Publications HAL de la collection REPRO

2025

titre
Regulation of co-translational mRNA decay by PAP and DXO1 in Arabidopsis
auteur
Marie-Christine Carpentier, Anne-Elodie Receveur, Adrien Cadoudal, Rémy Merret
article
BMC Plant Biology, 2025, 25 (1), pp.223. ⟨10.1186/s12870-025-06195-5⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12870-025-06195-5
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https://hal.science/hal-04953592/file/s12870-025-06195-5.pdf BibTex

2024

titre
Multi-transcriptomics identifies targets of the endoribonuclease DNE1 and highlights its coordination with decapping
auteur
Aude Pouclet, David Pflieger, Rémy Merret, Marie-Christine Carpentier, Marlene Schiaffini, Hélène Zuber, Dominique Gagliardi, Damien Garcia
article
The Plant cell, 2024, 36 (9), pp.3674-3688. ⟨10.1093/plcell/koae175⟩
DOI
DOI : 10.1093/plcell/koae175
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https://hal.science/hal-04614989/file/Pouclet_2024_PlantCell.pdf BibTex
titre
ECT2 peptide sequences outside the YTH domain regulate its m 6 A-RNA binding
auteur
Daphné Seigneurin-Berny, Claire Karczewski, Elise Delaforge, Karen Yaacoub, Celso Gaspar Litholdo, Jean-Jacques Favory, Malene Ringkjøbing Jensen, Cécile Bousquet-Antonelli, André Verdel
article
RNA Biology, 2024, 21 (1), pp.1-13. ⟨10.1080/15476286.2024.2399914⟩
DOI
DOI : 10.1080/15476286.2024.2399914
pubmedId
Pubmed icone : 39267376
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https://hal.science/hal-04727927/file/ECT2%20peptide%20sequences%20outside%20the%20YTH%20domain%20regulate%20its%20m6A-RNA%20binding.pdf BibTex
titre
Genome-wide analysis of mRNA decay in Arabidopsis shoot and root reveals the importance of co-translational mRNA decay in the general mRNA turnover
auteur
Marie-Christine Carpentier, Anne-Elodie Receveur, Alexandre Boubegtitene, Adrien Cadoudal, Cécile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
article
Nucleic Acids Research, 2024, ⟨10.1093/nar/gkae363⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkae363
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https://univ-perp.hal.science/hal-04599495/file/pEPaIu-gkae363.pdf BibTex
titre
Plant response to intermittent heat stress involves modulation of mRNA translation efficiency
auteur
Arnaud Dannfald, Marie-Christine Carpentier, Rémy Merret, Jean-Jacques Favory, Jean-Marc Deragon
article
Plant Physiology, 2024, 197 (2), pp.kiae648. ⟨10.1093/plphys/kiae648⟩
DOI
DOI : 10.1093/plphys/kiae648
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https://hal.science/hal-04874246/file/Version%20finale%20publie%CC%81e.pdf BibTex

2023

titre
Cell-type-specific control of secondary cell wall formation by Musashi-type translational regulators in Arabidopsis
auteur
Alicia Kairouani, Dominique Pontier, Claire Picart, Fabien Mounet, Yves Martinez, Lucie Le-Bot, Mathieu Fanuel, Philippe Hammann, Lucid Belmudes, Remy Merret, Jacinthe Azevedo, Marie-Christine Carpentier, Dominique Gagliardi, Yohann Couté, Richard Sibout, Natacha Bies-Etheve, Thierry Lagrange
article
eLife, 2023, 12, pp.RP88207. ⟨10.7554/eLife.88207⟩
DOI
DOI : 10.7554/eLife.88207
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https://hal.science/hal-04230426/file/islandora_167735.pdf BibTex
titre
Complementary peptides represent a credible alternative to agrochemicals by activating translation of targeted proteins
auteur
Mélanie Ormancey, Bruno Guillotin, Rémy Merret, Laurent Camborde, Carine Duboé, Bertrand Fabre, Cécile Pouzet, Francis Impens, Delphi van Haver, Marie-Christine Carpentier, Hélène San Clemente, Marielle Aguilar, Dominique Lauressergues, Lars B Scharff, Carole Pichereaux, Odile Burlet-Schiltz, Cécile Bousquet-Antonelli, Kris Gevaert, Patrice Thuleau, Serge Plaza, Jean-Philippe Combier
article
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.254. ⟨10.1038/s41467-023-35951-0⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-023-35951-0
pubmedId
Pubmed icone : 36650156
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https://hal.science/hal-03949768/file/Ormancey_2023.pdf BibTex
titre
A high frequency of chromosomal duplications in unicellular algae is compensated by translational regulation
auteur
Marc Krasovec, Rémy Merret, Frédéric Sanchez, Sophie Sanchez-Brosseau, Gwenaël Piganeau
article
Genome Biology and Evolution, 2023, 15 (6), pp.evad086. ⟨10.1093/gbe/evad086⟩
DOI
DOI : 10.1093/gbe/evad086
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https://univ-perp.hal.science/hal-04104946/file/evad086.pdf BibTex

2022

titre
Monitoring mRNA Half-Life in Arabidopsis Using Droplet Digital PCR
auteur
Alexandre Boubegtitene, Rémy Merret
article
Plants, 2022, 11 (19), pp.2616. ⟨10.3390/plants11192616⟩
DOI
DOI : 10.3390/plants11192616
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https://univ-perp.hal.science/hal-03847051/file/plants-11-02616.pdf BibTex
titre
The mRNA-binding proteome of a critical phase transition during Arabidopsis seed germination
auteur
Nikita Sajeev, Anirban Baral, Antoine America, Leo Willems, Rémy Merret, Leónie Bentsink
article
New Phytologist, 2022, 233 (1), pp.251-264. ⟨10.1111/nph.17800⟩
DOI
DOI : 10.1111/nph.17800
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https://univ-perp.hal.science/hal-03377537/file/NPH-MS-2021-37074.R1_Proof_hi.pdf BibTex
titre
Chromatin-associated YTHDC1 coordinates heat-induced reprogramming of gene expression
auteur
Kalina Timcheva, Solenne Dufour, Leila Touat-Todeschini, Callum Burnard, Marie-Christine Carpentier, Florent Chuffart, Rémy Merret, Marion Helsmoortel, Sabrina Ferré, Aude Grézy, Yohann Couté, Sophie Rousseaux, Saadi Khochbin, Claire Vourc’h, Cécile Bousquet-Antonelli, Rosemary Kiernan, Daphné Seigneurin-Berny, André Verdel
article
Cell Reports, 2022, 41 (11), pp.111784. ⟨10.1016/j.celrep.2022.111784⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.celrep.2022.111784
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https://hal.science/hal-03902782/file/PIIS2211124722016722.pdf BibTex
titre
The methyl phosphate capping enzyme Bmc1/Bin3 is a stable component of the fission yeast telomerase holoenzyme
auteur
Jennifer Porat, Moaine El Baidouri, Jorg Grigull, Jean-Marc Deragon, Mark Bayfield
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.1277. ⟨10.1038/s41467-022-28985-3⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-022-28985-3
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https://univ-perp.hal.science/hal-03631716/file/Porat%20et%20al%20final.pdf BibTex

2021

titre
The Ecology of the Genome and the Dynamics of the Biological Dark Matter
auteur
Alheli Flores-Ferrer, Anne Nguyen, Sylvain Glémin, Jean-Marc Deragon, Olivier Panaud, Sébastien Gourbière
article
Journal of Theoretical Biology, 2021, 518, pp.110641. ⟨10.1016/j.jtbi.2021.110641⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jtbi.2021.110641
pubmedId
Pubmed icone : 33640450
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https://hal.science/hal-03157289/file/Flores-Ferrer%20et%20al.%20-%202021%20-%20The%20Ecology%20of%20the%20Genome%20and%20the%20Dynamics%20of%20the%20.pdf BibTex
titre
Live single-cell transcriptional dynamics via RNA labelling during the phosphate response in plants
auteur
Sahar Hani, Laura Cuyas, Pascale David, David Secco, James Whelan, Marie-Christine Thibaud, Rémy Merret, Florian Mueller, Nathalie Pochon, Hélène Javot, Orestis Faklaris, Eric Maréchal, Edouard Bertrand, Laurent Nussaume
article
Nature Plants, 2021, 7 (8), pp.1050-1064. ⟨10.1038/s41477-021-00981-3⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41477-021-00981-3
pubmedId
Pubmed icone : 34373603
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https://univ-perp.hal.science/hal-03320179/file/10614_1_merged_1617779613_compressed.pdf BibTex
titre
Characterization of ALBA Family Expression and Localization in Arabidopsis thaliana Generative Organs
auteur
Alena Náprstková, Kateřina Malínská, Lenka Záveská Drábková, Elodie Billey, Dagmar Náprstková, Eva Sýkorová, Cécile Bousquet-Antonelli, David Honys
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (4), pp.1652. ⟨10.3390/ijms22041652⟩
DOI
DOI : 10.3390/ijms22041652
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BibTex
titre
Fast and Efficient 5′P Degradome Library Preparation for Analysis of Co-Translational Decay in Arabidopsis
auteur
Marie-Christine Carpentier, Cécile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
article
Plants, 2021, 10 (3), pp.466. ⟨10.3390/plants10030466⟩
DOI
DOI : 10.3390/plants10030466
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https://univ-perp.hal.science/hal-03209677/file/plants-10-00466.pdf BibTex
titre
LARP6C orchestrates post-transcriptional reprogramming of gene expression during hydration to promote pollen tube guidance
auteur
Elodie Billey, Said Hafidh, Isabel Cruz-Gallardo, Celso G Litholdo, Viviane Jean, Marie-Christine Carpentier, Claire Picart, Vinod Kumar, Katarina Kulichova, Eric Maréchal, David Honys, Maria R Conte, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
article
The Plant cell, 2021, 33 (8), pp.2637-2661. ⟨10.1093/plcell/koab131⟩
DOI
DOI : 10.1093/plcell/koab131
pubmedId
Pubmed icone : 34124761
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https://univ-perp.hal.science/hal-03275017/file/Billeyetal_acceptedMS-2021.pdf BibTex
titre
Variations in transfer and ribosomal RNA epitranscriptomic status can adapt eukaryote translation to changing physiological and environmental conditions
auteur
Arnaud Dannfald, Jean-Jacques Favory, Jean-Marc Deragon
article
RNA Biology, 2021, 18, pp.4-18. ⟨10.1080/15476286.2021.1931756⟩
DOI
DOI : 10.1080/15476286.2021.1931756
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https://univ-perp.hal.science/hal-03275204/file/KRNB_A_1931756_O_Updated-1.pdf BibTex
titre
LARP6 proteins in plants
auteur
Cécile Bousquet-Antonelli
article
Biochemical Society Transactions, 2021, 49 (5), pp.1975-1983. ⟨10.1042/BST20200715⟩
DOI
DOI : 10.1042/BST20200715
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https://univ-perp.hal.science/hal-03408385/file/BST-2020-0715CR1_Merged_PDF_revised.pdf BibTex

2020

titre
RNA Helicases From the DEA(D/H)-box Family Contribute to Plant NMD Efficiency
auteur
Aleksandra Sulkowska, Andor Auber, Pawel Sikorski, Mariann Auth, Ewa Sitkiewicz, Viviane Jean, Rémy Merret, Cécile Bousquet-Antonelli, Joanna Kufel
article
Plant and Cell Physiology, 2020, 61 (1), pp.144-157. ⟨10.1093/pcp/pcz186⟩
DOI
DOI : 10.1093/pcp/pcz186
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https://univ-perp.hal.science/hal-02301050/file/1-%20PCP-2019.pdf BibTex
titre
Distribution, organization an evolutionary history of La and LARPs in eukaryotes
auteur
Jean-Marc Deragon
article
RNA Biology, 2020, pp.1-9. ⟨10.1080/15476286.2020.1739930⟩
DOI
DOI : 10.1080/15476286.2020.1739930
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https://univ-perp.hal.science/hal-02521074/file/Distribution%20organization%20an%20evolutionary%20history%20of%20La%20and%20LARPs%20in%20eukaryotes.pdf BibTex
titre
Arabidopsis tRNA-derived fragments as potential modulators of translation
auteur
Stéphanie Lalande, Rémy Merret, Thalia Salinas-Giegé, Laurence Drouard
article
RNA Biology, 2020, ⟨10.1080/15476286.2020.1722514⟩
DOI
DOI : 10.1080/15476286.2020.1722514
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https://univ-perp.hal.science/hal-02459561/file/PostPrintRNABiology.pdf BibTex
titre
Monitoring of XRN4 targets reveals the importance of co-translational decay during Arabidopsis development
auteur
Marie-Christine Carpentier, Jean-Marc Deragon, Viviane Jean, Seng Hour Vichet Be, Cecile Bousquet-Antonelli, Rémy Merret
article
Plant Physiology, 2020, pp.00942.2020. ⟨10.1104/pp.20.00942⟩
DOI
DOI : 10.1104/pp.20.00942
pubmedId
Pubmed icone : 32913043
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https://hal.science/hal-02945049/file/Carpentier_et_al_2020_compressed.pdf BibTex
titre
The plant mobile domain proteins MAIN and MAIL1 interact with the phosphatase PP7L to regulate gene expression and silence transposable elements in Arabidopsis thaliana
auteur
Melody Nicolau, Nathalie Picault, Julie Descombin, Yasaman Jami-Alahmadi, Suhua Feng, Etienne Bucher, Steven Jacobsen, Jean-Marc Deragon, James Wohlschlegel, Guillaume Moissiard
article
PLoS Genetics, 2020, 16 (4), pp.e1008324. ⟨10.1371/journal.pgen.1008324⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1008324
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https://univ-perp.hal.science/hal-02561768/file/journal.pgen.1008324.pdf BibTex
titre
Immunity gate-keepers
auteur
Rémy Merret, Cécile Bousquet-Antonelli
article
Nature Plants, 2020, ⟨10.1038/s41477-020-0679-2⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41477-020-0679-2
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https://hal.science/hal-02732857/file/9174_0_merged_1588104197.pdf BibTex

2019

titre
The analogous and opposing roles of double-stranded RNA-binding proteins in bacterial resistance
auteur
Gah-Hyun Lim, Shifeng Zhu, Kai Zhang, Timothy Hoey, Jean-Marc Deragon, Aardra Kachroo, Pradeep Kachroo
article
Journal of Experimental Botany, 2019, 70 (5), pp.1627-1638. ⟨10.1093/jxb/erz019⟩
DOI
DOI : 10.1093/jxb/erz019
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https://univ-perp.hal.science/hal-02119200/file/JEXBOT-2018-234088v2-Kachroo.pdf BibTex
titre
Readers of the m6A epitranscriptomic code
auteur
Soizik Berlivet, Jérémy Scutenaire, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
article
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2019, 1862 (3), pp.329-342. ⟨10.1016/j.bbagrm.2018.12.008⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.bbagrm.2018.12.008
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https://univ-perp.hal.science/hal-02119233/file/2-%20BBAGRM_2018_44_Original.pdf BibTex

2018

titre
Positioning Europe for the EPITRANSCRIPTOMICS challenge
auteur
Michael Jantsch, Alessandro Quattrone, Mary O'Connell, Mark Helm, Michael Frye, Manuel Macias-Gonzales, Marie Ohman, Stefan Ameres, Luc Willems, François Fuks, Anastasis Oulas, Stepanka Vanacova, Henrik Nielsen, Cécile Bousquet-Antonelli, Yuri Motorin, Jean-Yves Roignant, Nikolaos Balatsos, András Dinnyés, Pavel Baranov, Vincent Kelly, Ayelet Lamm, Gideon Rechavi, Mattia Pelizzola, Janis Liepins, Irina Holodnuka Kholodnyuk, Vanessa Zammit, Duncan Ayers, Finn Drablos, John Arne Dahl, Janusz Bujnicki, Carmen Jerónimo, Raquel Almeida, Monica Neagu, Marie Costache, Jasna Bankovic, Bojana Banovic, Jan Kyselovic, Luis Miguel Valor, Stefan Selbert, Pinar Pir, Turan Demircan, Victoria Cowling, Matthias Schäfer, Walter Rossmanith, Denis Lafontaine, Alexandre David, Marie Carre, Frank Lyko, Raffael Schaffrath, Schraga Schwartz, Andre Verdel, Arne Klungland, Elzbieta Purta, Gordana Timotijevic, Victoria Cardona, Alberto Davalos, Ester Ballana, Donal O´carroll, Jernej Ule, Rupert Fray
article
RNA Biology, 2018, 15 (6), pp.829-831. ⟨10.1080/15476286.2018.1460996⟩
DOI
DOI : 10.1080/15476286.2018.1460996
pubmedId
Pubmed icone : 29671387
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BibTex
titre
The YTH Domain Protein ECT2 Is an m 6 A Reader Required for Normal Trichome Branching in Arabidopsis
auteur
Jérémy Scutenaire, Jean-Marc Deragon, Viviane Jean, Moussa Benhamed, Cécile Raynaud, Jean-Jacques Favory, Rémy Merret, Cécile Bousquet-Antonelli
article
The Plant cell, 2018, 30 (5), pp.986-1005. ⟨10.1105/tpc.17.00854⟩
DOI
DOI : 10.1105/tpc.17.00854
pubmedId
Pubmed icone : 29618631
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https://hal.science/hal-02100408/file/2018_Scutenaire_Plant%20Cell_1.pdf BibTex
titre
COP1, a negative regulator of photomorphogenesis, positively regulates plant disease resistance via double-stranded RNA binding proteins
auteur
Gah-Hyun Lim, Timothy Hoey, Shifeng Zhu, Marion Clavel, Keshun Yu, Duroy Navarre, Aardra Kachroo, Jean-Marc Deragon, Pradeep Kachroo, Hui-Shan Guo
article
PLoS Pathogens, 2018, 14 (3), pp.e1006894. ⟨10.1371/journal.ppat.1006894⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.ppat.1006894
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https://hal.science/hal-02100410/file/file%2818%29.pdf BibTex

2017

titre
Arabidopsis proteins with a transposon-related domain act in gene silencing
auteur
Yoko Ikeda, Thierry Pélissier, Pierre Bourguet, Claude Becker, Marie-Noelle Pouch-Pelissier, Romain Pogorelcnik, Magdalena Weingartner, Detlef Weigel, Jean-Marc Deragon, Olivier Mathieu
article
Nature Communications, 2017, 8, ⟨10.1038/ncomms15122⟩
DOI
DOI : 10.1038/ncomms15122
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https://uca.hal.science/hal-01917158/file/main.pdf BibTex
titre
Sulfur availability regulates plant growth via glucose-TOR signaling
auteur
Yihan Dong, Marleen Silbermann, Anna Speiser, Ilaria Forieri, Eric Linster, Gernot Poschet, Arman Allboje Samami, Mutsumi Wanatabe, Carsten Sticht, Aurelio Teleman, Jean-Marc Deragon, Kazuki Saito, Rüdiger Hell, Markus Wirtz
article
Nature Communications, 2017, 8 (1), pp.1174. ⟨10.1038/s41467-017-01224-w⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-017-01224-w
pubmedId
Pubmed icone : 29079776
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BibTex
titre
Heat Shock Protein HSP101 Affects the Release of Ribosomal Protein mRNAs for Recovery after Heat Shock.
auteur
Rémy Merret, Marie-Christine Carpentier, Jean-Jacques Favory, Claire Picart, Julie Descombin, Cécile Bousquet-Antonelli, Pascal Tillard, Laurence Lejay-Lefebvre, Jean-Marc Deragon, Yee-Yung Charng
article
Plant Physiology, 2017, 174 (2), pp.1216-1225. ⟨10.1104/pp.17.00269⟩
DOI
DOI : 10.1104/pp.17.00269
pubmedId
Pubmed icone : 28381501
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https://hal.science/hal-01594829/file/plphys_v174_2_1216.pdf BibTex

2016

titre
Evolutionary history of double-stranded RNA binding proteins in plants: identification of new cofactors involved in easiRNA biogenesis
auteur
M. Clavel, Thierry Pélissier, T. Montavon, M.A. Tschopp, M.N. Pouch-Pélissier, J. Descombin, V. Jean, P. Dunoyer, C. Bousquet-Antonelli, J.M. Deragon
article
Plant Molecular Biology, 2016, 91 (1-2), pp.131-147. ⟨10.1007/s11103-016-0448-9⟩
DOI
DOI : 10.1007/s11103-016-0448-9
pubmedId
Pubmed icone : 26858002
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https://hal.science/hal-01306579/file/Clavel%20et%20al%20revised%20version.pdf BibTex

2015

titre
Parallel action of AtDRB2 and RdDM in the control of transposable element expression
auteur
Marion Clavel, Thierry Pelissier, Julie Descombin, Viviane Jean, Claire Picart, Cyril Charbonel, Julio Sáez-Vasquez, Cécile Bousquet-Antonelli, Jean-Marc Deragon
article
BMC Plant Biology, 2015, 15 (1), pp.70. ⟨10.1186/s12870-015-0455-z⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12870-015-0455-z
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https://univ-perp.hal.science/hal-02119319/file/12870_2015_Article_455.pdf BibTex
titre
The La-related protein 1-specific domain repurposes HEAT-like repeats to directly bind a 5'TOP sequence.
auteur
Roni L. Lahr, Seshat M. Mack, Annie Heroux, Sarah P. Blagden, Cécile Bousquet-Antonelli, Jean Marc Deragon, Andrea J. Berman
article
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (16), pp.8077-8088. ⟨10.1093/nar/gkv748⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkv748
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https://hal.science/hal-01215256/file/main.pdf BibTex
titre
The role of LARP1 in translation and beyond
auteur
Jean‐Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
article
Wiley Interdisciplinary Reviews-RNA, 2015, Topics in Current Genetics, 6 (4), pp.399-417. ⟨10.1002/wrna.1282⟩
DOI
DOI : 10.1002/wrna.1282
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https://hal.science/hal-04823904/file/WIREs%20RNA%20-%202015%20-%20Deragon%20-%20The%20role%20of%20LARP1%20in%20translation%20and%20beyond.pdf BibTex
titre
Heat-induced ribosome pausing triggers mRNA co-translational decay in Arabidopsis thaliana.
auteur
Rémy Merret, Vinay K Nagarajan, Marie-Christine Carpentier, Sunhee Park, Jean-Jacques Favory, Julie Descombin, Claire Picart, Yee-Yung Charng, Pamela J Green, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
article
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (8), pp.4121-32
pubmedId
Pubmed icone : 25845591
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BibTex

2014

titre
A Duplicated NUCLEOLIN Gene with Antagonistic Activity Is Required for Chromatin Organization of Silent 45S rDNA in Arabidopsis
auteur
Nathalie Durut, Mohamed Abou-Ellail, Frederic Pontvianne, Sadhan Das, Hisae Kojima, Seiko Ukai, Anne de Bures, Pascale Comella, Sabine Nidelet, Stéphanie Rialle, Rémy Merret, Manuel Echeverria, Philippe Bouvet, Kenzo Nakamura, Julio Sáez-Vasquez
article
The Plant cell, 2014, 26 (3), pp.1330-1344. ⟨10.1105/tpc.114.123893⟩
DOI
DOI : 10.1105/tpc.114.123893
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https://hal.science/hal-02116071/file/1330.pdf BibTex

2013

titre
XRN4 and LARP1 are required for a heat-triggered mRNA decay pathway involved in plant acclimation and survival during thermal stress.
auteur
Rémy Merret, Julie Descombin, Yu-Ting Juan, Jean-Jacques Favory, Marie-Christine Carpentier, Cristian Chaparro, Yee-Yung Charng, Jean-Marc Deragon, Cécile Bousquet-Antonelli
article
Cell Reports, 2013, 5 (5), pp.1279-93. ⟨10.1016/j.celrep.2013.11.019⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.celrep.2013.11.019
pubmedId
Pubmed icone : 24332370
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https://hal.science/hal-01217835/file/1-s2.0-S2211124713006864-main.pdf BibTex
titre
Uridylation prevents 3' trimming of oligoadenylated mRNAs
auteur
F. Sement, E. Ferrier, H. Zuber, R. Merret, M. Alioua, J.-M. Deragon, C. Bousquet-Antonelli, H. Lange, D. Gagliardi
article
Nucleic Acids Research, 2013, 41 (14), pp.7115-7127. ⟨10.1093/nar/gkt465⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkt465
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https://univ-perp.hal.science/hal-02119343/file/gkt465.pdf BibTex

2012

titre
The association of a La module with the PABP-interacting motif PAM2 is a recurrent evolutionary process that led to the neofunctionalization of La-related proteins
auteur
R. Merret, L. Martino, C. Bousquet-Antonelli, S. Fneich, J. Descombin, E. Billey, R. Conte, J.-M. Deragon
article
RNA, 2012, 19 (1), pp.36-50. ⟨10.1261/rna.035469.112⟩
DOI
DOI : 10.1261/rna.035469.112
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titre
International Congress on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and the sea of TE stories.
auteur
Abdelkader Aïnouche, Mireille Bétermier, Mick Chandler, Richard Cordaux, Gaël Cristofari, Jean-Marc Deragon, Pascale Lesage, Olivier Panaud, Hadi Quesneville, Chantal Vaury, Cristina Vieira, Clémentine Vitte
article
Mobile DNA, 2012, 3 (1), pp.17. ⟨10.1186/1759-8753-3-17⟩
DOI
DOI : 10.1186/1759-8753-3-17
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2011

titre
Double-stranded RNA binding proteins DRB2 and DRB4 have an antagonistic impact on polymerase IV-dependent siRNA levels in Arabidopsis
auteur
Thierry Pelissier, Marion Clavel, Cristian Chaparro, Marie-Noelle Pouch-Pelissier, Herve Vaucheret, Jean-Marc Deragon
article
RNA, 2011, 17 (8), pp.1502 - 1510. ⟨10.1261/rna.2680711⟩
DOI
DOI : 10.1261/rna.2680711
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https://hal.science/hal-01190246/file/RNA-2011-P%C3%A9lissier-1502-10.pdf BibTex
titre
Sublethal Cadmium Intoxication In Arabidopsis thaliana Impacts Translation at Multiple Levels
auteur
F Sormani, E. Delannoy, S. Lageix, F. Bitton, E. Lanet, J. Saez-Vasquez, J. Deragon, J. Renou, C. Robaglia, R. Sormani
article
Plant and Cell Physiology, 2011, 52 (2), pp.436 - 447. ⟨10.1093/pcp/pcr001⟩
DOI
DOI : 10.1093/pcp/pcr001
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Pubmed icone : 21252299
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2009

titre
Impact of transposable elements on the human genome
auteur
Jean-Marc Deragon, Pierre Capy
article
Annals of Medicine, 2009, 32 (4), pp.264-273. ⟨10.3109/07853890009011771⟩
DOI
DOI : 10.3109/07853890009011771
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https://hal.science/hal-04821526/file/Impact%20of%20transposable%20elements%20on%20the%20human%20genome.pdf BibTex
titre
Detailed analysis of a contiguous 22-Mb region of the maize genome.
auteur
Fusheng Wei, Joshua C Stein, Chengzhi Liang, Jianwei Zhang, Robert S Fulton, Regina S Baucom, Emanuele de Paoli, Shiguo Zhou, Lixing Yang, Yujun Han, Shiran Pasternak, Apurva Narechania, Lifang Zhang, Cheng-Ting Yeh, Kai Ying, Dawn H Nagel, Kristi Collura, David Kudrna, Jennifer Currie, Jinke Lin, Hyeran Kim, Angelina Angelova, Gabriel Scara, Marina Wissotski, Wolfgang Golser, Laura Courtney, Scott Kruchowski, Tina A Graves, Susan M Rock, Stephanie Adams, Lucinda A Fulton, Catrina Fronick, William Courtney, Melissa Kramer, Lori Spiegel, Lydia Nascimento, Ananth Kalyanaraman, Cristian Chaparro, Jean-Marc Deragon, Phillip San Miguel, Ning Jiang, Susan R Wessler, Pamela J Green, Yeisoo Yu, David C Schwartz, Blake C Meyers, Jeffrey L Bennetzen, Robert A Martienssen, W Richard Mccombie, Srinivas Aluru, Sandra W Clifton, Patrick S Schnable, Doreen Ware, Richard K Wilson, Rod A Wing
article
PLoS Genetics, 2009, 5 (11), pp.e1000728. ⟨10.1371/journal.pgen.1000728⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1000728
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Pubmed icone : 19936048
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https://hal.science/hal-00736698/file/file%2818%29%202.pdf BibTex
titre
Novel long non-protein coding RNAs involved in Arabidopsis differentiation and stress responses.
auteur
Besma Ben Amor, Sonia Wirth, Francisco Merchan, Philippe Laporte, Yves d'Aubenton-Carafa, Judith Hirsch, Alexis Maizel, Allison Mallory, Antoine Lucas, Jean Marc Deragon, Herve Vaucheret, Claude Thermes, Martin Crespi
article
Genome Research, 2009, 19 (1), pp.57-69. ⟨10.1101/gr.080275.108⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.080275.108
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Pubmed icone : 18997003
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https://hal.science/hal-00736193/file/Publis09-bgpi-002_1.pdf BibTex
titre
Exceptional diversity, non-random distribution, and rapid evolution of retroelements in the B73 maize genome.
auteur
Regina S Baucom, James C Estill, Cristian Chaparro, Naadira Upshaw, Ansuya Jogi, Jean-Marc Deragon, Richard P Westerman, Phillip J Sanmiguel, Jeffrey L Bennetzen
article
PLoS Genetics, 2009, 5 (11), pp.e1000732. ⟨10.1371/journal.pgen.1000732⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1000732
pubmedId
Pubmed icone : 19936065
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https://hal.science/hal-00736178/file/file%2818%29.pdf BibTex
titre
The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics.
auteur
Patrick S Schnable, Doreen Ware, Robert S Fulton, Joshua C Stein, Fusheng Wei, Shiran Pasternak, Chengzhi Liang, Jianwei Zhang, Lucinda Fulton, Tina A Graves, Patrick Minx, Amy Denise Reily, Laura Courtney, Scott S Kruchowski, Chad Tomlinson, Cindy Strong, Kim Delehaunty, Catrina Fronick, Bill Courtney, Susan M Rock, Eddie Belter, Feiyu Du, Kyung Kim, Rachel M Abbott, Marc Cotton, Andy Levy, Pamela Marchetto, Kerri Ochoa, Stephanie M Jackson, Barbara Gillam, Weizu Chen, Le Yan, Jamey Higginbotham, Marco Cardenas, Jason Waligorski, Elizabeth Applebaum, Lindsey Phelps, Jason Falcone, Krishna Kanchi, Thynn Thane, Adam Scimone, Nay Thane, Jessica Henke, Tom Wang, Jessica Ruppert, Neha Shah, Kelsi Rotter, Jennifer Hodges, Elizabeth Ingenthron, Matt Cordes, Sara Kohlberg, Jennifer Sgro, Brandon Delgado, Kelly Mead, Asif Chinwalla, Shawn Leonard, Kevin Crouse, Kristi Collura, Dave Kudrna, Jennifer Currie, Ruifeng He, Angelina Angelova, Shanmugam Rajasekar, Teri Mueller, Rene Lomeli, Gabriel Scara, Ara Ko, Krista Delaney, Marina Wissotski, Georgina Lopez, David Campos, Michele Braidotti, Elizabeth Ashley, Wolfgang Golser, Hyeran Kim, Seunghee Lee, Jinke Lin, Zeljko Dujmic, Woojin Kim, Jayson Talag, Andrea Zuccolo, Chuanzhu Fan, Aswathy Sebastian, Melissa Kramer, Lori Spiegel, Lidia Nascimento, Theresa Zutavern, Beth Miller, Claude Ambroise, Stephanie Muller, Will Spooner, Apurva Narechania, Liya Ren, Sharon Wei, Sunita Kumari, Ben Faga, Michael J Levy, Linda Mcmahan, Peter van Buren, Matthew W Vaughn, Kai Ying, Cheng-Ting Yeh, Scott J Emrich, Yi Jia, Ananth Kalyanaraman, An-Ping Hsia, W Brad Barbazuk, Regina S Baucom, Thomas P Brutnell, Nicholas C Carpita, Cristian Chaparro, Jer-Ming Chia, Jean-Marc Deragon, James C Estill, Yan Fu, Jeffrey A Jeddeloh, Yujun Han, Hyeran Lee, Pinghua Li, Damon R Lisch, Sanzhen Liu, Zhijie Liu, Dawn Holligan Nagel, Maureen C Mccann, Phillip Sanmiguel, Alan M Myers, Dan Nettleton, John Nguyen, Bryan W Penning, Lalit Ponnala, Kevin L Schneider, David C Schwartz, Anupma Sharma, Carol Soderlund, Nathan M Springer, Qi Sun, Hao Wang, Michael Waterman, Richard Westerman, Thomas K Wolfgruber, Lixing Yang, Yeisoo Yu, Lifang Zhang, Shiguo Zhou, Qihui Zhu, Jeffrey L Bennetzen, R Kelly Dawe, Jiming Jiang, Ning Jiang, Gernot G Presting, Susan R Wessler, Srinivas Aluru, Robert A Martienssen, Sandra W Clifton, W Richard Mccombie, Rod A Wing, Richard K Wilson
article
Science, 2009, 326 (5956), pp.1112-5. ⟨10.1126/science.1178534⟩
DOI
DOI : 10.1126/science.1178534
pubmedId
Pubmed icone : 19965430
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https://hal.science/hal-00751527/file/Schnable%20et%20al%20main.pdf BibTex
titre
A comprehensive analysis of the La-motif protein superfamily.
auteur
Cécile Bousquet-Antonelli, Jean-Marc Deragon
article
RNA, 2009, 15 (5), pp.750-64. ⟨10.1261/rna.1478709⟩
DOI
DOI : 10.1261/rna.1478709
pubmedId
Pubmed icone : 19299548
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https://hal.science/hal-00698535/file/RNA-2009-Bousquet-Antonelli-750-64.pdf BibTex

2008

titre
On the Evolution and Expression of Chlamydomonas reinhardtii Nucleus-Encoded Transfer RNA Genes
auteur
Valérie Cognat, Jean-Marc Deragon, Elizaveta Vinogradova, Thalia Salinas, Claire Remacle, Laurence Maréchal-Drouard
article
Genetics, 2008, 179 (1), pp.113-123. ⟨10.1534/genetics.107.085688⟩
DOI
DOI : 10.1534/genetics.107.085688
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BibTex
titre
$Arabidopsis$ eIF2α kinase GCN2 is essential for growth in stress conditions and is activated by wounding
auteur
Sébastien Lageix, Elodie Lanet, Marie-Noëlle Pélissier, Marie-Claude Espagnol, Christophe C. Robaglia, Jean-Marc Deragon, Thierry Pélissier
article
BMC Plant Biology, 2008, 8, pp.134. ⟨10.1186/1471-2229-8-134⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2229-8-134
pubmedId
Pubmed icone : 19108716
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https://hal.science/hal-01917935/file/1471-2229-8-134.pdf BibTex
titre
SINE RNA Induces Severe Developmental Defects in Arabidopsis thaliana and Interacts with HYL1 (DRB1), a Key Member of the DCL1 Complex
auteur
Marie-Noëlle Pouch-Pélissier, Thierry Pélissier, Taline Elmayan, Hervé Vaucheret, Drasko Boko, Michael Jantsch, Jean-Marc Deragon
article
PLoS Genetics, 2008, 4 (6), pp.e1000096. ⟨10.1371/journal.pgen.1000096⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1000096
pubmedId
Pubmed icone : 18551175
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2007

titre
The nanovirus-encoded Clink protein affects plant cell cycle regulation through interaction with the retinoblastoma-related protein.
auteur
Sébastien Lageix, Olivier Catrice, Jean-Marc Deragon, Bruno Gronenborn, Thierry Pélissier, Bertha Cecilia Ramírez
article
Journal of Virology, 2007, 81 (8), pp.4177-85. ⟨10.1128/JVI.02103-06⟩
DOI
DOI : 10.1128/JVI.02103-06
pubmedId
Pubmed icone : 17267511
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titre
A bona fide La protein is required for embryogenesis in Arabidopsis thaliana.
auteur
Sophie Fleurdépine, Jean-Marc Deragon, Martine Devic, Jocelyne Guilleminot, Cécile Bousquet-Antonelli
article
Nucleic Acids Research, 2007, 35 (10), pp.3306-21. ⟨10.1093/nar/gkm200⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkm200
pubmedId
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titre
Common evolutionary trends for SINE RNA structures
auteur
Feng-Jie Sun, Sophie Fleurdépine, Cécile Bousquet-Antonelli, Gustavo Caetano-Anollés, Jean-Marc Deragon
article
Trends in Genetics, 2007, 23 (1), pp.26-33. ⟨10.1016/j.tig.2006.11.005⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.tig.2006.11.005
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