2025
Article dans une revue
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- Dereje T Demie, Daniel Wallach, Thomas F Döring, Frank Ewert, Thomas Gaiser, et al.. Evaluating a new intercrop model for capturing mixture effects with an extensive intercrop dataset. Agriculture, Ecosystems & Environment, 2025, 378, pp.109302. ⟨10.1016/j.agee.2024.109302⟩. ⟨hal-04747808⟩
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2024
Article dans une revue
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- Beda Innocent Adji, Xiujuan Wang, Véronique Letort, Doffou Sélastique Akaffou, Sylvie-Annabel Sabatier, et al.. Stochastic modelling of development and biomass allocation: Computation applied to architecture of young mahogany trees (Khaya senegalensis Desr. A. Juss), a native African savannah emblematic agroforestry species. Computers and Electronics in Agriculture, 2024, 220, pp.108864. ⟨10.1016/j.compag.2024.108864⟩. ⟨hal-04560276⟩
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- Rickarlos Bezandry, Mathilde Dupeyron, Laura Natalia Gonzalez-Garcia, Artemis Anest, Perla Hamon, et al.. The evolutionary history of three Baracoffea species from western Madagascar revealed by chloroplast and nuclear genomes. PLoS ONE, 2024, 19, ⟨10.1371/journal.pone.0296362⟩. ⟨hal-04448243⟩
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- Francesca Grisafi, Sergio Tombesi, Daniela Farinelli, Evelyne Costes, Jean-Baptiste Durand, et al.. Modelling the architecture of hazelnut ( Corylus avellana ) Tonda di Giffoni over two successive years. in silico Plants, 2024, 6 (1), pp.diae004. ⟨10.1093/insilicoplants/diae004⟩. ⟨hal-04583890v2⟩
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- Véronique Letort, Mengzhen Kang, Philippe de Reffye. Editorial: Plant architectural models and crop production. Frontiers in Plant Science, 2024, 15, pp.1-3. ⟨10.3389/fpls.2024.1430205⟩. ⟨hal-04662722⟩
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- Mathilde Millan, Alexis Bonnet, Jean Dauzat, Rémi Vezy. Advancing Fine Branch Biomass Estimation with Lidar and Structural Models. Annals of Botany, 2024, 134 (3), pp.455-466. ⟨10.1093/aob/mcae083⟩. ⟨hal-04603780⟩
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- Raphael Perez, Rémi Vezy, Romain Bordon, Thomas Laisné, Sandrine Roques, et al.. Combining modeling and experimental approaches for developing rice–oil palm agroforestry systems. Journal of Experimental Botany, 2024, 75 (13), pp.erae137. ⟨10.1093/jxb/erae137⟩. ⟨hal-04580715⟩
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- Sidy Sow, Yolande Senghor, Khardiatou Sadio, Rémi Vezy, Olivier Roupsard, et al.. Calibrating the STICS soil-crop model to explore the impact of agroforestry parklands on millet growth. Field Crops Research, 2024, 306, pp.109206. ⟨10.1016/j.fcr.2023.109206⟩. ⟨hal-04426468⟩
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- Xiujuan Wang, Jing Hua, Mengzhen Kang, Haoyu Wang, Philippe de Reffye. Functional–Structural Plant Model “GreenLab”: A State-of-the-Art Review. Plant Phenomics, 2024, 6, ⟨10.34133/plantphenomics.0118⟩. ⟨hal-04522903⟩
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- Xingxia Wang, Jing Yang, Yuhang Liu, Yutong Wang, Fei-Yue Wang, et al.. Parallel intelligence in three decades: a historical review and future perspective on ACP and cyber-physical-social systems. Artificial Intelligence Review, 2024, 57 (9), pp.255. ⟨10.1007/s10462-024-10861-9⟩. ⟨hal-04723246⟩
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- Thomas Wibaux, Frédéric Normand, Rémi Vezy, Jean-Baptiste Durand, Pierre-Éric Lauri. Does seasonal flowering and fruiting patterns of cacao only depend on climatic factors? The case study of mixed genotype populations in Côte d'Ivoire. Scientia Horticulturae, 2024, 337, pp.113529. ⟨10.1016/j.scienta.2024.113529⟩. ⟨hal-04668684⟩
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Pré-publication, Document de travail
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- Eduardo Moreno-Chamarro, Thomas Arsouze, Mario Acosta, Pierre-Antoine Bretonnière, Miguel Castrillo, et al.. The very-high resolution configuration of the EC-Earth global model for HighResMIP. 2024. ⟨hal-04701037⟩
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2023
Article dans une revue
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- Yélognissè Agbohessou, Claire Delon, Eric Mougin, Manuela Grippa, Torbern Tagesson, et al.. To what extent are greenhouse-gas emissions offset by trees in a Sahelian silvopastoral system?. Agricultural and Forest Meteorology, 2023, 343, ⟨10.1016/j.agrformet.2023.109780⟩. ⟨hal-04264171⟩
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- Alexandre de Haldat Du Lys, Mathieu Millan, Jean-François Barczi, Yves Caraglio, Guy Midgley, et al.. If self‐shading is so bad, why is there so much? Short shoots reconcile costs and benefits. New Phytologist, 2023, 237 (5), pp.1684-1695. ⟨10.1111/nph.18636⟩. ⟨hal-03889601⟩
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- Laëtitia Lemière, Marc Jaeger, Marie Gosme, Gérard Subsol. Combinatorial maps, a new framework to model agroforestry systems. Plant Phenomics, 2023, 5, pp.0120. ⟨10.34133/plantphenomics.0120⟩. ⟨hal-04344009⟩
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- Houssem E M Triki, Fabienne Ribeyre, Fabrice Pinard, Marc Jaeger. Coupling Plant Growth Models and Pest and Disease Models: An Interaction Structure Proposal, MIMIC. Plant Phenomics, 2023, 5, pp.0077. ⟨10.34133/plantphenomics.0077⟩. ⟨hal-04218531⟩
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- A van Rooij, Eric Badel, Jean-François Barczi, Yves Caraglio, Tancrede Almeras, et al.. Modelling the growth stress in tree branches: eccentric growth vs. reaction wood. Peer Community Journal, 2023, ⟨10.24072/pcjournal.308/⟩. ⟨hal-03748026v6⟩
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- Rémi Vezy. PlantSimEngine: A Simulation Engine For The Soil-Plant-Atmosphere System. Journal of Open Source Software, 2023, 8, ⟨10.21105/joss.05371⟩. ⟨hal-04166660⟩
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- Rémi Vezy, Sebastian Munz, Noémie Gaudio, Marie Launay, Patrice Lecharpentier, et al.. Modeling soil-plant functioning of intercrops using comprehensive and generic formalisms implemented in the STICS model. Agronomy for Sustainable Development, 2023, 43 (5), pp.61. ⟨10.1007/s13593-023-00917-5⟩. ⟨hal-04189857⟩
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Communication dans un congrès
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- Thomas Arsouze, Grégory Beurier, Frédéric Boudon, Romain Fernandez, Marc Labadie, et al.. MaCS4Plants:A Mathematic & Computer Science Network for FSPM. FSPM 2023, Mar 2023, Berlin (DE), Germany. ⟨hal-04399157⟩
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- Francesca Grisafi, Sergio Tombesi, Daniela Farinelli, Frédéric Boudon, Jean-Baptiste Durand, et al.. Analysing the architecture of Corylus avellana and parametrizing L-HAZELNUT FSPM. FSPM 2023 - 10th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Dr. Susann Müller, Mar 2023, Berlin, Germany. pp.1-2. ⟨hal-04142608⟩
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- Raphael Perez, Valentin Torrelli, Sandrine Roques, Sebastien Devidal, Clément Piel, et al.. Testing the capacity of an oil palm FSPM to simulate changes in water and carbon dioxide fluxes under a range of climatic conditions. International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM2023), Tsu-Wei Chen; Andreas Fricke; Katrin Kahlen; Susann Müller; Hartmut Stützel, Mar 2023, Berlin, Germany. pp.34-35. ⟨hal-04428293⟩
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- Rémi Vezy, Simon Treillou, Emilie Peynaud, Thomas Arsouze, Raphael Perez, et al.. PlantBiophysics.jl: a Julia package for fast and easy calibration, prototyping and simulation of biophysical models. International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM2023), Tsu-Wei Chen; Andreas Fricke; Katrin Kahlen; Susann Müller; Hartmut Stützel, Mar 2023, Berlin, Germany. pp.54-55. ⟨hal-04428170⟩
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Thèse
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- Laëtitia Lemière. La réalité augmentée pour faciliter la conception de systèmes agroforestiers. Sylviculture, foresterie. Montpellier SupAgro, 2023. Français. ⟨NNT : 2023NSAM0024⟩. ⟨tel-04238319⟩
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2022
Article dans une revue
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- Abel Louis Masson, Yves Caraglio, Eric-André Nicolini, Philippe Borianne, Jean-François Barczi. Modelling the functional dependency between root and shoot compartments to predict the impact of the environment on the architecture of the whole plant. Methodology for model fitting on simulated data using Deep Learning techniques. in silico Plants, 2022, 4 (1), ⟨10.1093/insilicoplants/diab036⟩. ⟨hal-03456803⟩
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- Raphael P. A. Perez, Rémi Vezy, Loïc Brancheriau, Frédéric Boudon, François Grand, et al.. When architectural plasticity fails to counter the light competition imposed by planting design: an in silico approach using a functional–structural model of oil palm. in silico Plants, 2022, 4 (1), ⟨10.1093/insilicoplants/diac009⟩. ⟨hal-03736274⟩
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- Haoyu Wang, Jing Hua, Mengzhen Kang, Xiujuan Wang, Xing-Rong Fan, et al.. Stronger wind, smaller tree: Testing tree growth plasticity through a modeling approach. Frontiers in Plant Science, 2022, 13, ⟨10.3389/fpls.2022.971690⟩. ⟨hal-03888028⟩
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Communication dans un congrès
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- Laëtitia Lemière, Marie Gosme, Gérard Subsol, Marc Jaeger. FSPM applied to agroforestry system co-design. PMA 2022 - 7th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization, and Applications, Oct 2022, Wuxi, China. ⟨hal-03996877⟩
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Pré-publication, Document de travail
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- Rémi Vezy, Mathilde Millan, Alexis Bonnet, Jean Dauzat. Coupling LiDAR and structural models to improve the estimation of aboveground woody biomass. 2022. ⟨hal-03838571⟩
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2021
Article dans une revue
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- Beda Innocent Adji, Doffou Sélastique Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Philippe de Reffye, et al.. Allometric models for non-destructive estimation of dry biomass and leaf area in Khaya senegalensis (Desr.) A. Juss (Meliaceae), Pterocarpus erinaceus Pear. (Fabaceae) and Parkia biglobosa, Jack, R. Br. (Fabaceae). Trees - Structure and Function, 2021, 35, pp.1905-1920. ⟨10.1007/s00468-021-02159-y⟩. ⟨hal-03272359⟩
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- Roberta Dainese, Alessandro Tarantino. Measurement of plant xylem water pressure using the high-capacity tensiometer and implications for the modelling of soil–atmosphere interaction. Geotechnique, 2021, 71 (5), pp.441-454. ⟨10.1680/jgeot.19.P.153⟩. ⟨hal-03222923⟩
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- Philippe de Reffye, Baogang Hu, Mengzhen Kang, Véronique Letort, Marc Jaeger. Two decades of research with the GreenLab model in Agronomy. Annals of Botany, 2021, 127 (3), pp.281-295. ⟨10.1093/aob/mcaa172⟩. ⟨hal-02950606⟩
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- Mengzhen Kang, Xiujuan Wang, Rui Qi, Zhi-Qi Jia, Philippe de Reffye, et al.. Analyzing and optimizing yield formation of tomato introgression lines using plant model. Euphytica, 2021, 217 (6), pp.100. ⟨10.1007/s10681-021-02834-8⟩. ⟨hal-03708831⟩
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- ref_biblio
- Grégoire Leclerc, Pierre Bommel, Natacha Motisi, Rémi Vezy, Edwin Treminio, et al.. Coffee leaf rust (Hemeleia vastatrix) risk management in Central America: contribution of remote interactive simulations. Agronomie, Environnement & Sociétés, 2021, 11 (2), ⟨10.54800/roc535⟩. ⟨hal-03531784⟩
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- ref_biblio
- Soualihou Soualiou, Zhiwei Wang, Weiwei Sun, Philippe de Reffye, Brian Collins, et al.. Functional–structural plant models mission in advancing crop science: opportunities and prospects. Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.1-12. ⟨10.3389/fpls.2021.747142⟩. ⟨hal-03744298⟩
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Communication dans un congrès
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- Eric Justes, Rémi Vezy, Sebastian Munz, Kirsten Paff, Laurent Bedoussac, et al.. Recent advances in intercropping modelling: the new version of the STICS soil-crop model simulates consistently a wide range of bi-specific annual intercrops.. Conference on Intercropping for sustainability. Research developments and their application, Association of Applied Biologists, Jan 2021, Online, France. ⟨hal-03121584⟩
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2020
Article dans une revue
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- Véronique Letort, Sylvie Sabatier, Michelle Pamelas Okoma, Marc Jaeger, Philippe de Reffye. Internal trophic pressure, a regulator of plant development? Insights from a stochastic functional–structural plant growth model applied to Coffea trees. Annals of Botany, 2020, 126 (4), pp.687-699. ⟨10.1093/aob/mcaa023⟩. ⟨hal-02945618⟩
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- ref_biblio
- Virginie Moreaux, Simon Martel, Alexandre Bosc, Delphine Picart, David Achat, et al.. Energy, water and carbon exchanges in managed forest ecosystems: description, sensitivity analysis and evaluation of the INRAE GO+ model, version 3.0. Geoscientific Model Development Discussions, 2020, 13 (12), pp.5973-6009. ⟨10.5194/gmd-13-5973-2020⟩. ⟨hal-03051411⟩
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Communication dans un congrès
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- Jean-François Barczi, Yves Caraglio, Eric-André Nicolini, Hervé Rey, Alexandre de Haldat. Modelling and simulating tree growth dynamics including both shootand root compartments. The RoCoCau+TOY model. FSPM 2020 : Towards Computable Plants. 9th International Conference on Functional-Structural Plant models, Oct 2020, Hanovre, Germany. ⟨hal-03053696⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
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- ref_biblio
- Samuel Buis, Patrice Lecharpentier, Rémi Vezy, Michel Giner. SticsRpacks: a set of packages for managing Stics from R. XIIth Stics users seminar, Jan 2020, Montpellier, France. ⟨hal-03546172⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
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- ref_biblio
- Raphael P. A. Perez, Rémi Vezy, Loïc Brancheriau, Frédéric Boudon, Doni Artanto Raharjo, et al.. Toward a functional-structural model of oil palm accounting for architectural plasticity in response to planting density.. FSPM 2020 : Towards Computable Plants. 9th International Conference on Functional-Structural Plant models, Oct 2020, Hanovre, Germany. ⟨hal-03053584⟩
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Poster de conférence
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- Loïc Brancheriau, Sylvie-Annabel Sabatier, Marc Jaeger, Nicolas Hemery, Christ Mougani, et al.. Modelling the Guayule plant growth and development with a Functional Structural Plant Model. FSPM 2020 : Towards Computable Plants. 9th International Conference on Functional-Structural Plant models, Oct 2020, Hanovre, Germany. ⟨hal-03056119⟩
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- ref_biblio
- Marc Jaeger, Sylvie-Annabel Sabatier, Philippe de Reffye, Ali Abed Alsater, Loïc Brancheriau. Efficient stochastic Functional Structural sympodial Shrubs Modelling based on structural hierarchy. Application to Guayule. FSPM2020: Towards Computable Plants, Oct 2020, Leibniz, Germany. . ⟨hal-03105340⟩
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- ref_biblio
- Rémi Vezy, Raphael P. A. Perez, François Grand, Jean Dauzat. Light exchanges in discrete directions as an alternative to raytracing and radiosity. FSPM 2020 : Towards Computable Plants. 9th International Conference on Functional-Structural Plant models, Oct 2020, Hannover, Germany. ⟨hal-03105541⟩
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2019
Article dans une revue
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- Mélanie Tanrattana, Jean-François Barczi, Anne-Laure Decombeix, Brigitte Meyer-Berthaud, Jonathan Wilson. A new approach for modelling water transport in fossil plants. IAWA Journal, 2019, 40 (3), pp.466-487. ⟨10.1163/22941932-40190243⟩. ⟨hal-02271818⟩
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Poster de conférence
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- Olivier Roupsard, Laurent Cournac, Christophe Jourdan, Didier Orange, Frederic Do, et al.. "Faidherbia-Flux": a collaborative observatory for Ecosystem Services and GHG in a semi-arid agro-silvo-pastoral system (Senegal). Fourth World Congress on Agroforestry, May 2019, Montpellier (34000), France. ⟨hal-04453905⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
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