2025
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- titre
- Regulation of co-translational mRNA decay by PAP and DXO1 in Arabidopsis
- auteur
- Marie-Christine Carpentier, Anne-Elodie Receveur, Adrien Cadoudal, Rémy Merret
- article
- BMC Plant Biology, 2025, 25 (1), pp.223. ⟨10.1186/s12870-025-06195-5⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s12870-025-06195-5
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2024
-

- titre
- Multi-transcriptomics identifies targets of the endoribonuclease DNE1 and highlights its coordination with decapping
- auteur
- Aude Pouclet, David Pflieger, Rémy Merret, Marie-Christine Carpentier, Marlene Schiaffini, Hélène Zuber, Dominique Gagliardi, Damien Garcia
- article
- The Plant cell, 2024, 36 (9), pp.3674-3688. ⟨10.1093/plcell/koae175⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/plcell/koae175
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- titre
- Gene flow throughout the evolutionary history of a colour polymorphic and generalist clownfish
- auteur
- Sarah Schmid, Marianne Bachmann Salvy, Alberto Garcia Jimenez, Joris Bertrand, Fabio Cortesi, Sara Heim, Filip Huyghe, Glenn Litsios, Anna Marcionetti, James O'Donnell, Cynthia Riginos, Valerio Tettamanti, Nicolas Salamin
- article
- Molecular Ecology, 2024, 33 (14), pp.e17436. ⟨10.1111/mec.17436⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/mec.17436
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-

- titre
- An evolutionary view of CC-type glutaredoxins functions in land plants development and adaptation to environment
- auteur
- Moaïne El Baidouri, Jean-Philippe Reichheld, Christophe Belin
- article
- Journal of Experimental Botany, In press, ⟨10.1093/jxb/erae232/7681747⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/jxb/erae232/7681747
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-

- titre
- Chromosome-level genome assembly of milk thistle (Silybum marianum (L.) Gaertn.)
- auteur
- Kyung Do Kim, Jeehyoung Shim, Ji-Hun Hwang, Daegwan Kim, Moaine El Baidouri, Soyeon Park, Jiyong Song, Yeisoo Yu, Keunpyo Lee, Byoung-Ohg Ahn, Su Young Hong, Joong Hyoun Chin
- article
- Scientific Data , 2024, 11 (1), pp.342. ⟨10.1038/s41597-024-03178-3⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41597-024-03178-3
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- titre
- Genome-wide analysis of mRNA decay in Arabidopsis shoot and root reveals the importance of co-translational mRNA decay in the general mRNA turnover
- auteur
- Marie-Christine Carpentier, Anne-Elodie Receveur, Alexandre Boubegtitene, Adrien Cadoudal, Cécile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
- article
- Nucleic Acids Research, 2024, ⟨10.1093/nar/gkae363⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkae363
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- titre
- Genome of the early spider-orchid Ophrys sphegodes provides insights into sexual deception and pollinator adaptation
- auteur
- Alessia Russo, Mattia Alessandrini, Moaine El Baidouri, Daniel Frei, Teresa Rosa Galise, Lara Gaidusch, Hannah F Oertel, Sara E Garcia Morales, Giacomo Potente, Qin Tian, Dmitry Smetanin, Joris a M Bertrand, Renske E Onstein, Olivier Panaud, Jürg E Frey, Salvatore Cozzolino, Thomas Wicker, Shuqing Xu, Ueli Grossniklaus, Philipp M Schlüter
- article
- Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.6308. ⟨10.1038/s41467-024-50622-4⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-024-50622-4
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-

- titre
- Holocene climate change promoted allopatric divergence and disjunct geographic distribution in a bee orchid species
- auteur
- Anaïs Gibert, Roselyne Buscail, Michel Baguette, Christelle Fraïsse, Camille Roux, Bertrand Schatz, Joris A. M. Bertrand
- article
- Journal of Biogeography, 2024, 12 (51), pp.2424-2439. ⟨10.1111/jbi.14998⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/jbi.14998
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-

- titre
- Plant response to intermittent heat stress involves modulation of mRNA translation efficiency
- auteur
- Arnaud Dannfald, Marie-Christine Carpentier, Rémy Merret, Jean-Jacques Favory, Jean-Marc Deragon
- article
- Plant Physiology, 2024, 197 (2), pp.kiae648. ⟨10.1093/plphys/kiae648⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/plphys/kiae648
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-

- titre
- The unique dual targeting of AGO1 by two types of PRMT enzymes promotes phasiRNA loading in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Clément Barre-Villeneuve, Michèle Laudié, Marie-Christine Carpentier, Lauriane Kuhn, Thierry Lagrange, Jacinthe Azevedo-Favory
- article
- Nucleic Acids Research, 2024, ⟨10.1093/nar/gkae045⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkae045
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- titre
- Recurrent gene flow events occurred during the diversification of clownfishes of the skunk complex
- auteur
- Anna Marcionetti, Joris Bertrand, Fabio Cortesi, Giulia Donati, Sara Heim, Filip Huyghe, Marc Kochzius, Loïc Pellissier, Nicolas Salamin
- article
- Molecular Ecology, 2024, 33 (11), pp.e17347. ⟨10.1111/mec.17347⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/mec.17347
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2023
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- titre
- Cell-type-specific control of secondary cell wall formation by Musashi-type translational regulators in Arabidopsis
- auteur
- Alicia Kairouani, Dominique Pontier, Claire Picart, Fabien Mounet, Yves Martinez, Lucie Le-Bot, Mathieu Fanuel, Philippe Hammann, Lucid Belmudes, Remy Merret, Jacinthe Azevedo, Marie-Christine Carpentier, Dominique Gagliardi, Yohann Couté, Richard Sibout, Natacha Bies-Etheve, Thierry Lagrange
- article
- eLife, 2023, 12, pp.RP88207. ⟨10.7554/eLife.88207⟩
- DOI
- DOI : 10.7554/eLife.88207
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- titre
- Editorial: Plant epigenetics and chromatin dynamics - EPIPLANT 2021-2022
- auteur
- Guillaume Moissiard, Marie Mirouze, Cristel Carles, Clémentine Vitte
- article
- Frontiers in Plant Science, 2023, 14, ⟨10.3389/fpls.2023.1260391⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fpls.2023.1260391
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- titre
- Complementary peptides represent a credible alternative to agrochemicals by activating translation of targeted proteins
- auteur
- Mélanie Ormancey, Bruno Guillotin, Rémy Merret, Laurent Camborde, Carine Duboé, Bertrand Fabre, Cécile Pouzet, Francis Impens, Delphi van Haver, Marie-Christine Carpentier, Hélène San Clemente, Marielle Aguilar, Dominique Lauressergues, Lars B Scharff, Carole Pichereaux, Odile Burlet-Schiltz, Cécile Bousquet-Antonelli, Kris Gevaert, Patrice Thuleau, Serge Plaza, Jean-Philippe Combier
- article
- Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.254. ⟨10.1038/s41467-023-35951-0⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-023-35951-0
- pubmedId
: 36650156
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- titre
- 45S rDNA Diversity In Natura as One Step towards Ribosomal Heterogeneity in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Valérie Delorme-Hinoux, Assane Mbodj, Sophie Brando, Anne de Bures, Christel Llauro, Fabrice Covato, Joseph Garrigue, Claude Guisset, Jacques Borrut, Marie Mirouze, Jean-Philippe Reichheld, Julio Sáez-Vásquez
- article
- Plants, 2023, 12 (14), pp.2722. ⟨10.3390/plants12142722⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/plants12142722
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-

- titre
- Extrachromosomal circular DNA and structural variants highlight genome instability in Arabidopsis epigenetic mutants
- auteur
- P. Zhang, Assane Mbodj, A. Soundiramourtty, C. Llauro, Alain Ghesquière, M. Ingouff, R.K. Slotkin, F. Pontvianne, M. Catoni, Marie Mirouze
- article
- Nature Communications, 2023, 14, pp.5236. ⟨10.1038/s41467-023-41023-0⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-023-41023-0
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- titre
- Nicotianamine synthase activity affects nucleolar iron accumulation and impacts rDNA silencing and RNA methylation in Arabidopsis
- auteur
- Charlotte Montacié, Christophe Riondet, Lili Wei, Tommy Darrière, Alizée Weiss, Frédéric Pontvianne, Marie-Line Escande, Anne de Bures, Edouard Jobet, A. Barbarossa, Marie-Christine Carpentier, Mark G.M. Aarts, Aurore Attina, Christophe Hirtz, Alexandre David, V. Marchand, Yuri Motorin, Catherine Curie, Stéphane Mari, Jean‐philippe Reichheld, J. Sáez-Vásquez
- article
- Journal of Experimental Botany, 2023, 74 (15), pp.4384-4400. ⟨10.1093/jxb/erad180⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/jxb/erad180
- pubmedId
: 37179467
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-

- titre
- Extrachromosomal circular DNA and structural variants highlight genome instability in Arabidopsis epigenetic mutants
- auteur
- Panpan Zhang, Assane Mbodj, Abirami Soundiramourtty, Christel Llauro, Alain Ghesquière, Mathieu Ingouff, R. Keith Slotkin, Frédéric Pontvianne, Marco Catoni, Marie Mirouze
- article
- Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.5236. ⟨10.1038/s41467-023-41023-0⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-023-41023-0
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-

- titre
- Genome-wide analysis of horizontal transfer in non-model wild species from a natural ecosystem reveals new insights into genetic exchange in plants
- auteur
- Emilie Aubin, Christel Llauro, Joseph Garrigue, Marie Mirouze, Olivier Panaud, Moaine El Baidouri
- article
- PLoS Genetics, 2023, 19 (10), pp.e1010964. ⟨10.1371/journal.pgen.1010964⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pgen.1010964
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2022
-

- titre
- Extracting Quantitative Information from Images Taken in the Wild: A Case Study of Two Vicariants of the Ophrys aveyronensis Species Complex
- auteur
- Anais Gibert, Florian Louty, Roselyne Buscail, Michel Baguette, Bertrand Schatz, Joris Bertrand
- article
- Diversity, 2022, 14 (5), pp.400. ⟨10.3390/d14050400⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/d14050400
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-

- titre
- Chromatin-associated YTHDC1 coordinates heat-induced reprogramming of gene expression
- auteur
- Kalina Timcheva, Solenne Dufour, Leila Touat-Todeschini, Callum Burnard, Marie-Christine Carpentier, Florent Chuffart, Rémy Merret, Marion Helsmoortel, Sabrina Ferré, Aude Grézy, Yohann Couté, Sophie Rousseaux, Saadi Khochbin, Claire Vourc’h, Cécile Bousquet-Antonelli, Rosemary Kiernan, Daphné Seigneurin-Berny, André Verdel
- article
- Cell Reports, 2022, 41 (11), pp.111784. ⟨10.1016/j.celrep.2022.111784⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.celrep.2022.111784
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-

- titre
- The methyl phosphate capping enzyme Bmc1/Bin3 is a stable component of the fission yeast telomerase holoenzyme
- auteur
- Jennifer Porat, Moaine El Baidouri, Jorg Grigull, Jean-Marc Deragon, Mark Bayfield
- article
- Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.1277. ⟨10.1038/s41467-022-28985-3⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-022-28985-3
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-

- titre
- Characterization of the complete plastome of Delphinium montanum, a polyploid, endemic and endangered Pyrenean Larkspur
- auteur
- Pascaline Salvado, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Valérie Delorme-Hinoux, Joris Bertrand
- article
- Mitochondrial DNA Part B Resources, 2022, 7 (4), pp.590 - 592. ⟨10.1080/23802359.2022.2057248⟩
- DOI
- DOI : 10.1080/23802359.2022.2057248
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-

- titre
- Little hope for the polyploid endemic Pyrenean Larkspur (Delphinium montanum): Evidences from population genomics and Ecological Niche Modeling
- auteur
- Pascaline Salvado, Pere Aymerich Boixader, Josep Parera, Albert Vila Bonfill, Maria Martin, Céline Quélennec, Jean‐marc Lewin, Valérie Delorme‐hinoux, Joris Bertrand
- article
- Ecology and Evolution, 2022, 12 (3), ⟨10.1002/ece3.8711⟩
- DOI
- DOI : 10.1002/ece3.8711
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2021
-

- titre
- ANCHOR: A Technical Approach to Monitor Single-Copy Locus Localization in Planta
- auteur
- Anis Meschichi, Mathieu Ingouff, Claire Picart, Marie Mirouze, Sophie Desset, Franck Gallardo, Kerstin Bystricky, Nathalie Picault, Stefanie Rosa, Frédéric Pontvianne
- article
- Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.677849. ⟨10.3389/fpls.2021.677849⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fpls.2021.677849
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- titre
- RNAi suppression of DNA methylation affects the drought stress response and genome integrity in transgenic poplar
- auteur
- Mamadou D. Sow, Anne‐laure Le Gac, Régis Fichot, Sophie Lanciano, Alain Delaunay, Isabelle Le Jan, Marie-Claude Lesage-Descauses, Sylvie Citerne, Jose Caius, Véronique Brunaud, Ludivine Soubigou-Taconnat, Hervé Cochard, Vincent Segura, Cristian Chaparro, Christoph Grunau, Christian Daviaud, Jörg Tost, Franck Brignolas, Steven H. Strauss, Marie Mirouze, Stéphane Maury
- article
- New Phytologist, 2021, 232 (1), pp.80-97. ⟨10.1111/nph.17555⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/nph.17555
- pubmedId
: 34128549
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-

- titre
- Fast and Efficient 5′P Degradome Library Preparation for Analysis of Co-Translational Decay in Arabidopsis
- auteur
- Marie-Christine Carpentier, Cécile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
- article
- Plants, 2021, 10 (3), pp.466. ⟨10.3390/plants10030466⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/plants10030466
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-

- titre
- LARP6C orchestrates post-transcriptional reprogramming of gene expression during hydration to promote pollen tube guidance
- auteur
- Elodie Billey, Said Hafidh, Isabel Cruz-Gallardo, Celso G Litholdo, Viviane Jean, Marie-Christine Carpentier, Claire Picart, Vinod Kumar, Katarina Kulichova, Eric Maréchal, David Honys, Maria R Conte, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
- article
- The Plant cell, 2021, 33 (8), pp.2637-2661. ⟨10.1093/plcell/koab131⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/plcell/koab131
- pubmedId
: 34124761
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-

- titre
- Whole plastid genome-based phylogenomics supports an inner placement of the O. insectifera group rather than a basal position in the rapidly diversifying Ophrys genus (Orchidaceae)
- auteur
- Joris Bertrand, Anaïs Gibert, Christel Llauro, Olivier Panaud
- article
- Botany Letters, 2021, 168 (3), pp.452-457. ⟨10.1080/23818107.2021.1893216⟩
- DOI
- DOI : 10.1080/23818107.2021.1893216
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-
-

- titre
- Horizontal Gene Transfers in Plants
- auteur
- Emilie Aubin, Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
- article
- Life, 2021, 11 (8), pp.857. ⟨10.3390/life11080857⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/life11080857
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-

- titre
- The Ecology of the Genome and the Dynamics of the Biological Dark Matter
- auteur
- Alheli Flores-Ferrer, Anne Nguyen, Sylvain Glémin, Jean-Marc Deragon, Olivier Panaud, Sébastien Gourbière
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2021, 518, pp.110641. ⟨10.1016/j.jtbi.2021.110641⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jtbi.2021.110641
- pubmedId
: 33640450
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-
2020
-

- titre
- Large tandem duplications affect gene expression, 3D organization, and plant–pathogen response
- auteur
- Ariadna Picart-Picolo, Stefan Grob, Nathalie Picault, Michal Franek, Christel Llauro, Thierry Halter, Tom R Maier, Edouard Jobet, Julie Descombin, Panpan Zhang, Vijayapalani Paramasivan, Thomas J Baum, Lionel Navarro, Martina Dvořáčková, Marie Mirouze, Frédéric Pontvianne
- article
- Genome Research, In press, ⟨10.1101/gr.261586.120⟩
- DOI
- DOI : 10.1101/gr.261586.120
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-

- titre
- Genus Variovorax is a key player in the root microbiome
- auteur
- Michel Delseny
- article
- Comptes Rendus. Biologies, 2020, 343 (3), pp.221-222. ⟨10.5802/crbiol.28>⟩
- DOI
- DOI : 10.5802/crbiol.28>
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-
-

- titre
- Differential divergence in autosomes and sex chromosomes is associated with intra‐island diversification at a very small spatial scale in a songbird lineage
- auteur
- Yann Bourgeois, Joris Bertrand, Boris Delahaie, Hélène Holota, Christophe Thébaud, Borja Milá
- article
- Molecular Ecology, 2020, 29 (6), pp.1137-1153. ⟨10.1111/mec.15396⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/mec.15396
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-
-

- titre
- Monitoring of XRN4 targets reveals the importance of co-translational decay during Arabidopsis development
- auteur
- Marie-Christine Carpentier, Jean-Marc Deragon, Viviane Jean, Seng Hour Vichet Be, Cecile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
- article
- Plant Physiology, 2020, pp.00942.2020. ⟨10.1104/pp.20.00942⟩
- DOI
- DOI : 10.1104/pp.20.00942
- pubmedId
: 32913043
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-

- titre
- Construction and characterisation of a knock-down RNA interference line of OsNRPD1 in rice (Oryza sativa ssp japonica cv Nipponbare)
- auteur
- Emilie Debladis, Tzuu-Fen Lee, Yan-Jiun Huang, Jui-Hsien Lu, Sandra M. Mathioni, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Davy Pierron, Delphine Mieulet, Emmanuel Guiderdoni, Pao-Yang Chen, Blake C. Meyers, Olivier Panaud, Eric Lasserre
- article
- Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2020, 375 (1795), pp.20190338. ⟨10.1098/rstb.2019.0338⟩
- DOI
- DOI : 10.1098/rstb.2019.0338
- pubmedId
: 32075556
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-

- titre
- Why are there so many bee‐orchid species? Adaptive radiation by intra‐specific competition for mnesic pollinators
- auteur
- Michel Baguette, Joris Bertrand, Virginie Marie Stevens, Bertrand Schatz
- article
- Biological Reviews, 2020, 95 (6), pp.1630-1663. ⟨10.1111/brv.12633⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/brv.12633
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-
-

- titre
- The impact of transposable elements on the structure, evolution and function of the rice genome
- auteur
- Roland Akakpo, Marie-Christine Carpentier, Yue Ie Hsing, Olivier Panaud
- article
- New Phytologist, 2020, ⟨10.1111/nph.16356⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/nph.16356
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-
2019
-

- titre
- The m 6 A pathway protects the transcriptome integrity by restricting RNA chimera formation in plants
- auteur
- Dominique Pontier, Claire Picart, Moaine El Baidouri, François Roudier, Tao Xu, Sylvie Lahmy, Christel Llauro, Jacinthe Azevedo, Michèle Laudié, Aurore Attina, Christophe Hirtz, Marie-Christine Carpentier, Lisha Shen, Thierry Lagrange
- article
- Life Science Alliance, 2019, 2 (3), pp.e201900393. ⟨10.26508/lsa.201900393⟩
- DOI
- DOI : 10.26508/lsa.201900393
- pubmedId
: 31142640
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-
-

- titre
- Retrotranspositional landscape of Asian rice revealed by 3000 genomes
- auteur
- Marie-Christine Carpentier, Ernandes Manfroi, Fu-Jin Wei, Hshin-Ping Wu, Eric Lasserre, Christel Llauro, Emilie Debladis, Roland Akakpo, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
- article
- Nature Communications, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-018-07974-5⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-018-07974-5
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-
-

- titre
- Characterization of the complete plastome of Ophrys aveyronensis , a Euro-Mediterranean orchid with an intriguing disjunct geographic distribution
- auteur
- Joris Bertrand, Anaïs Gibert, Christel Llauro, Olivier Panaud
- article
- Mitochondrial DNA Part B Resources, 2019, 4 (2), pp.3256-3257. ⟨10.1080/23802359.2019.1670748⟩
- DOI
- DOI : 10.1080/23802359.2019.1670748
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-
-

- titre
- The genome sequence of segmental allotetraploid peanut Arachis hypogaea
- auteur
- David Bertioli, Jerry Jenkins, Josh Clevenger, Olga Dudchenko, Dongying Gao, Guillermo Seijo, Soraya Bertioli, Longhui Ren, Andrew Farmer, Manish Pandey, Sergio Samoluk, Brian Abernathy, Gaurav Agarwal, Carolina Ballén-Taborda, Connor Cameron, Jacqueline Campbell, Carolina Chavarro, Annapurna Chitikineni, Ye Chu, Sudhansu Dash, Moaine El Baidouri, Baozhu Guo, Wei Huang, Kyung Do Kim, Walid Korani, Sophie Lanciano, Christopher Lui, Marie Mirouze, Márcio Moretzsohn, Melanie Pham, Jin Hee Shin, Kenta Shirasawa, Senjuti Sinharoy, Avinash Sreedasyam, Nathan Weeks, Xinyou Zhang, Zheng Zheng, Ziqi Sun, Lutz Froenicke, Erez Aiden, Richard Michelmore, Rajeev Varshney, C. Corley Holbrook, Ethalinda Cannon, Brian Scheffler, Jane Grimwood, Peggy Ozias-Akins, Steven Cannon, Scott Jackson, Jeremy Schmutz
- article
- Nature Genetics, 2019, 51 (5), pp.877-884. ⟨10.1038/s41588-019-0405-z⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41588-019-0405-z
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-

- titre
- Deep genetic differentiation between two morphologically similar species of wolf herrings (Teleostei, Clupeoidei, Chirocentridae)
- auteur
- Sébastien Lavoué, Joris Bertrand, Kang‐ning Shen, Sahat Ratmuangkhwang, Tetsuya Sado, Masaki Miya, Mohd Nor Siti Azizah
- article
- Journal of Applied Ichthyology, 2019, 35 (3), pp.693-700. ⟨10.1111/jai.13886⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/jai.13886
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-
-

- titre
- Ribosome Biogenesis in Plants: from Functional 45S Ribosomal DNA Organization to Ribosome Assembly Factors
- auteur
- Julio Sáez-Vasquez, Michel Delseny
- article
- The Plant cell, 2019, pp.1975-1967. ⟨10.1105/tpc.18.00874⟩
- DOI
- DOI : 10.1105/tpc.18.00874
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-
2018
-

- titre
- Oak genome reveals facets of long lifespan
- auteur
- Christophe Plomion, Jean-Marc Aury, Joelle Amselem, Thibault Leroy, Florent Murat, Sébastien Duplessis, Sébastien Faye, Nicolas Francillonne, Karine Labadie, Grégoire Le Provost, Isabelle Lesur Kupin, Jérôme Bartholome, Patricia Faivre-Rampant, Annegret Kohler, Jean-Charles Leplé, Nathalie Chantret, Jun Chen, Anne Dievart, Tina Alaeitabar, Valérie Barbe, Caroline Belser, Helene Berges, Catherine Bodenes, Marie-Béatrice Bogeat-Triboulot, Marie-Lara Bouffaud, Benjamin Brachi, Emilie Chancerel, David Cohen, Arnaud Couloux, Corinne da Silva, Carole Dossat, François Ehrenmann, Christine Gaspin, Jacqueline Grima Pettenati, Erwan Guichoux, Arnaud Hecker, Sylvie Herrmann, Philippe Hugueney, Irène Hummel, Christophe Klopp, Céline Lalanne, Martin Lascoux, Eric Lasserre, Arnaud Lemainque, Marie Laure Desprez-Loustau, Isabelle Luyten, Mohammed-Amin Madoui, Sophie Mangenot, Clémence Marchal, Florian Maumus, Jonathan Mercier, Célia Michotey, Olivier Panaud, Nathalie Picault, Nicolas Rouhier, Olivier Rué, Camille Rustenholz, Franck Salin, Marçal Soler, Mika Tarkka, Amandine Velt, Amy E. Zanne, Francis Martin, Patrick Wincker, Hadi Quesneville, Antoine Kremer, Jerome Salse
- article
- Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41477-018-0172-3
- pubmedId
: 29915331
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-
-

- titre
- QTL Mapping Combined With Comparative Analyses Identified Candidate Genes for Reduced Shattering in Setaria italica
- auteur
- Sandra Odonkor, Soyeon Choi, Debkanta Chakraborty, Liliam Martinez-Bello, Xuewen Wang, Bochra Bahri, Maud Tenaillon, Olivier Panaud, Katrien Devos
- article
- Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.1-9. ⟨10.3389/fpls.2018.00918⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fpls.2018.00918
- pubmedId
: 30073004
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-
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- titre
- Genomes of 13 domesticated and wild rice relatives highlight genetic conservation, turnover and innovation across the genus Oryza
- auteur
- Joshua Stein, Yeisoo Yu, Dario Copetti, Derrick Zwickl, Li Zhang, Chengjun Zhang, Kapeel Chougule, Dongying Gao, Aiko Iwata, Jose Luis Goicoechea, Sharon Wei, Jun Wang, Yi Liao, Muhua Wang, Julie Jacquemin, Claude Becker, Dave Kudrna, Jianwei Zhang, Carlos Londono, Xiang Song, Seunghee Lee, Paul Sanchez, Andrea Zuccolo, Jetty Ammiraju, Jayson Talag, Ann Danowitz, Luis Rivera, Andrea Gschwend, Christos Noutsos, Cheng-Chieh Wu, Shu-Min Kao, Jhih-Wun Zeng, Fu-Jin Wei, Qiang Zhao, Qi Feng, Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Eric Lasserre, Richard Cooke, Daniel Da Rosa Farias, Carlos da Maia, Railson dos Santos, Kevin Nyberg, Kenneth Mcnally, Ramil Mauleon, Nickolai Alexandrov, Jeremy Schmutz, Dave Flowers, Chuanzhu Fan, Detlef Wei, Kshirod Jena, Thomas Wicker, Mingsheng Chen, Bin Han, Robert Henry, Yue-Ie Yu, Nori Kurata, António Costa de Oliveira, Olivier Panaud, Scott Jackson, Carlos Machado, Michael Sanderson, Manyuan Long, Doreen Ware, Rod Wing
- article
- Nature Genetics, 2018, 50 (2), pp.285-296. ⟨10.1038/s41588-018-0040-0⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41588-018-0040-0
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-
-

- titre
- The somatic piRNA pathway controls germline transposition over generations
- auteur
- Bridlin Barckmann, Marianne El-Barouk, Alain Pélisson, Bruno Mugat, Blaise Maxime Li, Céline Franckhauser, Anna-Sophie Fiston Lavier, Marie Mirouze, Marie Fablet, Séverine Chambeyron
- article
- Nucleic Acids Research, 2018, 46 (18), pp.9524 - 9536. ⟨10.1093/nar/gky761⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gky761
- pubmedId
: 30312469
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-
- titre
- Dicer-like and RNA-dependent RNA polymerase gene family identification and annotation in the cultivated Solanum tuberosum and its wild relative S. commersonii
- auteur
- Salvatore Esposito, Riccardo Aversano, Vincenzo D’amelia, Clizia Villano, Daniela Alioto, Marie Mirouze, Domenico Carputo
- article
- Planta, 2018, 248 (3), pp.729-743. ⟨10.1007/s00425-018-2937-3⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s00425-018-2937-3
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-
-

- titre
- Dicer-2-Dependent Generation of Viral DNA from Defective Genomes of RNA Viruses Modulates Antiviral Immunity in Insects
- auteur
- Enzo Poirier, Bertsy Goic, Lorena Tomé-Poderti, Lionel Frangeul, Jeremy Boussier, Valérie Gausson, Hervé Blanc, Thomas Vallet, Hyelee Loyd, Laura Levi, Sophie Lanciano, Chloé Baron, Sarah Merkling, Louis Lambrechts, Marie Mirouze, Susan Carpenter, Marco Vignuzzi, Maria-Carla P Saleh
- article
- Cell Host and Microbe, 2018, 23 (3), pp.353-365.e8. ⟨10.1016/j.chom.2018.02.001⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.chom.2018.02.001
- pubmedId
: 29503180
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-
- titre
- Transposable elements: all mobile, all different, some stress responsive, some adaptive?
- auteur
- Sophie Lanciano, Marie Mirouze
- article
- Current Opinion in Genetics and Development, 2018, 49, pp.106-114. ⟨10.1016/j.gde.2018.04.002⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.gde.2018.04.002
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-
2017
-

- titre
- Ecological plant epigenetics: Evidence from model and non-model species, and the way forward
- auteur
- Christina Richards, Conchita Alonso, Claude Becker, Oliver Bossdorf, Etienne Bucher, Maria Colome-Tatche, Walter Durka, Jan Engelhardt, Bence Gaspar, Andreas Gogol-Döring, Ivo Grosse, Thomas van Gurp, Katrin Heer, Ilkka Kronholm, Christian Lampei, Vít Latzel, Marie Mirouze, Lars Opgenoorth, Ovidiu Paun, Sonja Prohaska, Stefan Rensing, Peter Stadler, Emiliano Trucchi, Kristian Ullrich, Koen Verhoeven
- article
- Ecology Letters, 2017, 20 (12), pp.1576-1590. ⟨10.1111/ele.12858⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/ele.12858
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-
- titre
- Nucleolar Proteome Analysis and Proteasomal Activity Assays Reveal a Link between Nucleolus and 26S Proteasome in A. thaliana
- auteur
- Charlotte Montacié, Nathalie Durut, Alison Opsomer, Denise Palm, Pascale Comella, Claire Picart, Marie-Christine Carpentier, Frederic Pontvianne, Christine Carapito, Enrico Schleiff, Julio Sáez-Vasquez
- article
- Frontiers in Plant Science, 2017, 8, ⟨10.3389/fpls.2017.01815⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fpls.2017.01815
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-

- titre
- Inhibition of RNA polymerase II allows controlled mobilisation of retrotransposons for plant breeding
- auteur
- Michael Thieme, Sophie Lanciano, Sandrine Balzergue, Nicolas Daccord, Marie Mirouze, Etienne Bucher
- article
- Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-10. ⟨10.1186/s13059-017-1265-4⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s13059-017-1265-4
- pubmedId
: 28687080
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- titre
- Heat Shock Protein HSP101 Affects the Release of Ribosomal Protein mRNAs for Recovery after Heat Shock.
- auteur
- Rémy Merret, Marie-Christine Carpentier, Jean-Jacques Favory, Claire Picart, Julie Descombin, Cécile Bousquet-Antonelli, Pascal Tillard, Laurence Lejay-Lefebvre, Jean-Marc Deragon, Yee-Yung Charng
- article
- Plant Physiology, 2017, 174 (2), pp.1216-1225. ⟨10.1104/pp.17.00269⟩
- DOI
- DOI : 10.1104/pp.17.00269
- pubmedId
: 28381501
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- titre
- Detection of active transposable elements in Arabidopsis thaliana using Oxford Nanopore Sequencing technology
- auteur
- Emilie Debladis, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Marie Mirouze, Olivier Panaud
- article
- BMC Genomics, 2017, 18, art. 537 [8 p.]. ⟨10.1186/s12864-017-3753-zg⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s12864-017-3753-zg
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-

- titre
- Sequencing the extrachromosomal circular mobilome reveals retrotransposon activity in plants
- auteur
- Sophie Lanciano, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Edouard Jobet, Dagmara Robakowska-Hyzorek, Eric Lasserre, Alain Ghesquière, Olivier Panaud, Marie Mirouze
- article
- PLoS Genetics, 2017, 13 (2), pp.e1006630. ⟨10.1371/journal.pgen.1006630⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pgen.1006630
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- titre
- DNA Methylation in Rice and Relevance for Breeding
- auteur
- Sophie Lanciano, Marie Mirouze
- article
- Epigenomes, 2017, 1 (2), pp.10. ⟨10.3390/epigenomes1020010⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/epigenomes1020010
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2016
- titre
- Horizontal transfers of transposable elements in eukaryotes: The flying genes
- auteur
- Olivier Panaud
- article
- Comptes Rendus. Biologies, 2016, 339 (7-8), pp.296-299. ⟨10.1016/j.crvi.2016.04.013⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.crvi.2016.04.013
- pubmedId
: 27234293
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-
- titre
- Nuclear thiol redox systems in plants
- auteur
- Valérie Delorme-Hinoux, Sajid A.K. Bangash, Andreas A Meyer, Jean-Philippe Reichheld
- article
- Plant Science, 2016, 243, pp.84-95. ⟨10.1016/j.plantsci.2015.12.002⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.plantsci.2015.12.002
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-

- titre
- Evidence for ARGONAUTE4–DNA interactions in RNA-directed DNA methylation in plants
- auteur
- Sylvie Lahmy, Dominique Pontier, Natacha Bies-Etheve, Michèle Laudié, Suhua Feng, Edouard Jobet, Christopher H Hale, Richard Cooke, Mohamed-Ali Hakimi, Dimitar Angelov, Steven Jacobsen, Thierry Lagrange
- article
- Genes and Development, 2016, 30 (23), pp.2565-2570. ⟨10.1101/gad.289553.116⟩
- DOI
- DOI : 10.1101/gad.289553.116
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-

- titre
- DNA transposon activity is associated with increased mutation rates in genes of rice and other grasses
- auteur
- Thomas Wicker, Yeisoo Yu, Georg Haberer, Klaus Mayer, Pradeep Reddy Marri, Steve Rounsley, Mingsheng Chen, Andrea Zuccolo, Olivier Panaud, Rod Wing, Stefan Roffler
- article
- Nature Communications, 2016, 7 (1), pp.12790 (2016). ⟨10.1038/ncomms12790⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/ncomms12790
- pubmedId
: 27599761
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-
- titre
- Adaptation to Global Change: A Transposable Element–Epigenetics Perspective
- auteur
- Olivier REY, Etienne Danchin, Marie Mirouze, Celine Loot, Simon Blanchet
- article
- Trends in Ecology & Evolution, 2016, 31 (7), pp.514-526. ⟨10.1016/j.tree.2016.03.013⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.tree.2016.03.013
- pubmedId
: 27080578
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-
- titre
- Evolution of Plant Phenotypes, from Genomes to Traits
- auteur
- Josep Casacuberta, Scott Jackson, Olivier Panaud, Michael Purugganan, Jonathan F. Wendel
- article
- G3, 2016, 6 (4), pp.775-778. ⟨10.1534/g3.115.025502⟩
- DOI
- DOI : 10.1534/g3.115.025502
- pubmedId
: 26869620
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- titre
- Erratum to :"Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction" (vol 16, 262, 2015)
- auteur
- Florent Murat, Alexandra Louis, Florian Maumus, Alix Armero, Richard Cooke, Hadi Quesneville, Hugues Roest Crollius, Jerome J. Salse
- article
- Genome Biology, 2016, 17 (64), ⟨10.1186/s13059-016-0887-2⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s13059-016-0887-2
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-

- titre
- Identification of Nucleolus-Associated Chromatin Domains Reveals a Role for the Nucleolus in 3D Organization of the A. thaliana Genome
- auteur
- Frederic Pontvianne, Marie-Christine Carpentier, Nathalie Durut, Veronika Pavlištová, Karin Jaške, Šárka Schořová, Hugues Parrinello, Marine Rohmer, Craig Pikaard, Miloslava Fojtová, Jiří Fajkus, Julio Sáez-Vasquez
- article
- Cell Reports, 2016, 16 (6), pp.1574-1587. ⟨10.1016/j.celrep.2016.07.016⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.celrep.2016.07.016
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-
2015
-

- titre
- Regulation of FATTY ACID ELONGATION1 expression in embryonic and vascular tissues of Brassica napus
- auteur
- Hélène Chiron, Jeroen Wilmer, Marie-Odile Lucas, Nathalie Nesi, Michel Delseny, Martine Devic, Thomas J. Roscoe
- article
- Plant Molecular Biology Reporter, 2015, 88 (1-2), pp.65-83. ⟨10.1007/s11103-015-0309-y⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s11103-015-0309-y
- pubmedId
: 25795129
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-

- titre
- A new approach for annotation of transposable elements using small RNA mapping.
- auteur
- Moaine El Baidouri, Kyung Do Kim, Brian Abernathy, Siwaret Arikit, Florian Maumus, Blake C Meyers, Scott A Jackson, Olivier Panaud
- article
- Nucleic Acids Research, 2015, 43 (13), pp.e84. ⟨10.1093/nar/gkv257⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkv257
- pubmedId
: 25813049
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-

- titre
- Abiotic stress and genome dynamics: specific genes and transposable elements response to iron excess in rice
- auteur
- Taciane Finatto, Antonio Costa de Oliveira, Cristian Chaparro, L.C. da Maia, D.R. Farias, L.G. Woyann, C.C. Mistura, A.P. Soares-Bresolin, Christel Llauro, Olivier Panaud, Nathalie Picault
- article
- Rice, 2015, 8, pp.13. ⟨10.1186/s12284-015-0045-6⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s12284-015-0045-6
- pubmedId
: 25844118
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-
-

- titre
- RiTE database: a resource database for genus-wide rice genomics and evolutionary biology
- auteur
- Dario Copetti, Jianwei Zhang, Moaine El Baidouri, Dongying Gao, Jun Wang, Elena Barghini, Rosa Cossu, Angelina Angelova, Carlos Maldonado L., Stefan Roffler, Hajime Ohyanagi, Thomas Wicker, Chuanzhu Fan, Andrea Zuccolo, Mingsheng Chen, Antonio Costa de Oliveira, Bin Han, Robert Henry, Yue-Ie Hsing, Nori Kurata, Wen Wang, Scott Jackson, Olivier Panaud, Rod Wing
- article
- BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.538. ⟨10.1186/s12864-015-1762-3⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s12864-015-1762-3
- pubmedId
: 26194356
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-
- titre
- Diversity of Viruses Infecting the Green Microalga Ostreococcus lucimarinus.
- auteur
- Evelyne Derelle, Adam Monier, Richard Cooke, Alexandra Z Worden, Nigel H Grimsley, Hervé Moreau
- article
- Journal of Virology, 2015, 89 (11), pp.5812-21
- pubmedId
: 25787287
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-
- titre
- Heat-induced ribosome pausing triggers mRNA co-translational decay in Arabidopsis thaliana.
- auteur
- Rémy Merret, Vinay K Nagarajan, Marie-Christine Carpentier, Sunhee Park, Jean-Jacques Favory, Julie Descombin, Claire Picart, Yee-Yung Charng, Pamela J Green, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
- article
- Nucleic Acids Research, 2015, 43 (8), pp.4121-32
- pubmedId
: 25845591
- Accès au bibtex
-
-

- titre
- Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction
- auteur
- Florent Murat, Alexandra Louis, Florian Maumus, Alix Armero Villanueva, Richard Cooke, Hadi Quesneville, Hugues Roest Crollius, Jerome Salse
- article
- Genome Biology, 2015, 16 (262), ⟨10.1186/s13059-015-0814-y⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s13059-015-0814-y
- pubmedId
: 26653025
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-
2014
- titre
- Drivers and dynamics of diversity in plant genomes.
- auteur
- Olivier Panaud, Scott A Jackson, Jonathan F Wendel
- article
- New Phytologist, 2014, 202 (1), pp.15-8
- pubmedId
: 24571694
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-
-

- titre
- The genome sequence of African rice (Oryza glaberrima) and evidence for independent domestication
- auteur
- Muhua Wang, Yeisoo Yu, Georg Haberer, Pradeep Reddy Marri, Chuanzhu Fan, Jose Luis Goicoechea, Andrea Zuccolo, Xiang Song, Dave Kudrna, Jetty Ammiraju, Rosa Maria Cossu, Carlos Maldonado, Jinfeng Chen, Seunghee Lee, Nick Sisneros, Kristi de Baynast, Wolfgang Golser, Marina Wissotski, Woojin Kim, Paul Sanchez, Marie-Noelle Ndjiondjop, Kayode Sanni, Manyuan Long, Judith Carney, Olivier Panaud, Thomas Wicker, Carlos Machado, Mingsheng Chen, Klaus Mayer, Steve Rounsley, Rod Wing
- article
- Nature Genetics, 2014, 46 (9), pp.982-988. ⟨10.1038/ng.3044⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/ng.3044
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-
-

- titre
- Widespread and frequent horizontal transfers of transposable elements in plants.
- auteur
- Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Richard Cooke, Dongying Gao, Eric Lasserre, Christel Llauro, Marie Mirouze, Nathalie Picault, Scott A Jackson, Olivier Panaud
- article
- Genome Research, 2014, 24 (5), pp.831-8. ⟨10.1101/gr.164400.113⟩
- DOI
- DOI : 10.1101/gr.164400.113
- pubmedId
: 24518071
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-
-

- titre
- Plant root transcriptome profiling reveals a strain-dependent response during Azospirillum-rice cooperation
- auteur
- Benoît Drogue, Hervé Sanguin, Amel Chamam, Michael Mozar, Christel Llauro, Olivier Panaud, Claire Prigent-Combaret, Nathalie Picault, Florence Wisniewski-Dyé
- article
- Frontiers in Plant Science, 2014, 5, pp.1-14. ⟨10.3389/fpls.2014.00607⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fpls.2014.00607
- pubmedId
: 25414716
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-
2013
- titre
- Rice genomics: A tool for breeding rice and other cereals
- auteur
- Michel M. Delseny, Jerome J. Salse, Richard R. Cooke
- article
- Cahiers Agricultures, 2013, 22 (5), pp.466 - 474. ⟨10.1684/agr.2013.0626⟩
- DOI
- DOI : 10.1684/agr.2013.0626
- Accès au bibtex
-
-

- titre
- XRN4 and LARP1 are required for a heat-triggered mRNA decay pathway involved in plant acclimation and survival during thermal stress.
- auteur
- Rémy Merret, Julie Descombin, Yu-Ting Juan, Jean-Jacques Favory, Marie-Christine Carpentier, Cristian Chaparro, Yee-Yung Charng, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
- article
- Cell Reports, 2013, 5 (5), pp.1279-93. ⟨10.1016/j.celrep.2013.11.019⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.celrep.2013.11.019
- pubmedId
: 24332370
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Use of Next Generation Sequencing (NGS) Technologies for the Genome-Wide Detection of Transposition
- auteur
- Moaine Elbaidouri, Cristian Chaparro, Olivier Panaud
- article
- Methods in Molecular Biology, 2013, pp.265-274. ⟨10.1007/978-1-62703-568-2_19⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/978-1-62703-568-2_19
- pubmedId
: 23918435
- Accès au bibtex
-
-

- titre
- Genome structure and metabolic features in the red seaweed Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida.
- auteur
- Jonas Collén, Betina Porcel, Wilfrid Carré, Steven G Ball, Cristian Chaparro, Thierry Tonon, Tristan Barbeyron, Gurvan Michel, Benjamin Noel, Klaus Valentin, Marek Elias, François Artiguenave, Alok Arun, Jean-Marc Aury, José F Barbosa-Neto, John H Bothwell, François-Yves Bouget, Loraine Brillet, Francisco Cabello-Hurtado, Salvador Capella-Gutiérrez, Bénédicte Charrier, Lionel Cladière, J Mark Cock, Susana M Coelho, Christophe Colleoni, Mirjam Czjzek, Corinne da Silva, Ludovic Delage, France Denoeud, Philippe Deschamps, Simon M Dittami, Toni Gabaldón, Claire M M Gachon, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Kamel Jabbari, Michael Katinka, Bernard Kloareg, Nathalie Kowalczyk, Karine Labadie, Catherine Leblanc, Pascal-Jean Lopez, Deirdre H Mclachlan, Laurence Meslet-Cladiere, Ahmed Moustafa, Zofia Nehr, Pi Nyvall Collén, Olivier Panaud, Frédéric Partensky, Julie Poulain, Stefan A Rensing, Sylvie Rousvoal, Gaelle Samson, Aikaterini Symeonidi, Jean Weissenbach, Antonios Zambounis, Patrick Wincker, Catherine Boyen
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (13), pp.5247-52. ⟨10.1073/pnas.1221259110⟩
- DOI
- DOI : 10.1073/pnas.1221259110
- pubmedId
: 23503846
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-
- titre
- Comparative Genomic Paleontology across Plant Kingdom Reveals the Dynamics of TE-Driven Genome Evolution
- auteur
- Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
- article
- Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (5), pp.954-965. ⟨10.1093/gbe/evt025⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/gbe/evt025
- pubmedId
: 23426643
- Accès au bibtex
-
- titre
- Shared subgenome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a seven protochromosome ancestor with 16K protogenes.
- auteur
- Florent Murat, Rongzhi Zhang, Sébastien Guizard, Raphael Flores, Alix Armero, Caroline Pont, Delphine Steinbach, Hadi Quesneville, Richard Cooke, Jerome Salse
- article
- Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33
- pubmedId
: 24317974
- Accès au bibtex
-
-

- titre
- Shared sub-genome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a 7 protochromosome ancestor with 16K protogenes
- auteur
- Florent Murat, Rongzhi R. Zhang, Sébastien S. Guizard, Raphaël-Gauthier R.-G. Flores, Alix A. Armero Villanueva, Caroline C. Pont, Delphine D. Steinbach, Hadi H. Quesneville, Richard R. Cooke, Jerome J. Salse
- article
- Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33. ⟨10.1093/gbe/evt200⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/gbe/evt200
- pubmedId
: 24317974
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-
2012
- titre
- Small high-yielding binary Ti vectors pLSU with co-directional replicons for Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation of higher plants
- auteur
- Seokhyun Lee, Guiying Su, Eric Lasserre, Monty Arta Aghazadeh, Norimoto Murai
- article
- Plant Science, 2012, 187, pp.49-58. ⟨10.1016/j.plantsci.2012.01.012⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.plantsci.2012.01.012
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-
- titre
- The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants.
- auteur
- Angélique d'Hont, France Denoeud, Jean-Marc Aury, Franc-Christophe Baurens, Françoise Carreel, Olivier Garsmeur, Benjamin Noel, Stéphanie Bocs, Gaëtan Droc, Mathieu Rouard, Corinne da Silva, Kamel Jabbari, Céline Cardi, Julie Poulain, Marlène Souquet, Karine Labadie, Cyril Jourda, Juliette Lengellé, Marguerite Rodier-Goud, Adriana A. Alberti, Maria Bernard, Margot Correa, Saravanaraj Ayyampalayam, Michael R Mckain, Jim Leebens-Mack, Diane Burgess, Mike Freeling, Didier Mbéguié-A-Mbéguié, Matthieu Chabannes, Thomas Wicker, Olivier Panaud, Jose Barbosa, Eva Hribova, Pat Heslop-Harrison, Rémy Habas, Ronan Rivallan, Philippe Francois, Claire Poiron, Andrzej Kilian, Dheema Burthia, Christophe Jenny, Frédéric Bakry, Spencer Brown, Valentin Guignon, Gert Kema, Miguel Dita, Cees Waalwijk, Steeve Joseph, Anne Dievart, Olivier Jaillon, Julie Leclercq, Xavier Argout, Eric Lyons, Ana Almeida, Mouna Jeridi, Jaroslav Dolezel, Nicolas Roux, Ange-Marie Risterucci, Jean Weissenbach, Jean-Christophe Glaszmann, Francis Quétier, Nabila Yahiaoui, Patrick Wincker
- article
- Nature, 2012, 488 (7410), pp.213-7. ⟨10.1038/nature11241⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/nature11241
- pubmedId
: 22801500
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-
- titre
- NERD, a Plant-Specific GW Protein, Defines an Additional RNAi-Dependent Chromatin-Based Pathway in Arabidopsis
- auteur
- D. Pontier, C. Picart, François Roudier, David Garcia, S. Lahmy, J. Azevedo, E. Alart, M. Laudié, W.M. Karlowski, R. Cooke, V. Colot, O. Voinnet, T. Lagrange
- article
- Molecular Cell, 2012, 48 (1), pp.121-132. ⟨10.1016/j.molcel.2012.07.027⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.molcel.2012.07.027
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-
- titre
- Reference genome sequence of the model plant Setaria
- auteur
- Jeffrey Bennetzen, Jeremy J. Schmutz, Hao Wang, Ryan Percifield, Jennifer Hawkins, Ana Pontaroli, Matt Estep, Liang Feng, Justin Vaughn, Jane Grimwood, Jerry Jenkins, Kerrie Barry, Erika Lindquist, Uffe Hellsten, Shweta Deshpande, Xuewen Wang, Xiaomei Wu, Therese Mitros, Jimmy Triplett, Xiaohan Yang, Chu-Yu Ye, Margarita Mauro-Herrera, Lin Wang, Pinghua Li, Manoj Sharma, Rita Sharma, Pamela Ronald, Olivier Panaud, Elizabeth Kellogg, Thomas Brutnell, Andrew Doust, Gerald Tuskan, Daniel Rokhsar, Katrien Devos
- article
- Nature Biotechnology, 2012, 30 (6), pp.555-561. ⟨10.1038/nbt.2196⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/nbt.2196
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-
-

- titre
- Isolation and characterisation of a bacterial strain degrading the herbicide sulcotrione from an agricultural soil
- auteur
- Christophe Calvayrac, Fabrice Martin-Laurent, Alexia Faveaux, Nathalie Picault, Olivier Panaud, Camille-Michel Coste, Hanene Chaabane, Jean-François Cooper
- article
- Pest Management Science, 2012, 68 (3), pp.340-347. ⟨10.1002/ps.2263⟩
- DOI
- DOI : 10.1002/ps.2263
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-
-

- titre
- International Congress on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and the sea of TE stories.
- auteur
- Abdelkader Aïnouche, Mireille Bétermier, Mick Chandler, Richard Cordaux, Gaël Cristofari, Jean-Marc Deragon, Pascale Lesage, Olivier Panaud, Hadi Quesneville, Chantal Vaury, Cristina Vieira, Clémentine Vitte
- article
- Mobile DNA, 2012, 3 (1), pp.17. ⟨10.1186/1759-8753-3-17⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1759-8753-3-17
- pubmedId
: 23110759
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-
- titre
- Comparative genomic paleontology across plant kingdom reveals the dynamics of TE-driven genome evolution.
- auteur
- Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
- article
- Genome Biology and Evolution, 2012, 5 (5), pp.954-65
- pubmedId
: 23426643
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-
2011
- titre
- Transpositional landscape of the rice genome revealed by paired-end mapping of high-throughput re-sequencing data
- auteur
- Francois Sabot, Nathalie Picault, Moaine El-Baidouri, Christel Llauro, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Anne Roulin, Emmanuel Guiderdoni, Mélissa Delabastide, Richard Mccombie, Olivier Panaud
- article
- The Plant Journal, 2011, 66 (2), pp.241-246. ⟨10.1111/j.1365-313X.2011.04492.x⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1365-313X.2011.04492.x
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-
-

- titre
- Long-Range and Targeted Ectopic Recombination between the Two Homeologous Chromosomes 11 and 12 in Oryza Species
- auteur
- J. Jacquemin, C. Chaparro, M. Laudie, Arjan Berger, Frédérick F. Gavory, J. Goicoechea, A. Wing, R. Cooke
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2011, 28 (11), pp.3139-3150. ⟨10.1093/molbev/msr144⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/molbev/msr144
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-
- titre
- Variations in a team: Major and minor variants of Arabidopsis thaliana rDNA genes
- auteur
- Mohamed Abou-Ellail, Richard Cooke, Julio Sáez-Vasquez
- article
- Nucleus, 2011, 2 (4), pp.294-299. ⟨10.4161/nucl.2.4.16561⟩
- DOI
- DOI : 10.4161/nucl.2.4.16561
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-
- titre
- The genome of Theobroma cacao.
- auteur
- Xavier Argout, Jerome Salse, Jean-Marc Aury, Mark J Guiltinan, Gaetan Droc, Jerome Gouzy, Mathilde Allegre, Cristian Chaparro, Thierry Legavre, Siela N Maximova, Michael Abrouk, Florent Murat, Olivier Fouet, Julie Poulain, Yolande Roguet, Maguy Rodier-Goud, Jose Fernandes Barbosa-Neto, Francois Sabot, Dave Kudrna, Jetty Siva S Ammiraju, Stephan C Schuster, John E Carlson, Erika Sallet, Thomas Schiex, Anne Dievart, Melissa Kramer, Laura Gelley, Zi Shi, Aurélie Bérard, Christopher Viot, Michel Boccara, Ange Marie Risterucci, Valentin Guignon, Xavier Sabau, Michael J Axtell, Zhaorong Ma, Yufan Zhang, Spencer Brown, Mickael Bourge, Wolfgang Golser, Xiang Song, Didier Clement, Ronan Rivallan, Mathias Tahi, Joseph Moroh Akaza, Bertrand Pitollat, Karina Gramacho, Angélique d'Hont, Dominique Brunel, Diogenes Infante, Ismael Kebe, Pierre Costet, Rod Wing, W Richard Mccombie, Emmanuel Guiderdoni, Francis Quetier, Olivier Panaud, Patrick Wincker, Stephanie Bocs, Claire Lanaud
- article
- Nature Genetics, 2011, 43 (2), pp.101-8. ⟨10.1038/ng.736⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/ng.736
- pubmedId
: 21186351
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-
- titre
- The Arabidopsis peptide kiss of death is an inducer of programmed cell death
- auteur
- Robert Blanvillain, Bennett Young, Yao-Min Cai, Valérie Hecht, Fabrice Varoquaux, Valérie Delorme, Jean-Marc Lancelin, Michel Delseny, Patrick Gallois
- article
- EMBO Journal, 2011, 30 (6), pp.1173-1183. ⟨10.1038/emboj.2011.14⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/emboj.2011.14
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-
- titre
- Taking RISCs with Ago hookers
- auteur
- Jacinthe Azevedo, Richard Cooke, Thierry Lagrange
- article
- Current Opinion in Plant Biology, 2011, 14 (5), pp.594-600. ⟨10.1016/j.pbi.2011.07.002⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.pbi.2011.07.002
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-
2010
- titre
- RLK7, a leucine-rich repeat receptor-like kinase, is required for proper germination speed and tolerance to oxidative stress in Arabidopsis thaliana.
- auteur
- Delphine Pitorre, Christel Llauro, Edouard Jobet, Jocelyne Guilleminot, Jean-Paul Brizard, Michel Delseny, Eric Lasserre
- article
- Planta, 2010, 232 (6), pp.1339-53. ⟨10.1007/s00425-010-1260-4⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s00425-010-1260-4
- pubmedId
: 20811905
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-
- titre
- Nucleolin is required for DNA methylation state and the expression of rRNA gene variants in Arabidopsis thaliana.
- auteur
- Frédéric Pontvianne, Mohamed Abou-Ellail, Julien Douet, Pascale Comella, Isabel Matia, Chinmayi Chandrasekhara, Anne Debures, Todd Blevins, Richard Cooke, Francisco J Medina, Sylvette Tourmente, Craig S Pikaard, Julio Sáez-Vásquez
- article
- PLoS Genetics, 2010, 6 (11), pp.e1001225. ⟨10.1371/journal.pgen.1001225⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pgen.1001225
- pubmedId
: 21124873
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-
- titre
- Paleogenomic analysis of the short arm of chromosome 3 reveals the history of the African and Asian progenitors of cultivated rices.
- auteur
- Anne Roulin, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Scott Jackson, Olivier Panaud
- article
- Genome Biology and Evolution, 2010, 2, pp.132-9. ⟨10.1093/gbe/evq005⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/gbe/evq005
- pubmedId
: 20333229
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-
- titre
- Identification of protein factors and U3 snoRNAs from a Brassica oleracea RNP complex involved in the processing of pre-rRNA.
- auteur
- Hala Samaha, Valérie Delorme, Frederic Pontvianne, Richard Cooke, Francois Delalande, Alain van Dorsselaer, Manuel Echeverria, Julio Sáez-Vásquez
- article
- The Plant Journal, 2010, 61 (3), pp.383-98. ⟨10.1111/j.1365-313X.2009.04061.x⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1365-313X.2009.04061.x
- pubmedId
: 19891704
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-
- titre
- Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.
- auteur
- Michael Abrouk, Florent Murat, Caroline Pont, Joachim Messing, Scott Jackson, Thomas Faraut, Eric Tannier, Christophe Plomion, Richard Cooke, Catherine Feuillet, Jérôme Salse
- article
- Trends in Plant Science, 2010, 15 (9), pp.479-87. ⟨10.1016/j.tplants.2010.06.001⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.tplants.2010.06.001
- pubmedId
: 20638891
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-
- titre
- Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis.
- auteur
- Wojciech M Karlowski, Andrzej Zielezinski, Julie Carrère, Dominique Pontier, Thierry Lagrange, Richard Cooke
- article
- Nucleic Acids Research, 2010, 38 (13), pp.4231-45. ⟨10.1093/nar/gkq162⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkq162
- pubmedId
: 20338883
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-
- titre
- Marine prasinovirus genomes show low evolutionary divergence and acquisition of protein metabolism genes by horizontal gene transfer.
- auteur
- Hervé Moreau, Gwenael Piganeau, Yves Desdevises, Richard Cooke, Evelyne Derelle, Nigel Grimsley
- article
- Journal of Virology, 2010, 84 (24), pp.12555-63. ⟨10.1128/JVI.01123-10⟩
- DOI
- DOI : 10.1128/JVI.01123-10
- pubmedId
: 20861243
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-
- titre
- A genetic model for the female sterility barrier between Asian and African cultivated rice species.
- auteur
- Andrea Garavito, Romain Guyot, Jaime Lozano, Frédérick F. Gavory, Sylvie Samain, Olivier Panaud, Joe Tohme, Alain Ghesquière, Mathias Lorieux
- article
- Genetics, 2010, 185 (4), pp.1425-40. ⟨10.1534/genetics.110.116772⟩
- DOI
- DOI : 10.1534/genetics.110.116772
- pubmedId
: 20457876
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-
2009
-

- titre
- Whole genome surveys of rice, maize and sorghum reveal multiple horizontal transfers of the LTR-retrotransposon Route66 in Poaceae.
- auteur
- Anne Roulin, Benoit Piegu, Philippe M Fortune, François Sabot, Angélique d'Hont, Domenica Manicacci, Olivier Panaud
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2009, 9 (58), pp.58. ⟨10.1186/1471-2148-9-58⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2148-9-58
- pubmedId
: 19291296
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-
- titre
- Reply: A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny
- auteur
- Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
- article
- Nature Reviews Genetics, 2009, 10 (4), pp.276-276. ⟨10.1038/nrg2165-c4⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/nrg2165-c4
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-
-

- titre
- A recent duplication revisited: phylogenetic analysis reveals an ancestral duplication highly-conserved throughout the Oryza genus and beyond.
- auteur
- Julie Jacquemin, Michèle Laudié, Richard Cooke
- article
- BMC Plant Biology, 2009, 9, pp.146. ⟨10.1186/1471-2229-9-146⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2229-9-146
- pubmedId
: 20003305
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-
- titre
- Green evolution and dynamic adaptations revealed by genomes of the marine picoeukaryotes Micromonas.
- auteur
- Alexandra Z Worden, Jae-Hyeok Lee, Thomas Mock, Pierre Rouzé, Melinda P Simmons, Andrea L Aerts, Andrew E Allen, Marie L Cuvelier, Evelyne Derelle, Meredith V Everett, Elodie Foulon, Jane Grimwood, Heidrun Gundlach, Bernard Henrissat, Carolyn Napoli, Sarah M Mcdonald, Micaela S Parker, Stephane Rombauts, Aasf Salamov, Peter von Dassow, Jonathan H Badger, Pedro M Coutinho, Elif Demir, Inna Dubchak, Chelle Gentemann, Wenche Eikrem, Jill E Gready, Uwe John, William Lanier, Erika A Lindquist, Susan Lucas, Klaus F X Mayer, Herve Moreau, Fabrice Not, Robert Otillar, Olivier Panaud, Jasmyn Pangilinan, Ian Paulsen, Benoit Piegu, Aaron Poliakov, Steven Robbens, Jeremy Schmutz, Eve Toulza, Tania Wyss, Alexander Zelensky, Kemin Zhou, E Virginia Armbrust, Debashish Bhattacharya, Ursula W Goodenough, Yves van de Peer, Igor V Grigoriev
- article
- Science, 2009, 324 (5924), pp.268-72. ⟨10.1126/science.1167222⟩
- DOI
- DOI : 10.1126/science.1167222
- pubmedId
: 19359590
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-
- titre
- Identification of an active LTR retrotransposon in rice.
- auteur
- Nathalie Picault, Cristian Chaparro, Cristel Llauro, Benoit Piegu, Willfried Stenger, Damien Formey, Julie Descombin, Francois Sabot, Eric Lasserre, Donaldo Meynard, Emmanuel Guiderdoni, Olivier Panaud
- article
- The Plant Journal, 2009, 58 (5), pp.754-65. ⟨10.1111/j.1365-313X.2009.03813.x⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1365-313X.2009.03813.x
- pubmedId
: 19187041
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-
- titre
- Diversity of the Ty-1 copia retrotransposon Tos17 in rice (Oryza sativa L.) and the AA genome of the Oryza genus.
- auteur
- Julie Petit, Emmanuelle Bourgeois, Wilfried Stenger, Martine Bès, Gaétan Droc, Donaldo Meynard, Brigitte Courtois, Alain Ghesquière, François Sabot, Olivier Panaud, Emmanuel Guiderdoni
- article
- Molecular Genetics and Genomics, 2009, 282 (6), pp.633-52. ⟨10.1007/s00438-009-0493-z⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s00438-009-0493-z
- pubmedId
: 19856189
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-
- titre
- The molecular bases of cereal domestication and the history of rice.
- auteur
- Olivier Panaud
- article
- Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (2-3), pp.267-72. ⟨10.1016/j.crvi.2008.09.003⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.crvi.2008.09.003
- pubmedId
: 19281957
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-
- titre
- RNA-directed DNA methylation requires an AGO4-interacting member of the SPT5 elongation factor family.
- auteur
- Natacha Bies-Etheve, Dominique Pontier, Sylvie Lahmy, Claire Picart, Danielle Vega, Richard Cooke, Thierry Lagrange
- article
- EMBO Reports, 2009, 10 (6), pp.649-54. ⟨10.1038/embor.2009.31⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/embor.2009.31
- pubmedId
: 19343051
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-
2008
- titre
- The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update.
- auteur
- Tsuyoshi Tanaka, Baltazar A Antonio, Shoshi Kikuchi, Takashi Matsumoto, Yoshiaki Nagamura, Hisataka Numa, Hiroaki Sakai, Jianzhong Wu, Takeshi Itoh, Takuji Sasaki, Ryo Aono, Yasuyuki Fujii, Takuya Habara, Erimi Harada, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Hiroaki Kawashima, Hiromi Kubooka, Akihiro Matsuya, Hajime Nakaoka, Naomi Saichi, Ryoko Sanbonmatsu, Yoshiharu Sato, Yuji Shinso, Mami Suzuki, Jun-Ichi Takeda, Motohiko Tanino, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Naoyuki Yamamoto, Chisato Yamasaki, Tadashi Imanishi, Toshihisa Okido, Masahito Tada, Kazuho Ikeo, Yoshio Tateno, Takashi Gojobori, Yao-Cheng Lin, Fu-Jin Wei, Yue-Ie Hsing, Qiang Zhao, Bin Han, Melissa R Kramer, Richard W Mccombie, David Lonsdale, Claire C O'Donovan, Eleanor J Whitfield, Rolf Apweiler, Kanako O Koyanagi, Jitendra P Khurana, Saurabh Raghuvanshi, Nagendra K Singh, Akhilesh K Tyagi, Georg Haberer, Masaki Fujisawa, Satomi Hosokawa, Yukiyo Ito, Hiroshi Ikawa, Michie Shibata, Mayu Yamamoto, Richard M Bruskiewich, Douglas R Hoen, Thomas E Bureau, Nobukazu Namiki, Hajime Ohyanagi, Yasumichi Sakai, Satoshi Nobushima, Katsumi Sakata, Roberto A Barrero, Yutaka Sato, Alexandre Souvorov, Brian Smith-White, Tatiana Tatusova, Suyoung An, Gynheung An, Satoshi Oota, Galina Fuks, Joachim Messing, Karen R Christie, Damien Lieberherr, Hyeran Kim, Andrea Zuccolo, Rod A Wing, Kan Nobuta, Pamela J Green, Cheng Lu, Blake C Meyers, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Olivier Panaud, Manuel Echeverria
- article
- Nucleic Acids Research, 2008, 36 (Database issue), pp.D1028-33. ⟨10.1093/nar/gkm978⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkm978
- pubmedId
: 18089549
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-
- titre
- Inventory, evolution and expression profiling diversity of the LEA (late embryogenesis abundant) protein gene family in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Natacha Bies-Etheve, Pascale Gaubier-Comella, Anne Debures, Eric Lasserre, Edouard Jobet, Monique Raynal, Richard Cooke, Michel Delseny
- article
- Plant Molecular Biology, 2008, 67 (1-2), pp.107-124. ⟨10.1007/s11103-008-9304-x⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s11103-008-9304-x
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-
- titre
- Characterization of the major fragance gene from an aromatic japonica rice and analysis of its diversity in Asian cultivated rice
- auteur
- F. F. Bourgis, R. R. Guyot, H. H. Gherbi, E. E. Tailliez, I. I. Amabile, Jerome J. Salse, M. M. Lorieux, M. M. Delseny, A. A. Ghesquière
- article
- TAG Theoretical and Applied Genetics, 2008, 117 (3), pp.353-368. ⟨10.1007/s00122-008-0780-9⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s00122-008-0780-9
- Accès au bibtex
-
- titre
- Identification and characterization of shared duplications between rice and wheat provide new insight into grass genome evolution
- auteur
- Jerome J. Salse, Stéphanie S. Bolot, Michael M. Throude, Vincent V. Jouffe, Benoit Piegu, Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi, Thomas T. Calcagno, Richard R. Cooke, Michel M. Delseny, Catherine C. Feuillet
- article
- The Plant cell, 2008, 20 (1), pp.11-24. ⟨10.1105/tpc.107.056309⟩
- DOI
- DOI : 10.1105/tpc.107.056309
- Accès au bibtex
-
-

- titre
- Identification of precursor transcripts for 6 novel miRNAs expands the diversity on the genomic organisation and expression of miRNA genes in rice.
- auteur
- Séverine Lacombe, Hiroshi Nagasaki, Carole Santi, David Duval, Benoit Piegu, Martine Bangratz, Jean-Christophe Breitler, Emmanuel Guiderdoni, Christophe Brugidou, Judith Hirsch, Xiaofeng Cao, Claire Brice, Olivier Panaud, Wojciech M Karlowski, Yutaka Sato, Manuel Echeverria
- article
- BMC Plant Biology, 2008, 8, pp.123. ⟨10.1186/1471-2229-8-123⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2229-8-123
- pubmedId
: 19055717
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-
- titre
- AtERF38 (At2g35700), an AP2/ERF family transcription factor gene from Arabidopsis thaliana, is expressed in specific cell types of roots, stems and seeds that undergo suberization.
- auteur
- Eric Lasserre, Edouard Jobet, Christel Llauro, Michel Delseny
- article
- Plant Physiology and Biochemistry, 2008, 46 (12), pp.1051-61. ⟨10.1016/j.plaphy.2008.07.003⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.plaphy.2008.07.003
- pubmedId
: 18723362
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-
-

- titre
- Life-Cycle and Genome of OtV5, a Large DNA Virus of the Pelagic Marine Unicellular Green Alga Ostreococcus tauri
- auteur
- Evelyne Derelle, Conchita Ferraz, Marie-Line Escande, Sophie Eychenié, Richard Cooke, Gwenael Piganeau, Yves Desdevises, Laure Bellec, Hervé Moreau, Nigel Grimsley
- article
- PLoS ONE, 2008, 3 (5), pp.e2250. ⟨10.1371/journal.pone.0002250⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0002250
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-
- titre
- Evidence of multiple horizontal transfers of the long terminal repeat retrotransposon RIRE1 within the genus Oryza
- auteur
- Anne Roulin, Benoit Piegu, Rod Wing, Olivier Panaud
- article
- The Plant Journal, 2008, 53 (6), pp.950-959. ⟨10.1111/j.1365-313X.2007.03388.x⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1365-313X.2007.03388.x
- Accès au bibtex
-
- titre
- A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase
- auteur
- Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
- article
- Nature Reviews Genetics, 2008, 9 (5), pp.414. ⟨10.1038/nrg2165-c2⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/nrg2165-c2
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2007
- titre
- Spip and Squiq, two novel rice non-autonomous LTR retro-element families related to RIRE3 and RIRE8
- auteur
- Clémentine Vitte, Cristian Chaparro, Hadi H. Quesneville, Olivier Panaud
- article
- Plant Science, 2007, 172 (1), pp.8-19. ⟨10.1016/j.plantsci.2006.07.008⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.plantsci.2006.07.008
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- titre
- Evolutionary dynamics of an ancient retrotransposon family provides insights into evolution of genome size in the genus Oryza
- auteur
- Jetty Ammiraju, Andrea Zuccolo, Yeisoo Yu, Xiang Song, Benoit Piegu, Frederic Chevalier, Jason Walling, Jianxin Ma, Jayson Talag, Darshan Brar, Phillip Sanmiguel, Ning Jiang, Scott Jackson, Olivier Panaud, Rod Wing
- article
- The Plant Journal, 2007, 52 (2), pp.342-351. ⟨10.1111/j.1365-313X.2007.03242.x⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1365-313X.2007.03242.x
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- titre
- RetrOryza: a database of the rice LTR-retrotransposons.
- auteur
- Cristian Chaparro, Romain Guyot, Andrea Zuccolo, Benoit Piegu, Olivier Panaud
- article
- Nucleic Acids Research, 2007, 35 (Database issue), pp.D66-70. ⟨10.1093/nar/gkl780⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkl780
- pubmedId
: 17071960
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- titre
- A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny
- auteur
- Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
- article
- Nature Reviews Genetics, 2007, 8 (12), pp.973-982. ⟨10.1038/nrg2165⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/nrg2165
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- titre
- Reiterated WG/GW motifs form functionally and evolutionarily conserved ARGONAUTE-binding platforms in RNAi-related components.
- auteur
- Mahmoud El-Shami, Dominique Pontier, Sylvie Lahmy, Laurence Braun, Claire Picart, Danielle Vega, Mohamed-Ali Hakimi, Steven E Jacobsen, Richard Cooke, Thierry Lagrange
- article
- Genes and Development, 2007, 21 (20), pp.2539-44. ⟨10.1101/gad.451207⟩
- DOI
- DOI : 10.1101/gad.451207
- pubmedId
: 17938239
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- titre
- LTR retrotransposons in rice (Oryza sativa, L.): recent burst amplifications followed by rapid DNA loss
- auteur
- Clémentine Vitte, Olivier Panaud, Hadi H. Quesneville
- article
- BMC Genomics, 2007, 8 (1), pp.218. ⟨10.1186/1471-2164-8-218⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2164-8-218
- pubmedId
: 17617907
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