Lively
article
Journal of Evolutionary Biology, 2008, 21 (5), pp.1245-1251. ⟨10.1111/j.1420-9101.2008.01576.x⟩
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BibTex
titre
Geographical variability of aggregation in terrestrial isopods: What is the actual significance of such behaviour?
auteur
Y. Caubet, G. O'Farrell, Fabrice Lefebvre
article
Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.137-148
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BibTex
titre
Modeling synthetic lethality
auteur
Nolwenn Le Meur, Robert Gentleman
article
Genome Biology, 2008, 9 (9), pp.R135. ⟨10.1186/gb-2008-9-9-r135⟩
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BibTex
titre
Modulation of social interactions by immune stimulation in honey bee, Apis mellifera, workers
auteur
F.-J. Richard, A. Aubert, Cm Grozinger
article
BMC Biology, 2008, 6, pp.50. ⟨10.1186/1741-7007-6-50⟩
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BibTex
titre
Coding Region Prediction Based on a Universal DNA Sequence Representation Method
auteur
Dominique Lavenier, Xianyang Jiang, Stephen Yau
article
Journal of Computational Biology, 2008, 15 (10), pp.1237-1256. ⟨10.1089/cmb.2008.0041⟩
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BibTex
titre
Homology modelling of protein-protein complexes: a simple method and its possibilities and limitations
auteur
Guillaume Launay, Thomas Simonson
article
BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.427
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BibTex
titre
Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions
auteur
Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel
article
Monatshefte für Mathematik, 2008, 155 (3-4), pp.377-419. ⟨10.1007/s00605-008-0009-7⟩
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https://arxiv.org/pdf/0710.3584 BibTex
titre
Dynamic and static limitation in multiscale reaction networks, revisited
auteur
Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu
article
Chemical Engineering Science, 2008, Advances in Chemical Engineering, 34, pp.103-173
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BibTex
titre
Inferring the role of transcription factors in regulatory networks
auteur
Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
BMC Bioinformatics, 2008, 9, ⟨10.1186/1471-2105-9-228⟩
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BibTex
titre
Low genetic variability of the white-clawed crayfish in the Iberian Peninsula : its origin and management implications
auteur
J. Dieguez-Uribeondo, F. Royo, C. Souty-Grosset, A. Ropiquet, F. Grandjean
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2008, 18, pp.19-31. ⟨10.1002/aqc.811⟩
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BibTex
titre
Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
article
Computers & Mathematics with Applications, 2008, 55 (Issue 5 (March 2008)), pp.1054-1067. ⟨10.1016/j.camwa.2006.12.103⟩
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https://arxiv.org/pdf/q-bio/0609001 BibTex
titre
ISWpi1 from Wolbachia pipientis defines a novel group of insertion sequences within the IS5 family
auteur
R. Cordaux
article
Gene, 2008, 409, pp.20-27. ⟨10.1016/j.gene.2007.10.035⟩
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BibTex
titre
Characterization and transcriptional analysis of two gene clusters for type IV secretion machinery in Wolbachia of Armadillidium vulgare
auteur
C. Felix, S. Pichon, C. Braquart-Varnier, H. Braig, Lin Chen, R. A. Garrett, G. Martin, P. Greve
article
Research in Microbiology, 2008, 159 (6), pp.481-485. ⟨10.1016/j.resmic.2008.05.007⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Indexing gapped-factors using a tree
auteur
Pierre Peterlongo, Julien Allali, Marie-France Sagot
article
International Journal of Foundations of Computer Science, 2008, 19 (1), pp.71-87. ⟨10.1142/S0129054108005541⟩
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https://inria.hal.science/inria-00179719/file/biFactorTree_IJFCS_erratum.pdf BibTex
titre
Lossless filter for multiple repetitions with Hamming distance
auteur
Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Frédéric Boyer, Alair Pereira Do Lago, Marie-France Sagot
article
Journal of Discrete Algorithms, 2008, 6 (3), pp.497-509. ⟨10.1016/j.jda.2007.03.003⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00179731/file/jdaNimbus2.pdf BibTex
titre
Conserving indigenous crayfish: stock assessment and habitat requirements in the threatened Austropotamobius italicus
auteur
S. Brusconi, S. Bertocchi, B. Renai, M. Scalici, C. Souty-Grosset, F. Gherardi
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2008, 18 (7), pp.1227-1239. ⟨10.1002/aqc.935⟩
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BibTex
titre
Intense transpositional activity of insertion sequences in an ancient obligate endosymbiont
auteur
R. Cordaux, S. Pichon, A. Ling, P. Perez, C. Delaunay, F. Vavre, D. Bouchon, P. Greve
article
Molecular Biology and Evolution, 2008, 25 (9), pp.1889-1896. ⟨10.1093/molbev/msn134⟩
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Efficient Parallelization of a Protein Sequence Comparison Algorithm on Manycore Architecture
auteur
Xioachun Ye, van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier, Dongrui Fan
article
Ninth International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies, Dec 2008, France. online proceedings: http://www.cs.otago.ac.nz/pdcat08/
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00322732/file/PDCAT-final-correction.pdf BibTex
titre
In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking
auteur
Jérémy Gruel, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
IPG 2008, Nov 2008, Lyon, France
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BibTex
titre
Transfert d'une observation exploratoire à partir du guide européen : l'expérimentation de Chapelle-lez-Herlaimont
auteur
Laurence Meire, Carine de Noose, Jean-Marie Delvoye
article
In International Conference of Territorial Intelligence, Besançon 2008., Oct 2008, Besançon, France. pp.10
Accès au texte intégral et bibtex
https://shs.hal.science/halshs-00516495/file/INTI-2008-Besancon-Meire.pdf https://shs.hal.science/halshs-00516495/file/INTI-2008-Besancon-Meire-diapo.pdf BibTex
titre
Speed up SVM Algorithms for Massive Classification Tasks
auteur
Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen, François Poulet
article
Advanced Data Mining and Applications - 4th International Conference, ADMA'08, Oct 2008, Chengdu, China. pp.147-157
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BibTex
titre
CURATING A LARGE-SCALE REGULATORY NETWORK BY EVALUATING ITS CONSISTENCY WITH EXPRESSION DATASETS
auteur
Carito Guziolowski, Jérémy Gruel, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
CIBB 2008: COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, Oct 2008, Salerno, Italy. pp.144-155
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00331385/file/cibb.pdf BibTex
titre
Parallelizing the ACGT OncoSimulator
auteur
Dominique Lavenier, Julien Jacques
article
3rd International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology, Sep 2008, Istanbul, Turkey. online proceedings: http://www.3rd-iarwiso.iccs.ntua.gr/
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00322703/file/final.pdf BibTex
titre
GPU Accelerated RNA-RNA Interaction Algorithm
auteur
Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
article
EMBnet, Sep 2008, Martina Franca, Italy
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BibTex
titre
An Efficient Lagrangian Relaxation for the Contact Map Overlap Problem
auteur
Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
article
WABI 2008 (8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics), Universität Karlsruhe, Sep 2008, Karlsruhe, Germany. pp.162-173, ⟨10.1007/978-3-540-87361-7_14⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00327135/file/wabi_08.pdf BibTex
titre
A Fast Parallel SVM Algorithm for Massive Classification Tasks
auteur
Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen, François Poulet
article
Modelling, Computation and Optimization, 2nd International Conference, MCO 2008, Sep 2008, Metz, France. pp.419-428
Accès au bibtex
BibTex
titre
In-place Update of Suffix Array while Recoding Words
auteur
Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste
article
Prague Stringology Conference 2008, Sep 2008, Prague, Czech Republic. pp.54--67
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00327582/file/PSC2008_article06.pdf BibTex
titre
Timescales and instabilities of shear thinning solutions of wormlike micelles
auteur
Ovidiu Radulescu, Sandra Lerouge, Benoit Lasne
article
15th International Congress on Rheology 2008, Aug 2008, Monterey, United States. pp.CF36
Accès au bibtex
BibTex
titre
GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus
auteur
François Moreews
article
ISMB 2008, The International Society for Computational Biology, Jul 2008, Toronto, Canada
Accès au bibtex
BibTex
titre
Speeding up Subset Seed Algorithm for Intensive Protein Sequence Comparison
auteur
van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
6th IEEE International Conference on research, innovation & vision for the future, Jul 2008, Ho Chi Minh Ville, Vietnam
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00321457/file/rivf08.pdf BibTex
titre
Apollo: a tool for the manual annotation of the pea aphid genome
auteur
Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, Denis Tagu
article
Pea Aphid Genome Annotation Workshop, Jul 2008, Princeton, United States
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BibTex
titre
Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs
auteur
van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM, Jun 2008, Lille, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00325020/file/plast_simd.pdf BibTex
titre
BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network
auteur
Marc Wessner, Martin Senger, Franck Samson, Philippe Picouet, François Moreews, Hervé Ménager, Véronique Martin, Sébastien Letort, Catherine Letondal, Mark Hoebeke, Jerome Gouzy, Jean-François Gibrat, Erwan Corre, Olivier Collin, Sébastien Carrere, Christophe Caron, Pierre Tufféry, Bertrand Néron
article
Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver
auteur
Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Pascal G.P. Martin, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Jaap J. van Milgen
article
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2008, Lille (FR), France
Accès au texte intégral et bibtex
https://institut-agro-rennes-angers.hal.science/hal-00729742/file/BLAVY_version2.pdf BibTex
titre
Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
auteur
Pascale Kuntz, Israël-César Lerman
article
First joint meeting of the French and Italian Classification Societies, Jun 2008, Caserte, Italy. pp.337-340
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BibTex
titre
Ordered Index Seed Algorithm for Intensive DNA Sequence Comparison
auteur
Dominique Lavenier
article
HiCOMB 2008 : Seventh IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology, Apr 2008, Miami, United States. online proceeding : http://www.hicomb.org/HiCOMB2008/
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00322696/file/lavenier_1569087275.pdf BibTex
titre
Analyse de la Vraisemblance des Liens Relationnels
auteur
Israël-César Lerman
article
3èmes Journées Thématiques Apprentissage Artificiel et Fouille des Données, Younès Benani, Apr 2008, Paris, France
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BibTex
titre
Modèle de PLNE pour la recherche de cliques de poids maximal
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
article
ROADEF 2008, Institut Supérieur d'Informatique, de Modélisation et de leurs Applications, Feb 2008, Clermont-Ferrand, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00327118/file/roadef08.pdf BibTex
titre
Parallélisation de la recherche de similarités entre séquences protéiques sur GPU
auteur
van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
RenPar'18 : Rencontres francophones du Parallélisme, Feb 2008, Fribourg, Suisse
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https://inria.hal.science/inria-00321456/file/renpar_08.pdf BibTex
titre
Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomics
auteur
C. Klopp, François Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue
article
Plant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States
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titre
Contribution To The Annotations Of The Chicken 20K Oligo Microarray Of ARK-Genomics
auteur
Christophe C. Klopp, François Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue
article
International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States
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titre
Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo Microarray
auteur
Colette Désert, Pierre Blavy, François Moreews, Michel Jacques M.J. Duclos, Pascale Le Roy, Madeleine Douaire, Christian Diot
article
International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States
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titre
Topological properties of central tiles and boundary graphs
auteur
Anne Siegel
article
Number Theory and Ergodic Theory, 2008, Kanazawa, Japan
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Chapitre d'ouvrage

titre
Feminizing / Wolbachia/ and the evolution of sex determination in isopods
auteur
D. Bouchon, R. Cordaux, P. Greve
article
K. Bourtzis and T. Miller. Insect Symbiosis, Taylor and Francis Group LLC, pp.273-294, 2008
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BibTex
titre
Evolutionary emergence of genes through retrotransposition
auteur
R. Cordaux, M.A. Batzer
article
Encyclopedia of Life Sciences: Handbook of Human Molecular Evolution, D.N. Cooper & H. Kehrer-Sawatzki Eds., pp.1-8, 2008, ⟨10.1002/9780470015902.a0020783⟩
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HDR

titre
Analyse de systèmes dynamiques par discrétisation. Exemples d'applications en théorie des nombres et en biologie moléculaire
auteur
Anne Siegel
article
Mathématiques [math]. Université Rennes 1, 2008
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https://theses.hal.science/tel-00358996/file/HDR.pdf BibTex
titre
Syntaxe, raisonnement et génomes
auteur
Jacques Nicolas
article
Sciences du Vivant [q-bio]. Université Rennes 1, 2008
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https://theses.hal.science/tel-00355156/file/jnicolas.pdf BibTex

Autre publication scientifique

titre
Architecture flexible pour la stéréovision embarquée
auteur
Mehdi Darouich, Stephane Guyetant, Dominique Lavenier
article
2008
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https://inria.hal.science/inria-00329460/file/poster_GDR_darouich.pdf BibTex

Ouvrages

titre
Grammatical Inference: Algorithms and Applications 9th International Colloquium, ICGI 2008 Saint-Malo, France, September 22-24, 2008 Proceedings
auteur
François Coste, Laurent Miclet, Alexander Clark
article
Alexander Clark and François Coste and Laurent Miclet. Springer, 5278, pp.305, 2008, Lecture Notes in Artificial Intelligence, R. Goebel and J. Siekmann and W. Wahlster, 978-3-540-88008-0. ⟨10.1007/978-3-540-88009-7⟩
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BibTex
titre
Special Issue: Journées Montoises d'informatique théorique (Rennes, 2006)
auteur
Didier Caucal, Anne Siegel
article
Caucal, Didier and Siegel, Anne. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications, EDP Sciences, RAIRO - Theoretical Informatics and Applications 42(3), pp.240, 2008
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BibTex

Rapport

titre
Modeling local repeats on genomic sequences
auteur
Jacques Nicolas, Christine Rousseau, Anne Siegel, Pierre Peterlongo, François Coste, Patrick Durand, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin, Frédéric Mahé
article
[Research Report] RR-6802, INRIA. 2008, pp.43
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https://inria.hal.science/inria-00353690/file/RR-6802.pdf BibTex
titre
Fine-grained parallelization of similarity search between protein sequences
auteur
van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
[Research Report] RR-6513, INRIA. 2008, pp.40
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https://inria.hal.science/inria-00275250/file/RR-6513.pdf BibTex
titre
Parallel Reconfigurable Operator for Genomic Sequence Comparison: Architecture and Performance Analyses
auteur
Alexandre Cornu, Francois Dussaugey, Dominique Lavenier
article
[Research Report] RR-6776, INRIA. 2008
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https://inria.hal.science/inria-00348482/file/RR-6776.pdf BibTex
titre
Alignements multiples locaux et partiels de séquences protéiques à partir de paires de fragments alignables
auteur
Olivier Baldellon
article
[Stage] 2008, pp.17
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https://inria.hal.science/inria-00327591/file/rapport.pdf BibTex
titre
bioperl : Bibliothèque perl pour la modélisation et le traitement de données issues de la biologie
auteur
Fabrice Legeai
article
[Technical Report] 2008
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BibTex

Thèse

titre
Apprentissage d'automates modélisant des familles de séquences protéiques
auteur
Goulven Kerbellec
article
Interface homme-machine [cs.HC]. Université Rennes 1, 2008. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00327938/file/these_goulven_kerbellec_2008_09_19.pdf BibTex

2007

Article dans une revue

titre
Molecular and Functional Characterization of a Na+-K+ Transporter from the Trk Family in the Ectomycorrhizal Fungus Hebeloma cylindrosporum.
auteur
Claire Corratgé, Sabine Zimmermann, Raphaël Lambilliotte, Claude Plassard, Roland Marmeisse, Jean-Baptiste Thibaud, Benoît Lacombe, Hervé Sentenac
article
Journal of Biological Chemistry, 2007, 282 (36), pp.26057-26066. ⟨10.1074/jbc.M611613200⟩
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https://hal.science/hal-00171070/file/2007_Corratge_Journal%20of%20Biological%20Chemistry_1.pdf BibTex
titre
Characterization of the Interaction Between the Bacterial Wilt Pathogen Ralstonia solanacearum and the Model Legume Plant Medicago truncatula
auteur
Fabienne Vailleau, Elodie Sartorel, Marie-Françoise Jardinaud, Fabien Chardon, Stéphane Genin, Thierry Huguet, Laurent Gentzbittel, Michel Petitprez
article
Molecular Plant-Microbe Interactions, 2007, vol. 20 n° 2., pp.159-167
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BibTex
titre
Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel
article
Journal of Number Theory, 2007, 127 (2), pp.153-172. ⟨10.1016/j.jnt.2007.07.005⟩
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https://inria.hal.science/inria-00181997/file/shift.pdf BibTex
titre
Large Gene Family Expansion and Variable Selective Pressures for Cathepsin B in Aphids
auteur
Claude Rispe, Mayako Kutsukabe, Vincent Doublet, Sylvie Hudaverdian, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon, Denis Tagu, Takema Fukatsu
article
Molecular Biology and Evolution, 2007, 25 (Oct 13), pp.5-17. ⟨10.1093/molbev/msm222⟩
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BibTex
titre
Assessing the quality of dissolved organic matter in forest soils using ultraviolet absorption spectrophotometry
auteur
Jérôme Jaffrain, F. Gérard, Michel Meyer, J. Ranger
article
Soil Science Society of America Journal, 2007, 71 (6), pp.1851-1858. ⟨10.2136/sssaj2006.0202⟩
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BibTex
titre
Théorèmes limites pour des processus de Markov à sauts. Synthèse des résultats et applications en biologie moleculaire
auteur
Ovidiu Radulescu, Aurélie Muller, Alina Crudu
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2007, 26 (3-4), pp.443-469. ⟨10.3166/tsi.26.443-469⟩
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BibTex
titre
Doc'UMVF: Two search tools to provide quality-controlled teaching resources in French to students and teachers
auteur
Marc Cuggia, Stéfan Darmoni, Nicolas Garcelon, Lina Soualmia, Annabel Bourdé
article
International Journal of Medical Informatics, 2007, 6 (5), pp.357-362. ⟨10.1016/j.ijmedinf.2007.01.001⟩
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BibTex
titre
Intracellular bacteria in mushrooms, the hidden face of mycology
auteur
J. Bertaux, J. Garbaye Klett, P. Frey
article
Biofutur, 2007, 283, pp.35-38
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BibTex
titre
Path-equivalent developments in acyclic weighted automata
auteur
Mathieu Giraud, Philippe Veber, Dominique Lavenier
article
International Journal of Foundations of Computer Science, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩
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https://inria.hal.science/inria-00271646/file/gvl-ijfcs-07-preprint.pdf BibTex
titre
Mapping sequences by parts
auteur
Gilles Didier, Carito Guziolowski
article
Algorithms for Molecular Biology, 2007, 2, pp.11. ⟨10.1186/1748-7188-2-11⟩
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BibTex
titre
Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study
auteur
Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, 2007, 7, pp.37-43
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https://inria.hal.science/inria-00178914/file/jbpc_article.pdf BibTex
titre
An Internet supported workflow for the publication process in UMVF (French Virtual Medical University)
auteur
Jean-Marie Renard, Annabel Bourdé, Marc Cuggia, Nicolas Garcelon, Nathalie Souf, Stéfan Darmoni, Régis Beuscart, Jean-Marc Brunetaud
article
International Journal of Medical Informatics, 2007, 76 (5), pp.363-368
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BibTex
titre
Optimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?
auteur
Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne
article
Biofutur, 2007, 275, pp.27-31
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https://inria.hal.science/inria-00178791/file/SiegelFinal.pdf BibTex
titre
How does a symbiotic fungus modulate expression of its host-plant nitrite reductase?
auteur
Julie Bailly, Jean-Claude Debaud, Marie-Christine Verner, Claude Plassard, Michel Chalot, Roland Marmeisse, Laurence Fraissinet-Tachet
article
New Phytologist, 2007, 175 (1), pp.155-165. ⟨10.1111/j.1469-8137.2007.02066.x⟩
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BibTex
titre
Dynamical robustness of biological networks with hierarchical distribution of time scales
auteur
Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu
article
IET Systems Biology, 2007
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BibTex
titre
Model-based Identification of Helitrons Results in a New Classification of Their Families in Arabidopsis thaliana
auteur
Sébastien Tempel, Jacques Nicolas, Abdelhak El Amrani, Ivan Couée
article
Gene, 2007, 403 (1-2), ⟨10.1016/j.gene.2007.06.030⟩
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https://inria.hal.science/inria-00180376/file/GENE.pdf BibTex
titre
An automatic calibration approach for left ventricular volume assessment
auteur
P. Beatrice, V. Regis, D. Philippe, P. Remy, P. Francoise, F. Gerard
article
Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc, 2007, 2007, pp.4460--4463
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BibTex
titre
A Reconfigurable Index FLASH Memory tailored to Seed-Based Genomic Sequence Comparison Algorithms
auteur
Dominique Lavenier, Gilles Georges, Xinchun Liu
article
The Journal of VLSI Signal, 2007, 48 (3), pp.255-269. ⟨10.1007/s11265-007-0073-6⟩
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
GridR: An R-based grid-enabled tool for data analysis in ACGT clinico-genomics trials
auteur
Dennis Wegener, Thierry Sengstag, Stelios Sfakianakis, Stefan Rüping, Anthony Assi
article
3rd IEEE International Conference on e-Science and Grid Computing, Dec 2007, Bangalore, India
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https://inria.hal.science/inria-00179078/file/e-science2007_v08.pdf BibTex
titre
Représentation par jeux du chaos de séquences d'ADN
auteur
Thibaut Henin
article
Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France
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BibTex
titre
Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware
auteur
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
article
Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland
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https://inria.hal.science/inria-00178325/file/Lav07cb.pdf BibTex
titre
Sur les différentes expressions formelles d'une hiérarchie binaire symétrique ou implicative
auteur
Israël-César Lerman
article
XIV Rencontres de la Société Francophone de Classification, École Nationale des Télécommunications de Paris, Sep 2007, Paris, France. pp.139-142
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BibTex
titre
Mise à jour incrémentale de tableau des suffxes en cours de recodage
auteur
François Coste, Pierre Peterlongo, Matthias Gallé
article
Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France
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BibTex
titre
Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models
auteur
Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne
article
6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07, Jul 2007, Zurich, Switzerland
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https://inria.hal.science/inria-00178854/file/ICIAM.pdf BibTex
titre
Comparaison de deux critères de la CAH sous contrainte de contiguïté spatiale
auteur
Kaddour Bachar, Israël-César Lerman
article
39-èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2007, Angers, France
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BibTex
titre
Topological properties of central tiles for substitutions
auteur
Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
article
Journées de Numération, Apr 2007, Graz, Austria
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BibTex
titre
Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale
auteur
Philippe Veber, Sébastien Tempel, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas
article
FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France
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https://hal.science/hal-00186471/file/veber4.pdf BibTex
titre
Problème d'optimisation de recherche de cliques pour caractériser des familles de protéines
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
ROADEF 2007, Universités de Grenoble, Feb 2007, Grenoble, France. pp.157--158
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https://inria.hal.science/inria-00180494/file/coste_kerbellec_roadef07.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Recent advances in solving the protein threading problem
auteur
Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
article
Talbi, El-Ghazali and Zomaya, Albert Y. Grid Computing for Bioinformatics and Computational Biology, Wiley, pp.325-356, 2007, 978-0-471-78409-8. ⟨10.1002/9780470191637.ch14⟩
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BibTex
titre
A New Probabilistic Measure of Interestingness for Association Rules, Based on the Likelihood of the Link
auteur
Israël-César Lerman, Jérôme Azé
article
Guillet, F. and Hamilton, H. Quality Measures in Data Mining. Studies in Computational Intelligence, Springer, pp.207-236, 2007
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BibTex
titre
Representation of Concept Description by Multivalued Taxonomic Preordonance Variables
auteur
Israël-César Lerman, Philippe Peter
article
Brito, P. and Bertrand, P. and Cucumel, G. and de Carvalho, F. Selected Contributions in Data Analysis and Classification, Springer, pp.271-284, 2007, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge organization
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BibTex

Autre publication scientifique

titre
BioMAJ : A workflow engine dedicated to biological bank management
auteur
David Allouche, Anthony Assi, Yoann Beausse, Christophe Caron, Olivier Filangi, Jean-Marc Larré, Hugues Leroy, Véronique Martin
article
2007
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BibTex
titre
POGG: Integrating qualitative and quantitative data of macromolecular networks. A probabilistic toolbox
auteur
Etienne Giraudet, Eric Docet, Jérémie Bourdon
article
2007
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BibTex

Rapport

titre
Decision Diagrams for Qualitative Biological Models
auteur
Michel Le Borgne, Philippe Veber
article
[Research Report] RR-6182, INRIA. 2007, pp.17
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00144597/file/RR-6182.pdf BibTex
titre
Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study
auteur
Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
[Research Report] RR-6190, INRIA. 2007, pp.14
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00145537/file/RR-6190.pdf BibTex
titre
Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions
auteur
Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel
article
[Research Report] 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00180239/file/ABBS_Submitted.pdf BibTex
titre
Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap
auteur
Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
article
[Research Report] PI 1872, 2007, pp.22
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00192316/file/PI-1872.pdf BibTex
titre
A Novel Algorithm for Finding Maximum Common Ordered Subgraph
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov
article
[Research Report] RR-6287, INRIA. 2007, pp.18
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00171780/file/RR-6287.pdf BibTex
titre
Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem
auteur
Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
article
[Research Report] RR-6253, INRIA. 2007, pp.41
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00165274/file/RR-6253.pdf BibTex
titre
In-place updating suffix arrays for grammatical inference
auteur
Matthias Gallé
article
[Internship report] 2007
Accès au bibtex
BibTex
titre
Recherche de modules dans le réseau MAPK
auteur
Laurent Chamoin
article
[Internship report] 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00185032/file/LaurentChamoinMAPK.pdf BibTex
titre
Inferring the role of transcription factors in regulatory networks
auteur
Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
[Research Report] 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00185038/file/sign_inference.pdf BibTex
titre
Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem
auteur
Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
article
[Research Report] PI 1856, 2007, pp.38
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00170619/file/PI-1856.pdf BibTex
titre
Logol : Modelling evolving sequence families through a dedicated constrained string language
auteur
Catherine Belleannée, Jacques Nicolas
article
[Research Report] RR-6350, INRIA. 2007, pp.19
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00186568/file/RR-6350.pdf BibTex
titre
Parsing avec erreurs par un protomate
auteur
Jessie Mahé
article
[Stage] 2007, pp.45
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00185428/file/rapport_stage_Jessie_Mahe.pdf BibTex
titre
Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap
auteur
Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
article
[Research Report] RR-6370, INRIA. 2007, pp.20
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00192206/file/RR-6370.pdf BibTex

Thèse

titre
Modélisation grande échelle de réseaux biologiques : vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données
auteur
Philippe Veber
article
Génie logiciel [cs.SE]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-00185895/file/thesis_pveber.pdf BibTex
titre
Dynamique des hélitrons dans le genome d'Arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables
auteur
Sébastien Tempel
article
Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-00185256/file/tempel.pdf BibTex

2006

Article dans une revue

titre
Browsing repeats in genomes : Pygram and an application to non-coding region analysis.
auteur
Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas
article
BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.477. ⟨10.1186/1471-2105-7-477⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Symbiologik : jouez avec les gènes
auteur
Nicolas Deroche, Mathieu Giraud
article
Interstices, 2006
Accès au bibtex
BibTex
titre
Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks
auteur
Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne, Philippe Veber, Julien Ouy, Sandrine Lagarrigue
article
BioSystems, 2006, 84, pp.153-174
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00178809/file/BiosystemsSRLVOL.pdf BibTex
titre
Vérification et intercomparaison des codes réactifs de transport pour décrire l'absorption racinaire
auteur
Bernd Nowack, K. U. Mayer, S. E. Oswald, W. van Beinum, C. A. J. Appelo, Didier Jacques, Piet Seuntjens, Frédéric Gérard, Benoît Jaillard, Andrea Schnepf, T. Roose
article
Plant and Soil, 2006, 285 (1-2), pp.305-321. ⟨10.1007/s11104-006-9017-3⟩
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BibTex
titre
Nitrogen from senescing lower leaves of common bean is re-translocated to nodules and might be involved in a N-feedback regulation of nitrogen fixation
auteur
Stephanie A. Fischinger, Jean-Jacques Drevon, Norbert Claassen, Joachim Schulze
article
Journal of Plant Physiology, 2006, 163 (10), pp.987-995. ⟨10.1016/j.jplph.2006.03.017⟩
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BibTex
titre
Influence of salinity and abscisic acid on the O-2 uptake by N-2-fixing nodules of common bean
auteur
M. Jebara, S. Harzalli-Jebara, M-Helene Payré, M.E. Aouani, Jean-Jacques Drevon
article
Biologia Plantarum, 2006, 50 (4), pp.717-721. ⟨10.1007/s10535-006-0114-1⟩
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BibTex
titre
Soil arsenic availability and the transfer of soil arsenic to crops in suburban areas in Fujian Province, southeast China
auteur
Rui-Qing Huang, Shu-Fang Gao, Wei-Ling Wang, Siobhan Staunton, Guo Wang
article
Science of the Total Environment, 2006, 368 (2-3), pp.531-541. ⟨10.1016/j.scitotenv.2006.03.013⟩
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BibTex
titre
Topology and static response of interaction networks in molecular biology
auteur
Ovidiu Radulescu, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, Philippe Veber, Michel Le Borgne
article
Journal of the Royal Society Interface, 2006, 3 (6), pp.185 - 196. ⟨10.1098/rsif.2005.0092⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00178842/file/newton2.pdf BibTex
titre
Coefficient numérique général de discrimination de classes d'objets par des variables de types quelconques. Application à des données génotypiques
auteur
Israël-César Lerman
article
Revue de Statistique Appliquée, 2006, Revue de Statistique Appliquée, 54 (2), pp.33-63
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BibTex
titre
GenoLink: a graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins
auteur
Patrick Durand, Laurent Labarre, Alain Meil, Jean-Louis Divo1, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, Jérôme Wojcik
article
BMC Bioinformatics, 2006, 7 (1), pp.21. ⟨10.1186/1471-2105-7-21⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00784481/file/1471-2105-7-21.pdf BibTex
titre
Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.
auteur
Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-César C. Lerman, Anne-Sophie Valin, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
article
Bioinformatics, 2006, 22(16), pp.1948-1954
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titre
Genotypic variation of N-2-fixing common bean (Phaseolus vulgaris L.) in response to iron deficiency
auteur
Abdelmajid Krouma, Jean-Jacques Drevon, Chedly Abdelly
article
Journal of Plant Physiology, 2006, 163 (11), pp.1094-1100. ⟨10.1016/j.jplph.2005.08.013⟩
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titre
Fate of prions in soil: Adsorption and extraction by electroelution of recombinant ovine prion protein from montmorillonite and natural soils
auteur
Peggy Rigou, Human Rezaei, Jeanne Grosclaude, Siobhan Staunton, Herve Quiquampoix
article
Environmental Science and Technology, 2006, 40 (5), pp.1497-1503. ⟨10.1021/es0516965⟩
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titre
Rhizosphere - perspectives and challenges - a tribute to Lorenz Hiltner 12-17 September 2004 - Munich, Germany
auteur
Philippe Hinsinger, Petra Marschner
article
Plant and Soil, 2006, 283 (1-2), pp.VII-VIII. ⟨10.1007/s11104-006-0057-5⟩
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titre
Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes.
auteur
Sandrine Pawlicki, Anne-Sophie Valin, Mathieu Giraud, Gilles Georges, Christian Delamarche, Grégory Ranchy
article
Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12
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https://hal.science/hal-00456604/file/pawlicki-et-al-2006-1.pdf BibTex
titre
Evolution of water-extractable copper in soil with time as a function of organic matter amendments and aeration
auteur
Guo Wang, Siobhan Staunton
article
European Journal of Soil Science, 2006, 57 (3), pp.372-380. ⟨10.1111/j.1365-2389.2005.00748.x⟩
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titre
JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow
auteur
Mariano Latorre, Herman Silva, Juan Saba, Carito Guziolowski, Paula Vizoso, Veronica Martinez, Jonathan Maldonado, Andrea Morales, Rodrigo Caroca, Veronica Cambiazo, Reinaldo Campos-Vargas, Mauricio Gonzalez, Ariel Orellana, Julio Retamales, Lee a Meisel
article
BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.513. ⟨10.1186/1471-2105-7-513⟩
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titre
Accurate prediction of BRCA1 and BRCA2 heterozygous genotype using expression profiling after induced DNA damage.
auteur
Zsofia Kote-Jarai, Lucy Matthews, Ana Osorio, Susan Shanley, Ian Giddings, François Moreews, Imogen Locke, Gareth Evans, Diana Eccles
article
Clinical Cancer Research, 2006, Clin Cancer Res. 2006 Jul 1;12(13):3896-901
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titre
Rhizosphere: A new frontier for soil biogeochemistry
auteur
Philippe Hinsinger, Claude Plassard, Benoît Jaillard
article
Journal of Geochemical Exploration, 2006, 88 (1-3), pp.210-213. ⟨10.1016/j.gexplo.2005.08.041⟩
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titre
Fractal representation of the attractive lamination of an automorphism of the free group
auteur
Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Arnaud Hilion, Anne Siegel
article
Annales de l'Institut Fourier, 2006, 56 (7), pp.2161-2212. ⟨10.5802/aif.2237⟩
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https://inria.hal.science/inria-00178799/file/ABHS.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Seed-based Genomic Sequence Comparison using a FPGA/FLASH Accelerator
auteur
Dominique Lavenier, Liu Xinchun, Gilles Georges
article
International IEEE Conference on Field Programmable Technology, Dec 2006, Thailand. http://fpt.selfip.org/fpt06/program.php
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https://hal.science/hal-00179994/file/Lav06cf.pdf BibTex
titre
Déterminants des stocks de carbone des sols des petites Antilles. Alternatives de séquestration du carbone et spatialisation des stocks actuels et simulés
auteur
Eric Blanchart, Martial Bernoux, Dominique D. Arrouays, Sébastien Lehmann, Yves-Marie Cabidoche
article
Séminaire GESSOL, Nov 2006, Paris, France
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titre
Soil clay concentrates prion protein and prion infectivity
auteur
Peggy Rigou, Sylvie Noinville, Yann Quenet, Human Rezaei, Siobhan Staunton, Herve Quiquampoix, Pierre Sarradin, Celine Barc, Frédéric F. Lantier, Patricia Berthon, Serge Bernard, Jeanne Grosclaude
article
Prion 2006, Oct 2006, Turin, Italy
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titre
Remix : une architecture pour la recherche dans les masses de données indexées
auteur
Gilles Georges, Steven Derrien, Stéphane Rubini, Frédéric Raimbault, Laurent Amsaleg, Dominique Lavenier
article
Symposium en archichecture de machines (Sympa) 2006, Oct 2006, Perpignan, France. pp.142-153
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https://hal.science/hal-00505589/file/remix_une_architecture_pour_la_recherche_dans_les_masses_de_donnees.pdf BibTex
titre
Finiteness properties for Pisot $S$-adic tilings
auteur
Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Anne Siegel
article
Journées Montoises d'Informatique Théorique, Aug 2006, RENNES, France
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https://inria.hal.science/inria-00180242/file/ABS-JM.pdf BibTex
titre
A flexible model for protein fold recognition
auteur
Guillaume Collet, Nicola Yanev, Antoine Marin, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat
article
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France
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BibTex
titre
Learning Automata on Protein Sequences
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
JOBIM, Jul 2006, Bordeaux, France. pp.199--210
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https://inria.hal.science/inria-00180429/file/coste_kerbellec_jobim06.pdf BibTex
titre
Recherche dans les banques d'ADN par indexation parallèle
auteur
van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
RVIF, Feb 2006, HCM, Vietnam
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https://inria.hal.science/inria-00180372/file/vhnguyen06.pdf BibTex
titre
Implémentation d'un algorithme d'alignement semi-global utilisant des paramètres non locaux pour la reconnaissance de repliement
auteur
Guillaume Collet, Antoine Marin, Nicola Yanev, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat
article
ROADEF, Feb 2006, Lilles, France
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BibTex
titre
Fine-Grained Parallelism for Genomic Computation
auteur
Dominique Lavenier
article
Conference on Parallel Processing for Scientific Computing, Feb 2006, United States
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BibTex
titre
Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions
auteur
Dominique Lavenier, Philippe Veber, Mathieu Giraud
article
2006, pp.23--33, ⟨10.1007/11812128_4⟩
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Chapitre d'ouvrage

titre
High-performance alignment methods for protein threading
auteur
Rumen Andonov, Stefan Balev, Nicola Yanev
article
Albert Zomaya. Parallel computing for bioinformatics and computational biology, Wiley, pp.427-457, 2006
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Poster de conférence

titre
Fine root density, branching pattern and mycorrhizal diversity across Pinus pinaster stands in south west France: methodology and first results
auteur
Claude Plassard, Céline Meredieu, Mark Ronald M. R. Bakker, Frederic F. Danjon, Pierre Trichet, Jacques Guinberteau, Laurent Augusto, Etienne Saur, Odile Domergue, Antoine Galiana, Yves Prin, Mourad Ali, Denis Loustau
article
COST 38 Meeting, Roots, mycorrhizas and their external mycelia in carbon dynamics in forest soil, Sep 2006, Rovaniemi, Finland. n.p., 2006
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https://hal.inrae.fr/hal-02814725/file/Plassard_Meredieu_PosterRovianemidef2_1.pdf BibTex

Rapport

titre
Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
article
[Research Report] RR-5973, INRIA. 2006
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https://inria.hal.science/inria-00090635/file/RR-5973.pdf BibTex
titre
Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie binaire implicative ; niveaux et noeuds significatifs
auteur
Israël-César Lerman
article
[Research Report] PI 1827, 2006, pp.45
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https://inria.hal.science/inria-00115826/file/PI-1827.pdf BibTex
titre
Représentation par Jeux du Chaos de séquences d'ADN
auteur
Thibaut Henin
article
[Stage] 2006
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BibTex
titre
Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
article
[Research Report] PI 1814, 2006, pp.18
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https://inria.hal.science/inria-00091944/file/PI-1814.pdf BibTex

2005

Article dans une revue

titre
Progressing the state-of-the-art in grammatical inference by competition
auteur
Starkie Bradford, François Coste, Menno van Zaanen
article
AI Communications, 2005, 18 (2), pp.93-115
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BibTex
titre
P-deficiency increases the O-2 uptake per N-2 reduced in alfalfa
auteur
Joachim Schulze, Jean-Jacques Drevon
article
Journal of Experimental Botany, 2005, 56 (417), pp.1779-1784. ⟨10.1093/jxb/eri166⟩
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titre
Evolution of Sr distribution coefficient as a function of time, incubation conditions and measurement technique
auteur
Guo Wang, Siobhan Staunton
article
Journal of Environmental Radioactivity, 2005, 81 (2-3), pp.173-185. ⟨10.1016/j.jenvrad.2004.01.034⟩
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BibTex
titre
The dog and rat olfactory receptor repertoires
auteur
Pascale Quignon, Mathieu Giraud, Maud Rimbault, Patricia Lavigne, Sandrine Tacher, Emmanuelle Morin, Elodie Retout, Anne-Sophie Valin, Kerstin Lindblad-Toh, Jacques Nicolas, Francis Galibert
article
Genome Biology, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩
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BibTex
titre
A new mechanism of action for skin whitening agents: binding to the peroxisome proliferator-activated receptor
auteur
J. W. Wiechers, A. V. Rawlings, C. Garcia, C. Chesné, P. Balaguer, J. C. Nicolas, S. Corre, M.-D. Galibert
article
International Journal of Cosmetic Science, 2005, 27 (2), pp.123--132. ⟨10.1111/j.1467-2494.2004.00256.x⟩
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BibTex
titre
Complex Qualitative Models in Biology: a new approach
auteur
Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu
article
Complexus, 2005, 2, pp.140-151
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BibTex
titre
Rhizosphere geometry and heterogeneity arising from root-mediated physical and chemical processes
auteur
Philippe Hinsinger, George R. Gobran, Peter J. Gregory, Walter W. Wenzel
article
New Phytologist, 2005, 168 (2), pp.293-303. ⟨10.1111/j.1469-8137.2005.01512.x⟩
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BibTex
titre
Fate of prions in soil: Trapped conformation of full-length ovine prion protein induced by adsorption on clays
auteur
M. Revault, Herve Quiquampoix, M.H. Baron, S. Noinville
article
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, 2005, 1724 (3), pp.367-374. ⟨10.1016/j.bbagen.2005.05.005⟩
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BibTex
titre
Variability in symbiotic nitrogen fixation among white landraces of common bean from the Iberian peninsula
auteur
A. Paula Rodiño, Marta Santalla, Antonio M. de Ron, Jean-Jacques Drevon
article
Symbiosis, 2005, 40 (2), pp.69-78
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BibTex
titre
Suffix-Tree Analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes
auteur
Jacques Nicolas, Patrick Durand, Grégory Ranchy, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin
article
Bioinformatics, 2005, 21(24), pp.4408-4410
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BibTex
titre
Fate of prions in soil: Adsorption kinetics of recombinant unglycosylated ovine prion protein onto mica in laminar flow conditions and subsequent desorption
auteur
Elena N. Vasina, Philippe Dejardin, Human Rezaei, Jeanne Grosclaude, Herve Quiquampoix
article
Biomacromolecules, 2005, 6 (6), pp.3425-3432. ⟨10.1021/bm050492d⟩
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BibTex
titre
Nodule conductance varied among common bean (Phaseolus vulgaris) genotypes under phosphorus deficiency
auteur
Moez Jebara, Mohamed Elarbi Aouani, M-Helene Payré, Jean-Jacques Drevon
article
Journal of Plant Physiology, 2005, 162 (3), pp.309-315. ⟨10.1016/j.jplph.2004.06.015⟩
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BibTex
titre
Proton release by roots of Medicago murex and Medicago sativa growing in acidic conditions, and implications for rhizosphere pH changes and nodulation at low pH
auteur
Yu-Hsuan Cheng, J.G. Howieson, G.W. O'Hara, E.L.J. Watkin, Gerard Souche, Benoît Jaillard, Philippe Hinsinger
article
Soil Biology and Biochemistry, 2005, 36 (8), pp.1357-1365. ⟨10.1016/j.soilbio.2004.04.017⟩
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BibTex
titre
Nitrogen fixation and growth of annual Medicago-Sinorhizobium associations at low temperature
auteur
Christophe Robin, K. Sultan-Tubeileh, M. Obaton, Armand Guckert
article
European Journal of Agronomy, 2005, 22, pp.267-275
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BibTex
titre
Accélérer l'exploration et l'analyse des textes des génomes
auteur
Dominique Lavenier
article
Interstices, 2005
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BibTex
titre
Diversity of ectomycorrhizal fungi naturally established on containerised Pinus seedlings in nursery conditions
auteur
Khalid El Karkouri, Francis Martin, J.P. Emmanuel Douzery, Daniel Mousain
article
Microbiological Research, 2005, 160 (1), pp.47-52. ⟨10.1016/j.micres.2004.09.008⟩
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Typologie fonctionnelle des matières organiques solubles dans les sols
auteur
Yves Dudal, Ghislain Sevenier, Emilie Guillon, L. Dupont, J.L. Boudenne, B. Coulomb, Lucile Jocteur-Monrozier, Herve Quiquampoix
article
1. Colloque de restitution scientifique, Dec 2005, Toulouse, France
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BibTex
titre
Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles
auteur
Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier
article
MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37
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https://inria.hal.science/inria-00001036/file/120.pdf BibTex
titre
Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana
auteur
Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Israël-César C. Lerman, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
article
XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France
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BibTex
titre
A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
Machine Learning: ECML 2005, 16th European Conference on Machine Learning, 2005, Porto, Portugal. pp.522-529, ⟨10.1007/11564096_50⟩
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https://inria.hal.science/hal-03405434/file/Coste-Kerbellec2005_Chapter_ASimilarFragmentsMergingApproa.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Enzymatic hydrolysis of organic phosphorus
auteur
Herve Quiquampoix, Daniel Mousain
article
Organic Phosphorus in the Environment, CAB International, 2005, 0-85199-822-4
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BibTex
titre
Bioinformatics Applications
auteur
Dominique Lavenier, Mathieu Giraud
article
Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2
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BibTex
titre
Le sol : ressource en nutriments et biodisponibilité
auteur
Philippe Hinsinger, Andre Schneider, J.E. Dufey
article
Sols et environnement, Dunod, 2005, 978-2-1000-5520-3
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BibTex

Autre publication scientifique

titre
Pyramid diagram: visualizing the organization of repetitive sequences in genomes.
auteur
Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas
article
2005
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BibTex

Proceedings/Recueil des communications

titre
Plant Nutrition for Food Security, Human Health and Environmental Protection
auteur
Philippe Hinsinger
article
15. International Plant Nutrition Colloquium, Sep 2005, Pekin, China. Tsinghua University Press, 1207 p., 2005
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BibTex

Rapport

titre
Motif Discovery on Promotor Sequences
auteur
Maximilian Häussler, Jacques Nicolas
article
[Research Report] RR-5714, INRIA. 2005, pp.136
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00070303/file/RR-5714.pdf BibTex
titre
A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
[Research Report] RR-5672, INRIA. 2005, pp.17
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00070340/file/RR-5672.pdf BibTex
titre
A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
[Research Report] PI 1735, 2005
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00000179/file/PI-1735.pdf BibTex

Thèse

titre
Découverte de motifs relationnels en bioinformatique: application à la prédiction de ponts disulfures
auteur
Ingrid Jacquemin
article
Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-00185499/file/jacquemin.pdf BibTex
titre
Inférence grammaticale sur des alphabets ordonnés : application à la découverte de motifs dans des familles de protéines
auteur
Aurélien Leroux
article
Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-00185489/file/leroux.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Inventaire des crustacés de la Réserve Naturelle de Chérine (PNR Brenne, Indre)
auteur
F. S. E. Lefebvre
article
2005
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00355807/file/Rapport_Inventaire_Crustaces_RN_Cherine.pdf BibTex

2004

Article dans une revue

titre
Diversity of ectomycorrhizal symbionts in a disturbed Pinus halepensis plantation in the Mediterranean region
auteur
K. El Karkouri, F. Martin, Daniel Mousain
article
Annals of Forest Science, 2004, 61, pp.705-710
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02672245/file/75466_20091201094810646_1.pdf BibTex
titre
Characterisation of kaolinitic clays from the Ivory Coast: identification of structural Fe
auteur
Joseph Sei, A. Abba Toure, J. Olivier-Fourcade, Herve Quiquampoix, Siobhan Staunton, J.C. Jumas, M. Womes
article
Hyperfine Interactions, 2004, 155 (1-4), pp.51-64
Accès au bibtex
BibTex
titre
Quantification of ectomycorrhizal fungal effects on the bioavailability and mobilization of soil P in the rhizosphere of Pinus pinaster
auteur
Valter Casarin, Claude Plassard, Philippe Hinsinger, Jean Claude Arvieu
article
New Phytologist, 2004, 163 (1), pp.177-185. ⟨10.1111/j.1469-8137.2004.01093.x⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Dynamics of ectomycorrhizal mycelial growth and P transfer to the host plant in response to low and high soil P availability
auteur
Margarita Torres Aquino, Claude Plassard
article
FEMS Microbiology Ecology, 2004, 48 (2), pp.149-156. ⟨10.1016/j.femsec.2004.01.008⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Characterisation of kaolinitic clays from the Ivory Coast (West Africa)
auteur
Joseph Sei, A. Abba Toure, J. Olivier-Fourcade, Herve Quiquampoix, Siobhan Staunton, J.C. Jumas, M. Womes
article
Applied Clay Science, 2004, 27 (3-4), pp.235-239. ⟨10.1016/j.clay.2004.06.004⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Structural effects of drying and rehydration for enzymes in soils: a kinetics-FTIR analysis of alpha-chymotrypsin adsorbed on montmorillonite
auteur
S. Noinville, M. Revault, Herve Quiquampoix, M. H. Baron
article
Journal of Colloid and Interface Science, 2004, 273 (2), pp.414-425. ⟨10.1016/j.jcis.2004.01.067⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Zinc mobilisation from a contamined soil by three genotypes of tobacco as affected by soil and rhizosphere pH
auteur
N. Loosemore, Anne Straczek, Philippe Hinsinger, Benoît Jaillard
article
Plant and Soil, 2004, 260 (1), pp.19-32
Accès au bibtex
BibTex
titre
Sensitivity analysis of the distribution coefficient, Kd, of nickel with changing soil chemical properties
auteur
Siobhan Staunton
article
Geoderma, 2004, 122 (2-4), pp.281-290. ⟨10.1016/j.geoderma.2004.01.014⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Épidémiologie de la tremblante et de l'Encéphalopathie Spongiforme Bovine en France
auteur
Christian Ducrot, Jacques Cabaret, Suzanne Touzeau, David Abrial, Christine Jacob, Herve Quiquampoix, Jeanne Grosclaude
article
Productions Animales, 2004, 17, pp.67-76
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02669922/file/Prod_Anim_2004_hs_hs_13_1.pdf BibTex
titre
Widespread vertical transmission and associated host sex-ratio distortion within the eukaryotic phylum Microspora
auteur
R.S. Terry, J.E. Smith, R.G. Sharpe, T. Rigaud, D.T.J. Littlewood, J.E. Ironside, D. Rollinson, D. Bouchon, C. Macneil, J.T.A. Dick, A.M. Dunn
article
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 271, pp.1783-1789
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BibTex
titre
Large-scale identification of genes in the fungus Hebeloma cylindrosporum paves the way to molecular analyses of ectomycorrhizal symbiosis
auteur
R. Lambilliote, R. Cooke, Dylan Samson, Cécile Fizames, Frédéric Gaymard, Claude Plassard, M.V. Tatry, C. Berger, M. Laudié, F. Legeai, Michel Delseny, S. Zimmermann, Herve Sentenac
article
New Phytologist, 2004, 164 (3), pp.505-513. ⟨10.1111/j.1469-8137.2004.01185.x⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Biodégradabilité de matériaux plastiques à base gluten de blé
auteur
Sandra Domenek, P. Feuilloley, J. Gratraud, M.H. Morel, Stéphane Guilbert
article
Chemosphere, 2004, 54 (4), pp.551-559. ⟨10.1016/S0045-6535(03)00760-4⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02582937/file/domenek_chemosphere2004.pdf BibTex
titre
GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.
auteur
Nouri Ben Zakour, Michel Gautier, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Marie-Françoise Cochet, Philippe Veber, Alexei Sorokine, Yves Le Loir
article
Nucleic Acids Research, 2004, 32 (1), pp.17-24. ⟨10.1093/nar/gkg928⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01454461/file/Nucl.%20Acids%20Res.-2004-Ben%20Zakour-17-24_1.pdf BibTex
titre
The dynamics of protons, aluminium, and calcium in the rhizosphere of maize cultivated in tropicals acid soils: experimental study and modelling
auteur
H. Calba, - Firdaus, P. Cazevieilles, C. The, Roland Poss, Benoît Jaillard
article
Plant and Soil, 2004, 260 (1), pp.33-46
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Communication dans un congrès

titre
Changes in drainage of nutrients after afforestation with eucalypts in a Congolese savanna
auteur
Philippe Deleporte, Jean-Paul Laclau, Jacques J. Ranger, J-D. Nzila, Julien Guy Kazotti, Yann Nouvellon, Jean-Claude Ruffin Mazoumbou
article
International IUFRO Conference of the WP2.08.03 on Silviculture and Improvement of Eucalypts. Eucalyptus in a changing world, Oct 2004, Aveiro, Portugal
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titre
Mutually Compatible and Incompatible Merges for the Search of the Smallest Consistent DFA
auteur
François Coste, John Abela, Sandro Spina
article
ICGI 2004: Grammatical Inference: Algorithms and Applications, 2004, Athens, Greece. pp.28-39, ⟨10.1007/978-3-540-30195-0_4⟩
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titre
Introducing Domain and Typing Bias in Automata Inference
auteur
François Coste, Daniel Fredouille, Christopher Kermorvant, Colin de La Higuera
article
ICGI 2004: Grammatical Inference: Algorithms and Applications, 2004, Athens, Greece. pp.115-126, ⟨10.1007/978-3-540-30195-0_11⟩
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Poster de conférence

titre
Dynamics of slash decomposition from a Eucalyptus clone in Congolese sandy soils
auteur
Julien Guy Kazotti, Philippe Deleporte, Jacques J. Ranger, Jean-Paul Laclau
article
International IUFRO Conference of the WP2.08.03 on Silviculture and Improvement of Eucalypts. Eucalyptus in a changing world, Oct 2004, Aveiro, Portugal. 2004
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titre
Control of the nitrogen mineralising activity of micro-organisms by vegetation is a key-parameter to be taken into account by managers whatever the ecosystem function considered
auteur
Jacques J. Ranger, J-D. Nzila, Bernhard Zeller, Jean-Paul Laclau, Jean-Pierre Bouillet, Philippe Deleporte, Judicaël Moukoumi, J-H. Jussy, J-N. Marien
article
146. International symposium : Forests soils under global and local changes : from research to practice, Sep 2004, 2004
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titre
Validation of coupled speciation-transport models to describe root-uptake
auteur
B. Nowack, D. Jacques, S. Oswald, T. Roose, A. Schnepf, P. Seuntjens, W. Van-Beinum, Frédéric Gérard, U. Mayer, G. Kirk, H. Nietfeld, Benoît Jaillard
article
Rhizosphère 1, Sep 2004, Munich, Allemagne. 2004
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Rapport

titre
Apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments significativement similaires et premières expérimentations sur les protéines MIP
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec, Boris Idmont, Daniel Fredouille, Christian Delamarche
article
[Rapport de recherche] RR-5176, INRIA. 2004
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https://inria.hal.science/inria-00071412/file/RR-5176.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Purely periodic beta-expansions in the Pisot non-unit case
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel
article
2004
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https://hal.science/hal-00002208/file/BertheSiegel.pdf BibTex

2003

Article dans une revue

titre
Integration of data and methods for genome analysis.
auteur
Patrick Durand, Claudine Médigue, Anne Morgat, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, François Rechenmann
article
Current Opinion in Drug Discovery and Development, 2003, 6 (3), pp.346-52
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titre
Root uptake and translocation of radiocaesium from agricultural soils by various plant species
auteur
Siobhan Staunton, Philippe Hinsinger, Anne Guivarch, F. Brechignac
article
Plant and Soil, 2003, 254, pp.443-455. ⟨10.1023/A:1025584016465⟩
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titre
Origins of root-mediated pH changes in the rhizosphere and their responses to environmental constraints: a review
auteur
Philippe Hinsinger, Claude Plassard, C. Tang, Benoît Jaillard
article
Plant and Soil, 2003, 248, pp.43-59
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titre
Production et fixation d'azote chez des luzernes annuelles en région méditerranéenne lors de la période froide
auteur
Armand Guckert, K. Sultan-Tubeileh, G. Gintzburger, M. Obaton, Christophe Robin
article
Fourrages, 2003, 173, pp.37-47
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https://hal.inrae.fr/hal-02677034/file/173-GUCKERT_1.pdf BibTex
titre
Relative contributions of soil chemistry, plant physiology and rhizosphere induced changes in speciation on Ni accumulation in plant shoots
auteur
F. Pinel, E. Leclerc-Cessac, Siobhan Staunton
article
Plant and Soil, 2003, 255, pp.619-629
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titre
Copper bioavailability and extractability as related to chemical properties of contaminated soils from a vine-growing area
auteur
V. Chaignon, I. Sanchez-Neira, Patrick Herrmann, Benoît Jaillard, Philippe Hinsinger
article
Environmental Pollution, 2003, 123, pp.229-238
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Communication dans un congrès

titre
A way to improve the water resistance of gluten-based biomaterials: plasticization with fatty acids
auteur
Marion Pommet, A. Redl, M.H. Morel, Stephane Guilbert
article
8. International Gluten Workshop, Sep 2003, Viterbo, Italy. pp.439-442, ⟨10.1039/9781847552099-00439⟩
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titre
Unambiguous Automata Inference by Means of State-Merging Methods
auteur
François Coste, Daniel Fredouille
article
Machine Learning: ECML 2003, 14th European Conference on Machine Learning, 2003, Cavtat-Dubrovnik, Croatia. pp.60-71, ⟨10.1007/978-3-540-39857-8_8⟩
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Poster de conférence

titre
Influence du mucilage de maïs sur la structure et les activités de communautés microbiennes fonctionnelles telluriques d’intérêt agronomique
auteur
E. Mounier, J. Abadie, I. Gruet, Fabrice Martin-Laurent, Gerard Souche, Séverine Piutti, Dominique Chèneby, H. Quiquampoix, Sophie Slezack-Deschaumes, Christophe Nguyen, Christophe Robin, Benoit Jaillard, Emile Benizri, Laurent Philippot
article
5èmes journées d'Ecologie Fonctionnelle, Mar 2003, Nancy, France. 2003
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-04522165/file/poster%20Mounier%20et%20al%20JEF_2003.pdf BibTex

Rapport

titre
Combinatorial approaches for segmentingbacterium genomes
auteur
Rumen Andonov, Nicola Yanev, Dominique Lavenier, Philippe Veber
article
[Research Report] RR-4853, INRIA. 2003
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https://inria.hal.science/inria-00071730/file/RR-4853.pdf BibTex
titre
What is the Search Space for the Inference of Non Deterministic, Unambiguous and Deterministic Automata ?
auteur
François Coste, Daniel Fredouille
article
[Research Report] RR-4907, INRIA. 2003
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https://inria.hal.science/inria-00071673/file/RR-4907.pdf BibTex

2002

Communication dans un congrès

titre
Couplage par composants logiciels de codes d'hydrogéologie
auteur
Jocelyne Erhel, Philippe Ackerer, Jean-Raynald de Dreuzy, Michel Kern, Hugues Leroy, Christian Pérez
article
École GRID 2002, 2002, Aussois, France
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https://inria.hal.science/hal-01316192/file/ErhelAckerer_Aussois_2002.pdf BibTex
titre
Le projet GénoGRID : une grille expérimentale pour la génomique
auteur
Dominique Lavenier, Hugues Leroy, Michel Hurfin, Rumen Andonov, L. Mouchard, F. Guinand
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathématiques, 2002, Saint Malo, France. pp.27-32
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Chapitre d'ouvrage

titre
Measurements of H+ fluxes and concentrations in the rhizosphere
auteur
Benoît Jaillard, Claude Plassard, Philippe Hinsinger
article
Handbook of Soil Acidity, CBL, 2002, 0-824470-8903
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Poster de conférence

titre
Nitrogen fixation of annual Medicago-Rhizobium associations during cool season in Mediterranean dry areas
auteur
Kholoud Sultan, Gustave Gintzburger, Michel Obaton, Christophe Robin, Hayat Touchane, Armand Guckert
article
19th EGF General Meeting on “Multi-function grassland: Quality Forage, Animal Products and Landscapes”, May 2002, La Rochelle, France. 7, pp.736-737, 2002, Grassland science in Europe
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-04469259/file/poster%20Sultan%20et%20al%20EGF_2002.pdf BibTex

Rapport

titre
Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel
article
[Research Report] RR-4619, INRIA. 2002
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https://inria.hal.science/inria-00071966/file/RR-4619.pdf BibTex
titre
The Protein Threading Problem is in P?
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov
article
[Research Report] RR-4577, INRIA. 2002
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https://inria.hal.science/inria-00072011/file/RR-4577.pdf BibTex
titre
ROOM : reconfigurable object-oriented machines for specific applications
auteur
Frédéric Raimbault, Dominique Lavenier
article
[Research Report] RR-4588, INRIA. 2002
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https://inria.hal.science/inria-00071997/file/RR-4588.pdf BibTex

2000

Article dans une revue

titre
Le sol vivant, un territoire qui reste à découvrir
auteur
Jean Claude Cleyet Marel, Philippe Hinsinger
article
Oléagineux, Corps Gras, Lipides, 2000, 7 (6), pp.490-493
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titre
Impact of grazing and tillage on water erosion in North-eastern Syria
auteur
H. Shinjo, H. Fujita, G. Gintzburger, T. Kosaki
article
Soil Science and Plant Nutrition, 2000, 46 (1), pp.151-162
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Chapitre d'ouvrage

titre
Modélisation du prélèvement minéral par les plantes fondée sur le fonctionnement bio-physico-chimique de la rhizosphère
auteur
Benoît Jaillard, A. Schneider, Alain Mollier, Sylvain Pellerin
article
Fonctionnement des peuplements végétaux sous contraintes environnementales, INRA Editions, 2000, 2-7380-0911-5
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Poster de conférence

titre
Responses of annual medics to low temperature in Syria : growth and N2 fixation
auteur
Kholoud Sultan-Tubeileh, Christophe Robin, Michel Obaton, Gustave Gintzburger, Hayat Touchane, Armand Guckert
article
Christen O., Ordon F. (Eds). Third International Crop Science Congress, Aug 2000, Hambourg, Germany. Book of Abstracts, pp.40
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https://hal.inrae.fr/hal-04480409/file/Sultan%20et%20al_Intern%20Crop%20Sci%20Congress%20Hamburg%202000.pdf BibTex

1997

Article dans une revue

titre
Union of all the Minimum Cycle Bases of a Graph
auteur
Philippe Vismara
article
The Electronic Journal of Combinatorics, 1997, 4 (1), ⟨10.37236/1294⟩
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https://hal.science/hal-04478606/file/Union_1997.pdf BibTex

1989

Communication dans un congrès

titre
Libération de H+ par les plantes et acidification des sols
auteur
Benoît Jaillard, M. Meslem, Claude Plassard, H. Calba
article
Fixation symbiotique de l'azoteet developpement durable dans le Bassin Méditeranéen, Oct 1989, Carthage, Tunisie
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