Publications HAL du projet ANR. RNALands

2024

Preprints, Working Papers, ...

titre: Non-Redundant Sampling and Statistical Estimators for RNA Structural Properties at the Thermodynamic Equilibrium
auteur: Christelle Rovetta, Juraj Michálik, Ronny Lorenz, Andrea Tanzer, Yann Ponty
article: 2024
identifiant: hal-02288811
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2021

Journal articles

titre: RNAxplorer: Harnessing the Power of Guiding Potentials to Sample RNA Landscapes
auteur: Gregor Entzian, Ivo Hofacker, Yann Ponty, Ronny Lorenz, Andrea Tanzer
article: Bioinformatics, 2021
identifiant: hal-02889448
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Book sections

titre: Advanced design of structural RNAs using RNARedPrint
auteur: Yann Ponty, Stefan Hammer, Hua-Ting Yao, Sebastian Will
article: Ernesto Picardi. RNA Bioinformatics, 2284, pp.1--15, 2021, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-1306-1. ⟨10.1007/978-1-0716-1307-8_1⟩
identifiant: hal-02990264
DOI: DOI : 10.1007/978-1-0716-1307-8_1
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2019

Journal articles

titre: Fixed-parameter tractable sampling for RNA design with multiple target structures
auteur: Stefan Hammer, Wei Wang, Sebastian Will, Yann Ponty
article: BMC Bioinformatics, 2019, 20 (1), pp.209. ⟨10.1186/s12859-019-2784-7⟩
identifiant: hal-02112888
DOI: DOI : 10.1186/s12859-019-2784-7
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titre: Small-world networks and RNA secondary structures
auteur: Defne Surujon, Yann Ponty, Peter Clote
article: Journal of Computational Biology, 2019, 26 (1), pp.16--26. ⟨10.1089/cmb.2018.0125⟩
identifiant: hal-01424452
DOI: DOI : 10.1089/cmb.2018.0125
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2018

Journal articles

titre: Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.
auteur: Alexander Churkin, Matan Drory Retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
article: Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (2), pp.350--358. ⟨10.1093/bib/bbw120⟩
identifiant: hal-01392958
DOI: DOI : 10.1093/bib/bbw120
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Conference papers

titre: Fixed-Parameter Tractable Sampling for RNA Design with Multiple Target Structures
auteur: Stefan Hammer, Yann Ponty, Wei Wang, Sebastian Will
article: RECOMB - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology - 2018, Apr 2018, Paris, France
identifiant: hal-01631277
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2017

Journal articles

titre: Combinatorial RNA Design
auteur: Jozef Haleš, Alice Héliou, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
article: Algorithmica, 2017, 79 (3), pp.835--856. ⟨10.1007/s00453-016-0196-x⟩
identifiant: hal-01285499
DOI: DOI : 10.1007/s00453-016-0196-x
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titre: The BRaliBase dent - a tale of benchmark design and interpretation.
auteur: Benedikt Löwes, Cedric Chauve, Yann Ponty, Robert Giegerich
article: Briefings in Bioinformatics, 2017, 18 (2), pp.306--311. ⟨10.1093/bib/bbw022⟩
identifiant: hal-01273406
DOI: DOI : 10.1093/bib/bbw022
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Conference papers

titre: Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
auteur: Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty
article: ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
identifiant: hal-01500115
DOI: DOI : 10.1093/bioinformatics/btx269
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2016

Journal articles

Conference papers

titre: Homology modeling of complex structural RNAs
auteur: Wei Wang, Matthieu Barba, Philippe Rinaudo, Alain Denise, Yann Ponty
article: JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2016, Jun 2016, Lyon, France
identifiant: hal-01332642
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