Publications HAL de la collection GENOMIX

2026

titre
Phylotranscriptomics Allows Distinguishing Major Gene Flow Events from Incomplete Lineage Sorting in Rapidly Diversifying Mimetic Orchids (Genus Ophrys)
auteur
Lucas Vandenabeele, Anaïs Gibert, Pascaline Salvado, Roselyne Buscail, Christel Llauro, Michèle Laudie, Hervé Philippe, Joris a M Bertrand
article
2026
DOI
DOI : 10.64898/2026.01.07.698074
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https://hal.science/hal-05449741/file/BIORXIV-2026-698074v1-Vandenabeele.pdf BibTex
titre
A cryptic hybrid zone reveals the genomic basis of flower colour variation in a plant with a large and complex genome
auteur
Pascaline Salvado, Anais Gibert, Slimane Chaib, Delphine Raviglione, Cedric Bertrand, Moaine El Baidouri, Lee Mariault, Christel Llauro, Charlotte Cravero, Isabelle Dufau, William Marande, Marie-Christine Carpentier, Maria Martin, Celine Quelennec, Pascal Gaultier, Jean-Marc Lewin, Pere Aymerich, Valerie Hinoux, Joris a M Bertrand
article
2026
DOI
DOI : 10.64898/2026.01.30.700338
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https://hal.science/hal-05506838/file/2026.01.30.700338v1.full.pdf BibTex

2025

titre
Projecting spatiotemporal bioclimatic niche dynamics of endemic Pyrenean plant species under climate change: how much will we lose?
auteur
Noèmie Collette, Sébastien Pinel, Valérie Delorme‐hinoux, Joris a M Bertrand
article
Ecography, 2025, 2026 (1), pp.e08067. ⟨10.1002/ecog.08067⟩
DOI
DOI : 10.1002/ecog.08067
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https://hal.science/hal-05477516/file/ecog.08067.pdf BibTex
titre
Role of methylation and siRNA on differential allelic expression in a hybrid of distantly related citrus species
auteur
Khadidiatou Diop, Anais Gibert, Christel Llauro, Yann Froelicher, Barbara Hufnagel, Nathalie Picault, Frederic Pontvianne
article
2025
DOI
DOI : 10.1101/2025.07.25.666733
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https://hal.science/hal-05190445/file/VF_article_DIOP2025.pdf BibTex
titre
Modelling the dynamics of transposable elements in genomes under asexual reproduction using agent-based model
auteur
Martin Rosalie, Moaine El Baidouri, Sébastien Gourbière
article
2025
DOI
DOI : 10.1101/2025.09.28.679026
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https://hal.science/hal-05289725/file/2025.09.28.679026v1.full.pdf BibTex
titre
Contrasting patterns of differentiation among three taxa of the rapidly diversifying orchid genus Ophrys sect. Insectifera (Orchidaceae) where their ranges overlap
auteur
Pascaline Salvado, Anaïs Gibert, Bertrand Schatz, Lucas Vandenabeele, Roselyne Buscail, David Vilasís, Philippe Feldmann, Joris Bertrand
article
Botanical Journal of the Linnean Society, 2025, 208 (2), pp.142-151. ⟨10.1093/botlinnean/boae062⟩
DOI
DOI : 10.1093/botlinnean/boae062
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https://hal.science/hal-04893550/file/Salvado%20P%20et%20al.%282024%29_Contrasting%20patterns%20of%20differentiation%20among%20three%20taxa%20of%20the%20rapidly%20diversifying%20orchid%20genus%20Ophrys%20sect%20Insectifera%20%28Orchidaceae%29%20where%20their%20ranges%20overlap.pdf BibTex
titre
Floral phenotypic divergence and genomic insights in an Ophrys orchid: unraveling early speciation processes
auteur
Anaïs Gibert, Bertrand Schatz, Roselyne Buscail, Dominique Nguyen, Michel Baguette, Nicolas Barthes, Joris Bertrand
article
New Phytologist, 2025, 245 (2), pp.849-868. ⟨10.1111/nph.20190⟩
DOI
DOI : 10.1111/nph.20190
pubmedId
Pubmed icone : 39557060
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https://hal.science/hal-04893415/file/MainDoc_hal.pdf BibTex
titre
Habitat Specialisation Impacts Clownfish Demographic Resilience to Pleistocene Sea‐Level Fluctuations
auteur
Alberto García‐jiménez, Marion Talbi, Lucy M Fitzgerald, A. Heim, Anna Marcionetti, Sarah Schmid, Joris Bertrand, Abigail Shaughnessy, Carl Santiago, Ploypallin Rangseethampanya, Phurinat Ruttanachuchote, Wiphawan Aunkhongthong, Sittiporn Pengsakun, Makamas Sutthacheep, Milan Malinsky, Bruno Frédérich, Fabio Cortesi, Marc Kochzius, Thamasak Yeemin, Théo Gaboriau, Nicolas Salamin
article
Molecular Ecology, 2025, 34 (22), pp.e70134. ⟨10.1111/mec.70134⟩
DOI
DOI : 10.1111/mec.70134
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https://hal.science/hal-05366816/file/Garc%C3%ADa-Jim%C3%A9nez%20A%20et%20al.%282025%29_Habitat%20specialisation%20impacts%20clownfish%20demographic%20resilience%20to%20Pleistocene%20sea-level%20fluctuations.pdf BibTex
titre
Species distribution modelling predicts the extinction of the east-pyrenean local endemic form of Pedicularis comosa: P. c. asparagoides in a near future
auteur
Pascaline Salvado, Noémie Collette, Anaïs Gibert, Maria Martin, Céline Quélennec, Jean-Marc Lewin, Joseph Garrigue, Jean-André Magdalou, Christophe Hurson, Diane Sorel, Valérie Delorme-Hinoux, Joris Bertrand
article
Life and Environment, 2025, 75 (1), ⟨10.57890/7x9tgm19⟩
DOI
DOI : 10.57890/7x9tgm19
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https://hal.science/hal-05532951/file/Species%20distribution%20modelling%20predicts%20the%20extinction%20of%20the%20east-pyrenean%20local%20endemic%20form%20of%20Pedicularis%20comosa_%20P.%20c.%20asparagoides%20in%20a%20near%20future.pdf BibTex
titre
Mechanisms, detection, and impact of horizontal gene transfer in plant functional evolution
auteur
Lee Mariault, Camille Puginier, Jean Keller, Moaine El Baidouri, Pierre-Marc Delaux
article
The Plant cell, 2025, 37 (9), ⟨10.1093/plcell/koaf195⟩
DOI
DOI : 10.1093/plcell/koaf195
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https://hal.science/hal-05307487/file/koaf195.pdf BibTex
titre
Non-invasive eDNA reveals the ecological and genetic status of the Western Capercaillie ( Tetrao urogallus aquitanicus ) in the Eastern Pyrenees
auteur
Pauline Buso, Céleste Paris, Manon Canal, Morgane Tassaint, Sylvain Daniello, Anaïs Gibert, Rupert Palme, Sabine Macho-Maschler, Christel Llauro, Gwenaël Jacob, Valérie Delorme-Hinoux, Joris a M Bertrand, Olivier Rey
article
2025
DOI
DOI : 10.1101/2025.01.14.632749
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https://hal.science/hal-04977400/file/Buso-2025-Biorxiv-NonInvasive.pdf BibTex

2024

titre
Gene flow throughout the evolutionary history of a colour polymorphic and generalist clownfish
auteur
Sarah Schmid, Marianne Bachmann Salvy, Alberto Garcia Jimenez, Joris Bertrand, Fabio Cortesi, Sara Heim, Filip Huyghe, Glenn Litsios, Anna Marcionetti, James O'Donnell, Cynthia Riginos, Valerio Tettamanti, Nicolas Salamin
article
Molecular Ecology, 2024, 33 (14), pp.e17436. ⟨10.1111/mec.17436⟩
DOI
DOI : 10.1111/mec.17436
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https://hal.science/hal-04613738/file/Schmid%20S%20et%20al.%282024%29_Gene%20flow%20throughout%20the%20evolutionary%20history%20of%20a%20colour%20polymorphic%20and%20generalist.pdf BibTex
titre
An evolutionary view of CC-type glutaredoxins functions in land plants development and adaptation to environment
auteur
Moaïne El Baidouri, Jean-Philippe Reichheld, Christophe Belin
article
Journal of Experimental Botany, In press, ⟨10.1093/jxb/erae232/7681747⟩
DOI
DOI : 10.1093/jxb/erae232/7681747
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https://hal.science/hal-04588492/file/El%20Baidouri%20et%20al..pdf BibTex
titre
Holocene climate change promoted allopatric divergence and disjunct geographic distribution in a bee orchid species
auteur
Anaïs Gibert, Roselyne Buscail, Michel Baguette, Christelle Fraïsse, Camille Roux, Bertrand Schatz, Joris A. M. Bertrand
article
Journal of Biogeography, 2024, 51 (12), pp.2424-2439. ⟨10.1111/jbi.14998⟩
DOI
DOI : 10.1111/jbi.14998
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https://hal.science/hal-04687630/file/MS_Oph_aveyronensis_JOB_bioRxiv_FV.pdf BibTex
titre
Genome of the early spider-orchid Ophrys sphegodes provides insights into sexual deception and pollinator adaptation
auteur
Alessia Russo, Mattia Alessandrini, Moaine El Baidouri, Daniel Frei, Teresa Rosa Galise, Lara Gaidusch, Hannah F Oertel, Sara E Garcia Morales, Giacomo Potente, Qin Tian, Dmitry Smetanin, Joris a M Bertrand, Renske E Onstein, Olivier Panaud, Jürg E Frey, Salvatore Cozzolino, Thomas Wicker, Shuqing Xu, Ueli Grossniklaus, Philipp M Schlüter
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.6308. ⟨10.1038/s41467-024-50622-4⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-024-50622-4
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https://hal.science/hal-04664022/file/Russo%20A%20et%20al.%282024%29_enome%20of%20the%20early%20spider-orchid%20Ophrys%20sphegodes%20provides%20insights%20into%20sexual%20deception%20and%20pollinator%20adaptation.pdf BibTex
titre
Chromosome-level genome assembly of milk thistle (Silybum marianum (L.) Gaertn.)
auteur
Kyung Do Kim, Jeehyoung Shim, Ji-Hun Hwang, Daegwan Kim, Moaine El Baidouri, Soyeon Park, Jiyong Song, Yeisoo Yu, Keunpyo Lee, Byoung-Ohg Ahn, Su Young Hong, Joong Hyoun Chin
article
Scientific Data , 2024, 11 (1), pp.342. ⟨10.1038/s41597-024-03178-3⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41597-024-03178-3
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https://hal.science/hal-04595377/file/2024.02.29.582772v1.full.pdf BibTex
titre
Recurrent gene flow events occurred during the diversification of clownfishes of the skunk complex
auteur
Anna Marcionetti, Joris Bertrand, Fabio Cortesi, Giulia Donati, Sara Heim, Filip Huyghe, Marc Kochzius, Loïc Pellissier, Nicolas Salamin
article
Molecular Ecology, 2024, 33 (11), pp.e17347. ⟨10.1111/mec.17347⟩
DOI
DOI : 10.1111/mec.17347
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https://hal.science/hal-04590114/file/Marcionetti%20A%20et%20al.%282024%29_Recurrent%20gene%20flow%20events%20occurred%20during%20the%20diversification%20of%20clownfishes%20of%20the%20skunk%20complex.pdf BibTex

2023

titre
45S rDNA Diversity In Natura as One Step towards Ribosomal Heterogeneity in Arabidopsis thaliana
auteur
Valérie Delorme-Hinoux, Assane Mbodj, Sophie Brando, Anne de Bures, Christel Llauro, Fabrice Covato, Joseph Garrigue, Claude Guisset, Jacques Borrut, Marie Mirouze, Jean-Philippe Reichheld, Julio Sáez-Vásquez
article
Plants, 2023, 12 (14), pp.2722. ⟨10.3390/plants12142722⟩
DOI
DOI : 10.3390/plants12142722
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https://hal.science/hal-04270325/file/Delorme-Hinoux%20et%20al_plants-12-02722-v2.pdf BibTex
titre
Genome-wide analysis of horizontal transfer in non-model wild species from a natural ecosystem reveals new insights into genetic exchange in plants
auteur
Emilie Aubin, Christel Llauro, Joseph Garrigue, Marie Mirouze, Olivier Panaud, Moaine El Baidouri
article
PLoS Genetics, 2023, 19 (10), pp.e1010964. ⟨10.1371/journal.pgen.1010964⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1010964
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https://univ-perp.hal.science/hal-04274792/file/journal.pgen.1010964.pdf BibTex

2022

titre
Extracting Quantitative Information from Images Taken in the Wild: A Case Study of Two Vicariants of the Ophrys aveyronensis Species Complex
auteur
Anais Gibert, Florian Louty, Roselyne Buscail, Michel Baguette, Bertrand Schatz, Joris Bertrand
article
Diversity, 2022, 14 (5), pp.400. ⟨10.3390/d14050400⟩
DOI
DOI : 10.3390/d14050400
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https://univ-perp.hal.science/hal-03674764/file/Gibert%20A%20et%20al.%282022%29_Extracting%20quantitative%20information%20from%20images%20taken%20in%20the%20wild%20-%20a%20case%20study%20of%20two%20vicariants%20of%20the%20Ophrys%20aveyronensis%20species%20complex.pdf BibTex
titre
Characterization of the complete plastome of Delphinium montanum, a polyploid, endemic and endangered Pyrenean Larkspur
auteur
Pascaline Salvado, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Valérie Delorme-Hinoux, Joris Bertrand
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, 2022, 7 (4), pp.590 - 592. ⟨10.1080/23802359.2022.2057248⟩
DOI
DOI : 10.1080/23802359.2022.2057248
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https://univ-perp.hal.science/hal-03672993/file/Salvado%20P%20et%20al.%282022%29_Characterization%20of%20the%20complete%20plastome%20of%20Delphinium%20montanum%2C%20a%20polyploid%2C%20endemic%20and%20endangered%20Pyrenean%20Larkspur.pdf BibTex
titre
Little hope for the polyploid endemic Pyrenean Larkspur (Delphinium montanum): Evidences from population genomics and Ecological Niche Modeling
auteur
Pascaline Salvado, Pere Aymerich Boixader, Josep Parera, Albert Vila Bonfill, Maria Martin, Céline Quélennec, Jean‐marc Lewin, Valérie Delorme‐hinoux, Joris Bertrand
article
Ecology and Evolution, 2022, 12 (3), ⟨10.1002/ece3.8711⟩
DOI
DOI : 10.1002/ece3.8711
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https://univ-perp.hal.science/hal-03631714/file/Salvado%20P%20et%20al.%282022%29_Little%20hope%20for%20the%20polyploid%20endemic%20Pyrenean%20Larkspur%20Delphinium%20montanum%20.pdf BibTex