Publications HAL de la collection MANGO

2025

titre
Regulation of co-translational mRNA decay by PAP and DXO1 in Arabidopsis
auteur
Marie-Christine Carpentier, Anne-Elodie Receveur, Adrien Cadoudal, Rémy Merret
article
BMC Plant Biology, 2025, 25 (1), pp.223. ⟨10.1186/s12870-025-06195-5⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12870-025-06195-5
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https://hal.science/hal-04953592/file/s12870-025-06195-5.pdf BibTex

2024

titre
Multi-transcriptomics identifies targets of the endoribonuclease DNE1 and highlights its coordination with decapping
auteur
Aude Pouclet, David Pflieger, Rémy Merret, Marie-Christine Carpentier, Marlene Schiaffini, Hélène Zuber, Dominique Gagliardi, Damien Garcia
article
The Plant cell, 2024, 36 (9), pp.3674-3688. ⟨10.1093/plcell/koae175⟩
DOI
DOI : 10.1093/plcell/koae175
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https://hal.science/hal-04614989/file/Pouclet_2024_PlantCell.pdf BibTex
titre
Gene flow throughout the evolutionary history of a colour polymorphic and generalist clownfish
auteur
Sarah Schmid, Marianne Bachmann Salvy, Alberto Garcia Jimenez, Joris Bertrand, Fabio Cortesi, Sara Heim, Filip Huyghe, Glenn Litsios, Anna Marcionetti, James O'Donnell, Cynthia Riginos, Valerio Tettamanti, Nicolas Salamin
article
Molecular Ecology, 2024, 33 (14), pp.e17436. ⟨10.1111/mec.17436⟩
DOI
DOI : 10.1111/mec.17436
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https://hal.science/hal-04613738/file/Schmid%20S%20et%20al.%282024%29_Gene%20flow%20throughout%20the%20evolutionary%20history%20of%20a%20colour%20polymorphic%20and%20generalist.pdf BibTex
titre
An evolutionary view of CC-type glutaredoxins functions in land plants development and adaptation to environment
auteur
Moaïne El Baidouri, Jean-Philippe Reichheld, Christophe Belin
article
Journal of Experimental Botany, In press, ⟨10.1093/jxb/erae232/7681747⟩
DOI
DOI : 10.1093/jxb/erae232/7681747
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https://hal.science/hal-04588492/file/El%20Baidouri%20et%20al..pdf BibTex
titre
Chromosome-level genome assembly of milk thistle (Silybum marianum (L.) Gaertn.)
auteur
Kyung Do Kim, Jeehyoung Shim, Ji-Hun Hwang, Daegwan Kim, Moaine El Baidouri, Soyeon Park, Jiyong Song, Yeisoo Yu, Keunpyo Lee, Byoung-Ohg Ahn, Su Young Hong, Joong Hyoun Chin
article
Scientific Data , 2024, 11 (1), pp.342. ⟨10.1038/s41597-024-03178-3⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41597-024-03178-3
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https://hal.science/hal-04595377/file/2024.02.29.582772v1.full.pdf BibTex
titre
Genome-wide analysis of mRNA decay in Arabidopsis shoot and root reveals the importance of co-translational mRNA decay in the general mRNA turnover
auteur
Marie-Christine Carpentier, Anne-Elodie Receveur, Alexandre Boubegtitene, Adrien Cadoudal, Cécile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
article
Nucleic Acids Research, 2024, ⟨10.1093/nar/gkae363⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkae363
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https://univ-perp.hal.science/hal-04599495/file/pEPaIu-gkae363.pdf BibTex
titre
Genome of the early spider-orchid Ophrys sphegodes provides insights into sexual deception and pollinator adaptation
auteur
Alessia Russo, Mattia Alessandrini, Moaine El Baidouri, Daniel Frei, Teresa Rosa Galise, Lara Gaidusch, Hannah F Oertel, Sara E Garcia Morales, Giacomo Potente, Qin Tian, Dmitry Smetanin, Joris a M Bertrand, Renske E Onstein, Olivier Panaud, Jürg E Frey, Salvatore Cozzolino, Thomas Wicker, Shuqing Xu, Ueli Grossniklaus, Philipp M Schlüter
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.6308. ⟨10.1038/s41467-024-50622-4⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-024-50622-4
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https://hal.science/hal-04664022/file/Russo%20A%20et%20al.%282024%29_enome%20of%20the%20early%20spider-orchid%20Ophrys%20sphegodes%20provides%20insights%20into%20sexual%20deception%20and%20pollinator%20adaptation.pdf BibTex
titre
Holocene climate change promoted allopatric divergence and disjunct geographic distribution in a bee orchid species
auteur
Anaïs Gibert, Roselyne Buscail, Michel Baguette, Christelle Fraïsse, Camille Roux, Bertrand Schatz, Joris A. M. Bertrand
article
Journal of Biogeography, 2024, 12 (51), pp.2424-2439. ⟨10.1111/jbi.14998⟩
DOI
DOI : 10.1111/jbi.14998
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https://hal.science/hal-04687630/file/MS_Oph_aveyronensis_JOB_bioRxiv_FV.pdf BibTex
titre
Plant response to intermittent heat stress involves modulation of mRNA translation efficiency
auteur
Arnaud Dannfald, Marie-Christine Carpentier, Rémy Merret, Jean-Jacques Favory, Jean-Marc Deragon
article
Plant Physiology, 2024, 197 (2), pp.kiae648. ⟨10.1093/plphys/kiae648⟩
DOI
DOI : 10.1093/plphys/kiae648
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https://hal.science/hal-04874246/file/Version%20finale%20publie%CC%81e.pdf BibTex
titre
The unique dual targeting of AGO1 by two types of PRMT enzymes promotes phasiRNA loading in Arabidopsis thaliana
auteur
Clément Barre-Villeneuve, Michèle Laudié, Marie-Christine Carpentier, Lauriane Kuhn, Thierry Lagrange, Jacinthe Azevedo-Favory
article
Nucleic Acids Research, 2024, ⟨10.1093/nar/gkae045⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkae045
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https://hal.science/hal-04484170/file/gkae045_Barre-Villeneuve_et_al_NAR_2024.pdf BibTex
titre
Recurrent gene flow events occurred during the diversification of clownfishes of the skunk complex
auteur
Anna Marcionetti, Joris Bertrand, Fabio Cortesi, Giulia Donati, Sara Heim, Filip Huyghe, Marc Kochzius, Loïc Pellissier, Nicolas Salamin
article
Molecular Ecology, 2024, 33 (11), pp.e17347. ⟨10.1111/mec.17347⟩
DOI
DOI : 10.1111/mec.17347
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https://hal.science/hal-04590114/file/Marcionetti%20A%20et%20al.%282024%29_Recurrent%20gene%20flow%20events%20occurred%20during%20the%20diversification%20of%20clownfishes%20of%20the%20skunk%20complex.pdf BibTex

2023

titre
Cell-type-specific control of secondary cell wall formation by Musashi-type translational regulators in Arabidopsis
auteur
Alicia Kairouani, Dominique Pontier, Claire Picart, Fabien Mounet, Yves Martinez, Lucie Le-Bot, Mathieu Fanuel, Philippe Hammann, Lucid Belmudes, Remy Merret, Jacinthe Azevedo, Marie-Christine Carpentier, Dominique Gagliardi, Yohann Couté, Richard Sibout, Natacha Bies-Etheve, Thierry Lagrange
article
eLife, 2023, 12, pp.RP88207. ⟨10.7554/eLife.88207⟩
DOI
DOI : 10.7554/eLife.88207
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https://hal.science/hal-04230426/file/islandora_167735.pdf BibTex
titre
Editorial: Plant epigenetics and chromatin dynamics - EPIPLANT 2021-2022
auteur
Guillaume Moissiard, Marie Mirouze, Cristel Carles, Clémentine Vitte
article
Frontiers in Plant Science, 2023, 14, ⟨10.3389/fpls.2023.1260391⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2023.1260391
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https://hal.science/hal-04305976/file/Moissiard%20et%20al%20-%20Frontiers%20in%20Plant%20Science%202023.pdf BibTex
titre
Complementary peptides represent a credible alternative to agrochemicals by activating translation of targeted proteins
auteur
Mélanie Ormancey, Bruno Guillotin, Rémy Merret, Laurent Camborde, Carine Duboé, Bertrand Fabre, Cécile Pouzet, Francis Impens, Delphi van Haver, Marie-Christine Carpentier, Hélène San Clemente, Marielle Aguilar, Dominique Lauressergues, Lars B Scharff, Carole Pichereaux, Odile Burlet-Schiltz, Cécile Bousquet-Antonelli, Kris Gevaert, Patrice Thuleau, Serge Plaza, Jean-Philippe Combier
article
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.254. ⟨10.1038/s41467-023-35951-0⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-023-35951-0
pubmedId
Pubmed icone : 36650156
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https://hal.science/hal-03949768/file/Ormancey_2023.pdf BibTex
titre
45S rDNA Diversity In Natura as One Step towards Ribosomal Heterogeneity in Arabidopsis thaliana
auteur
Valérie Delorme-Hinoux, Assane Mbodj, Sophie Brando, Anne de Bures, Christel Llauro, Fabrice Covato, Joseph Garrigue, Claude Guisset, Jacques Borrut, Marie Mirouze, Jean-Philippe Reichheld, Julio Sáez-Vásquez
article
Plants, 2023, 12 (14), pp.2722. ⟨10.3390/plants12142722⟩
DOI
DOI : 10.3390/plants12142722
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https://hal.science/hal-04270325/file/Delorme-Hinoux%20et%20al_plants-12-02722-v2.pdf BibTex
titre
Extrachromosomal circular DNA and structural variants highlight genome instability in Arabidopsis epigenetic mutants
auteur
P. Zhang, Assane Mbodj, A. Soundiramourtty, C. Llauro, Alain Ghesquière, M. Ingouff, R.K. Slotkin, F. Pontvianne, M. Catoni, Marie Mirouze
article
Nature Communications, 2023, 14, pp.5236. ⟨10.1038/s41467-023-41023-0⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-023-41023-0
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https://hal.science/hal-04192599/file/s41467-023-41023-0.pdf BibTex
titre
Nicotianamine synthase activity affects nucleolar iron accumulation and impacts rDNA silencing and RNA methylation in Arabidopsis
auteur
Charlotte Montacié, Christophe Riondet, Lili Wei, Tommy Darrière, Alizée Weiss, Frédéric Pontvianne, Marie-Line Escande, Anne de Bures, Edouard Jobet, A. Barbarossa, Marie-Christine Carpentier, Mark G.M. Aarts, Aurore Attina, Christophe Hirtz, Alexandre David, V. Marchand, Yuri Motorin, Catherine Curie, Stéphane Mari, Jean‐philippe Reichheld, J. Sáez-Vásquez
article
Journal of Experimental Botany, 2023, 74 (15), pp.4384-4400. ⟨10.1093/jxb/erad180⟩
DOI
DOI : 10.1093/jxb/erad180
pubmedId
Pubmed icone : 37179467
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-04097969/file/MontacieC.-et%20al-InPress-J.ExpBot-2023.pdf BibTex
titre
Extrachromosomal circular DNA and structural variants highlight genome instability in Arabidopsis epigenetic mutants
auteur
Panpan Zhang, Assane Mbodj, Abirami Soundiramourtty, Christel Llauro, Alain Ghesquière, Mathieu Ingouff, R. Keith Slotkin, Frédéric Pontvianne, Marco Catoni, Marie Mirouze
article
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.5236. ⟨10.1038/s41467-023-41023-0⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-023-41023-0
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https://hal.science/hal-04766500/file/Zhang_et_al_2023_NatComm.pdf BibTex
titre
Genome-wide analysis of horizontal transfer in non-model wild species from a natural ecosystem reveals new insights into genetic exchange in plants
auteur
Emilie Aubin, Christel Llauro, Joseph Garrigue, Marie Mirouze, Olivier Panaud, Moaine El Baidouri
article
PLoS Genetics, 2023, 19 (10), pp.e1010964. ⟨10.1371/journal.pgen.1010964⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1010964
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https://univ-perp.hal.science/hal-04274792/file/journal.pgen.1010964.pdf BibTex

2022

titre
Extracting Quantitative Information from Images Taken in the Wild: A Case Study of Two Vicariants of the Ophrys aveyronensis Species Complex
auteur
Anais Gibert, Florian Louty, Roselyne Buscail, Michel Baguette, Bertrand Schatz, Joris Bertrand
article
Diversity, 2022, 14 (5), pp.400. ⟨10.3390/d14050400⟩
DOI
DOI : 10.3390/d14050400
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https://univ-perp.hal.science/hal-03674764/file/Gibert%20A%20et%20al.%282022%29_Extracting%20quantitative%20information%20from%20images%20taken%20in%20the%20wild%20-%20a%20case%20study%20of%20two%20vicariants%20of%20the%20Ophrys%20aveyronensis%20species%20complex.pdf BibTex
titre
Chromatin-associated YTHDC1 coordinates heat-induced reprogramming of gene expression
auteur
Kalina Timcheva, Solenne Dufour, Leila Touat-Todeschini, Callum Burnard, Marie-Christine Carpentier, Florent Chuffart, Rémy Merret, Marion Helsmoortel, Sabrina Ferré, Aude Grézy, Yohann Couté, Sophie Rousseaux, Saadi Khochbin, Claire Vourc’h, Cécile Bousquet-Antonelli, Rosemary Kiernan, Daphné Seigneurin-Berny, André Verdel
article
Cell Reports, 2022, 41 (11), pp.111784. ⟨10.1016/j.celrep.2022.111784⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.celrep.2022.111784
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https://hal.science/hal-03902782/file/PIIS2211124722016722.pdf BibTex
titre
The methyl phosphate capping enzyme Bmc1/Bin3 is a stable component of the fission yeast telomerase holoenzyme
auteur
Jennifer Porat, Moaine El Baidouri, Jorg Grigull, Jean-Marc Deragon, Mark Bayfield
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.1277. ⟨10.1038/s41467-022-28985-3⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-022-28985-3
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https://univ-perp.hal.science/hal-03631716/file/Porat%20et%20al%20final.pdf BibTex
titre
Characterization of the complete plastome of Delphinium montanum, a polyploid, endemic and endangered Pyrenean Larkspur
auteur
Pascaline Salvado, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Valérie Delorme-Hinoux, Joris Bertrand
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, 2022, 7 (4), pp.590 - 592. ⟨10.1080/23802359.2022.2057248⟩
DOI
DOI : 10.1080/23802359.2022.2057248
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https://univ-perp.hal.science/hal-03672993/file/Salvado%20P%20et%20al.%282022%29_Characterization%20of%20the%20complete%20plastome%20of%20Delphinium%20montanum%2C%20a%20polyploid%2C%20endemic%20and%20endangered%20Pyrenean%20Larkspur.pdf BibTex
titre
Little hope for the polyploid endemic Pyrenean Larkspur (Delphinium montanum): Evidences from population genomics and Ecological Niche Modeling
auteur
Pascaline Salvado, Pere Aymerich Boixader, Josep Parera, Albert Vila Bonfill, Maria Martin, Céline Quélennec, Jean‐marc Lewin, Valérie Delorme‐hinoux, Joris Bertrand
article
Ecology and Evolution, 2022, 12 (3), ⟨10.1002/ece3.8711⟩
DOI
DOI : 10.1002/ece3.8711
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https://univ-perp.hal.science/hal-03631714/file/Salvado%20P%20et%20al.%282022%29_Little%20hope%20for%20the%20polyploid%20endemic%20Pyrenean%20Larkspur%20Delphinium%20montanum%20.pdf BibTex

2021

titre
ANCHOR: A Technical Approach to Monitor Single-Copy Locus Localization in Planta
auteur
Anis Meschichi, Mathieu Ingouff, Claire Picart, Marie Mirouze, Sophie Desset, Franck Gallardo, Kerstin Bystricky, Nathalie Picault, Stefanie Rosa, Frédéric Pontvianne
article
Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.677849. ⟨10.3389/fpls.2021.677849⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2021.677849
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https://univ-perp.hal.science/hal-03313521/file/ANCHOR_Meschichi_2021.pdf BibTex
titre
RNAi suppression of DNA methylation affects the drought stress response and genome integrity in transgenic poplar
auteur
Mamadou D. Sow, Anne‐laure Le Gac, Régis Fichot, Sophie Lanciano, Alain Delaunay, Isabelle Le Jan, Marie-Claude Lesage-Descauses, Sylvie Citerne, Jose Caius, Véronique Brunaud, Ludivine Soubigou-Taconnat, Hervé Cochard, Vincent Segura, Cristian Chaparro, Christoph Grunau, Christian Daviaud, Jörg Tost, Franck Brignolas, Steven H. Strauss, Marie Mirouze, Stéphane Maury
article
New Phytologist, 2021, 232 (1), pp.80-97. ⟨10.1111/nph.17555⟩
DOI
DOI : 10.1111/nph.17555
pubmedId
Pubmed icone : 34128549
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https://hal.science/hal-03292338/file/Sow-2021-NewPhytol-RNAI-MANUSCRIT.pdf BibTex
titre
Fast and Efficient 5′P Degradome Library Preparation for Analysis of Co-Translational Decay in Arabidopsis
auteur
Marie-Christine Carpentier, Cécile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
article
Plants, 2021, 10 (3), pp.466. ⟨10.3390/plants10030466⟩
DOI
DOI : 10.3390/plants10030466
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https://univ-perp.hal.science/hal-03209677/file/plants-10-00466.pdf BibTex
titre
LARP6C orchestrates post-transcriptional reprogramming of gene expression during hydration to promote pollen tube guidance
auteur
Elodie Billey, Said Hafidh, Isabel Cruz-Gallardo, Celso G Litholdo, Viviane Jean, Marie-Christine Carpentier, Claire Picart, Vinod Kumar, Katarina Kulichova, Eric Maréchal, David Honys, Maria R Conte, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
article
The Plant cell, 2021, 33 (8), pp.2637-2661. ⟨10.1093/plcell/koab131⟩
DOI
DOI : 10.1093/plcell/koab131
pubmedId
Pubmed icone : 34124761
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https://univ-perp.hal.science/hal-03275017/file/Billeyetal_acceptedMS-2021.pdf BibTex
titre
Whole plastid genome-based phylogenomics supports an inner placement of the O. insectifera group rather than a basal position in the rapidly diversifying Ophrys genus (Orchidaceae)
auteur
Joris Bertrand, Anaïs Gibert, Christel Llauro, Olivier Panaud
article
Botany Letters, 2021, 168 (3), pp.452-457. ⟨10.1080/23818107.2021.1893216⟩
DOI
DOI : 10.1080/23818107.2021.1893216
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https://univ-perp.hal.science/hal-03375011/file/BIORXIV-2020-423003v4-Bertrand.pdf BibTex
titre
Horizontal Gene Transfers in Plants
auteur
Emilie Aubin, Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
article
Life, 2021, 11 (8), pp.857. ⟨10.3390/life11080857⟩
DOI
DOI : 10.3390/life11080857
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https://hal.science/hal-03443232/file/life-11-00857.pdf BibTex
titre
The Ecology of the Genome and the Dynamics of the Biological Dark Matter
auteur
Alheli Flores-Ferrer, Anne Nguyen, Sylvain Glémin, Jean-Marc Deragon, Olivier Panaud, Sébastien Gourbière
article
Journal of Theoretical Biology, 2021, 518, pp.110641. ⟨10.1016/j.jtbi.2021.110641⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jtbi.2021.110641
pubmedId
Pubmed icone : 33640450
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https://hal.science/hal-03157289/file/Flores-Ferrer%20et%20al.%20-%202021%20-%20The%20Ecology%20of%20the%20Genome%20and%20the%20Dynamics%20of%20the%20.pdf BibTex

2020

titre
Large tandem duplications affect gene expression, 3D organization, and plant–pathogen response
auteur
Ariadna Picart-Picolo, Stefan Grob, Nathalie Picault, Michal Franek, Christel Llauro, Thierry Halter, Tom R Maier, Edouard Jobet, Julie Descombin, Panpan Zhang, Vijayapalani Paramasivan, Thomas J Baum, Lionel Navarro, Martina Dvořáčková, Marie Mirouze, Frédéric Pontvianne
article
Genome Research, In press, ⟨10.1101/gr.261586.120⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.261586.120
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https://univ-perp.hal.science/hal-02962580/file/Genome%20Res.-2020-Picart-Picolo-gr.261586.120.pdf BibTex
titre
Genus Variovorax is a key player in the root microbiome
auteur
Michel Delseny
article
Comptes Rendus. Biologies, 2020, 343 (3), pp.221-222. ⟨10.5802/crbiol.28>⟩
DOI
DOI : 10.5802/crbiol.28>
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https://univ-perp.hal.science/hal-03313843/file/CRBIOL_2020__343_3_221_0.pdf BibTex
titre
Differential divergence in autosomes and sex chromosomes is associated with intra‐island diversification at a very small spatial scale in a songbird lineage
auteur
Yann Bourgeois, Joris Bertrand, Boris Delahaie, Hélène Holota, Christophe Thébaud, Borja Milá
article
Molecular Ecology, 2020, 29 (6), pp.1137-1153. ⟨10.1111/mec.15396⟩
DOI
DOI : 10.1111/mec.15396
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https://hal.science/hal-03000811/file/Bourgeois_February_2020.pdf BibTex
titre
Monitoring of XRN4 targets reveals the importance of co-translational decay during Arabidopsis development
auteur
Marie-Christine Carpentier, Jean-Marc Deragon, Viviane Jean, Seng Hour Vichet Be, Cecile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
article
Plant Physiology, 2020, pp.00942.2020. ⟨10.1104/pp.20.00942⟩
DOI
DOI : 10.1104/pp.20.00942
pubmedId
Pubmed icone : 32913043
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https://hal.science/hal-02945049/file/Carpentier_et_al_2020_compressed.pdf BibTex
titre
Construction and characterisation of a knock-down RNA interference line of OsNRPD1 in rice (Oryza sativa ssp japonica cv Nipponbare)
auteur
Emilie Debladis, Tzuu-Fen Lee, Yan-Jiun Huang, Jui-Hsien Lu, Sandra M. Mathioni, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Davy Pierron, Delphine Mieulet, Emmanuel Guiderdoni, Pao-Yang Chen, Blake C. Meyers, Olivier Panaud, Eric Lasserre
article
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2020, 375 (1795), pp.20190338. ⟨10.1098/rstb.2019.0338⟩
DOI
DOI : 10.1098/rstb.2019.0338
pubmedId
Pubmed icone : 32075556
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https://univ-perp.hal.science/hal-04274817/file/osnrpd1_hal.pdf BibTex
titre
Why are there so many bee‐orchid species? Adaptive radiation by intra‐specific competition for mnesic pollinators
auteur
Michel Baguette, Joris Bertrand, Virginie Marie Stevens, Bertrand Schatz
article
Biological Reviews, 2020, 95 (6), pp.1630-1663. ⟨10.1111/brv.12633⟩
DOI
DOI : 10.1111/brv.12633
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https://hal.science/hal-02995675/file/Baguette_edited_all_corrected.pdf BibTex
titre
The impact of transposable elements on the structure, evolution and function of the rice genome
auteur
Roland Akakpo, Marie-Christine Carpentier, Yue Ie Hsing, Olivier Panaud
article
New Phytologist, 2020, ⟨10.1111/nph.16356⟩
DOI
DOI : 10.1111/nph.16356
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https://univ-perp.hal.science/hal-02434127/file/nph.16356%20%281%29.pdf BibTex

2019

titre
The m 6 A pathway protects the transcriptome integrity by restricting RNA chimera formation in plants
auteur
Dominique Pontier, Claire Picart, Moaine El Baidouri, François Roudier, Tao Xu, Sylvie Lahmy, Christel Llauro, Jacinthe Azevedo, Michèle Laudié, Aurore Attina, Christophe Hirtz, Marie-Christine Carpentier, Lisha Shen, Thierry Lagrange
article
Life Science Alliance, 2019, 2 (3), pp.e201900393. ⟨10.26508/lsa.201900393⟩
DOI
DOI : 10.26508/lsa.201900393
pubmedId
Pubmed icone : 31142640
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https://hal.science/hal-02505328/file/Hirtz_M6A%20plant_2019.pdf BibTex
titre
Retrotranspositional landscape of Asian rice revealed by 3000 genomes
auteur
Marie-Christine Carpentier, Ernandes Manfroi, Fu-Jin Wei, Hshin-Ping Wu, Eric Lasserre, Christel Llauro, Emilie Debladis, Roland Akakpo, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
Nature Communications, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-018-07974-5⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-018-07974-5
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https://hal.science/hal-02098307/file/s41467-018-07974-5.pdf BibTex
titre
Characterization of the complete plastome of Ophrys aveyronensis , a Euro-Mediterranean orchid with an intriguing disjunct geographic distribution
auteur
Joris Bertrand, Anaïs Gibert, Christel Llauro, Olivier Panaud
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, 2019, 4 (2), pp.3256-3257. ⟨10.1080/23802359.2019.1670748⟩
DOI
DOI : 10.1080/23802359.2019.1670748
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https://univ-perp.hal.science/hal-02297851/file/Bertrand%20JAM%20et%20al.%282019%29_Characterization%20of%20the%20complete%20plastome%20of%20Ophrys%20aveyronensis%20a%20Euro%20Mediterranean%20orchid%20with%20an%20intriguing%20disjunct%20geographic%20distribution.pdf BibTex
titre
The genome sequence of segmental allotetraploid peanut Arachis hypogaea
auteur
David Bertioli, Jerry Jenkins, Josh Clevenger, Olga Dudchenko, Dongying Gao, Guillermo Seijo, Soraya Bertioli, Longhui Ren, Andrew Farmer, Manish Pandey, Sergio Samoluk, Brian Abernathy, Gaurav Agarwal, Carolina Ballén-Taborda, Connor Cameron, Jacqueline Campbell, Carolina Chavarro, Annapurna Chitikineni, Ye Chu, Sudhansu Dash, Moaine El Baidouri, Baozhu Guo, Wei Huang, Kyung Do Kim, Walid Korani, Sophie Lanciano, Christopher Lui, Marie Mirouze, Márcio Moretzsohn, Melanie Pham, Jin Hee Shin, Kenta Shirasawa, Senjuti Sinharoy, Avinash Sreedasyam, Nathan Weeks, Xinyou Zhang, Zheng Zheng, Ziqi Sun, Lutz Froenicke, Erez Aiden, Richard Michelmore, Rajeev Varshney, C. Corley Holbrook, Ethalinda Cannon, Brian Scheffler, Jane Grimwood, Peggy Ozias-Akins, Steven Cannon, Scott Jackson, Jeremy Schmutz
article
Nature Genetics, 2019, 51 (5), pp.877-884. ⟨10.1038/s41588-019-0405-z⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41588-019-0405-z
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https://univ-perp.hal.science/hal-02141867/file/s41588-019-0405-z.pdf BibTex
titre
Deep genetic differentiation between two morphologically similar species of wolf herrings (Teleostei, Clupeoidei, Chirocentridae)
auteur
Sébastien Lavoué, Joris Bertrand, Kang‐ning Shen, Sahat Ratmuangkhwang, Tetsuya Sado, Masaki Miya, Mohd Nor Siti Azizah
article
Journal of Applied Ichthyology, 2019, 35 (3), pp.693-700. ⟨10.1111/jai.13886⟩
DOI
DOI : 10.1111/jai.13886
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https://univ-perp.hal.science/hal-02144619/file/jai.13886.pdf BibTex
titre
Ribosome Biogenesis in Plants: from Functional 45S Ribosomal DNA Organization to Ribosome Assembly Factors
auteur
Julio Sáez-Vasquez, Michel Delseny
article
The Plant cell, 2019, pp.1975-1967. ⟨10.1105/tpc.18.00874⟩
DOI
DOI : 10.1105/tpc.18.00874
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https://univ-perp.hal.science/hal-02165772/file/1945.full.pdf BibTex

2018

titre
Oak genome reveals facets of long lifespan
auteur
Christophe Plomion, Jean-Marc Aury, Joelle Amselem, Thibault Leroy, Florent Murat, Sébastien Duplessis, Sébastien Faye, Nicolas Francillonne, Karine Labadie, Grégoire Le Provost, Isabelle Lesur Kupin, Jérôme Bartholome, Patricia Faivre-Rampant, Annegret Kohler, Jean-Charles Leplé, Nathalie Chantret, Jun Chen, Anne Dievart, Tina Alaeitabar, Valérie Barbe, Caroline Belser, Helene Berges, Catherine Bodenes, Marie-Béatrice Bogeat-Triboulot, Marie-Lara Bouffaud, Benjamin Brachi, Emilie Chancerel, David Cohen, Arnaud Couloux, Corinne da Silva, Carole Dossat, François Ehrenmann, Christine Gaspin, Jacqueline Grima Pettenati, Erwan Guichoux, Arnaud Hecker, Sylvie Herrmann, Philippe Hugueney, Irène Hummel, Christophe Klopp, Céline Lalanne, Martin Lascoux, Eric Lasserre, Arnaud Lemainque, Marie Laure Desprez-Loustau, Isabelle Luyten, Mohammed-Amin Madoui, Sophie Mangenot, Clémence Marchal, Florian Maumus, Jonathan Mercier, Célia Michotey, Olivier Panaud, Nathalie Picault, Nicolas Rouhier, Olivier Rué, Camille Rustenholz, Franck Salin, Marçal Soler, Mika Tarkka, Amandine Velt, Amy E. Zanne, Francis Martin, Patrick Wincker, Hadi Quesneville, Antoine Kremer, Jerome Salse
article
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41477-018-0172-3
pubmedId
Pubmed icone : 29915331
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https://hal.science/hal-01820559/file/Publis18-agap-014_plomion_oak.pdf BibTex
titre
QTL Mapping Combined With Comparative Analyses Identified Candidate Genes for Reduced Shattering in Setaria italica
auteur
Sandra Odonkor, Soyeon Choi, Debkanta Chakraborty, Liliam Martinez-Bello, Xuewen Wang, Bochra Bahri, Maud Tenaillon, Olivier Panaud, Katrien Devos
article
Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.1-9. ⟨10.3389/fpls.2018.00918⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2018.00918
pubmedId
Pubmed icone : 30073004
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https://hal.science/hal-02098582/file/2018_Odonkor_Frontiers%20in%20Plant%20Science_1.pdf BibTex
titre
Genomes of 13 domesticated and wild rice relatives highlight genetic conservation, turnover and innovation across the genus Oryza
auteur
Joshua Stein, Yeisoo Yu, Dario Copetti, Derrick Zwickl, Li Zhang, Chengjun Zhang, Kapeel Chougule, Dongying Gao, Aiko Iwata, Jose Luis Goicoechea, Sharon Wei, Jun Wang, Yi Liao, Muhua Wang, Julie Jacquemin, Claude Becker, Dave Kudrna, Jianwei Zhang, Carlos Londono, Xiang Song, Seunghee Lee, Paul Sanchez, Andrea Zuccolo, Jetty Ammiraju, Jayson Talag, Ann Danowitz, Luis Rivera, Andrea Gschwend, Christos Noutsos, Cheng-Chieh Wu, Shu-Min Kao, Jhih-Wun Zeng, Fu-Jin Wei, Qiang Zhao, Qi Feng, Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Eric Lasserre, Richard Cooke, Daniel Da Rosa Farias, Carlos da Maia, Railson dos Santos, Kevin Nyberg, Kenneth Mcnally, Ramil Mauleon, Nickolai Alexandrov, Jeremy Schmutz, Dave Flowers, Chuanzhu Fan, Detlef Wei, Kshirod Jena, Thomas Wicker, Mingsheng Chen, Bin Han, Robert Henry, Yue-Ie Yu, Nori Kurata, António Costa de Oliveira, Olivier Panaud, Scott Jackson, Carlos Machado, Michael Sanderson, Manyuan Long, Doreen Ware, Rod Wing
article
Nature Genetics, 2018, 50 (2), pp.285-296. ⟨10.1038/s41588-018-0040-0⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41588-018-0040-0
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https://hal.science/hal-02098593/file/s41588-018-0040-0.pdf BibTex
titre
The somatic piRNA pathway controls germline transposition over generations
auteur
Bridlin Barckmann, Marianne El-Barouk, Alain Pélisson, Bruno Mugat, Blaise Maxime Li, Céline Franckhauser, Anna-Sophie Fiston Lavier, Marie Mirouze, Marie Fablet, Séverine Chambeyron
article
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (18), pp.9524 - 9536. ⟨10.1093/nar/gky761⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gky761
pubmedId
Pubmed icone : 30312469
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https://hal.science/hal-01904679/file/gky761.pdf BibTex
titre
Dicer-like and RNA-dependent RNA polymerase gene family identification and annotation in the cultivated Solanum tuberosum and its wild relative S. commersonii
auteur
Salvatore Esposito, Riccardo Aversano, Vincenzo D’amelia, Clizia Villano, Daniela Alioto, Marie Mirouze, Domenico Carputo
article
Planta, 2018, 248 (3), pp.729-743. ⟨10.1007/s00425-018-2937-3⟩
DOI
DOI : 10.1007/s00425-018-2937-3
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BibTex
titre
Dicer-2-Dependent Generation of Viral DNA from Defective Genomes of RNA Viruses Modulates Antiviral Immunity in Insects
auteur
Enzo Poirier, Bertsy Goic, Lorena Tomé-Poderti, Lionel Frangeul, Jeremy Boussier, Valérie Gausson, Hervé Blanc, Thomas Vallet, Hyelee Loyd, Laura Levi, Sophie Lanciano, Chloé Baron, Sarah Merkling, Louis Lambrechts, Marie Mirouze, Susan Carpenter, Marco Vignuzzi, Maria-Carla P Saleh
article
Cell Host and Microbe, 2018, 23 (3), pp.353-365.e8. ⟨10.1016/j.chom.2018.02.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.chom.2018.02.001
pubmedId
Pubmed icone : 29503180
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https://pasteur.hal.science/pasteur-01952531/file/1-s2.0-S1931312818300878-main.pdf BibTex
titre
Transposable elements: all mobile, all different, some stress responsive, some adaptive?
auteur
Sophie Lanciano, Marie Mirouze
article
Current Opinion in Genetics and Development, 2018, 49, pp.106-114. ⟨10.1016/j.gde.2018.04.002⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.gde.2018.04.002
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BibTex

2017

titre
Ecological plant epigenetics: Evidence from model and non-model species, and the way forward
auteur
Christina Richards, Conchita Alonso, Claude Becker, Oliver Bossdorf, Etienne Bucher, Maria Colome-Tatche, Walter Durka, Jan Engelhardt, Bence Gaspar, Andreas Gogol-Döring, Ivo Grosse, Thomas van Gurp, Katrin Heer, Ilkka Kronholm, Christian Lampei, Vít Latzel, Marie Mirouze, Lars Opgenoorth, Ovidiu Paun, Sonja Prohaska, Stefan Rensing, Peter Stadler, Emiliano Trucchi, Kristian Ullrich, Koen Verhoeven
article
Ecology Letters, 2017, 20 (12), pp.1576-1590. ⟨10.1111/ele.12858⟩
DOI
DOI : 10.1111/ele.12858
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https://hal.science/hal-02098587/file/Ecology%20Letters%20-%202017%20-%20Richards%20-%20Ecological%20plant%20epigenetics%20%20Evidence%20from%20model%20and%20non%E2%80%90model%20species%20%20and%20the%20way.pdf BibTex
titre
Nucleolar Proteome Analysis and Proteasomal Activity Assays Reveal a Link between Nucleolus and 26S Proteasome in A. thaliana
auteur
Charlotte Montacié, Nathalie Durut, Alison Opsomer, Denise Palm, Pascale Comella, Claire Picart, Marie-Christine Carpentier, Frederic Pontvianne, Christine Carapito, Enrico Schleiff, Julio Sáez-Vasquez
article
Frontiers in Plant Science, 2017, 8, ⟨10.3389/fpls.2017.01815⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2017.01815
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BibTex
titre
Inhibition of RNA polymerase II allows controlled mobilisation of retrotransposons for plant breeding
auteur
Michael Thieme, Sophie Lanciano, Sandrine Balzergue, Nicolas Daccord, Marie Mirouze, Etienne Bucher
article
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-10. ⟨10.1186/s13059-017-1265-4⟩
DOI
DOI : 10.1186/s13059-017-1265-4
pubmedId
Pubmed icone : 28687080
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https://hal.science/hal-02098596/file/2017_%20Thieme_Genome%20Biology_1.pdf BibTex
titre
Heat Shock Protein HSP101 Affects the Release of Ribosomal Protein mRNAs for Recovery after Heat Shock.
auteur
Rémy Merret, Marie-Christine Carpentier, Jean-Jacques Favory, Claire Picart, Julie Descombin, Cécile Bousquet-Antonelli, Pascal Tillard, Laurence Lejay-Lefebvre, Jean-Marc Deragon, Yee-Yung Charng
article
Plant Physiology, 2017, 174 (2), pp.1216-1225. ⟨10.1104/pp.17.00269⟩
DOI
DOI : 10.1104/pp.17.00269
pubmedId
Pubmed icone : 28381501
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https://hal.science/hal-01594829/file/plphys_v174_2_1216.pdf BibTex
titre
Detection of active transposable elements in Arabidopsis thaliana using Oxford Nanopore Sequencing technology
auteur
Emilie Debladis, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Marie Mirouze, Olivier Panaud
article
BMC Genomics, 2017, 18, art. 537 [8 p.]. ⟨10.1186/s12864-017-3753-zg⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12864-017-3753-zg
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https://ird.hal.science/ird-01626046/file/Detection_of_active.pdf BibTex
titre
Sequencing the extrachromosomal circular mobilome reveals retrotransposon activity in plants
auteur
Sophie Lanciano, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Edouard Jobet, Dagmara Robakowska-Hyzorek, Eric Lasserre, Alain Ghesquière, Olivier Panaud, Marie Mirouze
article
PLoS Genetics, 2017, 13 (2), pp.e1006630. ⟨10.1371/journal.pgen.1006630⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1006630
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https://hal.science/hal-02098598/file/pgen.1006630.pdf BibTex
titre
DNA Methylation in Rice and Relevance for Breeding
auteur
Sophie Lanciano, Marie Mirouze
article
Epigenomes, 2017, 1 (2), pp.10. ⟨10.3390/epigenomes1020010⟩
DOI
DOI : 10.3390/epigenomes1020010
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https://hal.science/hal-02098591/file/epigenomes-01-00010-v2%20%281%29.pdf BibTex

2016

titre
Horizontal transfers of transposable elements in eukaryotes: The flying genes
auteur
Olivier Panaud
article
Comptes Rendus. Biologies, 2016, 339 (7-8), pp.296-299. ⟨10.1016/j.crvi.2016.04.013⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.crvi.2016.04.013
pubmedId
Pubmed icone : 27234293
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BibTex
titre
Nuclear thiol redox systems in plants
auteur
Valérie Delorme-Hinoux, Sajid A.K. Bangash, Andreas A Meyer, Jean-Philippe Reichheld
article
Plant Science, 2016, 243, pp.84-95. ⟨10.1016/j.plantsci.2015.12.002⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.plantsci.2015.12.002
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BibTex
titre
Evidence for ARGONAUTE4–DNA interactions in RNA-directed DNA methylation in plants
auteur
Sylvie Lahmy, Dominique Pontier, Natacha Bies-Etheve, Michèle Laudié, Suhua Feng, Edouard Jobet, Christopher H Hale, Richard Cooke, Mohamed-Ali Hakimi, Dimitar Angelov, Steven Jacobsen, Thierry Lagrange
article
Genes and Development, 2016, 30 (23), pp.2565-2570. ⟨10.1101/gad.289553.116⟩
DOI
DOI : 10.1101/gad.289553.116
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https://hal.science/hal-02114319/file/main.pdf BibTex
titre
DNA transposon activity is associated with increased mutation rates in genes of rice and other grasses
auteur
Thomas Wicker, Yeisoo Yu, Georg Haberer, Klaus Mayer, Pradeep Reddy Marri, Steve Rounsley, Mingsheng Chen, Andrea Zuccolo, Olivier Panaud, Rod Wing, Stefan Roffler
article
Nature Communications, 2016, 7 (1), pp.12790 (2016). ⟨10.1038/ncomms12790⟩
DOI
DOI : 10.1038/ncomms12790
pubmedId
Pubmed icone : 27599761
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https://hal.science/hal-02099869/file/ncomms12790.pdf BibTex
titre
Adaptation to Global Change: A Transposable Element–Epigenetics Perspective
auteur
Olivier REY, Etienne Danchin, Marie Mirouze, Celine Loot, Simon Blanchet
article
Trends in Ecology & Evolution, 2016, 31 (7), pp.514-526. ⟨10.1016/j.tree.2016.03.013⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.tree.2016.03.013
pubmedId
Pubmed icone : 27080578
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BibTex
titre
Evolution of Plant Phenotypes, from Genomes to Traits
auteur
Josep Casacuberta, Scott Jackson, Olivier Panaud, Michael Purugganan, Jonathan F. Wendel
article
G3, 2016, 6 (4), pp.775-778. ⟨10.1534/g3.115.025502⟩
DOI
DOI : 10.1534/g3.115.025502
pubmedId
Pubmed icone : 26869620
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BibTex
titre
Erratum to :"Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction" (vol 16, 262, 2015)
auteur
Florent Murat, Alexandra Louis, Florian Maumus, Alix Armero, Richard Cooke, Hadi Quesneville, Hugues Roest Crollius, Jerome J. Salse
article
Genome Biology, 2016, 17 (64), ⟨10.1186/s13059-016-0887-2⟩
DOI
DOI : 10.1186/s13059-016-0887-2
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https://hal.inrae.fr/hal-02630062/file/2016_Murat_Genome%20Biology_1.pdf BibTex
titre
Identification of Nucleolus-Associated Chromatin Domains Reveals a Role for the Nucleolus in 3D Organization of the A. thaliana Genome
auteur
Frederic Pontvianne, Marie-Christine Carpentier, Nathalie Durut, Veronika Pavlištová, Karin Jaške, Šárka Schořová, Hugues Parrinello, Marine Rohmer, Craig Pikaard, Miloslava Fojtová, Jiří Fajkus, Julio Sáez-Vasquez
article
Cell Reports, 2016, 16 (6), pp.1574-1587. ⟨10.1016/j.celrep.2016.07.016⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.celrep.2016.07.016
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https://hal.science/hal-02115369/file/PIIS2211124716309020.pdf BibTex

2015

titre
Regulation of FATTY ACID ELONGATION1 expression in embryonic and vascular tissues of Brassica napus
auteur
Hélène Chiron, Jeroen Wilmer, Marie-Odile Lucas, Nathalie Nesi, Michel Delseny, Martine Devic, Thomas J. Roscoe
article
Plant Molecular Biology Reporter, 2015, 88 (1-2), pp.65-83. ⟨10.1007/s11103-015-0309-y⟩
DOI
DOI : 10.1007/s11103-015-0309-y
pubmedId
Pubmed icone : 25795129
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https://univ-perp.hal.science/hal-01174449/file/11103_2015_Article_309.pdf BibTex
titre
A new approach for annotation of transposable elements using small RNA mapping.
auteur
Moaine El Baidouri, Kyung Do Kim, Brian Abernathy, Siwaret Arikit, Florian Maumus, Blake C Meyers, Scott A Jackson, Olivier Panaud
article
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (13), pp.e84. ⟨10.1093/nar/gkv257⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkv257
pubmedId
Pubmed icone : 25813049
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https://hal.science/hal-01215276/file/2015_El%20Baidouri_Nucleic%20Acids%20Research_1.pdf BibTex
titre
Abiotic stress and genome dynamics: specific genes and transposable elements response to iron excess in rice
auteur
Taciane Finatto, Antonio Costa de Oliveira, Cristian Chaparro, L.C. da Maia, D.R. Farias, L.G. Woyann, C.C. Mistura, A.P. Soares-Bresolin, Christel Llauro, Olivier Panaud, Nathalie Picault
article
Rice, 2015, 8, pp.13. ⟨10.1186/s12284-015-0045-6⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12284-015-0045-6
pubmedId
Pubmed icone : 25844118
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https://sde.hal.science/hal-01162622/file/Finatto-2015-Rice-Abiotic.pdf BibTex
titre
RiTE database: a resource database for genus-wide rice genomics and evolutionary biology
auteur
Dario Copetti, Jianwei Zhang, Moaine El Baidouri, Dongying Gao, Jun Wang, Elena Barghini, Rosa Cossu, Angelina Angelova, Carlos Maldonado L., Stefan Roffler, Hajime Ohyanagi, Thomas Wicker, Chuanzhu Fan, Andrea Zuccolo, Mingsheng Chen, Antonio Costa de Oliveira, Bin Han, Robert Henry, Yue-Ie Hsing, Nori Kurata, Wen Wang, Scott Jackson, Olivier Panaud, Rod Wing
article
BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.538. ⟨10.1186/s12864-015-1762-3⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12864-015-1762-3
pubmedId
Pubmed icone : 26194356
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https://hal.science/hal-02099881/file/12864_2015_Article_1762.pdf BibTex
titre
Diversity of Viruses Infecting the Green Microalga Ostreococcus lucimarinus.
auteur
Evelyne Derelle, Adam Monier, Richard Cooke, Alexandra Z Worden, Nigel H Grimsley, Hervé Moreau
article
Journal of Virology, 2015, 89 (11), pp.5812-21
pubmedId
Pubmed icone : 25787287
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BibTex
titre
Heat-induced ribosome pausing triggers mRNA co-translational decay in Arabidopsis thaliana.
auteur
Rémy Merret, Vinay K Nagarajan, Marie-Christine Carpentier, Sunhee Park, Jean-Jacques Favory, Julie Descombin, Claire Picart, Yee-Yung Charng, Pamela J Green, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
article
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (8), pp.4121-32
pubmedId
Pubmed icone : 25845591
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titre
Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction
auteur
Florent Murat, Alexandra Louis, Florian Maumus, Alix Armero Villanueva, Richard Cooke, Hadi Quesneville, Hugues Roest Crollius, Jerome Salse
article
Genome Biology, 2015, 16 (262), ⟨10.1186/s13059-015-0814-y⟩
DOI
DOI : 10.1186/s13059-015-0814-y
pubmedId
Pubmed icone : 26653025
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https://hal.science/hal-01281832/file/2015_Murat_Genome%20Biology_%7BE3266011-5AC6-478A-AA7E-C7C054BE6E66%7D.pdf BibTex

2014

titre
Drivers and dynamics of diversity in plant genomes.
auteur
Olivier Panaud, Scott A Jackson, Jonathan F Wendel
article
New Phytologist, 2014, 202 (1), pp.15-8
pubmedId
Pubmed icone : 24571694
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titre
The genome sequence of African rice (Oryza glaberrima) and evidence for independent domestication
auteur
Muhua Wang, Yeisoo Yu, Georg Haberer, Pradeep Reddy Marri, Chuanzhu Fan, Jose Luis Goicoechea, Andrea Zuccolo, Xiang Song, Dave Kudrna, Jetty Ammiraju, Rosa Maria Cossu, Carlos Maldonado, Jinfeng Chen, Seunghee Lee, Nick Sisneros, Kristi de Baynast, Wolfgang Golser, Marina Wissotski, Woojin Kim, Paul Sanchez, Marie-Noelle Ndjiondjop, Kayode Sanni, Manyuan Long, Judith Carney, Olivier Panaud, Thomas Wicker, Carlos Machado, Mingsheng Chen, Klaus Mayer, Steve Rounsley, Rod Wing
article
Nature Genetics, 2014, 46 (9), pp.982-988. ⟨10.1038/ng.3044⟩
DOI
DOI : 10.1038/ng.3044
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https://hal.science/hal-02099904/file/41588_2014_Article_BFng3044.pdf BibTex
titre
Widespread and frequent horizontal transfers of transposable elements in plants.
auteur
Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Richard Cooke, Dongying Gao, Eric Lasserre, Christel Llauro, Marie Mirouze, Nathalie Picault, Scott A Jackson, Olivier Panaud
article
Genome Research, 2014, 24 (5), pp.831-8. ⟨10.1101/gr.164400.113⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.164400.113
pubmedId
Pubmed icone : 24518071
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https://hal.science/hal-01218140/file/831.pdf BibTex
titre
Plant root transcriptome profiling reveals a strain-dependent response during Azospirillum-rice cooperation
auteur
Benoît Drogue, Hervé Sanguin, Amel Chamam, Michael Mozar, Christel Llauro, Olivier Panaud, Claire Prigent-Combaret, Nathalie Picault, Florence Wisniewski-Dyé
article
Frontiers in Plant Science, 2014, 5, pp.1-14. ⟨10.3389/fpls.2014.00607⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2014.00607
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Pubmed icone : 25414716
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https://hal.science/hal-02099891/file/2014_BDrogue_FrontiersPlantSci_1.pdf BibTex

2013

titre
Rice genomics: A tool for breeding rice and other cereals
auteur
Michel M. Delseny, Jerome J. Salse, Richard R. Cooke
article
Cahiers Agricultures, 2013, 22 (5), pp.466 - 474. ⟨10.1684/agr.2013.0626⟩
DOI
DOI : 10.1684/agr.2013.0626
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titre
XRN4 and LARP1 are required for a heat-triggered mRNA decay pathway involved in plant acclimation and survival during thermal stress.
auteur
Rémy Merret, Julie Descombin, Yu-Ting Juan, Jean-Jacques Favory, Marie-Christine Carpentier, Cristian Chaparro, Yee-Yung Charng, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
article
Cell Reports, 2013, 5 (5), pp.1279-93. ⟨10.1016/j.celrep.2013.11.019⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.celrep.2013.11.019
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Pubmed icone : 24332370
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https://hal.science/hal-01217835/file/1-s2.0-S2211124713006864-main.pdf BibTex
titre
Use of Next Generation Sequencing (NGS) Technologies for the Genome-Wide Detection of Transposition
auteur
Moaine Elbaidouri, Cristian Chaparro, Olivier Panaud
article
Methods in Molecular Biology, 2013, pp.265-274. ⟨10.1007/978-1-62703-568-2_19⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-1-62703-568-2_19
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Pubmed icone : 23918435
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titre
Genome structure and metabolic features in the red seaweed Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida.
auteur
Jonas Collén, Betina Porcel, Wilfrid Carré, Steven G Ball, Cristian Chaparro, Thierry Tonon, Tristan Barbeyron, Gurvan Michel, Benjamin Noel, Klaus Valentin, Marek Elias, François Artiguenave, Alok Arun, Jean-Marc Aury, José F Barbosa-Neto, John H Bothwell, François-Yves Bouget, Loraine Brillet, Francisco Cabello-Hurtado, Salvador Capella-Gutiérrez, Bénédicte Charrier, Lionel Cladière, J Mark Cock, Susana M Coelho, Christophe Colleoni, Mirjam Czjzek, Corinne da Silva, Ludovic Delage, France Denoeud, Philippe Deschamps, Simon M Dittami, Toni Gabaldón, Claire M M Gachon, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Kamel Jabbari, Michael Katinka, Bernard Kloareg, Nathalie Kowalczyk, Karine Labadie, Catherine Leblanc, Pascal-Jean Lopez, Deirdre H Mclachlan, Laurence Meslet-Cladiere, Ahmed Moustafa, Zofia Nehr, Pi Nyvall Collén, Olivier Panaud, Frédéric Partensky, Julie Poulain, Stefan A Rensing, Sylvie Rousvoal, Gaelle Samson, Aikaterini Symeonidi, Jean Weissenbach, Antonios Zambounis, Patrick Wincker, Catherine Boyen
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (13), pp.5247-52. ⟨10.1073/pnas.1221259110⟩
DOI
DOI : 10.1073/pnas.1221259110
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Pubmed icone : 23503846
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01073830/file/ColleI_n_Chondrus_genome_PNAS_13.pdf BibTex
titre
Comparative Genomic Paleontology across Plant Kingdom Reveals the Dynamics of TE-Driven Genome Evolution
auteur
Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
article
Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (5), pp.954-965. ⟨10.1093/gbe/evt025⟩
DOI
DOI : 10.1093/gbe/evt025
pubmedId
Pubmed icone : 23426643
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titre
Shared subgenome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a seven protochromosome ancestor with 16K protogenes.
auteur
Florent Murat, Rongzhi Zhang, Sébastien Guizard, Raphael Flores, Alix Armero, Caroline Pont, Delphine Steinbach, Hadi Quesneville, Richard Cooke, Jerome Salse
article
Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33
pubmedId
Pubmed icone : 24317974
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titre
Shared sub-genome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a 7 protochromosome ancestor with 16K protogenes
auteur
Florent Murat, Rongzhi R. Zhang, Sébastien S. Guizard, Raphaël-Gauthier R.-G. Flores, Alix A. Armero Villanueva, Caroline C. Pont, Delphine D. Steinbach, Hadi H. Quesneville, Richard R. Cooke, Jerome J. Salse
article
Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33. ⟨10.1093/gbe/evt200⟩
DOI
DOI : 10.1093/gbe/evt200
pubmedId
Pubmed icone : 24317974
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https://hal.science/hal-00964190/file/2014_Murat_GBE_1.pdf BibTex

2012

titre
Small high-yielding binary Ti vectors pLSU with co-directional replicons for Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation of higher plants
auteur
Seokhyun Lee, Guiying Su, Eric Lasserre, Monty Arta Aghazadeh, Norimoto Murai
article
Plant Science, 2012, 187, pp.49-58. ⟨10.1016/j.plantsci.2012.01.012⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.plantsci.2012.01.012
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titre
The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants.
auteur
Angélique d'Hont, France Denoeud, Jean-Marc Aury, Franc-Christophe Baurens, Françoise Carreel, Olivier Garsmeur, Benjamin Noel, Stéphanie Bocs, Gaëtan Droc, Mathieu Rouard, Corinne da Silva, Kamel Jabbari, Céline Cardi, Julie Poulain, Marlène Souquet, Karine Labadie, Cyril Jourda, Juliette Lengellé, Marguerite Rodier-Goud, Adriana A. Alberti, Maria Bernard, Margot Correa, Saravanaraj Ayyampalayam, Michael R Mckain, Jim Leebens-Mack, Diane Burgess, Mike Freeling, Didier Mbéguié-A-Mbéguié, Matthieu Chabannes, Thomas Wicker, Olivier Panaud, Jose Barbosa, Eva Hribova, Pat Heslop-Harrison, Rémy Habas, Ronan Rivallan, Philippe Francois, Claire Poiron, Andrzej Kilian, Dheema Burthia, Christophe Jenny, Frédéric Bakry, Spencer Brown, Valentin Guignon, Gert Kema, Miguel Dita, Cees Waalwijk, Steeve Joseph, Anne Dievart, Olivier Jaillon, Julie Leclercq, Xavier Argout, Eric Lyons, Ana Almeida, Mouna Jeridi, Jaroslav Dolezel, Nicolas Roux, Ange-Marie Risterucci, Jean Weissenbach, Jean-Christophe Glaszmann, Francis Quétier, Nabila Yahiaoui, Patrick Wincker
article
Nature, 2012, 488 (7410), pp.213-7. ⟨10.1038/nature11241⟩
DOI
DOI : 10.1038/nature11241
pubmedId
Pubmed icone : 22801500
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titre
NERD, a Plant-Specific GW Protein, Defines an Additional RNAi-Dependent Chromatin-Based Pathway in Arabidopsis
auteur
D. Pontier, C. Picart, François Roudier, David Garcia, S. Lahmy, J. Azevedo, E. Alart, M. Laudié, W.M. Karlowski, R. Cooke, V. Colot, O. Voinnet, T. Lagrange
article
Molecular Cell, 2012, 48 (1), pp.121-132. ⟨10.1016/j.molcel.2012.07.027⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.molcel.2012.07.027
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titre
Reference genome sequence of the model plant Setaria
auteur
Jeffrey Bennetzen, Jeremy J. Schmutz, Hao Wang, Ryan Percifield, Jennifer Hawkins, Ana Pontaroli, Matt Estep, Liang Feng, Justin Vaughn, Jane Grimwood, Jerry Jenkins, Kerrie Barry, Erika Lindquist, Uffe Hellsten, Shweta Deshpande, Xuewen Wang, Xiaomei Wu, Therese Mitros, Jimmy Triplett, Xiaohan Yang, Chu-Yu Ye, Margarita Mauro-Herrera, Lin Wang, Pinghua Li, Manoj Sharma, Rita Sharma, Pamela Ronald, Olivier Panaud, Elizabeth Kellogg, Thomas Brutnell, Andrew Doust, Gerald Tuskan, Daniel Rokhsar, Katrien Devos
article
Nature Biotechnology, 2012, 30 (6), pp.555-561. ⟨10.1038/nbt.2196⟩
DOI
DOI : 10.1038/nbt.2196
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titre
Isolation and characterisation of a bacterial strain degrading the herbicide sulcotrione from an agricultural soil
auteur
Christophe Calvayrac, Fabrice Martin-Laurent, Alexia Faveaux, Nathalie Picault, Olivier Panaud, Camille-Michel Coste, Hanene Chaabane, Jean-François Cooper
article
Pest Management Science, 2012, 68 (3), pp.340-347. ⟨10.1002/ps.2263⟩
DOI
DOI : 10.1002/ps.2263
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https://hal.science/hal-01137037/file/CALVEYRAC-2012-Pest%20Manag%20Sci%20%2068%20340%20347_%7B1208782A-6D56-4A59-9A0A-82C359090B83%7D.pdf BibTex
titre
International Congress on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and the sea of TE stories.
auteur
Abdelkader Aïnouche, Mireille Bétermier, Mick Chandler, Richard Cordaux, Gaël Cristofari, Jean-Marc Deragon, Pascale Lesage, Olivier Panaud, Hadi Quesneville, Chantal Vaury, Cristina Vieira, Clémentine Vitte
article
Mobile DNA, 2012, 3 (1), pp.17. ⟨10.1186/1759-8753-3-17⟩
DOI
DOI : 10.1186/1759-8753-3-17
pubmedId
Pubmed icone : 23110759
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https://inserm.hal.science/inserm-00764323/file/1759-8753-3-17.pdf BibTex
titre
Comparative genomic paleontology across plant kingdom reveals the dynamics of TE-driven genome evolution.
auteur
Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
article
Genome Biology and Evolution, 2012, 5 (5), pp.954-65
pubmedId
Pubmed icone : 23426643
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2011

titre
Transpositional landscape of the rice genome revealed by paired-end mapping of high-throughput re-sequencing data
auteur
Francois Sabot, Nathalie Picault, Moaine El-Baidouri, Christel Llauro, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Anne Roulin, Emmanuel Guiderdoni, Mélissa Delabastide, Richard Mccombie, Olivier Panaud
article
The Plant Journal, 2011, 66 (2), pp.241-246. ⟨10.1111/j.1365-313X.2011.04492.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-313X.2011.04492.x
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titre
Long-Range and Targeted Ectopic Recombination between the Two Homeologous Chromosomes 11 and 12 in Oryza Species
auteur
J. Jacquemin, C. Chaparro, M. Laudie, Arjan Berger, Frédérick F. Gavory, J. Goicoechea, A. Wing, R. Cooke
article
Molecular Biology and Evolution, 2011, 28 (11), pp.3139-3150. ⟨10.1093/molbev/msr144⟩
DOI
DOI : 10.1093/molbev/msr144
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https://hal.science/hal-02114343/file/msr144.pdf BibTex
titre
Variations in a team: Major and minor variants of Arabidopsis thaliana rDNA genes
auteur
Mohamed Abou-Ellail, Richard Cooke, Julio Sáez-Vasquez
article
Nucleus, 2011, 2 (4), pp.294-299. ⟨10.4161/nucl.2.4.16561⟩
DOI
DOI : 10.4161/nucl.2.4.16561
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titre
The genome of Theobroma cacao.
auteur
Xavier Argout, Jerome Salse, Jean-Marc Aury, Mark J Guiltinan, Gaetan Droc, Jerome Gouzy, Mathilde Allegre, Cristian Chaparro, Thierry Legavre, Siela N Maximova, Michael Abrouk, Florent Murat, Olivier Fouet, Julie Poulain, Yolande Roguet, Maguy Rodier-Goud, Jose Fernandes Barbosa-Neto, Francois Sabot, Dave Kudrna, Jetty Siva S Ammiraju, Stephan C Schuster, John E Carlson, Erika Sallet, Thomas Schiex, Anne Dievart, Melissa Kramer, Laura Gelley, Zi Shi, Aurélie Bérard, Christopher Viot, Michel Boccara, Ange Marie Risterucci, Valentin Guignon, Xavier Sabau, Michael J Axtell, Zhaorong Ma, Yufan Zhang, Spencer Brown, Mickael Bourge, Wolfgang Golser, Xiang Song, Didier Clement, Ronan Rivallan, Mathias Tahi, Joseph Moroh Akaza, Bertrand Pitollat, Karina Gramacho, Angélique d'Hont, Dominique Brunel, Diogenes Infante, Ismael Kebe, Pierre Costet, Rod Wing, W Richard Mccombie, Emmanuel Guiderdoni, Francis Quetier, Olivier Panaud, Patrick Wincker, Stephanie Bocs, Claire Lanaud
article
Nature Genetics, 2011, 43 (2), pp.101-8. ⟨10.1038/ng.736⟩
DOI
DOI : 10.1038/ng.736
pubmedId
Pubmed icone : 21186351
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titre
The Arabidopsis peptide kiss of death is an inducer of programmed cell death
auteur
Robert Blanvillain, Bennett Young, Yao-Min Cai, Valérie Hecht, Fabrice Varoquaux, Valérie Delorme, Jean-Marc Lancelin, Michel Delseny, Patrick Gallois
article
EMBO Journal, 2011, 30 (6), pp.1173-1183. ⟨10.1038/emboj.2011.14⟩
DOI
DOI : 10.1038/emboj.2011.14
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titre
Taking RISCs with Ago hookers
auteur
Jacinthe Azevedo, Richard Cooke, Thierry Lagrange
article
Current Opinion in Plant Biology, 2011, 14 (5), pp.594-600. ⟨10.1016/j.pbi.2011.07.002⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.pbi.2011.07.002
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2010

titre
RLK7, a leucine-rich repeat receptor-like kinase, is required for proper germination speed and tolerance to oxidative stress in Arabidopsis thaliana.
auteur
Delphine Pitorre, Christel Llauro, Edouard Jobet, Jocelyne Guilleminot, Jean-Paul Brizard, Michel Delseny, Eric Lasserre
article
Planta, 2010, 232 (6), pp.1339-53. ⟨10.1007/s00425-010-1260-4⟩
DOI
DOI : 10.1007/s00425-010-1260-4
pubmedId
Pubmed icone : 20811905
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titre
Nucleolin is required for DNA methylation state and the expression of rRNA gene variants in Arabidopsis thaliana.
auteur
Frédéric Pontvianne, Mohamed Abou-Ellail, Julien Douet, Pascale Comella, Isabel Matia, Chinmayi Chandrasekhara, Anne Debures, Todd Blevins, Richard Cooke, Francisco J Medina, Sylvette Tourmente, Craig S Pikaard, Julio Sáez-Vásquez
article
PLoS Genetics, 2010, 6 (11), pp.e1001225. ⟨10.1371/journal.pgen.1001225⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1001225
pubmedId
Pubmed icone : 21124873
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titre
Paleogenomic analysis of the short arm of chromosome 3 reveals the history of the African and Asian progenitors of cultivated rices.
auteur
Anne Roulin, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Scott Jackson, Olivier Panaud
article
Genome Biology and Evolution, 2010, 2, pp.132-9. ⟨10.1093/gbe/evq005⟩
DOI
DOI : 10.1093/gbe/evq005
pubmedId
Pubmed icone : 20333229
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titre
Identification of protein factors and U3 snoRNAs from a Brassica oleracea RNP complex involved in the processing of pre-rRNA.
auteur
Hala Samaha, Valérie Delorme, Frederic Pontvianne, Richard Cooke, Francois Delalande, Alain van Dorsselaer, Manuel Echeverria, Julio Sáez-Vásquez
article
The Plant Journal, 2010, 61 (3), pp.383-98. ⟨10.1111/j.1365-313X.2009.04061.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-313X.2009.04061.x
pubmedId
Pubmed icone : 19891704
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titre
Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.
auteur
Michael Abrouk, Florent Murat, Caroline Pont, Joachim Messing, Scott Jackson, Thomas Faraut, Eric Tannier, Christophe Plomion, Richard Cooke, Catherine Feuillet, Jérôme Salse
article
Trends in Plant Science, 2010, 15 (9), pp.479-87. ⟨10.1016/j.tplants.2010.06.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.tplants.2010.06.001
pubmedId
Pubmed icone : 20638891
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titre
Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis.
auteur
Wojciech M Karlowski, Andrzej Zielezinski, Julie Carrère, Dominique Pontier, Thierry Lagrange, Richard Cooke
article
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (13), pp.4231-45. ⟨10.1093/nar/gkq162⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkq162
pubmedId
Pubmed icone : 20338883
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titre
Marine prasinovirus genomes show low evolutionary divergence and acquisition of protein metabolism genes by horizontal gene transfer.
auteur
Hervé Moreau, Gwenael Piganeau, Yves Desdevises, Richard Cooke, Evelyne Derelle, Nigel Grimsley
article
Journal of Virology, 2010, 84 (24), pp.12555-63. ⟨10.1128/JVI.01123-10⟩
DOI
DOI : 10.1128/JVI.01123-10
pubmedId
Pubmed icone : 20861243
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titre
A genetic model for the female sterility barrier between Asian and African cultivated rice species.
auteur
Andrea Garavito, Romain Guyot, Jaime Lozano, Frédérick F. Gavory, Sylvie Samain, Olivier Panaud, Joe Tohme, Alain Ghesquière, Mathias Lorieux
article
Genetics, 2010, 185 (4), pp.1425-40. ⟨10.1534/genetics.110.116772⟩
DOI
DOI : 10.1534/genetics.110.116772
pubmedId
Pubmed icone : 20457876
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2009

titre
Whole genome surveys of rice, maize and sorghum reveal multiple horizontal transfers of the LTR-retrotransposon Route66 in Poaceae.
auteur
Anne Roulin, Benoit Piegu, Philippe M Fortune, François Sabot, Angélique d'Hont, Domenica Manicacci, Olivier Panaud
article
BMC Evolutionary Biology, 2009, 9 (58), pp.58. ⟨10.1186/1471-2148-9-58⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2148-9-58
pubmedId
Pubmed icone : 19291296
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https://hal.science/hal-00693471/file/2009_Roulin_BMC-Evolutionary-Biology_1 BibTex
titre
Reply: A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny
auteur
Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
article
Nature Reviews Genetics, 2009, 10 (4), pp.276-276. ⟨10.1038/nrg2165-c4⟩
DOI
DOI : 10.1038/nrg2165-c4
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titre
A recent duplication revisited: phylogenetic analysis reveals an ancestral duplication highly-conserved throughout the Oryza genus and beyond.
auteur
Julie Jacquemin, Michèle Laudié, Richard Cooke
article
BMC Plant Biology, 2009, 9, pp.146. ⟨10.1186/1471-2229-9-146⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2229-9-146
pubmedId
Pubmed icone : 20003305
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https://hal.science/hal-00693406/file/1471-2229-9-146.pdf BibTex
titre
Green evolution and dynamic adaptations revealed by genomes of the marine picoeukaryotes Micromonas.
auteur
Alexandra Z Worden, Jae-Hyeok Lee, Thomas Mock, Pierre Rouzé, Melinda P Simmons, Andrea L Aerts, Andrew E Allen, Marie L Cuvelier, Evelyne Derelle, Meredith V Everett, Elodie Foulon, Jane Grimwood, Heidrun Gundlach, Bernard Henrissat, Carolyn Napoli, Sarah M Mcdonald, Micaela S Parker, Stephane Rombauts, Aasf Salamov, Peter von Dassow, Jonathan H Badger, Pedro M Coutinho, Elif Demir, Inna Dubchak, Chelle Gentemann, Wenche Eikrem, Jill E Gready, Uwe John, William Lanier, Erika A Lindquist, Susan Lucas, Klaus F X Mayer, Herve Moreau, Fabrice Not, Robert Otillar, Olivier Panaud, Jasmyn Pangilinan, Ian Paulsen, Benoit Piegu, Aaron Poliakov, Steven Robbens, Jeremy Schmutz, Eve Toulza, Tania Wyss, Alexander Zelensky, Kemin Zhou, E Virginia Armbrust, Debashish Bhattacharya, Ursula W Goodenough, Yves van de Peer, Igor V Grigoriev
article
Science, 2009, 324 (5924), pp.268-72. ⟨10.1126/science.1167222⟩
DOI
DOI : 10.1126/science.1167222
pubmedId
Pubmed icone : 19359590
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titre
Identification of an active LTR retrotransposon in rice.
auteur
Nathalie Picault, Cristian Chaparro, Cristel Llauro, Benoit Piegu, Willfried Stenger, Damien Formey, Julie Descombin, Francois Sabot, Eric Lasserre, Donaldo Meynard, Emmanuel Guiderdoni, Olivier Panaud
article
The Plant Journal, 2009, 58 (5), pp.754-65. ⟨10.1111/j.1365-313X.2009.03813.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-313X.2009.03813.x
pubmedId
Pubmed icone : 19187041
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Diversity of the Ty-1 copia retrotransposon Tos17 in rice (Oryza sativa L.) and the AA genome of the Oryza genus.
auteur
Julie Petit, Emmanuelle Bourgeois, Wilfried Stenger, Martine Bès, Gaétan Droc, Donaldo Meynard, Brigitte Courtois, Alain Ghesquière, François Sabot, Olivier Panaud, Emmanuel Guiderdoni
article
Molecular Genetics and Genomics, 2009, 282 (6), pp.633-52. ⟨10.1007/s00438-009-0493-z⟩
DOI
DOI : 10.1007/s00438-009-0493-z
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Pubmed icone : 19856189
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The molecular bases of cereal domestication and the history of rice.
auteur
Olivier Panaud
article
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (2-3), pp.267-72. ⟨10.1016/j.crvi.2008.09.003⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.crvi.2008.09.003
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Pubmed icone : 19281957
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RNA-directed DNA methylation requires an AGO4-interacting member of the SPT5 elongation factor family.
auteur
Natacha Bies-Etheve, Dominique Pontier, Sylvie Lahmy, Claire Picart, Danielle Vega, Richard Cooke, Thierry Lagrange
article
EMBO Reports, 2009, 10 (6), pp.649-54. ⟨10.1038/embor.2009.31⟩
DOI
DOI : 10.1038/embor.2009.31
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Pubmed icone : 19343051
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2008

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The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update.
auteur
Tsuyoshi Tanaka, Baltazar A Antonio, Shoshi Kikuchi, Takashi Matsumoto, Yoshiaki Nagamura, Hisataka Numa, Hiroaki Sakai, Jianzhong Wu, Takeshi Itoh, Takuji Sasaki, Ryo Aono, Yasuyuki Fujii, Takuya Habara, Erimi Harada, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Hiroaki Kawashima, Hiromi Kubooka, Akihiro Matsuya, Hajime Nakaoka, Naomi Saichi, Ryoko Sanbonmatsu, Yoshiharu Sato, Yuji Shinso, Mami Suzuki, Jun-Ichi Takeda, Motohiko Tanino, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Naoyuki Yamamoto, Chisato Yamasaki, Tadashi Imanishi, Toshihisa Okido, Masahito Tada, Kazuho Ikeo, Yoshio Tateno, Takashi Gojobori, Yao-Cheng Lin, Fu-Jin Wei, Yue-Ie Hsing, Qiang Zhao, Bin Han, Melissa R Kramer, Richard W Mccombie, David Lonsdale, Claire C O'Donovan, Eleanor J Whitfield, Rolf Apweiler, Kanako O Koyanagi, Jitendra P Khurana, Saurabh Raghuvanshi, Nagendra K Singh, Akhilesh K Tyagi, Georg Haberer, Masaki Fujisawa, Satomi Hosokawa, Yukiyo Ito, Hiroshi Ikawa, Michie Shibata, Mayu Yamamoto, Richard M Bruskiewich, Douglas R Hoen, Thomas E Bureau, Nobukazu Namiki, Hajime Ohyanagi, Yasumichi Sakai, Satoshi Nobushima, Katsumi Sakata, Roberto A Barrero, Yutaka Sato, Alexandre Souvorov, Brian Smith-White, Tatiana Tatusova, Suyoung An, Gynheung An, Satoshi Oota, Galina Fuks, Joachim Messing, Karen R Christie, Damien Lieberherr, Hyeran Kim, Andrea Zuccolo, Rod A Wing, Kan Nobuta, Pamela J Green, Cheng Lu, Blake C Meyers, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Olivier Panaud, Manuel Echeverria
article
Nucleic Acids Research, 2008, 36 (Database issue), pp.D1028-33. ⟨10.1093/nar/gkm978⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkm978
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Pubmed icone : 18089549
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Inventory, evolution and expression profiling diversity of the LEA (late embryogenesis abundant) protein gene family in Arabidopsis thaliana
auteur
Natacha Bies-Etheve, Pascale Gaubier-Comella, Anne Debures, Eric Lasserre, Edouard Jobet, Monique Raynal, Richard Cooke, Michel Delseny
article
Plant Molecular Biology, 2008, 67 (1-2), pp.107-124. ⟨10.1007/s11103-008-9304-x⟩
DOI
DOI : 10.1007/s11103-008-9304-x
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Characterization of the major fragance gene from an aromatic japonica rice and analysis of its diversity in Asian cultivated rice
auteur
F. F. Bourgis, R. R. Guyot, H. H. Gherbi, E. E. Tailliez, I. I. Amabile, Jerome J. Salse, M. M. Lorieux, M. M. Delseny, A. A. Ghesquière
article
TAG Theoretical and Applied Genetics, 2008, 117 (3), pp.353-368. ⟨10.1007/s00122-008-0780-9⟩
DOI
DOI : 10.1007/s00122-008-0780-9
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Identification and characterization of shared duplications between rice and wheat provide new insight into grass genome evolution
auteur
Jerome J. Salse, Stéphanie S. Bolot, Michael M. Throude, Vincent V. Jouffe, Benoit Piegu, Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi, Thomas T. Calcagno, Richard R. Cooke, Michel M. Delseny, Catherine C. Feuillet
article
The Plant cell, 2008, 20 (1), pp.11-24. ⟨10.1105/tpc.107.056309⟩
DOI
DOI : 10.1105/tpc.107.056309
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Identification of precursor transcripts for 6 novel miRNAs expands the diversity on the genomic organisation and expression of miRNA genes in rice.
auteur
Séverine Lacombe, Hiroshi Nagasaki, Carole Santi, David Duval, Benoit Piegu, Martine Bangratz, Jean-Christophe Breitler, Emmanuel Guiderdoni, Christophe Brugidou, Judith Hirsch, Xiaofeng Cao, Claire Brice, Olivier Panaud, Wojciech M Karlowski, Yutaka Sato, Manuel Echeverria
article
BMC Plant Biology, 2008, 8, pp.123. ⟨10.1186/1471-2229-8-123⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2229-8-123
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Pubmed icone : 19055717
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https://hal.science/hal-00366386/file/37409_20100512083817293_1.pdf BibTex
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AtERF38 (At2g35700), an AP2/ERF family transcription factor gene from Arabidopsis thaliana, is expressed in specific cell types of roots, stems and seeds that undergo suberization.
auteur
Eric Lasserre, Edouard Jobet, Christel Llauro, Michel Delseny
article
Plant Physiology and Biochemistry, 2008, 46 (12), pp.1051-61. ⟨10.1016/j.plaphy.2008.07.003⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.plaphy.2008.07.003
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Pubmed icone : 18723362
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Life-Cycle and Genome of OtV5, a Large DNA Virus of the Pelagic Marine Unicellular Green Alga Ostreococcus tauri
auteur
Evelyne Derelle, Conchita Ferraz, Marie-Line Escande, Sophie Eychenié, Richard Cooke, Gwenael Piganeau, Yves Desdevises, Laure Bellec, Hervé Moreau, Nigel Grimsley
article
PLoS ONE, 2008, 3 (5), pp.e2250. ⟨10.1371/journal.pone.0002250⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0002250
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https://hal.science/hal-02114367/file/pone.0002250.pdf BibTex
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Evidence of multiple horizontal transfers of the long terminal repeat retrotransposon RIRE1 within the genus Oryza
auteur
Anne Roulin, Benoit Piegu, Rod Wing, Olivier Panaud
article
The Plant Journal, 2008, 53 (6), pp.950-959. ⟨10.1111/j.1365-313X.2007.03388.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-313X.2007.03388.x
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A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase
auteur
Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
article
Nature Reviews Genetics, 2008, 9 (5), pp.414. ⟨10.1038/nrg2165-c2⟩
DOI
DOI : 10.1038/nrg2165-c2
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2007

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Spip and Squiq, two novel rice non-autonomous LTR retro-element families related to RIRE3 and RIRE8
auteur
Clémentine Vitte, Cristian Chaparro, Hadi H. Quesneville, Olivier Panaud
article
Plant Science, 2007, 172 (1), pp.8-19. ⟨10.1016/j.plantsci.2006.07.008⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.plantsci.2006.07.008
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Evolutionary dynamics of an ancient retrotransposon family provides insights into evolution of genome size in the genus Oryza
auteur
Jetty Ammiraju, Andrea Zuccolo, Yeisoo Yu, Xiang Song, Benoit Piegu, Frederic Chevalier, Jason Walling, Jianxin Ma, Jayson Talag, Darshan Brar, Phillip Sanmiguel, Ning Jiang, Scott Jackson, Olivier Panaud, Rod Wing
article
The Plant Journal, 2007, 52 (2), pp.342-351. ⟨10.1111/j.1365-313X.2007.03242.x⟩
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-313X.2007.03242.x
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RetrOryza: a database of the rice LTR-retrotransposons.
auteur
Cristian Chaparro, Romain Guyot, Andrea Zuccolo, Benoit Piegu, Olivier Panaud
article
Nucleic Acids Research, 2007, 35 (Database issue), pp.D66-70. ⟨10.1093/nar/gkl780⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkl780
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Pubmed icone : 17071960
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A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny
auteur
Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
article
Nature Reviews Genetics, 2007, 8 (12), pp.973-982. ⟨10.1038/nrg2165⟩
DOI
DOI : 10.1038/nrg2165
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Reiterated WG/GW motifs form functionally and evolutionarily conserved ARGONAUTE-binding platforms in RNAi-related components.
auteur
Mahmoud El-Shami, Dominique Pontier, Sylvie Lahmy, Laurence Braun, Claire Picart, Danielle Vega, Mohamed-Ali Hakimi, Steven E Jacobsen, Richard Cooke, Thierry Lagrange
article
Genes and Development, 2007, 21 (20), pp.2539-44. ⟨10.1101/gad.451207⟩
DOI
DOI : 10.1101/gad.451207
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Pubmed icone : 17938239
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LTR retrotransposons in rice (Oryza sativa, L.): recent burst amplifications followed by rapid DNA loss
auteur
Clémentine Vitte, Olivier Panaud, Hadi H. Quesneville
article
BMC Genomics, 2007, 8 (1), pp.218. ⟨10.1186/1471-2164-8-218⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2164-8-218
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Pubmed icone : 17617907
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https://hal.science/hal-02114382/file/1471-2164-8-218_1.pdf BibTex