Publications HAL du projet ANR. 57046

2025

Journal articles

titre
Mechanisms of DNA Damage Recognition by UDG and PARP1 in the Nucleosome
auteur
Safwen Ghediri, Parvathy A Sarma, Vinnarasi Saravanan, Corinne Abbadie, Ralf Blossey, Fabrizio Cleri
article
Biomolecules, 2025, 15, ⟨10.3390/biom15050649⟩
identifiant
hal-05147938
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https://hal.science/hal-05147938/file/2025_biomolecules-15-00649.pdf BibTex
titre
The ‘very moment’ when UDG recognizes a flipped-out uracil base in dsDNA
auteur
Vinnarasi Saravanan, Nessim Raouraoua, Guillaume Brysbaert, Stefano Giordano, Marc F. Lensink, Fabrizio Cleri, Ralf Blossey
article
Scientific Reports, 2025, 15 (1), pp.7993. ⟨10.1038/s41598-025-91705-6⟩
identifiant
hal-05023935
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https://hal.science/hal-05023935/file/s41598-025-91705-6.pdf BibTex

2024

Journal articles

titre
Cell Senescence and the DNA Single-Strand Break Damage Repair Pathway
auteur
Parvathy A Sarma, Corinne Abbadie, Yvan de Launoit, Fabrizio Cleri
article
DNA, 2024, 4 (4), pp.530-552. ⟨10.3390/dna4040036⟩
identifiant
hal-04828409
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https://hal.science/hal-04828409/file/dna-3332141-english.pdf BibTex
titre
Effective diffusion constant of stochastic processes with spatially periodic noise
auteur
Stefano Giordano, Ralf Blossey
article
Physical Review E , 2024, 110 (4), pp.044123. ⟨10.1103/PhysRevE.110.044123⟩
identifiant
hal-04767308
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https://hal.science/hal-04767308/file/periodic_heterogeneous_diffusion.pdf BibTex
titre
Cooperative dynamics of PARP-1 zinc-finger domains in the detection of DNA single-strand breaks
auteur
Parvathy A Sarma, Corinne Abbadie, Fabrizio Cleri
article
Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.23257. ⟨10.1038/s41598-024-73707-y⟩
identifiant
hal-04725325
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https://hal.science/hal-04725325/file/scirep.pdf BibTex
titre
Development of a mouse embryonic stem cell model for investigating the functions of the linker histone H1‐4
auteur
Abed Alkarem Abu Alhaija, Imtiaz Nisar Lone, Esin Ozkuru Sekeroglu, Tugce Batur, Dimitar Angelov, Stefan Dimitrov, Ali Hamiche, Elif Nur Firat Karalar, Muhammed Erdem Ercan, Tamer Yagci, Hani Alotaibi, Muhammed Kasim Diril
article
FEBS Open Bio, 2024, 14 (2), pp.309 - 321. ⟨10.1002/2211-5463.13750⟩
identifiant
hal-04663219
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https://hal.science/hal-04663219/file/Abed%20et%20al_FEBS%20Open%20Bio%202023.pdf BibTex
titre
Short-time expansion of one-dimensional Fokker-Planck equations with heterogeneous diffusion
auteur
Tom Dupont, Stefano Giordano, Fabrizio Cleri, Ralf Blossey
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, 2024, 109 (6), pp.064106. ⟨10.1103/PhysRevE.109.064106⟩
identifiant
hal-04614378
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https://hal.science/hal-04614378/file/Dupont_Short-Time_expension.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Chromatin remodelers: a concise introduction for biophysicists
auteur
Sophie Klempahn, Helmut Schiessel, Ralf Blossey
article
2024
identifiant
hal-04735040
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https://hal.science/hal-04735040/file/Paper_CR_model.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
On the One‐Dimensional Transition State Theory and the Relation between Statistical and Deterministic Oscillation Frequencies of Anharmonic Energy Wells
auteur
Stefano Giordano, Fabrizio Cleri, Ralf Blossey
article
Annalen der Physik, 2023, 535 (12), pp.2300294. ⟨10.1002/andp.202300294⟩
identifiant
hal-04297006
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https://hal.science/hal-04297006/file/Annalen%20der%20Physik%20-%202023%20-%20Giordano%20-%20On%20the%20One%E2%80%90Dimensional%20Transition%20State%20Theory%20and%20the%20Relation%20between%20Statistical.pdf BibTex
titre
Nucleosome Array Deformation in Chromatin is Sustained by Bending, Twisting and Kinking of Linker DNA
auteur
Fabrizio Cleri, Stefano Giordano, Ralf Blossey
article
Journal of Molecular Biology, 2023, 435, pp.168263. ⟨10.1016/j.jmb.2023.168263⟩
identifiant
hal-04219440
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https://hal.science/hal-04219440/file/ilovepdf_merged.pdf BibTex
titre
Infinite ergodicity in generalized geometric Brownian motions with nonlinear drift
auteur
Stefano Giordano, Fabrizio Cleri, Ralf Blossey
article
Physical Review E , 2023, 107 (4), pp.044111. ⟨10.1103/PhysRevE.107.044111⟩
identifiant
hal-04086877
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https://hal.science/hal-04086877/file/Infinite_ergodicity_in_generalized_geometric_Brownian_motions_with_nonlinear_drift.pdf BibTex