Publications HAL du projet ANR. RNALands

2021

Journal articles

titre
RNAxplorer: Harnessing the Power of Guiding Potentials to Sample RNA Landscapes
auteur
Gregor Entzian, Ivo Hofacker, Yann Ponty, Ronny Lorenz, Andrea Tanzer
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021
identifiant
hal-02889448
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https://hal.inria.fr/hal-02889448/file/RNAxplorer-preprint-2020.pdf BibTex

Book sections

titre
Advanced design of structural RNAs using RNARedPrint
auteur
Yann Ponty, Stefan Hammer, Hua-Ting Yao, Sebastian Will
article
Ernesto Picardi. RNA Bioinformatics, 2284, pp.1--15, 2021, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-1306-1. ⟨10.1007/978-1-0716-1307-8_1⟩
identifiant
hal-02990264
DOI
DOI : 10.1007/978-1-0716-1307-8_1
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02990264/file/RNARedPrint_Chapter_MiMB.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Fixed-parameter tractable sampling for RNA design with multiple target structures
auteur
Stefan Hammer, Wei Wang, Sebastian Will, Yann Ponty
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.209. ⟨10.1186/s12859-019-2784-7⟩
identifiant
hal-02112888
DOI
DOI : 10.1186/s12859-019-2784-7
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02112888/file/RNARedPrint.pdf BibTex
titre
Small-world networks and RNA secondary structures
auteur
Defne Surujon, Yann Ponty, Peter Clote
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2019, 26 (1), pp.16--26. ⟨10.1089/cmb.2018.0125⟩
identifiant
hal-01424452
DOI
DOI : 10.1089/cmb.2018.0125
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https://hal.inria.fr/hal-01424452/file/main2018.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Non-Redundant Sampling and Statistical Estimators for RNA Structural Properties at the Thermodynamic Equilibrium
auteur
Christelle Rovetta, Juraj Michálik, Ronny Lorenz, Andrea Tanzer, Yann Ponty
article
2019
identifiant
hal-02288811
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https://hal.inria.fr/hal-02288811/file/NR-Estimator-TCBB-2019.pdf BibTex

2018

Conference papers

titre
Fixed-Parameter Tractable Sampling for RNA Design with Multiple Target Structures
auteur
Stefan Hammer, Yann Ponty, Wei Wang, Sebastian Will
article
RECOMB - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology - 2018, Apr 2018, Paris, France
identifiant
hal-01631277
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https://hal.inria.fr/hal-01631277/file/RNARedPrint-Bioinfo2018.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm in Watson-Crick and Nussinov-Jacobson Energy Models
auteur
Jozef Haleš, Alice Héliou, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2017, 79 (3), pp.835--856. ⟨10.1007/s00453-016-0196-x⟩
identifiant
hal-01285499
DOI
DOI : 10.1007/s00453-016-0196-x
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https://hal.inria.fr/hal-01285499/file/CombinatorialRNADesign-Hales-Manuch-Ponty-Stacho-Algorithmica-2015.pdf BibTex
titre
The BRaliBase dent - a tale of benchmark design and interpretation.
auteur
Benedikt Löwes, Cedric Chauve, Yann Ponty, Robert Giegerich
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 18 (2), pp.306--311. ⟨10.1093/bib/bbw022⟩
identifiant
hal-01273406
DOI
DOI : 10.1093/bib/bbw022
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BibTex

Conference papers

titre
Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
auteur
Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty
article
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
identifiant
hal-01500115
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btx269
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https://hal.inria.fr/hal-01500115/file/michalik-ISMB-2017.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Predicting RNA secondary structures from sequence and probing data
auteur
Ronny Lorenz, Michael T. Wolfinger, Andrea Tanzer, Ivo L. Hofacker
article
Methods, Elsevier, 2016, 103, pp.86 - 98. ⟨10.1016/j.ymeth.2016.04.004⟩
identifiant
hal-01393649
DOI
DOI : 10.1016/j.ymeth.2016.04.004
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Conference papers

titre
Homology ­modeling of complex structural RNAs
auteur
Wei Wang​, Matthieu Barba​, Philippe Rinaudo​, Alain Denise, Yann Ponty
article
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2016, Jun 2016, Lyon, France
identifiant
hal-01332642
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01332642/file/Homology-modelingofcomplexstructuralRNAs.pdf BibTex